Genome-wide association studies (GWAS) have identified thousands of disease-associated loci, yet their interpretation remains limited by the heterogeneity of underlying biological processes. We propose Joint Pleiotropic and Epigenomic Partitioning (J-PEP), a clustering framework that integrates pleiotropic SNP effects on auxiliary traits and tissue-specific epigenomic data to partition disease-associated loci into biologically distinct clusters. To benchmark J-PEP against existing methods, we introduce a metric-Pleiotropic and Epigenomic Prediction Accuracy (PEPA)-that evaluates how well the c
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The study conducted a comprehensive genome-wide analysis of differential 5mC and 5hmC modifications at both CpG and non-CpG sites in postmortem orbitofrontal neurons from 25 PTSD cases and 13 healthy controls. It was observed that PTSD patients exhibit a greater number of differential 5hmC sites compared to 5mC sites. Specifically, individuals with PTSD tend to show hyper-5mC/5hmC at CpG sites, particularly within CpG islands and promoter regions, and hypo-5mC/5hmC at non-CpG sites, especially within intragenic regions. Functional enrichment analysis indicated distinct yet interconnected roles
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long-term psychosocial stress is strongly associated with negative physical and mental health outcomes, as well as adverse health behaviours; however, little is known about the role that stress plays on the epigenome. One proposed mechanism by which stress affects DNA methylation is through health behaviours. We conducted an epigenome-wide association study (EWAS) of cumulative psychosocial stress (n = 2,689) from the Health and Retirement Study (mean age = 70.4 years), assessing DNA methylation (Illumina Infinium HumanMethylationEPIC Beadchip) at 789,656 CpG sites. For identified CpG sites, w
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Selenium (Se) is an essential nutrient linked to adverse health endpoints at low and high levels. The mechanisms behind these relationships remain unclear and there is a need to further understand the epigenetic impacts of Se and their relationship to disease. We investigated the association between urinary Se levels and DNA methylation (DNAm) in the Strong Heart Study (SHS), a prospective study of cardiovascular disease (CVD) among American Indians adults.
METHODS: Selenium concentrations were measured in urine (collected in 1989-1991) using inductively coupled plasma mass spectr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epigenome editing with DNA-targeting technologies such as CRISPR-dCas9 can be used to dissect gene regulatory mechanisms and potentially treat associated disorders. For example, Prader-Willi Syndrome (PWS) is caused by loss of paternally expressed imprinted genes on chromosome 15q11.2-q13.3, although the maternal allele is intact but epigenetically silenced. Using CRISPR repression and activation screens in human induced pluripotent stem cells (iPSCs), we identified genomic elements that control expression of the PWS gene SNRPN from the paternal and maternal chromosomes. We showed that either
ПрепринтСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deficiency of the epigenome modulator histone deacetylase 3 (HDAC3) in brown adipose tissue (BAT) impairs the ability of mice to survive in near-freezing temperatures. Here, we report that short-term exposure to mild cold temperature (STEMCT: 15°C for 24 h) averted lethal hypothermia of mice lacking HDAC3 in BAT (HDAC3 BAT KO) exposed to 4°C. STEMCT restored the induction of the thermogenic coactivator PGC-1α along with UCP1 at 22°C, which is greatly impaired in HDAC3-deficient BAT, and deletion of either UCP1 or PGC-1α prevented the protective effect of STEMCT. Remarkably, this protection las
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Аннотация не предоставлена источником. Откройте карточку для перехода к публикации.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Since 2003, we have seen the emergence of novel viruses, such as SARS-CoV-1, MERS, ZIKA, swine flu virus H1N1, Marburg, Monkeypox, Ebola, and SARS-CoV-2, but none of them gained pandemic proportions similar to SARS-CoV-2. This could be attributed to unique viral traits, allowing its rapid global dissemination following its emergence in October 2019 in Wuhan, China, which appears to be primarily driven by the emergence of highly transmissible and virulent variants that also associate, in some cases, with severe disease and considerable mortality caused by fatal pneumonia, acute respiratory dist
ОбзорСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Retinal neurogenesis is driven by concerted actions of transcription factors, some of which are expressed in a continuum and across several cell subtypes throughout development. While seemingly redundant, many factors diversify their regulatory outcome on gene expression, by coordinating variations in chromatin landscapes to drive divergent retinal specification programs. Recent studies have furthered the understanding of the epigenetic contribution to the progression of age-related macular degeneration, a leading cause of blindness in the elderly. The knowledge of the epigenomic mechanisms th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adenomyosis is linked to dysmenorrhea and infertility. The pathogenesis of adenomyosis remains unclear, and little is known of the genetic and epigenetic changes in the eutopic endometrium in adenomyosis, which may predispose patients to the invasion and migration of endometrial tissues into the myometrium. Transcriptome studies have identified genes related to various cell behaviors but no targets for therapeutic intervention. The epigenetics of the eutopic endometrium in adenomyosis have rarely been investigated. Endometrial tissue was obtained from premenopausal women with (n = 32) or witho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Obesity is a significant public health concern across the globe. Research investigating epigenetic mechanisms related to obesity and obesity-associated conditions has identified differences that may contribute to cellular dysregulation that accelerates the development of disease. However, few studies include Black women, who experience the highest incidence of obesity and early onset of cardiometabolic disorders.
METHODS: The association of BMI with epigenome-wide DNA methylation (DNAm) was examined using the 850K Illumina EPIC BeadChip in two Black populations (Intergenerational I
МетаанализСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Opioid abuse poses significant risk to individuals in the United States and epigenetic changes are a leading potential biomarker of opioid abuse. Current evidence, however, is mostly limited to candidate gene analysis in whole blood. To clarify the association between opioid abuse and DNA methylation, we conducted an epigenome-wide analysis of DNA methylation in brain samples of individuals who died from acute opioid intoxication and group-matched controls.
METHODS: Tissue samples were extracted from the dorsolateral prefrontal cortex of 153 deceased individuals (Mage = 35.42; 62
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
αβ lineage T cells, most of which are CD4+ or CD8+ and recognize MHC I- or MHC II-presented antigens, are essential for immune responses and develop from CD4+CD8+ thymocytes. The absence of in vitro models and the heterogeneity of αβ thymocytes have hampered analyses of their intrathymic differentiation. Here, combining single-cell RNA and ATAC (chromatin accessibility) sequencing, we identified mouse and human αβ thymocyte developmental trajectories. We demonstrated asymmetric emergence of CD4+ and CD8+ lineages, matched differentiation programs of agonist-signaled cells to their MHC specific
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
H3K27M diffuse intrinsic pontine gliomas (DIPGs) are fatal and lack treatments. They mainly harbor H3.3K27M mutations resulting in H3K27me3 reduction. Integrated analysis in H3.3K27M cells, tumors, and in vivo imaging in patients showed enhanced glycolysis, glutaminolysis, and tricarboxylic acid cycle metabolism with high alpha-ketoglutarate (α-KG) production. Glucose and/or glutamine-derived α-KG maintained low H3K27me3 in H3.3K27M cells, and inhibition of key enzymes in glycolysis or glutaminolysis increased H3K27me3, altered chromatin accessibility, and prolonged survival in animal models.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expression of histone H3.3K27M mutant proteins in human diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) results in a global reduction of tri-methylation of H3K27 (H3K27me3), and paradoxically, H3K27me3 peaks remain at hundreds of genomic loci, a dichotomous change that lacks mechanistic insights. Here, we show that the PRC2 complex is sequestered at poised enhancers, but not at active promoters with high levels of H3.3K27M proteins, thereby contributing to the global reduction of H3K27me3. Moreover, the levels of H3.3K27M proteins are low at the retained H3K27me3 peaks and consequently having minimal
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Stimulation of macrophages with interferon-γ (IFN-γ) and interleukin 4 (IL-4) triggers distinct and opposing activation programs. During mixed infections or cancer, macrophages are often exposed to both cytokines, but how these two programs influence each other remains unclear. We found that IFN-γ and IL-4 mutually inhibited the epigenomic and transcriptional changes induced by each cytokine alone. Computational and functional analyses revealed the genomic bases for gene-specific cross-repression. For instance, while binding motifs for the transcription factors STAT1 and IRF1 were associated w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic kidney disease (CKD) is defined by reduced estimated glomerular filtration rate (eGFR). Previous genetic studies have implicated regulatory mechanisms contributing to CKD. Here we present epigenome-wide association studies of eGFR and CKD using whole-blood DNA methylation of 2264 ARIC Study and 2595 Framingham Heart Study participants to identify epigenetic signatures of kidney function. Of 19 CpG sites significantly associated (P < 1e-07) with eGFR/CKD and replicated, five also associate with renal fibrosis in biopsies from CKD patients and show concordant DNA methylation changes in k
СтатьяResearch Support, American Recovery and Reinvestment ActПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apolipoprotein E4 (E4) and type 2 diabetes are major risk factors for cognitive decline and late onset Alzheimer's disease (AD). E4-associated phenotypes and insulin resistance (IR) share several features and appear to interact in driving cognitive dysfunction. However, shared mechanisms that could explain their overlapping pathophysiology have yet to be found. We hypothesized that, compared to E3 mice, E4 mice would be more susceptible to the harmful cognitive effects of high fat diet (HFD)-induced IR due to apoE isoform-specific differences in brain metabolism. While both E3 and E4 mice fed
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent advent of genome and epigenome editing technologies has provided a new paradigm in which the landscape of the human genome and epigenome can be precisely manipulated in their native context. Genome and epigenome editing technologies can be applied to many aspects of aging research and offer the potential to develop novel therapeutics against age-related diseases. Here, we discuss the latest technological advances in the CRISPR-based genome and epigenome editing toolbox, and provide insight into how these synthetic biology tools could facilitate aging research by establishing in vitr
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Approximately 1.5 billion people worldwide are overweight or affected by obesity, and are at risk of developing type 2 diabetes, cardiovascular disease and related metabolic and inflammatory disturbances. Although the mechanisms linking adiposity to associated clinical conditions are poorly understood, recent studies suggest that adiposity may influence DNA methylation, a key regulator of gene expression and molecular phenotype. Here we use epigenome-wide association to show that body mass index (BMI; a key measure of adiposity) is associated with widespread changes in DNA methylation (187 gen
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования