BACKGROUND: SAPHO syndrome is a rare disease characterized by inflammatory lesions on skin and bones. Diversified manifestation and inadequate understanding of etiology has limited its diagnosis and treatment. The co-occurrence of other immune-mediated diseases strongly suggests an involvement of autoimmunity in SAPHO syndrome. However, the role of the largest population of circulating immune cells, neutrophils, is still not well explored. In this study, we performed RNA sequencing to profile the mRNA expression of neutrophils purified from peripheral blood of SAPHO patients to identify key ge
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the inner ear, cochlear and vestibular sensory epithelia utilize grossly similar cell types to transduce different stimuli: sound and acceleration. Each individual sensory epithelium is composed of highly heterogeneous populations of cells based on physiological and anatomical criteria. However, limited numbers of each cell type have impeded transcriptional characterization. Here we generated transcriptomes for 301 single cells from the utricular and cochlear sensory epithelia of newborn mice to circumvent this challenge. Cluster analysis indicates distinct profiles for each of the major se
Сравнительное исследованиеСтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription activator-like effector (TALE) proteins of the plant pathogenic bacterial genus Xanthomonas bind to and transcriptionally acti … the absence of the corresponding TALE. By transcriptome profiling using next-generation sequencing (RNA-seq), we tested whether we could avoid laborious positional cloning for the isolation of TALE-induced R genes. In a proof-of-principle experiment, RNA-seq was used to identify a candidate for Bs4C, an R gene from pepper that mediates recognition of the …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding how distinct brain regions of Leiocassis longirostris molecularly adapt to heat stress is vital for improving aquaculture sustainability and guiding conservation strategies in a warming climate. To elucidate the region-specific molecular mechanisms underlying heat stress responses in the brain of L. longirostris, we exposed L. longirostris to acute heat stress (32°C) for 24 h and performed RNA-seq and WGCNA on five brain regions (OB: olfactory bulb, FB: pituitary, hypothalamus, forebrain, MB: mesencephalon, CB: cerebellum, and SC: spinal cord). The results showed that, after heat…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
For inherited diseases, obtaining a definitive diagnosis is critical for proper disease management, family planning, and participation in clinical trials. This can be challenging for dysferlinopathy due to the significant clinical overlap between the 30+ subtypes of limb-girdle muscular dystrophy (LGMD) and the large number of variants of unknown significance (VUSs) that are identified in the dysferlin gene, DYSF. We performed targeted RNA-Seq using a custom gene-panel in 77 individuals with a clinical/genetic suspicion of dysferlinopathy and evaluated all 111 identified DYSF variants accordin…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The first filial generation of the cattleyaks demonstrates hybrid vigor; however, the male cattleyaks are infertile and restrict productivity and breeding. The discovery of genes in a segment-specific approach offers valuable information and understanding concerning fertility status, yet the biology of cattleyak epididymis is still progressing. Comparative transcriptome analysis was performed on segment pairs of cattleyak epididymis. The caput versus corpus epididymis provided the highest (57.8%) differentially expressed genes (DEGs), corpus versus cauda (25.1%) followed, whereas caput versus
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-Seq data from human semen suggests that the study of the sperm transcriptome requires the previous elimination from the ejaculates of somatic cells carrying a larger load of RNA. Semen purification is also carried to study the sperm transcriptome in other species including swine and it is often done by density gradient centrifugation to obtain viable spermatozoa from fresh ejaculates or artificial insemination doses, thereby limiting the throughput and remoteness of the samples that can be processed in one study. The aim of this work was to evaluate the impact of purification with density …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Tissue-resident macrophages (TRMØs) can act as innate-immune sentinels to protect body against microbe invaders and stimulating materials such as cholesterol crystals in cholesteatoma, as well as to preserve tissue integrity by cleaning unwanted cellular debris.
METHODS: TRMØs in the incised middle ear tissues were obtained from the patients with cholesteatoma as an experimental group and the patients without cholesteatoma as a control group. Differential gene expression profiling of TRMØs was conducted between two groups by analyzing GO processes, KEGG and GSEA pathways of inflam
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acne vulgaris is a chronic inflammatory disease of the skin resulting from androgen-induced increased sebum production and altered keratinization. Nicotinamide (NAM), an amide form of vitamin B3 with a well-established safety profile, has shown good therapeutic potential in treating acne and its complications. NAM has anti-inflammatory effects and reduces sebum but its function in androgen biosynthesis remains unknown. In this study, we used a widely used cell model, starved human adrenal NCI-H295R cells, to examine the effects of NAM in androgen production and its mediated network changes. By
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Brucella spp encounter stressful environment inside their host cells. The Lon protein is an important protease related to cellular prote … nto the genetic basis for the distinctive phenotypic properties exhibited by the lon mutant strain, RNA-seq was performed, and the result showed that various genes involved in stress response, quorum sensing and transcriptional regulation were significantly altered in Δlon strain. Overall, these studies have preliminary uncovered the molecular mechanism b …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brucella melitensis is a facultative intracellular bacterium that replicates within macrophages. The ability of Brucella to survive and multiply in the hostile environment of host macrophages is essential for its virulence. The cold shock protein CspA plays an important role in the virulence of B. melitensis. To analyze the genes regulated by CspA, the whole transcriptomes of B. melitensis NIΔcspA and its parental wild-type strain, B. melitensis NI, were sequenced and analyzed using the Solexa/Illumina sequencing platform. A total of 446 differentially expressed genes were identified, includin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic myeloid leukemia (CML) was the first hematological malignancy to be associated with a specific genetic lesion. The Philadelphia translocation, producing a BCR‑ABL hybrid oncogene, is the most common mechanism of CML development. However, in the present study, b3a2, b2a2 and ela2 fusion junctions of the breakpoint cluster region (BCR)-V-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 (ABL) gene were not detected in patients diagnosed with CML three and four years previously. RNA-Seq technology, with an average coverage of ~30‑fold, was used to detect gene fusion events in a patient…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pneumonic plague, caused by Yersinia pestis, is a rapidly progressing lethal infection. The various phases of pneumonic plague are yet to be fully understood. A well-established way to address the pathology of infectious diseases in general, and pneumonic plague in particular, is to conduct concomitant transcriptomic analysis of the bacteria and the host. The analysis of dual RNA by RNA sequencing technology is challenging, due the difficulties of extracting bacterial RNA, which is overwhelmingly outnumbered by the host RNA, especially at the critical early time points post-infection (prior to
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advancements in single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) have greatly enhanced our ability to dissect cellular heterogeneity. However, unsupervised clustering often struggles to identify transitional or developmental boundary cells, as existing methods rely on highly variable genes without considering expression levels, thereby overlooking subtle but crucial signals. To address this challenge, we developed a single-cell gene-aware embedded network (scGEN), which captures complex intercellular relationships. scGEN employs adaptive feature weighting and iterative fine-tuning to prioritize a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objectives: Frozen shoulder (FS) is characterized by chronic inflammation and fibrosis of the joint capsule, yet the causal roles of immune cell subtypes remain unclear. This study aimed to identify immune cell traits causally associated with FS and evaluate the potential impact of glucocorticoids (GCs) on these immune signatures. Methods: A two-sample Mendelian randomization (MR) analysis was performed using genome-wide association study data for 731 immune cell traits and FS. RNA sequencing (RNA-seq) of FS and control capsular tissues was performed to validate immune cell-related signatures …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternaria alternata causes major postharvest losses in melons. This dual RNA-seq study analyzed transcriptomic dynamics in both A. alternata strain A2022 and melon during infection. Genomic analysis revealed two conditionally dispensable chromosomes (CDCs) containing host-specific toxin genes, including a T1PKS cluster for βenone biosynthesis. Fungal transcriptomics identified upregulated virulence pathways: MAPK signaling (18 genes), autophagy (17 genes), and lipid metabolism. Melon mounted a biphasic defense: early lignin deposition via phenylpropanoid biosynthesis (15 genes) and late jasmo…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Flexible behavioral responses depend on the ability of neural circuits to adapt their physiology and output to changing social and environmental contexts. Neuromodulation is central to this flexibility, yet how specific experiences are encoded within neuromodulatory neurons remains largely unknown. Here, we show that distinct motivational outcomes drive distinct regulatory responses in three neuromodulatory neuronal populations in male Drosophila. Using cell-type-resolved RNA sequencing, we profiled serotonergic (Trh), octopaminergic/tyraminergic (Tdc2), and neuropeptide F receptor (NPFR) neur
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteosarcoma, the most common primary malignant bone tumor with poor prognosis, underscores the need for a deeper understanding of its molecular mechanisms. Recent studies have highlighted the importance of RNA modifications, including 5-methylcytosine (m5C), in cancer progression, yet the m5C modification landscape in osteosarcoma remains unexplored. Here, we performed transcriptome-wide profiling of m5C modifications in osteosarcoma using meRIP-seq and RNA-seq, analyzing four pairs of osteosarcoma and adjacent normal tissues. Furthermore, through conjunction analyses of meRIP-seq and RNA-seq…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polyglucosan body myopathy type 2 (PGBM2; OMIM #616199) is an autosomal recessive myopathy caused by biallelic variants in GYG1, which encod … tronic variant, NM_004130.4(GYG1):c.7+992T>G, predicted to activate a cryptic exon. RNA sequencing (RNA-seq) confirmed aberrant splicing from both variants, demonstrating exon 2 skipping associated with c.143+3G>C and cryptic exon inclusion caused by c.7+992T>G. Variant phasing posed a diagnostic challenge due to unavailable parental DNA, and long-range P …
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования