Among the three genomes in plant cells, the mitochondrial genome (mitogenome) is the least studied due to complex recombination and intergen … ith 17 other mitogenomes representing the five gymnosperm lineages revealed a 30-fold difference in genome size, 80-fold in repetitive content, and 230-fold in substitution rate. We found dispersed repeats are highly associated with mitogenome expansion (r = 0.99), and most of them were accumulated during recent duplication events. Syntenic blocks and shared …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Common single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are predicted to collectively explain 40-50% of phenotypic variation in human height, but identifying the specific variants and associated regions requires huge sample sizes1. Here, using data from a genome-wide association study of 5.4 million individuals of diverse ancestries, we show that 12,111 independent SNPs that are significantly associated with height account for nearly all of the common SNP-based heritability. These SNPs are clustered within 7,209 non-overlapping genomic segments with a mean size of around 90 kb, covering about 21% of the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Size separation after UV-endonuclease digestion of DNA from UV-irradiated human cells using denaturing conditions fractionates the genome based on cyclobutane pyrimidine dimer content. We have examined the largest molecules available (50-80 kb; about 5% of the DNA) after fractionation and those of average size (5-15 kb) for content of some specific genes. We find that the largest molecules are not a representative sampling of the genome. Three contiguous genes located in a G+C-rich isochore (tyrosine hydroxylase, insulin, insulin-like growth factor II) have concentrations two to three times gr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Species on islands frequently experience founder events and population bottlenecks and are often subject to disturbances that further reduce population sizes. Despite these challenges, some island lineages persist for millennia-the paradox of persistence. Here, we synthesize genomic studies across island systems and show that reported effective population sizes are frequently below 100, but assessments of genetic load and its temporal dynamics remain uncommon. We show that island systems can offer critical insights into how small populations maintain viability and adaptive potential. Future re
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We describe a simple and rapid method for the isolation of specific genomic DNA sequences recognized by DNA-binding proteins. This procedure consists of four steps: (1) restriction enzyme digestion and size fractionation of genomic DNA; (2) DNA--protein binding using the gel mobility-shift assay; (3) ligation of isolated DNA fragments followed by transformation of Escherichia coli; and (4) screening of recombinant clones for inserts containing specific DNA--protein binding sequences. We have used this protocol to isolate human DNA sequences, 100-200 bp in size, that are recognized by both part
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A new virus, named Mutum virus, related to members of the family Tymoviridae, was isolated from mosquitoes (Mansonia spp.) in clone C6/36 cells, and its complete genome was sequenced. Its genome is 6494 nt in size with an organization resembling that of tymovirids. The isolated virus is phylogenetically related to two viruses isolated from Culex spp. mosquitoes: Ek Balam virus, reported in Mexico, and Culex-originated Tymoviridae-like virus, isolated in China. The results of this study suggest that this virus is a new member of the family Tymoviridae.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Xishi tongue (Coelomactra antiquata), a commercially valuable marine bivalve, is distributed along the coastal waters of East Asia. In China, significant morphological and genetic differences have been observed between northern and southern populations. Overfishing and pollution have caused a severe decline in its natural populations, rendering the species endangered. In this study, we constructed the first chromosome-level genome of C. antiquata based on PacBio HiFi and Hi-C sequencing data. The assembled genome was 791.83 Mb in size, with the scaffold N50 of 44.05 Mb, and 99.79% of the seque
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trichomonas vaginalis is a flagellated protozoan parasite and the causative agent of trichomoniasis, the most prevalent non-viral sexually transmitted infection, with significant impact on public health and economy. Here, we present a chromosome-level genome of T. vaginalis strain IR-78 (ATCC 50138), assembled using short and long-read sequencing technologies as well as chromatin conformation capture sequencing (Hi-C). The assembled genome is 173.3 Mb in size, with an N50 scaffold length of 26.4 Mb. The assembly is anchored in six super-scaffolds, corresponding to the six chromosomes of T. vag
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Hi-C method is widely used to study the functional roles of the three-dimensional (3D) architecture of genomes. Here, we integrate Hi-C, whole-genome sequencing (WGS) and RNA-seq to study the 3D genome architecture of multiple myeloma (MM) and how it associates with genomic variation and gene expression. Our results show that Hi-C interaction matrices are biased by copy number variations (CNVs) and can be used to detect CNVs. Also, combining Hi-C and WGS data can improve the detection of translocations. We find that CNV breakpoints significantly overlap with topologically associating domai
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here we use whole-genome de novo assembly of second-generation sequencing reads to map structural variation (SV) in an Asian genome and an African genome. Our approach identifies small- and intermediate-size homozygous variants (1-50 kb) including insertions, deletions, inversions and their precise breakpoints, and in contrast to other methods, can resolve complex rearrangements. In total, we identified 277,243 SVs ranging in length from 1-23 kb. Validation using computational and experimental methods suggests that we achieve overall <6% false-positive rate and <10% false-negative rate in geno
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The importance of within-species diversity in determining the evolutionary potential of a population to evolve drug resistance or tolerance … growth of a subpopulation of cells at drug concentrations above the MIC) and increased diversity of genome size. The prevalence and predominant direction of these changes differed in a strain-specific manner, but neither correlated directly with parental fitness or improvement in fitness. Rather, low parental strain fitness was correlated with high levels of …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Lion-head goose is one of the largest goose breeds all over the word. Body weight and body size traits at 120 days of age (i.e. the slaughter age) are economically important traits, which directly affect the profit of Lion-head goose industry. However, so far few studies have explored the genetic basis of these traits. This study for the first time integrated the single-SNP genome-wide association study (GWAS) and genetic fine-mapping based on whole-genome sequencing data to investigate the genetic architecture of body weight and 11 body size traits at 120 days of age in 504 li
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The reproductive performance of bulls has a high impact on the beef cattle industry. Scrotal circumference (SC) is the most recorded reproductive trait in beef herds, and is used as a major selection criterion to improve precocity and fertility. The characterization of genomic regions affecting SC can contribute to the identification of diagnostic markers for reproductive performance and uncover molecular mechanisms underlying complex aspects of bovine reproductive biology. In this paper, we report a genome-wide scan for chromosome segments explaining differences in SC, using data of 861 Nello
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposable elements (TEs) are ubiquitous components of eukaryotic genomes. They have considerably affected their size, structure and function. The sequencing of a multitude of eukaryote genomes has revealed some striking differences in the abundance and diversity of TEs among eukaryotes. Protists, plants, insects and vertebrates contain species with large numbers of TEs and species with small numbers, as well as species with diverse repertoires of TEs and species with a limited diversity of TEs. There is no apparent relationship between the complexity of organisms and their TE profile. The p
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myopia is associated with interactive effects of genetic and environmental factors. The development of myopia in childhood is likely to be more dependent on genetic background. Candidate gene analysis, whole exome sequencing, genome-wide association studies (GWAS) and subsequent metaanalyses have identified more than 400 loci that are associated with myopia. However, most genome studies have been conducted in adults and only a few of genetic single nucleotide polymorphisms identified in adult GWAS have been successfully replicated in children. In this review, we summarized these variants and c
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Nontypeable Haemophilus influenzae (NTHi) is an important human respiratory bacterium that can cause a range of diseases includi … ected from the sputum of a patient at the Royal Hobart Hospital, Tasmania, Australia. The assembled genome size was 1,839,376 bp consisting of 61 contigs (> 500 bp), with a G+C content of 38.1%. This draft genome data can be accessed at DDBJ/ENA/GenBank under the accession number JADPRR000000000.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Bacterial micro-organisms from the genus Bacillus have a broad spectrum of antimicrobial activity against plant pathogenic bacte … 0 sequencing system, was assembled using SOAPdenovo and was optimised with GapCloser.
RESULTS: The genome size of strain C4341 was calculated at 3 963 750bp with a G+C content of 46.4%. The whole genome was assembled into 4019 open reading frames (ORFs), of which 5.9% and 1.6% were related to antagonistic secondary metabolites and antimicrobial resistance, r …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Klebsiella pneumoniae sequence type 307 (ST307) has emerged as a new high-risk clone worldwide. The aim of this study was to report the draft genome sequence of a multidrug-resistant CTX-M-15-positive K. pneumoniae strain causing urinary tract infection in a companion animal in Brazil.
METHODS: Whole-genome sequencing was performed on an Illumina NextSeq platform and the genome was de novo assembled using SPAdes. Data analysis was performed using online tools from the Center for Genomic Epidemiology.
RESULTS: The genome size of K. pneumoniae strain PRETA was calculated at 5 450 5…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Asymptomatic carriers can act as reservoirs of multidrug-resistant (MDR) bacteria. The aim of this study was to describe the draft genome sequence of a MDR Escherichia coli lineage recovered from a faecal sample of a healthy carrier.
METHODS: Genomic DNA was sequenced on an Illumina NextSeq platform. Sequence reads were de novo assembled using CLC Genomics Workbench and the whole genome sequence was evaluated through bioinformatics tools available from the Center of Genomic Epidemiology as well as additional in silico analysis.
RESULTS: The genome size was calculated as 5178340 b…
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exfoliative toxin A (ETA)-coding temperate bacteriophages are leading contributors to the toxic phenotype of impetigo strains of Staphylococ … alysis of five designed genomic regions revealed major variances between them. They differed in the genome size, number of open reading frames, genome architecture, and virion protein patterns. Their high mutual sequence similarity was detected only in the terminal regions of the genome. When compared with the so far described eta phage genomes, noticeable di …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования