Dynorphin A is a highly cationic neuropeptide that exhibits membrane activity beyond its canonical opioid receptor signaling. Here, we investigate how sequence variants of Dynorphin A associated with spinocerebellar ataxia type 23 modulate membrane disruption and aggregation behavior. Using computational electrophysiology simulations combined with liposome leakage and fluorescence-based aggregation assays, we show that Dynorphin A variants interact with lipid bilayers primarily via electrostatic recruitment, followed by mutation-dependent insertion and transient pore formation. Anionic lipids
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The intracellular environment is densely populated with macromolecules, creating crowded conditions. Whether in vitro environments or synthetic crowders like polyethylene glycol (PEG) accurately capture the complexity of RNA interactions in vivo remains unclear. Using all-atom molecular dynamics simulations, we investigated the HIV-1 TAR RNA hairpin in dilute, PEG-crowded, and realistic protein-crowded solutions. We found that PEG primarily exerts excluded-volume effects, maintaining RNA hydration and Na$^{+}$ ion condensation similar to dilute conditions. In contrast, protein crowders signifi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most voltage-gated potassium (Kv) channels are inhibited by peptide neurotoxins that occlude the pore with a positively-charged lysine. Kv1.5 repels these toxins electrostatically via four arginines (R487), one on each pore-forming subunit. Here, we describe chimera toxin (CmTx), a potent and selective blocker that prefers the slow-inactivated Kv1.5 conformation promoted by rapid firing and acidosis (Ki = 127 nM), conditions associated with atrial fibrillation and ischemia. CmTx was isolated by cell-based, phage-display library panning of de novo peptides engineered on a SAK1 scaffold and show
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial microcompartments are protein organelles with diverse metabolic capabilities. Their functional diversity is determined by an enzymatic core that is sequestered within a structurally conserved protein shell architecture. Segregation of protein cargo into the bacterial microcompartment is enabled by encapsulation peptides, which are short helical domains fused to core proteins through a disordered linker. Here, we investigate how encapsulation peptides drive multicomponent cargo assembly into biomolecular condensates. In vitro experiments supported by molecular dynamics simulations dem
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The adsorption of hydrochlorothiazide and aspirin drugs onto a phosphorus (P) -magnesium (Mg) -doped (5,3) single-walled carbon nanotube (SWCNT) is investigated by density-functional theory (DFT) calculations using the Vienna Ab initio Simulation Package (VASP). The optimization of different structures indicates that the hydrochlorothiazide drug is stronger adsorbed than aspirin onto (5,3) SWCNT-P-Mg, affecting de release kinetics of the drugs. The results manifest the importance of the selected dopant atoms on the modification of the material surface in order to change the adsorption properti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The effect of the Acetonitrile/Benzene mixture composition on excited state intramolecular proton transfer in 3-hydroxyflavone (3HF) was studied by means of density functional theory (DFT) and time-dependent DFT (TDDFT). The static dielectric constant εm is considered as a polarity parameter to characterize the composition of the two mixed solvents. We used the B3LYP/6-31G(d) level of theory for all the calculations of various properties (structural, electronic, spectroscopic, photophysical) in both ground and excited states. Our initial findings show that the mixture composition has a negligi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The environmental fate of the herbicide glyphosate (PMG) is determined by its favorable binding to metal (hydr)oxides, which is affected by environmental factors and the presence of competitors. A major competitor binding to metal (hydr)oxides is natural organic matter (NOM). This study investigated the competitive binding between humic acids (HA) and PMG on goethite with batch adsorption experiments, varying pH, ionic strength, and HA surface loading. HA strongly decreases PMG adsorption, increasing its solution concentration by multiple orders of magnitude. Interpretation of the competitive
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osmolytes play major role in stabilization of macromolecules like proteins and nucleic acids. The major force responsible for stabilization of these macromolecules are preferential binding and preferential exclusion or hydration. Here, we have determined intermolecular interactions of 5-fluorouracil (5FU) with calf thymus DNA (CT-DNA) with addition of osmolytes trimethylamine oxide (TMAO) and serine (Ser). The thermal stability and conformational changes of CT-DNA with 0.08 mM TMAO and 0.08 mM Ser showed that they stabilize DNA. It has been observed that 0.5 M TMAO and 0.5 M Ser showed more st
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: Amino acids are a highly effective and environmentally friendly adsorbent for SO2. However, there has been no comprehensive study of the binding modes between amino acids and SO2 at the molecular level. In this paper, the binding modes of three amino acids (Asp, Lys, and Val) with SO2 are studied comprehensively and in detail using quantum chemical calculations. The results indicate that each amino acid has multiple binding modes: 22 for Asp, 49 for Lys, and 10 for Val. Both the amino and carboxyl groups in amino acids, as well as those in side chains, can serve as binding sites for c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cyclooxygenase-2 (COX-2) is the key enzyme responsible for the conversion of arachidonic acid to prostaglandins that display pro-inflammatory properties and thus, it is a potential target protein to develop anti-inflammatory drugs. In this study, chemical and bio-informatics approaches have been employed to find a novel potent andrographolide (AGP) analog as a COX-2 inhibitor having better pharmacological properties than aspirin and rofecoxib (controls). The full amino acid sequenced human Alpha fold (AF) COX-2 protein (604AA) was selected and validated for its accuracy against the reported CO
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In-depth understanding of interfacial property is the key to guiding the synthesis of biomass composites with desired performance. However, the exploration is of great challenge due to limitations of experimental techniques in locating hydrogen, requiring large/good crystals and detecting a weak interaction like van der Waals (vdW). Herein, we experimentally and computationally investigated the composite cellulose/zinc oxide/g-C3N4. Hydrothermal synthesis afforded cellulose/ZnO, and then fabricated the ternary composite by adding g-C3N4 under ultrasonic condition. Three components are found to
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N-t e r t-butoxycarbonylation of amines in solution (water, organic solvents, or ionic liquids) is a common reaction for the preparation of drug molecules. To understand the reaction mechanism and the role of the solvent, quantum mechanical/molecular mechanical simulations using a polarizable multipolar force field with long⁻range electrostatic corrections were used to optimize the minimum energy paths (MEPs) associated with various possible reaction mechanisms employing the nudged elastic band (NEB) and the quadratic string method (QSM). The calculated reaction energies and energy barriers we
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Geometries, equilibrium dissociation energies (De), and intermolecular stretching, quadratic force constants (kσ) are presented for the complexes B⋯CO₂, B⋯N₂O, and B⋯CS₂, where B is one of the following Lewis bases: CO, HCCH, H₂S, HCN, H₂O, PH₃, and NH₃. The geometries and force constants were calculated at the CCSD(T)/aug-cc-pVTZ level of theory, while generation of De employed the CCSD(T)/CBS complete basis-set extrapolation. The non-covalent, intermolecular bond in the B⋯CO₂ complexes involves the interaction of the electrophilic region around the C atom of CO₂ (as revealed by the molecular
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To test the hypothesis that electrostatic repulsion is an important force opposing amyloid fibril assembly, we designed peptides that substitute strings of positively or negatively charged residues into the sequence of the amyloidogenic hormone amylin, which contributes to type 2 diabetes pathology. Arg-1 and Arg-2 substitute four positively charged arginines for segments that in structural models of amylin fibrils form the end of strand β1 and the beginning of strand β2, respectively. Mem-T substitutes negatively charged aspartates for the peptide segment with the largest avidity for membrane
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the current work we have applied the experimental and quantum chemical techniques to study the electro-optical and nonlinear optical properties of l-proline cadmium chloride monohydrate (LPCCM). Synthesis and good quality single crystals of LPCCM were grown (size=20mm×12mm×10mm). Crystal structure was confirmed by powder X-ray diffraction study. The calculated FT-IR and FT-Raman frequencies were analyzed. Detailed optical studies were carried out and various optical parameters are calculated. Using density functional theory, molecular geometry of LPCCM was optimized within framework of B3LY
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the present work, the complex formation of p-substituted dibenzyltin dichlorides with 1,10-phenanthroline. The reaction of (p-MeBz)2SnCl2 with 1,10-phenanthroline results (p-MeBz)2SnCl2-1,10-phenanthroline complex, (2a). Likewise (p-ClBz)2SnCl2 with 1,10-phenanthroline results (p-ClBz)2SnCl2-1,10-phenanthroline complex, (2b), in the similar reaction conditions. The IR, (1)H NMR, (13)C NMR, (119)Sn NMR spectral analyses indicate that the formation of hexacoordinated tin(IV) complexes in 1:1 ratio. The crystal structures of complexes 2a and 2b show that the tin atom is in regular octahedral g
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The electrophilic aromatic substitution for nitration, halogenation, sulfonation, and acylation is a vastly important category of chemical transformation. Its reactivity and regioselectivity is predominantly determined by nucleophilicity of carbon atoms on the aromatic ring, which in return is immensely influenced by the group that is attached to the aromatic ring a priori. In this work, taking advantage of recent developments in quantifying nucleophilicity (electrophilicity) with descriptors from the information-theoretic approach in density functional reactivity theory, we examine the reacti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Retention of 49 structurally diverse drugs on alpha1 acid glycoprotein column was investigated under different chromatographic conditions. Acetonitrile and 2-propanol were used as organic modifiers at different percentages and the pH was adjusted at 7.0 using PBS. Analysis of extrapolated and isocratic retention in terms of lipophilicity and electrostatic interactions revealed significant effect of the nature and percentage of organic modifier, which was attributed to the different shielding degree of the charged sites on the stationary phase by the buffer constituents. AGP retention factors w
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A method has been proposed for pure theoretical estimation of relative standard chemical potentials (1 mol/dm(3) standard state) and related K(c) equilibrium constants for tautomers/conformers dissolved in some solvents. The relative internal free energy could be obtained by means of in-solution ab initio/DFT methods. Using the free energy perturbation method for the transformation of the involved species, the solvation contribution to the relative standard chemical potential can be determined by considering 1 M solution models. Comparison of the ΔG(solv)/MC value calculated for the 1 M soluti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Visible light photocatalysis is a promising route for harnessing of solar energy to perform useful chemical reactions and to convert light to chemical energy. Nanoscale photocatalytic systems used to date were based mostly on oxide semiconductors aided by metal deposition and were operational only under UV illumination. Additionally, the degree of control over particle size and shape was limited. We report visible light photocatalysis using highly controlled hybrid gold-tipped CdSe nanorods (nanodumbbells). Under visible light irradiation, charge separation takes place between the semiconducto
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования