BACKGROUND: Recurrent pregnancy loss (RPL) is defined as the spontaneous loss of two or more pregnancies on or before 24 weeks of gestation. It has multifactorial aetiology, including genetic abnormalities, immune dysfunction, hormonal imbalances, and environmental factors. The Gene Expression Omnibus (GEO) database and its analytical tool GEO2R enable differential gene expression analysis to identify potential biomarkers in RPL.
OBJECTIVE: This study aims to identify differentially expressed genes (DEGs) and pathways contributing to RPL pathogenesis using transcriptome data mining and in sil
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pediatric non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a chronic steatosis of the liver associated with energy metabolism in children and adolescents, failure to intervene promptly can elevate the risk of developing hepatocellular carcinoma. Therefore, this study aimed to understand the underlying mechanism of pediatric NAFLD and investigate potential biomarkers and therapeutic targets.
METHODS: We investigated genes using the GSE185051 data set related to energy metabolism from the GeneCards database, constructed protein-protein interaction network, identified hub genes and estab
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PDA is an aggressive cancer with a 5-year survival rate, which is very low. There is no effective prognosis or therapy for PDA because of the lack of target biomarkers. The objective of this article is to identify the target biomarkers for PDA using a bioinformatics approach. In this work, we have analysed the three microarray datasets from the NCBI GEO database. We used the Geo2R tool to analyse the microarray data with the Benjamini and Hochberg false discovery rate method, and the significance level cut-off was set to 0.05. We have identified 659 DEGs from the datasets. There are a total of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Asthenozoospermia (AZS) is one of the most common types of male infertility. Current evidence revealed that type 2 diabetes mellitus (T2DM) is closely associated with declining semen quality, especially for poor sperm motility. This study aimed to uncover the genetic interrelationships and important biomarkers between AZS and T2DM. Transcriptome data regarding AZS and T2DM were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. We performed GO and pathway analysis, and protein-protein interaction (PPI) network construction for T2DM-related differentially expressed genes (DMRGs). Moreo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Helicobacter pylori (H. pylori) may be present in the intestinal mucosa of patients with inflammatory bowel disease (IBD), which is a chronic inflammation of the gastrointestinal tract. The role of H. pylori in the pathogenesis of IBD remains unclear. In this study, bioinformatics techniques were used to investigate the correlation and co-pathogenic pathways between H. pylori and IBD.
METHODS: The following matrix data were downloaded from the GEO database: H. pylori-associated gastritis, GSE233973 and GSE27411; and IBD, GSE3365 and GSE179285. Differential gene analysis was perfor
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Weibing Formula 1, a classic traditional formula, has been widely used clinically to treat gastritis in recent years. However, the potential pharmacological mechanism of Weibing Formula 1 is still unclear to date. A network pharmacology-based strategy was performed to uncover the underlying mechanisms of Weibing Formula 1 against gastritis. Furthermore, we structured the drug-active ingredients-genes-disease network and PPI network of shared targets, and function enrichment analysis of these targets was carried out. Ultimately, Gene Expression Omnibus (GEO) datasets and real-time quantitative
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Calcific aortic valve disease (CAVD) is the most common subclass of valve heart disease in the elderly population and a primary cause of aortic valve stenosis. However, the underlying mechanisms remain unclear.
METHODS: The gene expression profiles of GSE83453, GSE51472, and GSE12644 were analyzed by 'limma' and 'weighted gene co-expression network analysis (WGCNA)' package in R to identify differentially expressed genes (DEGs) and key modules associated with CAVD, respectively. Then, enrichment analysis was performed based on Gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thyroglobulin (TG) is a large glycosylated protein of 2767 amino acids, secreted by the thyrocytes into the follicular lumen. It plays an essential role in the process of thyroid hormone synthesis. TG gene variants lead to permanent congenital hypothyroidism. In the present work, we report a detailed population and bioinformatic prediction analyses of the TG variants indexed in the Genome Aggregation Database (gnomAD). The results showed a clear predominance of nonsense variants in the European (Finnish), European (Non-Finnish) and Ashkenazi Jewish ethnic groups, whereas the splice site varian
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ankylosing spondylitis (AS) is an autoimmune disease that mainly affects the spinal joints, sacroiliac joints, and adjacent soft tissues. We conducted bioinformatics analysis to explore the molecular mechanism related to AS pathogenesis and uncover novel potential molecular targets for the treatment of AS. The profiles of GSE25101, containing gene expression data extracted from the blood of 16 AS patients and 16 matched controls, were acquired from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. The background correction and standardization were carried out utilizing the transcript per million (TP
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The objective of this paper was to investigate hub genes of postmenopausal osteoporosis (PO) utilizing benchmarked dataset and gene regulatory network (GRN).
MATERIALS AND METHODS: To achieve this goal, the first step was to benchmark the dataset downloaded from the ArrayExpress database by adding local noise and global noise. Second, differentially expressed genes (DEGs) between PO and normal controls were identified using the Linear Models for Microarray Data package based on benchmarked dataset. Third, five kinds of GRN inference methods, which comprised Zscore, GeneNet, context
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson' disease (PD) is characterized by motor symptoms including bradykinesia, resting tremor, postural instability, and rigidity and non-motor symptoms such as cognitive impairment, sleep disorder, and depression. Neuroinflammation has been recently implicated in pathophysiology of both motor and non-motor symptoms of PD. One of the most notable inflammatory proteins is C-reactive protein (CRP), which is elevated in the conditions of systemic inflammation. Using BioFIND database, we scrutinized the possible association between cerebrospinal fluid (CSF) levels of CRP and severity of PD mot
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
STUDY OBJECTIVE: Mucinous cystadenomas (MCAs) are benign epithelial ovarian tumors that occur rarely in children and adolescents. Because children and adolescents typically have their childbearing years ahead of them, conservative therapy is indicated. However, there is concern that ovarian cystectomy might be associated with significant recurrence risk in patients with MCA. Furthermore, guanine nucleotide binding protein, alpha stimulating (GNAS) gene mutations are associated with McCune-Albright syndrome, which is associated with cystic ovaries. We sought to evaluate the outcomes of children
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbonic anhydrase isoform XII (CA XII) is a potential target for cancer treatment. In this study, pharmacophore modeling, hierarchical virtual screening, and toxicity risk analysis were performed for identifying novel CA XII inhibitors. A pharmacophore model of two classes of CA XII inhibitors was generated. The pharmacophore model indicated the important features of inhibitors for the binding with the CA XII. The model was then utilized to screen the ZINC and CoCoCo databases for retrieving potential hit compounds of CA XII. For accurate conclusions about the selectivity of inhibitors, the r
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogenesis of celiac disease (CD) has been related to polymorphisms in the regulator of G-protein signaling 1 (RGS1) and interleukin-12 A (IL12A) genes, but the existing findings are inconsistent. Our aim is to investigate the associations of two single-nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs2816316 in RGS1 and rs17810546 in IL12A) with CD risk using meta-analysis. We searched PubMed and Web of Science on RGS1 rs2816316 and IL12A rs17810546 with CD risk. Odds ratio (OR) and 95% confidence interval (CI) of each SNP were estimated. All statistical analyses were performed on Stata 12.0. A total
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Helicobacter pylori is one of the most common pathogenic bacteria that causes chronic gastritis, peptic ulcers, and gastric cancer. It is very difficult to treat H. pylori bacterial infections, in part due to its polymorphisms. The objective of this study was to identify critical contributors to the pathogenicity of H. pylori bacteria through bibliometric screening of pathogenic genes.
METHODS: The pathogenic genes of H. pylori strain 26695 were collected from major publication databases using the bibliometric approach. Information about the pathways, operons, and functions of the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Muscle invasive bladder carcinoma is a complex, multifactorial disease caused by disruptions and alterations of several molecular pathways that result in heterogeneous phenotypes and variable disease outcome. Combining this disparate knowledge may offer insights for deciphering relevant molecular processes regarding targeted therapeutic approaches guided by molecular signatures allowing improved phenotype profiling. The aim of the study is to characterize muscle invasive bladder carcinoma on a molecular level by incorporating scientific literature screening and signatures from omics profiling.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Listeria monocytogenes is a food-borne pathogen of humans and other animals. The striking ability to survive several stresses usually used for food preservation makes L. monocytogenes one of the biggest concerns to the food industry, while the high mortality of listeriosis in specific groups of humans makes it a great concern for public health. Previous studies have shown that a regulatory network involving alternative sigma (σ) factors and transcription factors is pivotal to stress survival. However, few studies have evaluated at the metabolic networks controlled by these regulatory mechanism
DatasetСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melioidosis is an emerging, potentially fatal disease caused by Burkholderia pseudomallei, which requires prolonged antibiotic treatment to prevent disease relapse. However, difficulties in laboratory diagnosis of melioidosis may delay treatment and affect disease outcomes. Isolation of B. pseudomallei from clinical specimens has been improved with the use of selective media. However, even with positive cultures, identification of B. pseudomallei can be difficult in clinical microbiology laboratories, especially in non-endemic areas where clinical suspicion is low. Commercial identification sy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Seed priming has been successfully demonstrated to be an efficient method to improve crop productivity under stressful conditions. As a first step toward better understanding of the mechanisms underlying the priming-induced salt stress tolerance in durum wheat, and to overcome the limitations of the gel-based approach, a comparative gel-free proteomic analysis was conducted with durum wheat seed samples of varying vigor as generated by hydro- and ascorbate-priming treatments. Results indicate that hydro-priming was accompanied by significant changes of 72 proteins, most of which ar
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The potential tertiary structure of Ancylostoma ceylanicum cysteine proteinase was obtained by Automatic Program 3D-JIGSAW and used for finding homologues of known structure by VAST program. The results of computational analysis showed the presence of domains recognizing host immunoglobulins. Based on this analysis we suggest that this protein is involved in cleaving of host antibodies and therefore it may be promising vaccine candidate. In this paper we present the computational analysis of parasitic antigen which is very helpful in evaluation of the potential role of this protein.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования