Brooke-Spiegler syndrome (BSS) and its phenotypic variants, multiple familial trichoepithelioma (MFT) and familial cylindromatosis, are rare autosomal dominant hereditary diseases. They are characterized by the presence of multiple adnexal tumors, especially cylindromas, spiradenomas, spiradenocylindromas, and trichoepitheliomas. Implicated in the pathogenesis of the disease is the gene CYLD, which is localized on the long arm of chromosome 16. This gene encodes an evolutionarily conserved protein belonging to the deubiquitinating enzymes family, which plays a key role in many signaling pathwa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deletion of chromosome 9p21 is a crucial event for the development of several cancers including acute lymphoblastic leukemia (ALL). Double strand breaks (DSBs) triggering 9p21 deletions in ALL have been reported to occur at a few defined sites by illegitimate action of the V(D)J recombination activating protein complex. We have cloned 23 breakpoint junctions for a total of 46 breakpoints in 17 childhood ALL (9 B- and 8 T-lineages) showing different size deletions at one or both homologous chromosomes 9 to investigate which particular sequences make the region susceptible to interstitial deleti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Whole genome duplication (WGD) events are common in the evolutionary history of many living organisms. For decades, researchers have been trying to understand the genetic and epigenetic impact of WGD and its underlying molecular mechanisms. Particular attention was given to allopolyploid study systems, species resulting from an hybridization event accompanied by WGD. Investigating the mechanisms behind the survival of a newly formed allopolyploid highlighted the key role of DNA methylation. With the improvement of high-throughput methods, such as whole genome bisulfite sequencing (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deep nucleotide sequencing enables the unbiased, broad-spectrum detection of viruses in clinical samples without requiring an a priori hypothesis for the source of infection. However, its use in clinical research applications is limited by low cost-effectiveness given that most of the sequencing information from clinical samples is related to the human genome, which renders the analysis of viral genomes challenging. To overcome this limitation we developed ViroFind, an in-solution target-enrichment platform for virus detection and discovery in clinical samples. ViroFind comprises 165,433 viral
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-Hodgkin lymphoma (NHL) is a diverse and heterogeneous group of hematological malignancies. These lymphomas arise from the clonal proliferation of either B/T or natural killer lymphocytes, and their correct classification relies partly on identifying characteristic structural variants and copy number alterations. Current standard-of-care technologies for detecting these genomic features, chromosome banding analysis (CBA) and fluorescent in situ hybridization (FISH), are labor intensive and have specific limitations. CBA has low resolution and relies on viable cell culture, whereas the targe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sequence type (ST) 45 is a major global MRSA lineage with huge strain diversity and a high clinical impact. In Hainan and Guangzhou of China, the ST45-MRSA was mainly associated with t116.
METHODS: The MRSA strain SA2107 was isolated from the sputum of a 5-year-old child with pneumonia. The whole genome of SA2107 was sequence using Illumina (Novaseq 6000) and PacBio (Sequel IIe) sequencers, and the sequences were assembled using hybrid assembly. The carriage of antibiotic resistance genes, virulence genes, and mobile genetic ele
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We investigated the association between progressive stages of cervical neoplasia and DNA damage in 1p36 DNA sequences of chromosome 1 in cervical epithelium using DNA breakage detection/fluorescence in situ hybridization (DBD-FISH). We used a hospital based unmatched case control study of 29 women that were grouped according to disease stage and selected according to histological diagnosis: 10 with low grade squamous intraepithelial lesions (LG-SILs), 10 with high grade SILs (HG-SILs) and nine with no cervical lesions; the 1pter sequence was used as internal control. We found a significant inc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sequencing data analysis remains limiting and problematic, especially for low complexity repeat sequences and transposon elements due to inherent sequencing errors and short sequence read lengths. We have developed a program, ReviSeq, which uses a hybrid method composed of iterative remapping and local assembly upon a bacterial sequence backbone. Application of this method to six Brucella suis field isolates compared to the newly revised B. suis 1330 reference genome identified on average 13, 15, 19 and 9 more variants per sample than STAMPY/SAMtools, BWA/SAMtools, iCORN and BWA/PINDEL pipelin
Сравнительное исследованиеОценочное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Klebsiella pneumoniae is notorious for causing healthcare-associated infections, which become more complicated by the acquisition of blaNDM genes via mobile genetic elements. Although Pakistan is a well-established hot spot of blaNDM-positive K. pneumoniae, detailed molecular descriptions of blaNDM-carrying plasmids are scarce. Seven K. pneumoniae isolates harboring blaNDM were recovered from clinical sample sources during a 6 month period and tested for antimicrobial susceptibility. A long-read approach was used for whole-genome sequencing to obtain circularized plasmids and chrom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Carbapenemase-producing Enterobacterales have disseminated globally, largely via highly transmissible plasmids. Their emergence in companion animals is of particular concern, indicating that clinically important carbapenem-resistance determinants have spread beyond healthcare settings. This study characterized a multidrug-resistant Escherichia coli isolate from a healthy dog in South Korea.
METHODS: Antimicrobial susceptibility was determined by standardized reference methods. Hybrid whole-genome assembly resolved chromosomal and plasmid architectures, and plasmid transferability
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clostridium botulinum strains that produce botulinum neurotoxin type E (BoNT/E) are most commonly isolated from botulism cases, marine environments, and animals in regions of high latitude in the Northern hemisphere. A strain of C. botulinum type E (CDC66177) was isolated from soil in Chubut, Argentina. Previous studies showed that the amino acid sequences of BoNT/E produced by various strains differ by < 6% and that the type E neurotoxin gene cluster inserts into the rarA operon.
RESULTS: Genetic and mass spectral analysis demonstrated that the BoNT/E produced by CDC66177 is a no
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability to identify the broadest range of targetable gene fusions is crucial to facilitate personalized therapy selection for advanced lung adenocarcinoma (LuADs) patients harboring targetable receptor tyrosine kinase (RTK) genomic alterations. In order to evaluate the most effective testing approach for LuAD targetable gene fusion detection, we analyzed 210 NSCLC selected clinical samples, comparing in situ (Fluorescence In Situ Hybridization, FISH, and ImmunoHistoChemistry, IHC) and molecular (targeted RNA Next-Generation Sequencing, NGS, and RealTime-PCR, RT-PCR) approaches. The overall
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A Gram-positive, facultatively anaerobic, catalase-negative, fructose-dependent strain (W13T) was isolated from the gut of honeybee (Apis mellifera). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequencing indicated that strain W13T represents a distinct line of descent within the genus Fructobacillus, with the closest neighbours being Fructobacillus broussonetiae BCRC 81240T (98.9 % sequence similarity) and Fructobacillus durionis DSM 19113T (96.8 % sequence similarity). Comparative sequencing of the additional phylogenetic markers rpoC and recA confirmed the 16S rRNA gene tree topology. The
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION AND HYPOTHESIS: To explore the potential molecular mechanisms contributing to the pathogenesis of pelvic organ prolapse (POP) with the aid of high-density oligonucleotide microarrays.
METHODS: We compared microarray gene expression profiles in pelvic connective tissue from women with POP and nonprolapse controls. The round ligament and uterosacral ligament tissues were removed from each subject at the time of laparoscopic hysterectomy. RNA was then extracted, and all labeled samples were hybridized to ABI Human Genome Survey Microarray version 2.0 (Applied Biosystems, CA, USA).
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Frequencies of symmetrical and asymmetrical exchange aberrations induced by two inhibitors of topoisomerase II, namely, 4'-(9-acridinylamino) methanesulfon-m-anisidide (m-AMSA) and etoposide (VP16), were estimated in human peripheral blood lymphocytes. The aberrations were scored using conventional Giemsa staining and fluorescence in situ hybridization (FISH) techniques, using chromosome-specific DNA libraries. Stable aberrations (translocations) were detected using two cocktails of DNA libraries specific for three chromosomes, namely 1, 3 and X and 2, 4 and 8, representing approximately 40% o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ubiquitous virus JCV is the etiologic agent of the human brain disease progressive multifocal leukoencephalopathy. Although infection usually occurs early in life and the virus can remain latent in human tissues, including brain, little information is available regarding its replication. It is known that DNA replication of primate polyomaviruses is dependent upon the synthesis of T antigen and the subsequent interactions of this protein with cellular factors and the viral origin of replication. We constructed chimeric genomes between JCV and SV40, two genetically similar viruses with disti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have previously shown that the presence of the EBV genome and active EBV infection in some Burkitt's lymphoma cell lines confer the susceptibility of HIV-1 infection in spite of the absence of surface CD4 receptors in these cells. In the present study we used an EBV genome negative Burkitt's lymphoma B-cell line, DG75, transfected with three different subgenomic fragments of EBV expressing the nuclear antigens (EBNA1 and EBNA2) and the latent membrane protein (LMP), respectively. Immunofluorescence analysis demonstrated CD4 expression in more than 90% of the EBNA1, EBNA2 and LMP transfected
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Emerging evidence has suggested that DNA repair gene alterations may be important in prostate cancer pathogenesis. In the current study, the authors sought to characterize alterations in DNA repair pathway genes in both primary and metastatic prostate tumors with attention to tissue distribution as well as specific genomic alterations.
METHODS: The authors studied the distribution and type of alterations in 24 genes that are considered important for DNA repair in 944 prostate cancers harvested from localized and metastatic tumors. Tumor DNA underwent hybrid capture for all coding
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study reports complete chromosome and pESI-like megaplasmid sequences of multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Infantis (S. Infantis) isolates obtained from retail chicken meat in South Korea in 2023 and characterizes their antimicrobial resistance (AMR) gene repertoire and the structural diversity of their pESI-like plasmids.
METHODS: Twenty-one multidrug-resistant S. Infantis isolates were subjected to whole-genome sequencing using Illumina NextSeq and Oxford Nanopore MinION platforms. Hybrid assemblies were generated using Trycycler v0.5.0 and corrected using Poly
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Comprising ~40% of the human genome, retroelements are mobile genetic elements which are transcribed into RNA, then reverse-transcribed into DNA and inserted into a new site in the genome. Retroelements are referred to as "genetic parasites", residing among host genes and relying on host machinery for transcription and evolutionary propagation. The healthy brain has the highest expression of retroelement-derived sequences compared to other somatic tissue, which leads to the question: how does retroelement-derived RNA influence human traits and cellular states? While the functional importance o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования