Immunotherapy resistance remains a major barrier to achieving sustained patient improvement in non-small cell lung cancer (NSCLCs). Here, through integrating CODEX, metabolomics, CyTOF, ATAC-seq, and single-cell spatial transcriptomics from NSCLC tumors, we uncover an unrecognized role of ALDH9A1 in promoting resistance to anti-PD-1 therapy. In immunocompetent, but not immunocompromised mouse models, loss of ALDH9A1 markedly restrains tumor growth. This effect is accompanied by increased maturation of tertiary lymphoid structures and reduced accumulation of protumorigenic MDSCs within tumor im
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colorectal cancer (CRC) remains a leading cause of cancer mortality globally, with therapeutic efficacy hindered by tumor heterogeneity and drug resistance. While organoid technology offers unprecedented opportunities to model tumor complexity, systematic platforms for chemo-targeted combination screening and molecular mechanisms underlying chemoresistance remain underexplored in Chinese populations. Here, we established a biobank of 17 patient-derived CRC organoids (85% success rate) from treatment-naïve surgical specimens, preserving histopathological fidelity and molecular diversity of pare
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ulcerative colitis (UC) is a chronic inflammatory bowel disease characterized by mucosal inflammation and dysbiosis of the gut microbiota. Bacteroides cellulosilyticus (B. cellulosilyticus) is a multifunctional carbohydrate-degrading bacterium that may serve as a probiotic to enhance gut health by regulating gut microbiota. However, its specific role and mechanisms in UC remain unclear. This study utilized a population cohort and combined microbiome, metabolome, and transcriptome analyses to explore the therapeutic effects and potential mechanisms of B. cellulosilyticus on dextran sulfate sodi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spermatogenesis is the biological process by which male sperm cells (spermatozoa) are produced in the testes. Beyond facilitating the transmission of genetic information, spermatogenesis also provides a potential framework for inter- and transgenerational inheritance of gene-regulatory states. While extensively studied in mammals, our understanding of spermatogenesis in anamniotes remains limited. Here we present a comprehensive single-cell multiomics resource, combining single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and single-cell chromatin accessibility (scATAC-seq) profiling, with base-resolution …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE AND OBJECTIVES: To develop deep learning-based multiomics models for predicting postoperative distant metastasis (DM) and evaluating survival prognosis in colorectal cancer (CRC) patients.
MATERIALS AND METHODS: This retrospective study included 521 CRC patients who underwent curative surgery at two centers. Preoperative CT and postoperative hematoxylin-eosin (HE) stained slides were collected. A total of 381 patients from Center 1 were split (7:3) into training and internal validation sets; 140 patients from Center 2 formed the independent external validation set. Patients were gro…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Osteoarthritis (OA) is a chronic joint disease that significantly impairs quality of life. Synovitis plays a pivotal role in OA progression, and pyroptosis, a form of programmed cell death associated with innate immune inflammation, may contribute to the pathogenesis of OA synovitis. Nevertheless, the precise role of pyroptosis in OA pathogenesis remains poorly understood.
METHODS: We performed an analysis of bulk RNA sequencing data to examine the expression profiles of pyroptosis-related genes in the OA synovium. A LASSO-Cox regression model was employed to identify pivotal gene
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Lupus nephritis (LN) is a severe complication of systemic lupus erythematosus (SLE), characterised by kidney inflammation, tubular injury, and interstitial fibrosis. However, the spatial organisation of these heterogeneous cell populations and their regulatory mechanisms in LN remain poorly understood. The objective of this study was to investigate the regulatory mechanisms underlying region-specific kidney lesions and tubular damage in LN.
METHODS: We performed single-cell multiome and spatial transcriptomic analyses on kidney biopsy samples from patients with LN and controls, in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The tumor microenvironment of brain metastases has become a focus in the development of immunotherapeutic drugs. However, countl … mune cell infiltration has a negative prognostic role in lung cancer brain metastases. Our in-depth multiomics analyses further reveal recurring intratumoral immune heterogeneity and the segregation of myeloid and lymphoid cells into distinct compartments that may be influenced by distinct cytokine networks. By using computational modeling, we identify drugs …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a devastating, immensely complex neurodegenerative disease by lack of effective treatments. We developed a network medicine methodology via integrating human brain multi-omics data to prioritize drug targets and repurposable treatments for ALS. We leveraged non-coding ALS loci effects from genome-wide associated studies (GWAS) on human brain expression quantitative trait loci (QTL) (eQTL), protein QTL (pQTL), splicing QTL (sQTL), methylation QTL (meQTL), and histone acetylation QTL (haQTL). Using a network-based deep learning framework, we identified 105
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Duchenne muscular dystrophy (DMD) is a genetic disorder that causes muscle weakness and degeneration. In this study, we identified potential biomarkers and drug targets for DMD through a comprehensive meta-analysis of mRNA profiles. We conducted an in-depth analysis of three microarray datasets from the GEO database, utilizing the Affymetrix platform. A rigorous data pre-processing pipeline encompassed background correction, normalization, log2 transformation and probe-to-gene symbol mapping. Robust multi-array average method followed by Limma package in R was employed to ensure differential e
СтатьяМетаанализПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial dysfunction and immune cell infiltration play crucial yet incompletely understood roles in the pathogenesis of calcific aortic valve disease (CAVD). This study aimed to identify immune-related mitochondrial genes critical to the pathological process of CAVD using multiomics approaches. The CIBERSORT algorithm was employed to evaluate immune cell infiltration characteristics in CAVD patients. An integrative analysis combining weighted gene coexpression network analysis (WGCNA), machine learning, and summary data-based Mendelian randomization (SMR) was performed to identify key mit…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
How disruptions to normal cell differentiation link to tumorigenesis remains incompletely understood. Wilms tumor, an embryonal tumor associated with disrupted organogenesis, often harbors mutations in epigenetic regulators, but their role in kidney development remains unexplored. Here, we show at single-cell resolution that a Wilms tumor-associated mutation in the histone acetylation reader ENL disrupts kidney differentiation in mice by rewiring the gene regulatory landscape. Mutant ENL promotes nephron progenitor commitment while restricting their differentiation by dysregulating transcripti
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: An understanding of the phenotypes and endotypes of atopic dermatitis (AD) is essential for developing precision therapies. Recent studies have demonstrated evidence for the gut-skin axis in AD.
OBJECTIVE: We sought to determine the natural course and clinical characteristics of AD phenotypes and investigate their mechanisms on the basis of multiomics analyses.
METHODS: Latent class trajectory analysis was used to classify AD phenotypes in 2247 children who were followed until age 9 years from the COhort for Childhood Origin of Asthma and allergic diseases birth cohort study. Mul…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To elucidate the genetic basis of primary angle-closure glaucoma (PACG) by identifying pathogenic tissue and critical tissue-specific variants.
METHODS: The correlations among PACG susceptibility, axial length (AL), and anterior chamber depth (ACD) were evaluated using meta-analyses. Propensity score matching was utilized on 2161 participants from the Handan Eye Study to determine the risk factors independent of ACD and AL for PACG. Subsequently, we employed the assay for transposase-accessible chromatin with sequencing (ATAC-seq) and allele-specific self-transcribing active regulato
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spermatogonial stem cells (SSCs) are the basis of spermatogenesis, a complex process supported by a specialized microenvironment, called the SSC niche. Postnatal development of SSCs is characterized by distinct metabolic transitions from prepubertal to adult stages. An understanding of the niche factors that regulate these maturational events is critical for the clinical application of SSCs in fertility preservation. To investigate the niche maturation events that take place during SSC maturation, we combined different '-omics' technologies. Serial single cell RNA sequencing analysis revealed
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Human saphenous veins (SV) are widely used as grafts in coronary artery bypass (CABG) surgery but often fail due to neointima proliferation (NP). NP involves complex interplay between vascular smooth muscle cells (VSMC) and fibroblasts. Little is known, however, regarding the transcriptomic and proteomic dynamics of NP. Here, we performed multi-omics analysis in an ex vivo tissue culture model of NP in human SV procured for CABG surgery.
METHODS AND RESULTS: Histological examination demonstrated significant elastin degradation and NP (indicated by increased neointima area and ne
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Fewer than 50% of patients who develop aortic valve calcification have concomitant atherosclerosis, implying differential pathog … ns and 80 microRNAs differentially enriched by disease exclusively in artery or valve EVs (q<0.05); multiomics integration found tissue-specific EV cargoes associated with procalcific Notch and Wnt signaling in carotid arteries and aortic valves, respectively. Knockdown of tissue-specific EV-derived molecules FGFR2, PPP2CA, and ADAM17 in human carotid artery …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Venetoclax (VEN) inhibits the prosurvival protein BCL2 to induce apoptosis and is a standard therapy for chronic lymphocytic leukemia (CLL), delivering high complete remission rates and prolonged progression-free survival in relapsed CLL but with eventual loss of efficacy. A spectrum of subclonal genetic changes associated with VEN resistance has now been described. To fully understand clinical resistance to VEN, we combined single-cell short- and long-read RNA-sequencing to reveal the previously unappreciated scale of genetic and epigenetic changes underpinning acquired VEN resistance. These
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry imaging (MSI) is an emerging technology that is capable of mapping various biomolecules within their native spatial context, and performing spatial multiomics on formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues may further increase the molecular characterization of pathological states. Here we present a novel workflow which enables the sequential MSI of lipids, N-glycans, and tryptic peptides on a single FFPE tissue section and highlight the enhanced molecular characterization that is offered by combining the multiple spatial omics data sets. In murine brain and clear cell ren…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neonicotinoid insecticides (NNIs) are the most widely used class of pesticides globally. However, NNIs may cause adverse health effects, including chronic liver disease, and perturbation of the gut microbiota. Thiacloprid (THI) is one of the NNIs widely used in agriculture. Therefore, it is essential to elucidate effects of THI on the microbiota-gut-liver axis to assess the risk of chronic liver disease following exposure to NNIs. This study aimed at investigating whether THI exposure promoted liver injury by altering the gut microbiota and related metabolites. In this study, healthy male quai
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования