Spatial omics technologies are providing new opportunities for plant biology by enabling molecular profiling within structurally intact tissues, revealing spatially organised cell states, developmental gradients, and regulatory interactions. While spatial transcriptomics has driven early advances, the field is rapidly expanding toward integrated spatial multi-omics by combining single-cell and spatial transcriptomic, epigenomic, proteomic, and metabolomic data. These approaches offer new opportunities to study development, physiology, and plant biotic and abiotic interactions in spatially pres
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schistosomiasis remains one of the most significant neglected tropical diseases (NTDs) worldwide, sustained by the complex biology of Schistosoma species and the host's immunopathological responses to tissue-trapped eggs. Despite decades of reliance on praziquantel (PZQ) as the sole chemotherapeutic option, major limitations persist, including its lack of activity against juvenile worms, incomplete protection against reinfection, and concerns regarding emerging tolerance. These challenges, together with persistent hotspots of transmission and uneven global progress toward disease elimination,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a complex disease characterized by high levels of cellular heterogeneity and pronounced microenvironmental remodelling. Dynamic changes during its initiation and progression contribute to resistance to conventional therapies. Building upon key molecular catalogues established by bulk and single-cell profiling studies that have advanced our understanding of PDAC biology, recent advances in spatial biology have provided much-needed insights by elucidating regionally compartmentalized transcriptomic and proteomic programmes within the PDAC microenvironme
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Endogenously generated reactive sulfur species (RSS) play critical roles in various physiological processes. RSS donors can enhance our understanding of RSS chemical biology and open new avenues for treating RSS-associated diseases. Nevertheless, general strategies for the controllable release of distinct RSS remain lacking. Herein, we present the first general platform for controllable release of RSS with sulfur oxidation states ranging from -2 to +4, based on the intramolecular thiol-promoted decomposition of cysteine ester (ITPDC). We first rationally designed ITPDC-based hydrogen sulfide (
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cantharidin, a defensive toxin produced by blister beetles, has fascinated chemists, physicians, and historians for centuries. From its notorious use as the aphrodisiac "Spanish fly" to its modern FDA approval as YCANTH™ for molluscum contagiosum, this small yet complex molecule has inspired both infamy and innovation. Over the past hundred years, some of the most eminent synthetic chemists, including Professors Diels, Alder, Ziegler, Schenck, Stork, and Dauben, have tackled the formidable challenges of cantharidin synthesis, establishing benchmarks in organic chemistry. Parallel biological st
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The systems analysis of thrombosis seeks to quantitatively predict blood function in a given vascular wall and hemodynamic context. Relevant to both venous and arterial thrombosis, a Blood Systems Biology approach should provide metrics for rate and molecular mechanisms of clot growth, thrombotic risk, pharmacological response, and utility of new therapeutic targets. As a rapidly created multicellular aggregate with a polymerized fibrin matrix, blood clots result from hundreds of unique reactions within and around platelets propagating in space and time under hemodynamic conditions. Coronary a
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene therapy research has expanded from its original concept of replacing absent or defective DNA with functional DNA to include the manipulation (increase or decrease) of gene expression by the delivery of modified genes, siRNA or other genetic material via multiple vectors, including naked plasmid DNA, viruses and even cells. Specific tissues or cell types are targeted in order to decrease the risks of systemic or side effects. As with the development of any drug, there is an amount of empiricism in the choice of gene target, route of administration, dosing and, in particular, the scaling-up
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
2-Oxoglutarate-dependent non-heme iron oxygenases (2OGX) catalyze a broad spectrum of oxidative transformations, including hydroxylation, halogenation, desaturation, cyclization, rearrangement, and endoperoxidation, through a conserved HxD/E…H facial triad and Fe(IV)=O chemistry. Their functional diversity arises from structural elements that define the catalytic pocket. Substrate-binding architectures can be categorized into four recurrent motifs-the conserved lip (CLip), conserved lid (CLid), specific lid (SL), and dimer lid (DL)-together with the major β-sheet framework (βI-βVI); mutations
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Applications in engineering biology increasingly share the need to run operations on very large numbers of biological samples. This is a direct consequence of the application of good engineering practices, the limited predictive power of current computational models and the desire to investigate very large design spaces in order to solve the hard, important problems the discipline promises to solve. Automation has been proposed as a key component for running large numbers of operations on biological samples. This is because it is strongly associated with higher throughput, and with higher repl
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) affects nearly 50 million people worldwide, and currently no disease-modifying treatment is available. With continuous failure of anti-amyloid-beta- or tau-based therapies, identification of new targets has become an urgent necessity for AD prevention and therapy. Recently, conventional genetic approaches and computational strategies have converged on immune-inflammatory pathways as key events in the pathogenesis of AD. A number of genes have been highly linked to the onset and development of late-onset sporadic AD, the most common form of AD. Strikingly, most of these
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Amplicon-based microbiome studies generate complex datasets that require streamlined processing and analysis. While EzMAP provided a user-friendly platform integrating QIIME2 with downstream statistical and functional analyses, its adoption was limited by installation issues, restricted user flexibility, and lack of advanced analytical modules.
RESULTS: We present EzMAP v2.0, a major update to the Easy Microbiome Analysis Platform (EzMAP), featuring improved accessibility, enhanced usability, and expanded analytical capabilities. Installation has been simplified across operating s
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Predicting how missense variants alter protein function is central to resolving the genotype-to-phenotype equation, a task now addressed by numerous computational predictors. The most accurate are increasingly opaque, however, limiting both their mechanistic value and their adoption in the clinic. Here we present QAFIsplit, a redesign of the Quantitative Assessment of Functional Impact framework that models variant effect in two interpretable stages: the mutation tolerance of a position, and the deviation introduced by a specific substitution. Framed as the prediction of a molecular endophenot
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Herbal compound-target interaction(CTI) prediction is a key computational task for elucidating the multi-component and multi-target mechanisms of herbal medicines and identifying potential bioactive compounds. However, existing methods still have clear limitations in integrating multimodal information and modeling high-order compound-target relationships. To address these issues, we proposed a multimodal Meta-path-aware heterogeneous hypergraph transformer model, termed MMPAHHGT, and established a unified prediction framework that integrated multimodal biological feature learning with Meta-pat
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug repurposing provides a cost-effective and time-efficient strategy to accelerate therapeutic discovery, yet most computational approaches fail to capture the multi-scale biomedical mechanisms underlying drug-disease associations, limiting interpretability. We introduce BioMNEDR (mechanism-guided network embedding for drug repurposing) that integrates heterogeneous biomedical networks through biologically curated meta-paths. BioMNEDR generates low-dimensional embeddings preserving protein-protein interactions and functional hierarchies. It further integrates multi-path predictions through a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug repurposing is a highly effective strategy in drug development that identifies new therapeutic applications for existing drugs, offering accelerated timelines and reduced risks compared to traditional de novo approaches. With the rapid growth of large-scale biomedical data, new computational methods have been developed to predict relationships between drugs and diseases, thereby facilitating drug repurposing efforts. Nevertheless, current methods often fail to capture heterogeneous information in biomedical networks, including diverse node types and multityped edges, which limits their pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mining multi-cellular spatial patterns associated with biological events from high-resolution spatial omics data remains a fundamental challenge. While current computational methods have advanced from pairwise associations to identifying higher-order spatial domains, they often lack the granularity to resolve subtle local architectural shifts or the statistical framework to quantify condition-specificity. Here, we present FDPMining (Frequent and Distinctive spatial Patterns Mining), a computational framework that reformulates the biological problem of pattern discovery into a scalable data min
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Only a small minority of annotated long noncoding RNAs (lncRNAs) have a molecular function established by direct experiment, and the gap widens with every new catalog. Existing reviews catalog methods thoroughly but rarely formalize how negative or discordant wet-laboratory results should feed back into computational prioritization, so the iterative refinement that lncRNA biology requires is left implicit. We set out the Hypothesis-Driven Loop, which recasts lncRNA functional analysis as a cycle of three phases: Generation (computational priors), Testing (wet validation), and Refinement (integ
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biomedical Relation Extraction is an important task for extracting information from biomedical literature and populating knowledge bases with new data. Most Relation Extraction systems rely on annotated corpora, but the current landscape reveals a lack of diversity in these corpora, limiting models' ability to generalize effectively. N-ary relations, which connect three or more entities, are essential for understanding context-dependent interactions common in the biological domain. By facilitating the creation of more personalized and informative networks, N -ary relations can advance our unde
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrinsically disordered regions (IDRs) represent at least one-third of the human proteome and defy the established structure-function paradigm. Because IDRs often have limited positional sequence conservation, the functional classification of IDRs using standard bioinformatics is generally not possible. Here, we show that evolutionarily conserved molecular features of IDRs enable clustering of the human disordered proteome (IDRome) into a map with strong functional enrichments. We quantify how conserved IDR features correlate with functional terms and, for a subset of terms, provide proteome-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Phylogenetic trees describe the evolutionary history among biological species based on their genomic data. Maximum likelihood (ML) based phylogenetic inference tools search for the tree and evolutionary model that best explain the observed genomic data. Given the independence of likelihood score calculations between different genomic sites, parallel computation is commonly deployed. This is followed by a parallel summation over the per-site scores to obtain the overall likelihood score of the tree. However, basic arithmetic operations on IEEE 754 floating-point numbers, such as add
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования