While formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples are invaluable for human non-Hodgkin B-cell lymphoma translational research, effective methods for spatial profiling of chromatin accessibility and histone modifications in these tissues remain limited. Here, we introduce epi-Patho-DBiT, a platform that combines reverse crosslinking of FFPE tissues with spatially resolved assays for transposase-accessible chromatin using sequencing (spatial-FFPE-ATAC) or cleavage under targets and tagmentation (spatial-FFPE-CUT&Tag). Using spatial-FFPE-ATAC, we map epigenetic landscapes in mucosa-associated
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
WHAT IS ALREADY KNOWN ABOUT THIS TOPIC?: Foodborne botulism is prevalent in northwestern China, linked to traditional homemade foods. Recently, some cases have been linked to commercial vacuum-packaged ready-to-eat meat products. Soil is a potential contamination source, yet genomic information on environmental isolates from high-incidence regions remains scarce.
WHAT IS ADDED BY THIS REPORT?: This study presents the first genomic characterization of 23 C. botulinum isolates obtained from soil and soybean samples in Northwest China. Four botulinum neurotoxin subtypes, A5(B3), B2, B3, and B4,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (scATAC-seq) has emerged as a powerful technique to study cell-specific epigenetic landscapes and to provide a multidimensional portrait of gene regulation. However, low genomic coverage per cell results in intrinsic data sparsity and missing-data issues, presenting unique methodological challenges. Consequently, numerous computational methods and techniques have been developed to address these challenges. This review provides a concise overview of published workflows for scATAC-seq analysis, covering preprocessing through
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hypoxia is a key histopathological feature of glioblastoma, associated with tumor aggressiveness and therapy resistance. Glioma-associated microglia and macrophages (GAMs) are key players in the tumor microenvironment of glioblastoma and acquire immunosuppressive properties during tumor progression. We show that hypoxia alters key GAM identity genes, as it upregulates the expression of monocytic marker lectin galactoside-binding doluble 3 (Lgals3) and downregulates the homeostatic microglial markers purinergic receptor P2Y G-protein coupled 12 (P2ry12) and transmembrane protein 119 (Tmem119) i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular basis of orchid flower development involves a specific regulatory program in which MADS-box transcription factors play a central role. The recent 'perianth code' model hypothesizes that two types of higher-order heterotetrameric complexes, namely SP complex and L complex, play pivotal roles in the orchid perianth organ formation. Therefore, we explored their roles and searched for other components of the regulatory network.Through the combined analysis for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing and RNA sequencing of the lip-like petal and lip from Phalae
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inflammation, acinar atrophy, and ductal hyperplasia drive pancreatic remodeling in newborn cystic fibrosis (CF) ferrets lacking a functional cystic fibrosis conductance regulator (CFTR) channel. These changes are associated with a transient phase of glucose intolerance that involves islet destruction and subsequent regeneration near hyperplastic ducts. The phenotypic changes in CF ductal epithelium and their impact on islet function are unknown. Using bulk RNA sequencing (RNA-seq), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), and assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-se
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Constricting pythons, known for their ability to consume infrequent, massive meals, exhibit rapid and reversible cardiac hypertrophy following feeding. Our primary goal was to investigate how python hearts achieve this adaptive response after feeding. Isolated myofibrils increased force after feeding without changes in sarcomere ultrastructure and without increasing energy cost. Ca2+ transients were prolonged after feeding with no changes in myofibril Ca2+ sensitivity. Feeding reduced titin-based tension, resulting in decreased cardiac tissue stiffness. Feeding also reduced the activity of sir
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Especially for the production of artificial, difficult to express molecules a further development of the CHO production cell line is required to keep pace with the continuously increasing demands. However, the identification of novel targets for cell line engineering to improve CHO cells is a time and cost intensive process. Since plasma cells are evolutionary optimized for a high antibody expression in mammals, we performed a comprehensive multi-omics comparison between CHO and plasma cells to exploit optimized cellular production traits. Comparing the transcriptome, proteome, miRNome, surfac
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related macular degeneration (AMD) is a leading cause of blindness, affecting 200 million people worldwide. To identify genes that could be targeted for treatment, we created a molecular atlas at different stages of AMD. Our resource is comprised of RNA sequencing (RNA-seq) and DNA methylation microarrays from bulk macular retinal pigment epithelium (RPE)/choroid of clinically phenotyped normal and AMD donor eyes (n = 85), single-nucleus RNA-seq (164,399 cells), and single-nucleus assay for transposase-accessible chromatin (ATAC)-seq (125,822 cells) from the retina, RPE, and choroid of 6 A
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is the most common form of dementia worldwide, with a projection of 151 million cases by 2050. Previous genetic studies have identified three main genes associated with early-onset familial Alzheimer's disease, however this subtype accounts for less than 5% of total cases. Next-generation sequencing has been well established and holds great promise to assist in the development of novel therapeutics as well as biomarkers to prevent or slow the progression of this devastating disease. Here we present a public resource of functional genomic data from the parahippocampal g
DatasetСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Resolving chromatin-remodeling-linked gene expression changes at cell-type resolution is important for understanding disease states. Here we describe MAGICAL (Multiome Accessibility Gene Integration Calling and Looping), a hierarchical Bayesian approach that leverages paired single-cell RNA sequencing and single-cell transposase-accessible chromatin sequencing from different conditions to map disease-associated transcription factors, chromatin sites, and genes as regulatory circuits. By simultaneously modeling signal variation across cells and conditions in both omics data types, MAGICAL achie
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ABSTRACT: The consumption of cheese in the People's Republic of China is increasing rapidly. Little is known about the microbiota, the presence of antibiotic-resistant bacteria, or the distribution of antibiotic resistance genes (ARGs) in commercially produced cheeses sold in China. This information is important for evaluating quality and safety. This study was conducted using 16S rRNA gene sequencing to assess the metagenomics of 15 types of cheese. Fourteen bacterial genera were detected, and Lactococcus, Lactobacillus, and Streptococcus were dominant based on number of sequence reads. Multi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A detailed understanding of the gene-regulatory network in ankylosing spondylitis (AS) is vital for elucidating the mechanisms of AS pathogenesis. Assaying transposase-accessible chromatin in single cell sequencing (scATAC-seq) is a suitable method for revealing such networks. Thus, scATAC-seq was applied to define the landscape of active regulatory DNA in AS. As a result, there was a significant change in the percent of CD8+ T cells in PBMCs, and 37 differentially accessible transcription factor (TF) motifs were identified. T cells, monocytes-1 and dendritic cells were found to be crucial for
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Increasing incidence rates of invasive Streptococcus dysgalactiae subspecies equisimilis (SDSE) infections have been reported worldwide, but the evolutionary mechanisms underlying this development remain elusive. Through prospective surveillance of invasive SDSE infections in western Norway, we observed the emergence of a novel and virulent SDSE genotype, stG62647. This emm-type, rarely encountered as a cause of invasive disease during 1999-2012, emerged in 2013 as the predominant SDSE-genotype. The stG62647-infections were associated with an aggressive clinical course, including the occurrenc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Q fever is an infectious disease with a global distribution caused by the intracellular bacterium, Coxiella burnetii, which has been detected in a large number of tick species worldwide, including the brown dog tick, Rhipicephalus sanguineus. Recent reports of a high seroprevalance of C. burnetii in Australian dogs, along with the identification of additional Coxiella species within R. sanguineus ticks, has prompted an investigation into the presence and identification of Coxiella species in R. sanguineus ticks in Australia. Using a combination of C. burnetii species-specific IS1111a transposa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposable elements represent important tools to perform functional studies in insects. In Drosophila melanogaster, the remobilization properties of transposable elements have been utilized for enhancer-trapping and insertional mutagenesis experiments, which have considerably helped in the functional characterization of the fruitfly genome. In Anopheles mosquitoes, the sole vectors of human malaria, as well as in other mosquito vectors of disease, the use of transposons has also been advocated to achieve the spread of anti-parasitic genes throughout field populations. Here we report on the p
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transposase source delta 2-3(99B) was used to mobilize a P element located at sites on chromosomes X, 2 and 3. The transposition event most frequently recovered was a chromosome with two copies of the P element at or near the original site of insertion. These were easily recognized because the P element carried a hypomorphic white gene with a dosage dependent phenotype; flies with two copies of the gene have darker eyes than flies with one copy. The P element also carried direct repeats of the recombination target (FRT) for the FLP site-specific recombinase. The synthesis of FLP in these f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the recently described syndromes emerging from the massive study of cohorts of undiagnosed patients with autism spectrum disorders (ASD) and syndromic intellectual disability (ID) is White-Sutton syndrome (WHSUS) (MIM #616364), caused by variants in the POGZ gene (MIM *614787), located on the long arm of chromosome 1 (1q21.3). So far, more than 50 individuals have been reported worldwide, although phenotypic features and natural history have not been exhaustively characterized yet. The phenotypic spectrum of the WHSUS is broad and includes moderate to severe ID, microcephaly, variable c
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Steady-state fluorescence quenching and time-resolved measurements have been performed to resolve the fluorescence contributions of the two tryptophan residues, W43 and W75, in the subunit of the homodimer of the Tet repressor from Escherichia coli. The W43 residue is localized within the helix-turn-helix structural domain, which is responsible for sequence-specific binding of the Tet repressor to the tet operator. The W75 residue is in the protein matrix near the tetracycline-binding site. The assignment of the two residues has been confirmed by use of single-tryptophan mutants carrying eithe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recombinant adeno-associated virus (rAAV) vector gene delivery systems have demonstrated great promise in clinical trials but continue to face durability and dose-related challenges. Unlike rAAV gene therapy, integrating gene addition approaches can provide curative expression in mitotically active cells and pediatric populations. We explored a novel in vivo delivery approach based on an engineered transposase, Sleeping Beauty (SB100X), delivered as an mRNA within a lipid nanoparticle (LNP), in combination with an rAAV-delivered transposable transgene. This combinatorial approach achieved corr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования