BACKGROUND: Since PGAP (pan-genome analysis pipeline) was published in 2012, it has been widely employed in bacterial genomics research. Though PGAP has integrated several modules for pan-genomics analysis, how to properly and effectively interpret and visualize the results data is still a challenge.
RESULT: To well present bacterial genomic characteristics, a novel cross-platform software was developed, named PGAP-X. Four kinds of data analysis modules were developed and integrated: whole genome sequences alignment, orthologous genes clustering, pan-genome profile analysis, and genetic varia
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The plasma membrane Ca2+ ATPase (PMCA pump) is a member of the superfamily of P-type pumps. It is organized in the plasma membrane with ten transmembrane helices and two main cytosolic loops, one of which contains the catalytic center. It also contains a long C-terminal tail that houses the binding site for calmodulin, the main regulator of the activity of the pump. The pump also contains a number of other regulators, among them acidic phospholipids, kinases, and numerous protein interactors. Separate genes code for 4 basic pump isoforms in mammals, additional isoform complexity being generate
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Previous studies demonstrated a possible association between anti-depressant therapy with selective serotonin reuptake inhibitors (SSRI) and tricyclic anti-depressants (TCA), several genetic and hormonal pathways and cancer risk, with inconsistent results. Exposure to serotonin-norepinephrine reuptake inhibitors (SNRI) was not studied extensively. We sought to evaluate the association between exposure to SSRIs, TCAs and SNRIs and the five most common solid tumors. We conducted nested case-control studies using a large UK population-representative database. Cases were those with any
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Maternal smoking during pregnancy is one proposed risk factor for gastroschisis, but reported associations have been modest, suggesting that differences in genetic susceptibility might play a role. We included 108 non-Hispanic white and 62 Hispanic families who had infants with gastroschisis, and 1,147 non-Hispanic white and 337 Hispanic families who had liveborn infants with no major structural birth defects (controls) in these analyses. DNA was extracted from buccal cells collected from infants and mothers, and information on periconceptional smoking history was obtained from maternal interv
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
On-going airway inflammation is characteristic for the pathophysiology of chronic obstructive pulmonary disease (COPD). However, the key factors determining the decrease in lung function, an important clinical parameter of COPD, are not clear. Genome-wide linkage analyses provide evidence for significant linkage to airway obstruction susceptibility loci on chromosome 8p23, the location of the human defensin gene cluster. Moreover, a genetic variation in the defensin beta 1 (DEFB1) gene was found to be associated with COPD. Therefore, we hypothesized that DEFB1 is differently regulated and expr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Alpha-1-antitrypsin (AAT) is a serine protease inhibitor that blocks the protease, neutrophil elastase. Previous population studies have suggested that heterozygote status for the AAT gene (SERPINA1) is a risk factor for chronic rhinosinusitis with nasal polyposis (CRSwNP). This implies a potential genetic predisposition to CRS tied to AAT deficiency. The purpose of this study was to investigate the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the SERPINA1 gene and CRS.
METHODS: DNA extracted from a population of 206 patients diagnosed with CRSwNPs and 196 postal
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To compare characteristics of gout in Hmong patients versus whites, and examine if Hmong ethnicity is associated with risk of tophaceous gout.
METHODS: A retrospective chart review of Hmong and White patients with gout in a large health care system (Health Partners) in St. Paul, Minnesota, from January 2001 to March 2008, to compare clinical characteristics and risk factors for gout. Multivariable-adjusted hierarchical logistic regressions examined the association of Hmong ethnicity with risk of tophaceous gout, adjusting for age, sex, hypertension, diuretic use, and kidney functio
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The craniosynostoses represent a group of pathologies characterised by the premature fusion (during prenatal or perinatal stages or early infancy) of one or more of the cranial sutures. Its genetic origins are not completely clear although mutations in the genes that code for fibroblast growth factor receptors have been described; depending upon the gene involved, the type of mutation and the embryological period in which the mutation itself occurs, a type of craniosynostosis arises that may involve one or more cranial sutures. The premature fusion results in a lack of growth in the regions co
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Post-transcriptional modifications at the first (wobble) position of the tRNA anticodon participate in precise decoding of the genetic code. To decode codons that end in a purine (R) (i.e. NNR), tRNAs frequently utilize 5-methyluridine derivatives (xm(5)U) at the wobble position. However, the functional properties of the C5-substituents of xm(5)U in codon recognition remain elusive. We previously found that mitochondrial tRNAs(Leu(UUR)) with pathogenic point mutations isolated from MELAS (mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes) patients lacked the 5-t…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ambient protein levels are under coordinated control of transcription, mRNA translation, and degradation. Whereas transcription and degradation mechanisms have been studied in depth in renal science, the role of mRNA translation, the process by which peptide synthesis occurs according to the genetic code that is present in the mRNA, has not received much attention. mRNA translation occurs in three phases: Initiation, elongation, and termination. Each phase is controlled by unique eukaryotic factors. In the initiation phase, mRNA and ribosomal subunits are brought together. During the elongatio…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Obstetric cholestasis (OC) is a pregnancy-specific liver condition that typically presents with generalised pruritus in the absence of a rash in the late second trimester or third trimester. It is more common in certain ethnic groups, particularly those from South Asian, South American, Nordic and Scandinavian regions, and has a familial and genetic basis. Recent research suggests that the pathophysiology may reside in mutations in genes that code for bile acid transporter proteins. Mutations involving the bile acid transporters may impair maternal excretion and influence transplacental passag
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The incidence of leptospirosis in human beings has been increasing in recent years. Early diagnosis and treatment can prevent complications … in a clinical sample. Fingerprinting tools such as RAPD, REA, RFLP, PFGE etc translate the complex genetic code into easily recognizable patterns, which facilitates characterization of the isolates up to sub-serovar level.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The author has proposed in previous publications that isolated cardiac malformations have an evolutionary origin. This is partly supported by the fact that isolated cardiac malformations found in humans occur also in other placental mammals as well as in birds. External gross examination of the heart in just over 5,000 birds was carried out during a 3 year period. Anomalies included one instance of duplicate hearts, two specimens in which no heart could be identified and in a fourth, a yellow-rumped warbler, the heart lay in the neck outside of the thoracic cavity. Published reports of similar
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most genetic variants associated with complex diseases lie in non-coding regions1, complicating efforts to identify effector genes and relevant cell types. Here we map cis-expression quantitative trait loci (eQTLs) across 2.2 million single cells using intestinal biopsies and blood from 421 individuals, including 125 with inflammatory bowel disease (IBD). Cell-type-level eQTLs were more distal to transcription start sites, enriched in enhancers, less likely to regulate the nearest gene, and more than 3.5-fold more likely to colocalize with IBD loci detected in genome-wide association studies (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic variants in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2)1are among the most frequent monogenic causes of Parkinson's disease (PD)2 and act through a gain-of-function mechanism of increased kinase activity. LRRK2-targeted therapies are in clinical development, but interpretation of the rapidly expanding catalogue of rare LRRK2 variants remains a barrier to translation. Here, we present functionally annotated data on >350 LRRK2 coding variants using a standardized cellular assay with Rab10 phosphorylation as a readout of kinase activity and integrated these data with curated genetic and clini
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schizophrenia (SCZ) is a highly heritable complex disorder influenced by coding and noncoding genetic variation. Its genetic causes, particularly those involving noncoding variation, are largely unknown. High-throughput CRISPR screens enable dissection of disease-associated loci and identification of noncoding regulatory elements and variants that modulate gene expression. We screened SCZ GWAS loci linked to genes that are also associated in whole-exome sequencing studies to identify regulatory elements and variants impacting expression of disease-relevant genes. We used CRISPRi paired with HC
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The budding yeast Saccharomyces cerevisiae is a well-established model for studying the genetic basis of complex traits, and it is a powerful system for investigating mechanisms of aging. Here, we examine the genomic and transcriptomic factors contributing to increased replicative age in recombinant yeast populations harboring standing genetic variation. Using Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS), we isolated young and aged cohort pairs across twelve biological replicates and sequenced their progeny to assess patterns of differentiation at the nucleotide and transcription levels. Most di
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Head and neck cancers (HNCs) are characterized by substantial genetic, epigenetic, transcriptional, and microenvironmental heterogeneity, which contributes to variable responses and limited durability of non-coding RNA (ncRNA)-based therapies. Although previous reviews have extensively catalogued dysregulated miRNAs, lncRNAs, and circRNAs in HNC, less attention has been paid to how tumor heterogeneity dynamically reshapes ncRNA-target relationships and therapeutic responses. Here, we introduce heterogeneity-driven target drift as a conceptual framework linking multidimensional tumor heterogene
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is a strong genetic contribution to the etiology of congenital diaphragmatic hernia (CDH). This study evaluated genetic testing results and diagnostic yield for fetuses and children with CDH. This was a retrospective cohort study of exome sequencing (ES) performed at GeneDx for fetuses and children ≤ 18 years of age with CDH compared with genome sequencing (GS) from an institutional cohort. ES was available for 560 individuals (62% [n = 349] complex/syndromic; 38% [n = 211] isolated/non-syndromic) with a reportable finding identified in 61% (n = 342) overall, including 64% in complex/syn
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systemic lupus erythematosus (SLE) is a complex autoimmune disease characterized by dysregulated B cell responses and pathogenic autoantibody production. Given the central role that B cells play in SLE pathogenesis, we aimed to characterize genetic variation within the B cell compartment of African ancestry (AFR) women with SLE who are disproportionately and more severely affected by SLE. Here, we analyzed RNA-seq data from a previously published study of high disease activity AFR SLE individuals and healthy controls (HC) to identify coding variants in B cells with potential functional consequ
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования