The mechanism of action of retinoic acid (RA) is of broad relevance to cell and developmental biology, nutrition, and cancer chemotherapy. RA is known to induce expression of the Burkitt's lymphoma receptor 1 (BLR1) gene which propels RA-induced cell cycle arrest and differentiation of HL-60 human myeloblastic leukemia cells, motivating the present analysis of transcriptional regulation of blr1 expression by RA. The RA-treated HL-60 cells used here expressed all RA receptor (RAR) and retinoid X receptor (RXR) subtypes (as detected by Northern analysis) except RXRgamma. Treatment with RAR- and
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription-factor involvement in drug-adaptive chromatin remodelling is often inferred from motif enrichment in differential ATAC-seq peaks, but such analyses can be distorted by sequence composition, peak length, baseline accessibility and redundant motif models. We reanalysed 105,048 consensus ATAC-seq peaks from an olaparib-adapted Kuramochi ovarian-cancer continuum using HOMER-calibrated AP-1/bZIP models with coordinate-level de-duplication. At T320, 27,154 peaks gained and 30,050 lost accessibility. AP-1 motif-occurrence density remained higher in gained chromatin under complementary a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gastric cancer remains a leading cause of cancer-related mortality worldwide, frequently diagnosed at advanced stages due to the limitations of current diagnostic approaches. While cell-free DNA (cfDNA)-based epigenetic profiling has emerged as a promising avenue for early cancer detection, comprehensive investigations into the epigenetic landscape of cfDNA in gastric cancer remain scarce. To address this gap, we aimed to develop and validate a multimodal epigenetic blood test for the non-invasive detection of gastric cancer.
METHODS: We developed GastroAlert, a multimodal epigene
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycerol dehydratase is the key and rate-limiting enzyme in the 1,3-propanediol synthesis pathway of Klebsiella pneumoniae, which determined the producing rate and yield of 1,3-propanediol. However, the expression regulation mechanism of glycerol dehydratase gene dhaB remains poorly unknown. In this study, a histone-like nucleoid-structuring (H-NS) protein was identified and characterized as the positive transcription regulator for dhaB expression in K. pneumoniae 2e, which exhibited high tolerance against crude glycerol in our previous study. Deletion of hns gene significantly decreased the t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Members of the Multiple antibiotic resistance Regulator (MarR) family of DNA binding proteins regulate transcription of a wide array of genes required for virulence and pathogenicity of bacteria. The present study reports the molecular characterization of HosA (Homologue of SlyA), a MarR protein, with respect to its target gene, DNA recognition motif, and nature of its ligand. Through a comparative genomics approach, we demonstrate that hosA is in synteny with nonoxidative hydroxyarylic acid decarboxylase (HAD) operon and is present exclusively within the mutS-rpoS polymorphic region in nine d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Factor H binding protein (fHBP) is a surface-exposed lipoprotein in Neisseria meningitidis, which is a component of several investigational vaccines against serogroup B meningococcus (MenB) currently in development. fHBP enables the bacterium to evade complement-mediated killing by binding factor H, a key downregulator of the complement alternative pathway, and, in addition, fHBP is important for meningococcal survival in the presence of the antimicrobial peptide LL-37. In this study, we investigate the molecular mechanisms involved in transcription and regulation of the fHBP-encoding gene, fh
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NHS-biotin modification as a specific lysine probe coupled to mass spectrometry detection is increasingly used over the past years for assessing amino acid accessibility of proteins or complexes as an alternative when well-established methods are challenged. We present a strategy based on usage in parallel of three commercially available reagents (Sulfo-NHS-biotin, Sulfo-NHS-LC-biotin, and Sulfo-NHS-LC-LC-biotin) to efficiently assess the solvent accessibility of amino acids using MALDI-TOF mass spectrometry. The same qualitative pattern of reactivity was observed for these three reagents on t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There are three known thyroid hormone receptor (TR) isoforms that arise from two distinct alpha and beta gene loci. TRalpha1 and TRbeta1 mRNAs are found in many tissues, whereas mRNA for the N-terminal TRbeta2 variant derived from the beta locus is readily detectable only in the pituitary gland and derived cell sources such as GH3 somatotropes and TtT-97 thyrotropes. We previously isolated the genomic region governing expression of the TRbeta2 isoform in thyrotropes and showed that transcription arose from multiple origins within a 400-base pair (bp) region. We now report that the region exten
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several lines of evidence have shown glycosaminoglycans (GAGs) to be physiological ligands of the prion protein (PrP), but the molecular and regulatory aspects of the interaction remain unknown. Using full-length recombinant prion protein and low molecular mass heparin and heparan sulfate as glycosaminoglycans, we have found that the interaction occurs with the formation of oligomeric complexes. Within the protein-glycosaminoglycan complexes, PrP exhibited an enhanced fluorescence emission and a reduced solvent exposure. The pH and ionic strength-dependence of the interaction reveals His resid
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Rotator cuff tears are a common source of shoulder pain and disability. Even after surgical repair, some patients continue to have reduced function and progression of fatty degeneration. Because patients with chronic cuff tears often experience muscle shortening, it is possible that repairing the tendon to its anatomic footprint induces a stretch-induced muscle injury that could contribute to failures of the repair and perhaps ongoing pain.
QUESTIONS/PURPOSES: We hypothesized that, compared with acutely torn and repaired muscles, the stretch that is required to repair a chronicall
Сравнительное исследованиеСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As a fundamental aspect of normal cell signaling and disease states, there is great interest in determining alternative splicing (AS) changes in physiologic, pathologic, and pharmacologic settings. High throughput RNA sequencing and specialized software to detect AS has greatly enhanced our ability to determine transcriptome-wide splicing changes. Despite the richness of this data, deriving meaning from sometimes thousands of AS events is a substantial bottleneck for most investigators. We present SpliceTools, a suite of data processing modules that arms investigators with the ability to quick
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is a strong rationale to consider future cell therapeutic approaches for cystic fibrosis (CF) in which autologous proximal airway basal stem cells, corrected for CFTR mutations, are transplanted into the patient's lungs. We assessed the possibility of editing the CFTR locus in these cells using zinc-finger nucleases and have pursued two approaches. The first, mutation-specific correction, is a footprint-free method replacing the CFTR mutation with corrected sequences. We have applied this approach for correction of ΔF508, demonstrating restoration of mature CFTR protein and function in a
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Limited information is available on abiotic stress-mediated alterations of chromatin conformation influencing gene expression in plants. In order to characterize the effect of abiotic stresses on changes in chromatin conformation, we employed FAIRE-seq (formaldehyde-assisted isolation of regulatory element sequencing) and DNase-seq to isolate accessible regions of chromatin from Arabidopsis thaliana seedlings exposed to either heat, cold, salt, or drought stress. Approximately 25% of regions in the Arabidopsis genome were captured as open chromatin, the majority of which included promoters and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: Glucose transporter type 1 deficiency syndrome (OMIM 606777) is a treatable epileptic encephalopathy resulting from impaired glucose transport into the brain. In recent years, the increasing number of patients has generated substantial insights into the manifestations and mechanisms of this disease. Current understanding of this novel disorder is reviewed, and recent advances in diagnosis and treatment are highlighted.
RECENT FINDINGS: The syndrome is now understood to be a complex neurological disorder. The clinical spectrum has recently been extended by infants with 'beni
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The quantification of genomic conservation has progressed from foundational statistical modeling of evolutionary rates to state-of-the-art phylogeny-aware deep learning architectures. Yet, a fundamental resolution gap remains whenever evolutionary rates closely approach the "zero-rate origin," where standard selection inference tools will essentially ignore signals of extreme purifying section at invariant genome sites. We present B-STILL (Bayesian Significance Test of Invariant Low Likelihoods), a hierarchical Bayesian framework designed to resolve the selective landscape of protein-coding da
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coronavirus disease 2019 (COVID-19)-driven global pandemic triggered innumerable health complications, imposing great challenges in managing other respiratory diseases like asthma. Furthermore, increases in the underlying inflammation involved in the fatality of COVID-19 have been linked with lack of vitamin D. In this research work, we intend to investigate the possible genetic linkage of asthma and vitamin D deficiency with the severity and fatality of COVID-19 using a network-based approach. We identified and analysed 41 and 14 differentially expressed genes (DEGs) of COVID-19 being common
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We investigated the cis-acting elements and trans-acting proteins responsible for a higher basal rate of transcription of hCG/LH receptor gene in human choriocarcinoma JEG-3 cells compared with normal term pregnancy placenta. Sequential deletion of the 5'-flanking region of the gene revealed that there are three negative control regions (NCRs) designated NCR1 (-1457 to -1373 bp), NCR2 (-1051 to -835 bp), and NCR3 (-480 to -184 bp), and a promoter (-184 to -1 bp). NCR3 was more inhibitory than the other two; nearly 60-70% of the inhibitory activity resides in a sequence between -480 to -276 bp,
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Atopic Dermatitis (AD) is a chronic inflammatory skin disease characterized by complex pathogenesis, variable clinical phenotypes, and broad severity spectrum. We utilized a serum-proteomic approach integrated with machine learning (ML) to identify novel biomarkers that distinguish mild from severe AD.
METHODS: Serum from sixty-seven AD adults, stratified by Eczema Area and Severity Index/EASI and Rajka-Langeland/RJL into mild (≤ 7 and ≤ 4, respectively; n = 33) or severe (≥ 20 and ≥ 8, respectively; n = 34), was analyzed with Olink Explore 3072. Differentially expressed protein
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Steroid hormones activate gene expression by interaction of their receptors with hormone-responsive DNA elements and tissue-specific or ubiquitous factors. To monitor the molecular changes on the promoter of the rabbit uteroglobin gene during early pseudopregnancy in vivo, we have applied the genomic footprinting methodology to endometrial tissue. Estrogen induction results in the simultaneous occupancy of an estrogen-responsive element and an adjacent GC/GT box in the promoter. DNA binding assays demonstrate that the corresponding regulatory factors are the ligand-induced estrogen receptor an
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selective inhibition of protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B), a well-established target in metabolic and oncological signaling pathways, is limited by its 74% active-site identity with the closely related phosphatase TCPTP. Repurposing the clinical-stage Bcl-xL BH3 mimetic A-1331852, we identify it as a potent PTP1B inhibitor demonstrating a selectivity margin of at least 50-fold over TCPTP (IC₅₀ = 4.0 μM vs >200 μM). Kinetic analysis reveals uncompetitive inhibition consistent with recognition of a substrate-induced binding site. Docking and 500 ns molecular dynamics simulations (MD) of fu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования