Fosfomycin is regaining clinical relevance for multidrug-resistant staphylococcal infections, yet the diversity, evolutionary origin and nomenclature of staphylococcal fosfomycin resistance genes remain inconsistently defined. We surveyed 17,024 publicly available genomes representing 14 clinically common Staphylococcus species to curate a catalogue of fosfomycin-modifying fos homologues. By integrating amino-acid identity, phylogenetic topology, genomic context and population-level distribution, we established a reproducible classification framework that resolved species- or lineage-associate
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic events and their timing that grant a primary tumour the competence to disseminate remain poorly defined. We performed sequencing of 247 stage I/II primary cutaneous melanomas (CMs) and 60 matched metastases without intervening therapy from a prospectively followed registry cohort with a median followup of 92 months, integrating copy-number, mutational, protein and spatial-transcriptomic analyses. Relapse was not distinguished by oncogenic point mutations, which were largely shared between primaries and metastases, but by somatic copy-number alterations (SCNAs) and global chromosomal in
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Skin adnexal carcinomas (SACs) are rare and heterogeneous tumors with no established systemic treatment options and poor long-term survival rates in the advanced disease setting. Here, we aimed to characterize the genomic landscape and clinically actionable alterations across SAC subtypes.
METHODS: We analyzed next-generation sequencing data from SACs in the American Association for Cancer Research Project GENIE. Mutations, copy number alterations, and structural variants were annotated using OncoKB. Actionable alterations were defined as Level 1-2 alterations or tumor mutational bur
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pleomorphic archaeal viruses are widespread and abundant in hypersaline environments and beyond. Still, a relatively low number of isolates are available for this viral group. Here, we present the complete genome sequence of Halorubrum pleomorphic viruses 8 (HRPV-8), which was previously isolated from the Samut Sakhon solar saltern, Thailand, on a Halorubrum species. The HRPV-8 genome was assembled into a circular 10,824-bp-long contig with a GC content of 63.2%. The genome annotation resulted in 12 open reading frames, including a VP4-like spike protein-encoding gene, which is a hallmark of p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mitochondrial genome is a dynamic regulatory platform that extends far beyond its protein-coding capacity. Mitochondrial DNA (mtDNA) harbors epigenetic modifications and produces diverse noncoding RNAs that influence mitochondrial function and cellular homeostasis. Evidence from animal models and human studies indicates that mtDNA methylation, mitochondrial-encoded noncoding RNAs, and cytosolic release of mitochondrial nucleic acids regulate transcription, metabolism, and stress signaling. Furthermore, these mechanisms are altered in aging, neurodegenerative disease, and acute brain injury
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Malformations of cortical development and low-grade epilepsy-associated tumors often cause drug-resistant lesional focal epilepsy (LFE) amenable to surgical treatment. Genetic testing of resected brain tissue can provide diagnostic and mechanistic information and may eventually support personalized treatment approaches. However, systematic >300× whole genome sequencing (GS) of bulk epileptogenic lesions, particularly after nondiagnostic deep exome sequencing and array-based genotyping, has not been evaluated.
METHODS: Here, we performed deep GS (>300× coverage) on 33 epileptogenic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Noncoding disease and trait-associated genetic variation is frequently interpreted in the context of genomic regulatory elements such as DNase I hypersensitive sites (DHSs). But while most DHSs lie within a few kilobases of another DHS, regulatory elements are typically analyzed individually without accounting for their neighbors. We characterize multiple heterotypic DHS combinations from different critical mESC regulator loci, all delivered in a constant chromosomal context replacing the Sox2 Locus Control Region (LCR). We employ an optimized high-throughput multiplexed delivery pipeline enab
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic prediction has become an important approach for accelerating crop breeding by using genome-wide marker information to predict complex traits. However, the performance of genomic prediction models is influenced not only by model selection but also by hyperparameter optimization strategies, which have received limited attention in crop genomic prediction studies. Based on four crop datasets, including maize, rice, wheat, and foxtail millet, we evaluated the prediction performance and computational efficiency of six representative genomic prediction models under four hyperparameter optimi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Desulfobacillus are frequently observed as abundant flanking denitrifying microorganisms in anammox bioreactors and wastewater treatment systems. Previous studies suggested that Desulfobacillus lacked canonical nitric oxide reductase, restricting them to incomplete denitrification. As a result, they were thought to provide NO to anammox bacteria and act as an N2O sink. In this study, 48 Desulfobacillus genomes from GTDB were analyzed, including 21 from anammox-related bioreactors. Multiple potential nitric oxide reductases (eNOR, nNOR, and sNOR) were identified, and all 21 anammox-associated g
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To date, the genomes of several mycoplasmas have been cloned in Saccharomyces cerevisiae cells, including Mycoplasma genitalium, M. pneumoniae, and M. mycoides. In this work, the 1-Mb genome of Mycoplasma gallisepticum S6 was cloned in S. cerevisiae. A transposon vector was constructed to deliver a synthetic S. cerevisiae replicon and a selective marker into M. gallisepticum genome. Transplantation of the M. gallisepticum genome with the integrated yeast replicon to yeast cells was performed using two approaches, polyethylene glycol (PEG)-induced transformation of yeast spheroplasts with intac
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиОригинал на русском
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Hypertension is highly prevalent in Asian populations and represents a major cardiovascular risk factor. However, most genome-wide association studies (GWASs) and transcriptome-wide association studies (TWASs) have focused primarily on Caucasian cohorts. This study aimed to identify genetic loci and gene expression signatures associated with hypertension in an Asian population.
METHODS: We analyzed 10 739 hypertensive patients and 49 668 controls from the Taiwan Biobank, testing 4 512 191 genome-wide single nucleotide polymorphisms (SNPs). Integrated GWAS, TWAS, and expression qua
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/OBJECTIVES: SETD2 is a dual-function methyltransferase important for methylation of histone H3 at lysine 36 and α-tubulin in spindle microtubules. Genetic inactivation of SETD2 during oncogenesis drives loss of H3K36me3, genomic instability, and cancer progression. This study asked if disruption of genomic stability was a canonical feature of SETD2 inactivation via different pathways.
METHODS: We evaluated the impact of EPZ-719, a pharmacologic SETD2 inhibitor, and an H3.3K36M mutant histone ("oncohistone") that binds and sequesters SETD2, on methylation activity and genomic stabil
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacteriophage (phage) genome annotation is essential for understanding their functional potential and suitability for use as therapeutic agents. Here, we introduce Phold, an annotation framework utilizing protein structural information that combines the ProstT5 protein language model and structural alignment tool Foldseek. Phold assigns annotations using a database of over 1.36 million predicted phage protein structures with high-quality functional labels. Benchmarking reveals that Phold outperforms existing sequence-based homology approaches in functional annotation sensitivity whilst maintai
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRISPR-Cas systems have transformed viral genetics by enabling precise and efficient manipulation of large DNA virus genomes. This review pr … lines. Together, these approaches establish CRISPR as a flexible, scalable platform for functional genomics, antiviral target discovery, and translational virology, enabling direct editing of clinical isolates previously inaccessible with bacterial artificial chromosome-based methods.
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Z-DNA is a non-canonical, left-handed nucleic acid conformation implicated in gene regulation and genome instability. Long-read sequencing and telomere-to-telomere genome assemblies now enable analysis of repetitive regions that were absent or incompletely represented in earlier human references. Leveraging T2T-CHM13 and 464 haplotype-resolved Human Pangenome Reference Consortium assemblies, we mapped predicted Z-DNA-forming sequences and characterized their genomic and mutational landscape. Z-DNA density was broadly similar across human haplotypes and superpopulations but differed substantial
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chronic social defeat stress (CSDS) is a validated animal model for depression that produces sustained behavioral and transcriptional changes in the brain, notably the nucleus accumbens (nAcc).
RESEARCH DESIGN AND METHODS: We used genome-wide analysis of cytosine methylation patterns in mouse nAcc following CSDS to identify candidate epigenetic mechanisms.
RESULTS: CSDS produced extensive differential methylation, increasing CG hypermethylation compared to control conditions; non-CG methylation showed the opposite trend. Highly differentially methylated (DM) regions included seve
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Klebsiella aerogenes is an opportunistic pathogen and a growing cause of healthcare-associated infections, characterized by multidrug resistance and the emergence of global high-risk clones. However, regional genomic surveillance data remain limited. Here, we sought to characterize the population structure, transmission dynamics and resistance mechanisms of clinical K. aerogenes in Albuquerque, New Mexico. We sequenced 177 clinical isolates collected between 2021 and 2023. We also developed a novel, species-specific PopPUNK database to facilitate rapid, high-resolution typing. The New Mexico K
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here we describe the feasibility and first implementation of a mandatory, citywide premarital genomic screening program comprising the sequencing of 782 genes, implicated in autosomal recessive disorders, in prospective couples enrolled through 18 primary healthcare centers throughout Dubai city. Since program inception, 1,000 couples have undergone testing, and 79 (8%, 95% confidence interval: 6.4-9.7) were identified as carriers of disease-causing variants in the same gene and, therefore, at risk of having affected children. This rate was significantly higher than that reported in the Austra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer-causing mutations have been identified primarily from positive selection signals in cancer genomes. However, positive selection is also a ubiquitous feature of normal tissue aging. Here we develop a statistical framework to disentangle selection in normal tissue and causation of carcinogenesis. By comparing cancer and normal tissue genomes, we estimate the effects of mutations on cancer risk in the blood, esophagus and colon. We determine that stronger cancer-causing mutations are enriched at younger patient ages. This enables cancer-causing mutations to be identified from patient age d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biotechnology and biopharma rely on detailed genome annotations for cell-line engineering, yet most production hosts are nonmodel organisms with limited resources linking sequence to physiology across space and time. A complete four-dimensional genome annotation for Chinese hamster ovary (CHO) cells that links sequence, networks, spatial constraints, process state, and passaging history does not yet exist; current efforts instead provide partial layers that must be connected into an actionable framework. In this opinion article, we illustrate this framework for CHO cells, the dominant platform
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования