Computational models have been successful in predicting drug sensitivity in cancer cell line data, creating an opportunity to guide precision medicine. However, translating these models to tumors remains challenging. We propose a new transfer learning workflow that transfers drug sensitivity predicting models from large-scale cancer cell lines to both tumors and patient derived xenografts based on molecular pathways derived from genomic features. We further compute feature importance to identify pathways most important to drug response prediction. We obtained good performance on tumors (AUROC
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & OBJECTIVE: Nucleotide excision repair (NER) is a multi-enzyme DNA repair system in eukaryotes. Several NER genes in this system including XPA, XPB, ERCC1, and ERCC2 (XPD) have been implicated in anticancer drug resistance in human tumor cells. This study was designed to investigate the relationship between the expression of NER protein and the drug-resistance of human tumor cell lines.
METHODS: In this study, The authors assessed the levels of the above mentioned proteins, by utilizing Western blot analysis, in the USA National Cancer Institute (NCI) panel of 60 human tumor cell
Duplicate PublicationСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Topotecan (TPT) is a DNA-Topoisomerase I poison that exhibits antitumor activity. TPT, like other DNA-damaging agents, arrests or delays cell cycle progression during S- and G2-phase in a wide variety of tumor-derived cell lines. Particularly, the G2-arrest gives time for the cell to repair its DNA lesions prior to starting a new cell cycle. Based on these observations, we assessed the interaction between TPT and G2/M-active agents in p53-mutated cell lines of diverse origin in order to achieve cell toxicity. Two short-term sequential schedules were administered (TPT --> G2/M-active drug at th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-risk HPVs (HR-HPVs) are DNA viruses considered as primary etiologic factors in malignancies of the low female genital tract. Their presence has also been documented in oropharyngeal and laryngeal cancers. However, HPV infection is considered a necessary but not sufficient cause of tumoral development; meantime, increasing evidences on the tumorigenic role of cancer stem cells (CSCs) have been documented in the literature. CSCs represent a small subpopulation of neoplastic cells with self-renewal potential, capable of maintaining tumor growth and cell differentiation, also involved in meta
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) represents the most aggressive subtype with limited therapeutic options and the poorest clinical outcomes. Using high-resolution nUPLC-QTOF-MS/MS, we performed comprehensive proteomic profiling of TNBC cell lines representing disease progression stages: HCC-1937 (stage IIB), HCC-1599 (stage IIIA), and MDA-MB-231 (stage IV), benchmarked against nontumorigenic MCF-12F cells. From 11,864 initially detected proteins, 5623 high-confidence proteins were retained after quality filtering, spanning a dynamic range of six orders of magnitude. Differential abundance p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Non-small lung cancer is the leading cause of cancer-related mortality worldwide. For a deeper understanding of tumor biology, we established a pair of cell lines derived from a primary tumor and a corresponding lymph node metastasis.
MATERIAL AND METHODS: The cell line BC4323 from the primary tumor (PT) and a mediastinal lymph node metastasis (LN) were derived from an adenocarcinoma (pT2, pN2, G3, UICC stage IIIa) in a 47-year-old female patient. Comparative characterization was performed by in vitro analysis. A murine xenograft was established for analysis of in vivo behavior.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The mammalian target of rapamycin (mTOR) signaling pathway plays a pivotal role in numerous cellular processes involving growth, proliferation and survival. The purpose of this study was to investigate the anti-tumoral effect of the mTOR inhibitor (mTORi) CCI-779 in HNSCC cell lines and its potency in cisplatin- and cetuximab-resistant cells.
METHODS: A panel of 10 HNSCC cell lines with differences in TP53 mutational status and basal cisplatin sensitivity and two isogenic models of acquired resistance to cisplatin and cetuximab, respectively were studied. Cell survival after treat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Laser photoradiation therapy was tested in an in vitro model for its efficacy in the elimination of non-Hodgkin's lymphoma cells. Results show that at 31.2 J/cm2 of laser light in the presence of 20 micrograms/mL of merocyanine 540 (MC540) there was greater than 5 log reduction in Burkitt's lymphoma (Daudi) cells. Similar tumor cell kill was obtained for leukemia (HL-60) cells at a laser light dose of 93.6 J/cm2. However, to obtain the same efficiency of killing for histiocytic lymphoma (U-937) cells, a higher dose of MC540 (25 micrograms/mL) was required. Clonogenic tumor stem cell colony for
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetically modified lymphoblastoid cell lines (LCL) have been shown to be an attractive alternative source of antigen-presenting cells for cancer vaccination in vitro. We tested their application in patients with pancreatic cancer in a phase I clinical trial. As a model tumor antigen, we selected the point-mutated (codon 12) Ki-Ras p21 oncogene (muRas) frequently (∼85%) present in pancreatic adenocarcinoma. Autologous LCLs were established in vitro by spontaneous outgrowth from peripheral blood lymphocytes of seven pancreatic carcinoma patients and were genetically modified with an episomal E
Клиническое исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extragonadal germ cell tumors are classified according to the staging system of the International Germ Cell Cancer Collaborative Group (IGCCCG). The 5-year overall and disease-free survival rates for poor prognosis patients are 41 and 48%, respectively after standard-dose chemotherapy. We report the experience of the EBMT Solid Tumours Working Party (STWP) with first-line HDCT with hematopoietic progenitor cell support (HPCS) in patients with poor prognosis extragonadal nonseminomatous germ cell tumor (NSGCT). Between 1990 and 2001, 22 extragonadal NSGCT patients (21 M, 1 F), median age 30 yea
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung cancer remains a major cause of cancer-related mortality worldwide, with current treatments such as surgery, chemotherapy, and immunotherapy facing limitations, including severe side effects and high costs. Hyperthermia (H) has emerged as a promising strategy to enhance tumor sensitivity to treatments and reduce toxicity. This study investigates the effects of H in enhancing the anti-tumor efficacy of pemetrexed (PEM) and altering the expression profile of hsa-MiR-548c-3p (tumor suppressor) in the A549 cell line. A549 cells were cultured in DMEM medium and divided into four groups: Contro
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The tuberous sclerosis complex (TSC) gene products (TSC1/TSC2) negatively regulate mTORC1. Although mTORC1 inhibitors are used for the treatment of TSC, incomplete tumor elimination and the adverse effects from long-term administration are problems that need to be solved. Branched-chain amino acid (BCAA) metabolism is involved in the growth of many tumor cells via the mTORC1 pathway. However, it remains unclear how BCAA metabolism affects the growth of mTORC1-dysregulated tumors. We show here that the expression of branched-chain amino transferase1 (Bcat1) was suppressed in Tsc2-deficient muri
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Endocrine glands-derived-vascular endothelial growth factor (EG-VEGF) was recently cloned as a new angiogenic factor that selectively acts on the endothelium of endocrine gland cells. We evaluated the involvement of EG-VEGF in colorectal cancer. The expression of EG-VEGF was confirmed in all of the colorectal cancer cell lines. (On the other hand, the expression of EG-VEGF mRNA was not detected in colorectal normal mucosae.) Stable EG-VEGF infectors of colorectal cancer cell line SW620 were produced, EG-VEGF transfectants were implanted into cecum and s.c., and cell proliferation was evaluated
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Caspase-8 and the NF-κB essential modulator (NEMO, also referred to as IKKγ) play critical roles in controlling TNF-α-induced cell death and survival in hepatocytes. The aim of this study was to generate a hepatocyte-derived cell line in which the Casp8 and Nemo genes can be conditionally inactivated simultaneously to investigate the significance of the corresponding signaling pathways. To this end, we induced hepatocellular carcinoma in Casp8f/fNemof/f mice using diethylnitrosamine and established an immortalized hepatoma cell line from explanted liver tumors, which is subsequently referred t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Snake venoms are natural sources of bioactive substances with therapeutic potential. In this work, we evaluated the cytotoxicity of the Crotalus durissus collilineatus, negative crotamine variety and the isolated fraction C0K3N3 in BALB C/3T3 and K562 cell lines. The results indicate that the C0K3N3 protein is more cytotoxic against the K562 tumor cell line than in the 3T3 baseline.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The objective of this study was to evaluate the efficacy of first-line bleomycin, etoposide and cisplatin (BEP) chemotherapy in Japanese patients with metastatic germ cell tumors (GCTs). Between 1996 and 2006, 88 male patients with metastatic GCTs were treated with first-line BEP at our institution. Of these 88, 47 (16, seminoma; 31, nonseminoma), who did not receive high-dose chemotherapy following BEP because of the normalization of serum tumor markers, were included in this study. The primary site was the testis in 42 patients, retroperitoneum in 3, and mediastinum in 2. The full-dose regim
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Murine tumor models are potent tools for cancer studies, most of which make use of a limited number of murine tumor cell lines that are exchanged by many research groups around the world. Although cross-contamination and in vitro karyotypic progression are well-known risks with respect to the identity of tumor cell lines, these parameters are rarely evaluated. Notably, routine karyotyping of murine cell lines is laborious and technically demanding because mouse chromosomes are morphologically similar. We therefore used a 21-color fluorescence in situ hybridization (FISH) approach (COBRA) for s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human teratocarcinoma-derived growth factor (TDGF)-1 gene encodes a 188-amino acid protein, cripto-1. The TDGF-1 gene is overexpressed in the majority of human primary colorectal carcinomas and hepatic metastases, in breast carcinomas and in testicular nonseminoma germ cell embryonal carcinomas. In the human embryonal carcinoma cell line NTERA-2 clone D1, a 2-kb TDGF-1 mRNA transcript is expressed. The present study shows that a 1.7-kb mRNA transcript lacking the first two exons of the TDGF-1 gene is expressed in the human colon carcinoma cell line GEO. This shorter mRNA is the only TDGF-1
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We examined the effect of transforming growth factor-beta (TGF-beta) alone and in combinations with other factors on the growth and differentiation of the human promyelocytic cell line HL60 and the human monoblastic cell line U937. Treatment with TGF-beta alone did not significantly affect growth or differentiation of HL60 cells, while it significantly inhibited proliferation and induced monocytic differentiation of a small percentage of U937 cells. Combinations of TGF-beta and tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) acted in synergy to inhibit cell proliferation and to induce monocytic differ
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Effects of transforming growth factor-beta 1 (TGF-beta 1), either alone or in combination with TNF, on the induction of differentiation of human myelogenous leukemic cell lines were examined. TGF-beta 1 alone induced differentiation of a human monocytic leukemia U-937 line into the cells with macrophage characteristics. When combined with TNF, TGF-beta 1 synergistically or additively induced differentiation associated properties. A human myeloblastic leukemia cell line, ML-1, differently responded to TGF-beta 1 in induction of differentiation. FcR activity and phagocytic activity induced by TN
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования