INTRODUCTION: The frequency of infections associated with multidrug resistant A. baumannii has risen substantially in India. The use of next-generation sequencing (NGS) techniques combined with comparative genomics has great potential for tracking, monitoring, and ultimately controlling the spread of this troublesome pathogen. Here, we investigated the whole genome sequences of 47 A. baumannii from India.
METHODS: In brief, A. baumannii genomes were analyzed for the presence of antibiotic resistance genes (ARGs), virulence factors genes (VFGs), and mobile genetic elements (MGEs) using various
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vibrio anguillarum is a major marine fish pathogen causing high mortality and potential zoonotic risks. Understanding its genomic diversity, … ry genome had 5,197 cloud genes, confirming an open pangenome. This study identified 118 pathogenic genomic islands, antibiotic resistance genes (tetracycline, quinolone, and carbapenem), and virulence factors, including type VI secretion system (T6SS) components and RTX toxins (hcp-2, vipB/mglB, rtxC). Core genes such as ftsI uncovered substantial evolutionary d …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viridans streptococci were obtained from primates (great apes, rhesus monkeys, and ring-tailed lemurs) held in captivity, as well as from fr … d by the response regulator CiaR might contribute to the genomic diversity, since we observed novel genomic islands between duplicated csRNAs, variably present in some isolates. All S. oralis genomes contained a β-N-acetyl-hexosaminidase gene absent in S. pneumoniae, which in contrast frequently harbors the neuraminidases NanB/C, which are absent in S. oralis. Th …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) O157:H7 (O157) is a major foodborne pathogen that causes severe illness in humans worldwide. The genome of O157 contains 177 genomic islands known as O islands (OIs), including Shiga toxin-converting phages (OI-45 and OI-93) and the locus for enterocyte effacement (LEE) pathogenicity island (OI-148). However, most genes in OIs are uncharacterized and code for unknown functions. In this study, we demonstrated, for the first time, that OI-9 encodes a novel transcriptional activator, Z0346 (named OvrB), which is required for bacterial adherence to host ce…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Anopheles melas is a member of the recently diverged An. gambiae species complex, a model for speciation studies, and is a locally important malaria vector along the West-African coast where it breeds in brackish water. A recent population genetic study of An. melas revealed species-level genetic differentiation between three population clusters. An. melas West extends from The Gambia to the village of Tiko, Cameroon. The other mainland cluster, An. melas South, extends from the southern Cameroonian village of Ipono to Angola. Bioko Island, Equatorial Guinea An. melas populations are genetical
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhimurium, is a leading cause of gastroenteritis food-borne illness that leads to hospitalizations worldwide. These infections are further complicated because of the rapid development of antibiotic resistance and the spread of infections by the resistant strains. Thus, the overall aim of this study is to identify a multidrug-resistant strain of Salmonella Typhimurium, whole genome sequencing, and computational analysis of genome sequence. This study presents a comprehensive analysis of Salmonella Typhimurium ms203, isolated from a gastroenterit
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Swordfish (Xiphias gladius) is managed in the Atlantic Ocean and Mediterranean Sea as three major stocks, although their correspondence with underlying genomic population structure remains uncertain. Here, we combined a newly assembled reference genome with ddRAD sequencing of 575 swordfish from 14 Atlantic and Mediterranean areas to characterize genomic population structure and genetic differentiation relative to the current ICCAT management framework, evaluate individual stock assignment and ancestry across management boundaries, and compare genetic-diversity patterns among stocks and sampli
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Acinetobacter baumannii is a significant hospital-acquired pathogen recognized for its antibiotic resistance and environmental durability. The present study investigates the genomic and metabolic characteristics of Turkish A. baumannii isolates (ST195 and novel sequence type) using whole-genome sequencing, comparative pathogenomics, and phenotypic assays. Genomic analyses demonstrated significant horizontal gene transfer, phage integration (Salmon_SSU5, Acinet_Bphi_B1251), and genomic islands enriched with resistance and virulence genes. ST195 (T3) exhibited meropenem susceptibilit…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The prevalence of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii is of serious concern in hospital settings. Here we report the gen … enicillin-binding protein (pbpG) and biofilm synthesis N-glycosyltransferase (pgaA-D) as well as 16 genomic islands and multiple insertion sequences were also identified in the genome of A. baumannii A42.
CONCLUSION: This is the first report of the genome sequence of an A. baumannii ST1928 clinical isolate carrying a novel class C β-lactamase gene from China. Th …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To improve the genomic evaluation of milk-related traits in Holstein-Friesian (HF) cattle it is essential to identify the associated candidate genes. Novel SNP-based analyses, such as the genetic mapping of inherited diseases, GWAS, and genomic selection, have led to a new era of research. The aim of this study was to analyze the association of each individual SNP in Serbian HF cattle with milk production traits and inbreeding levels. The SNP 60 K chip Axiom Bovine BovMDv3 was deployed for the genotyping of 334 HF cows. The obtained genomic results, together with the collected phenotypic data,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The first week of September 2013, the National Epidemiological Surveillance System identified two cases of cholera in Mexico City. The cultures of both samples were confirmed as Vibrio cholerae serogroup O1, serotype Ogawa, biotype El Tor. Initial analyses by PFGE and by PCR-amplification of the virulence genes, suggested that both strains were similar, but different from those previously reported in Mexico. The following week, four more cases were identified in a community in the state of Hidalgo, located 121 km northeast of Mexico City. Thereafter a cholera outbreak started in the region of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In August 2016, South Korea experienced a cholera outbreak that caused acute watery diarrhea in three patients. This outbreak was the first … ponsible for the Korean and Philippines outbreaks have almost identical genomes in which two unique genomic islands are shared, and they both lack SXT elements. Furthermore, we confirm that seawater is the likely source of this outbreak, which suggests the necessity for future routine surveillance of South Korea's seashore.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recurrent non-random chromosomal translocations are hallmark characteristics of leukemogenesis, and however, molecular mechanisms underlying these rearrangements are less explored. The fundamental question is, why and how chromosomes break and reunite so precisely in the genome. Meticulous understanding of mechanism leading to chromosomal rearrangement can be achieved by characterizing breakpoints. To address this hypothesis, a novel multi-parametric computational approach for characterization of major leukemic translocations within and around breakpoint region was performed. To best of our kn
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Escherichia coli represents a versatile and diverse enterobacterial species which can be subdivided into (i) nonpathogenic, commensal, (ii) intestinal pathogenic and (iii) extraintestinal pathogenic strains. This classification is mainly based on the presence or absence of DNA regions which are frequently associated with certain pathotypes. In most cases, this genetic information has been horizontally acquired and belongs to the flexible E. coli genome, such as plasmids, bacteriophages and genomic islands. These genomic regions contribute to the rapid evolution of E. coli variants as they are …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prophages play a significant role in bacterial evolution by shaping genomic diversity, virulence, and host adaptation. This study investigated the prophage composition of 109 clinical Staphylococcus aureus isolates obtained from four tertiary care hospitals in Mexico City and compared these results with data from 993 global genomes. Prophages were present in 97% of local isolates. Consistently, analysis of the global genome collection revealed a 99% prevalence, supporting the near ubiquity of prophages in S. aureus. Analysis identified 216 genomic regions corresponding to the predicted prophag
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chancroid is a sexually transmitted infection (STI) caused by the Gram-negative bacterium Haemophilus ducreyi The control of chancroid is difficult and the only current available treatment is antibiotic therapy; however, antibiotic resistance has been reported in endemic areas. Owing to recent outbreaks of STIs worldwide, it is important to keep searching for new treatment strategies and preventive measures. Here, we applied reverse vaccinology and subtractive genomic approaches for the in silico prediction of potential vaccine and drug targets against 28 strains of H. ducreyi We identified 84
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella enterica serovar Paratyphi C causes enteric (paratyphoid) fever in humans. Its presentation can range from asymptomatic infection … ecent common ancestor (tMRCA) and are possibly associated with the differential acquisitions of two genomic islands, SPI-6 and SPI-7. The tMRCAs of these bacterial clades coincide with the timing of pig domestication in Europe [6].
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SaPIs are 15- to 17-kb mobile pathogenicity islands in staphylococci. They usually carry two or more superantigens and are responsible for most superantigen-related human diseases, especially staphylococcal toxic shock syndrome. SaPIs are extremely common in Staphylococcus aureus, with all but one of the sequenced genomes containing one or more. The SaPIs have a highly conserved overall genome organization, parallel to that of typical temperate phages. Each occupies a specific chromosomal site from which it is induced to excise and replicate by one or more specific staphylococcal phages. F
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present here the first complete genome sequence of Helicobacter pylori strain GD63, isolated from a 72-year-old male Vietnamese patient with a chronic gastric ulcer. The genome consists of a 1.6-Mbp chromosome and an 8.9-kbp plasmid. The strain is cag pathogenicity island (cagPAI) and VacA positive and belongs to the hpEAsia lineage.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence of enteric pathogens in produce can serve as a significant means of transmitting infections to consumers. Notably, tomatoes, as a type of produce, have been implicated in outbreaks caused by various human pathogens, such as Salmonella enterica and pathogenic Escherichia coli. However, the survival characteristics of Shigella spp. in tomatoes have not been thoroughly investigated. In this study, we assess the survival of S. flexneri 2a in two distinct varieties of post-harvested tomatoes. S. flexneri 2a was used to inoculate both regular-sized Vine tomatoes and cherry-type Mini Plu
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования