Replay in the hippocampus during sharp-wave ripples is thought to play major roles in learning and memory. However, existing analysis methods often lead to inconsistent and inaccurate metrics for characterizing replay dynamics. We develop a novel computational framework that models the replay dynamics using a drift-diffusion process. Further, to capture the potentially rich population-level dynamics during sharp-wave ripples, our model allows switching between multiple well-motivated types of dynamics. Applications of our method to rat hippocampal recordings lead to a number of insights. First
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Predicting novel type III secreted effectors (T3SEs) in bacteria remains challenging because of their extensive sequence diversity and our heavy reliance on features derived from previously annotated genes. The available tools for predicting T3SS effectors produce a high number of false positives, which complicates their reliable identification. To address this gap, we developed a new bioinformatics workflow and meta-analysis designed to improve confidence in novel T3SE prediction by integrating multiple complementary approaches, including Effectidor2, Bastion3, EffectiveT3, curated effector d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The STAT4 gene plays a key role in immune regulation and is associated with susceptibility to autoimmune diseases such as rheumatoid arthritis (RA) and systemic lupus erythematosus (SLE).
OBJECTIVES: The objective of this study is to analyze variants of uncertain significance (VUSs) in STAT4 using bioinformatics tools to predict their functional and structural impact.
METHODS: A total of 48,295 variants of the STAT4 gene (ENSG00000138378) were retrieved from the Ensembl database. A tiered filtering approach was used to assess VUS pathogenicity, integrating in silico prediction to
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The research on identifying drug-disease associations (DDAs) is widely used in scenarios such as drug development, clinical decision-making, and drug repurposing, holding significant biological and medical significance. Existing methods for drug-disease association prediction have achieved decent performance, they primarily rely on simplistic drug-disease association graphs or similarity graphs. These methods often struggle to capture the high-order correlations of complex multimodal data, limiting their ability to handle the complexity of data associations effectively. In addition, real drug-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The automatic and accurate extraction of diverse biomedical relations from literature constitutes the core elements of medical knowledge graphs, which are indispensable for healthcare artificial intelligence. Currently, fine-tuning through stacking various neural networks on pre-trained language models (PLMs) represents a common framework for end-to-end resolution of the biomedical relation extraction (RE) problem. Nevertheless, sequence-based PLMs, to a certain extent, fail to fully exploit the connections between semantics and the topological features formed by these connections. In this stu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biological systems respond dynamically to changes in their environment, and predicting these responses before complex interventions are applied could change how computational models are used in biology and medicine. In artificial intelligence, world models represent the state of a system and simulate how it evolves under alternative actions. We envision extending this paradigm to biomedicine, with world models that span molecular, cellular, tissue, and clinical scales and simulate biological trajectories under alternative interventions. Building such models will require methods that combine ob
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This review addresses an important and timely topic at the intersection of placental biology with respect to barrier transfer kinetics, toxicology and mathematical modelling in the context of emerging regulatory drivers to reduce and replace animal use in developmental and reproductive toxicology (DART) testing. The scope of this review is to provide a comprehensive overview of (i) placental structure and function across gestation, (ii) human-specific transfer mechanisms for nutrients and xenobiotics, (iii) ex vivo and in vitro human placental models, (iv) mathematical and computational modell
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryo-electron tomography (cryo-ET) is emerging as a transformative tool for structural biology. Unlike methods based on purified molecules, cryo-ET enables visualisation of macromolecules directly within intact cells and tissues, preserving their native interactions and physiological context. By providing high-resolution views of healthy and diseased cells, cryo-ET offers a powerful means to understand infection and disease mechanisms. Moreover, cryo-ET combined with subtomogram averaging can resolve macromolecular structures beyond 3 Å resolution, making it a promising approach for computatio
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lithium does not have any known roles in biology, but is nevertheless used as medicine for bipolar and other psychiatric disorders in its ionic form. The mechanism of action of lithium as a drug is not yet fully established. Although lithium preferentially binds to the surface of biological macromolecules, such non-specific interactions cannot explain the ion's therapeutic effect at relevant concentrations. Here, a computational, quantum-mechanical based approach was used to estimate lithium's affinity to several potential targets. These include the second messenger PIP2, the alanine-glyoxylat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The breach of six planetary boundaries highlights the need for sustainable food production. Aerobic hydrogen-oxidising bacteria (HOBs) convert atmospheric CO2 and green hydrogen (H2) into biomass via gas fermentation, a process already used for food-grade single-cell protein production. This approach enables a supply chain independent of agriculture, requiring minimal land and water, with potential for carbon-neutral production and carbon capture. To expand beyond single-cell protein, HOBs must be engineered into cell factories for precision fermentation. Advances in synthetic biology, metabol
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This review investigates the intricate role of human endogenous retroviruses (HERVs) in cancer development and progression, explicitly focusing on HERV-K (HML-2). This paper sheds light on the latest research advancements and potential treatment strategies by examining the historical context of HERVs and their involvement in critical biological processes such as embryonic development, immune response, and disease progression. This review covers computational modeling for drug-target binding assessment, systems biology modeling for simulating HERV-K viral cargo dynamics, and using antiviral dru
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Innate lymphoid cells (ILCs) emerge in the last few years as important regulators of immune responses and biological processes. Although ILCs are mainly known as tissue-resident cells, their precise localization and interactions with the microenvironment are still unclear. Here we combine a multiplexed immunofluorescence technique and a customized computational, open-source analysis pipeline to unambiguously identify CD127+ ILCs in situ and characterize these cells and their microenvironments. Moreover, we reveal the transcription factor IRF4 as a marker for tonsillar ILC3, and identify conser
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-throughput quantitative proteomics unravels secrets of Neisseria gonorrhoeae biology by profiling proteome responses to environmental and endogenous cues and opens translational research paths through identification of vaccine candidates, drug targets/virulence factors, and biomarkers. Bioinformatics tools and databases are indispensable for downstream analysis of proteomic datasets to generate biologically meaningful outcomes. In this chapter, we present a workflow for proteomic data analysis with emphasis on publicly available resources, software systems, and tools that predict protein
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present the Spectra software, an R/Bioconductor package, defining an efficient infrastructure for storing, handling, and visualizing mass spectrometry data. We describe how Spectra adapts to different data types, sizes, and use cases, addressing scalability while keeping a consistent user interface. We also demonstrate how it can integrate with third-party Python tools and follow modern tidyomics principles, seamlessly integrating with more general tidy data science tools.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The human gut microbiome continues to evolve beyond early adulthood, yet most microbiome aging studies focus on changes in individual taxa or overall diversity, leaving microbial interaction dynamics largely unexplored. Correlation-based microbial networks offer an interpretable framework for studying such interactions but are challenging to estimate from compositional microbiome data. Although compositionality-aware methods such as CCLasso provide principled multivariate inference, we identify a previously overlooked limitation: sensitivity to random seeds, which leads to unstab
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6,2'-O-dimethyladenosine (m6Am), as a critical RNA epigenetic modification, has become a hot topic in current research due to its unique ch … ntion, related research is still limited by the limitations of detection technology and high costs. Computational biology methods provide new ideas for large-scale identification of m6Am sites. This paper proposes an imbalanced m6Am site prediction model-im6Am-DC. The model employs a DenseNet architecture to extract high-level local features and introduces a CA attenti …
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A terminator is a DNA region that ends the transcription process. Currently, multiple computational tools are available for predicting bacterial terminators. However, these methods are specialized for certain bacteria or terminator type (i.e. intrinsic or factor-dependent). In this work, we developed BacTermFinder using an ensemble of convolutional neural networks (CNNs) receiving as input four different representations of terminator sequences. To develop BacTermFinder, we collected roughly 41 000 bacterial terminators (intrinsic and factor-dependent) of 22 species with varying GC-content (fro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Knowledge of glycoproteins, their site-specific glycosylation patterns, and the glycan structures that they present to their recognition partners in health and disease is gradually being built on using a range of experimental approaches. The data from these analyses are increasingly being standardized and presented in various sources, from supplemental tables in publications to localized servers in investigator laboratories. Bioinformatics tools are now needed to collect these data and enable the user to search, display, and connect glycomics and glycoproteomics to other sources of related pro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
В последние годы исследования в области микробиотических исследований и синтетической биологии были посвящены изучению новых подходов к микробным манипуляциям в терапевтических целях. Тем не менее, по этому аспекту имеется фрагментированная информация с ключевыми идеями, разбросанными по различным дисциплинам, таким, как молекулярная биология, генетика, биоинженерия и медицина. Цель этого обзора заключается в создании преобразующего потенциала синтетической биологии в плане развития исследований и лечения микробиоме, что имеет значительные последствия для здравоохранения, сельского хозяйства и
Полный текст найденМашинный перевод · не проверен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Prion diseases are rare, fatal neurodegenerative disorders caused by the conformational conversion of cellular prion protein (PrP) into a pathogenic counterpart called PrPSc, that replicates by templated misfolding. The resulting misfolding cascade leads to synaptic failure and neuronal loss. Despite major advances in understanding prion structure and biology, no therapies exist. The mechanism of prion propagation challenges conventional drug discovery, limiting targets. Small molecules, immunotherapies, and gene silencing, have shown limited clinical success. Increasingly, resea
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования