Cytotoxic chemotherapy primarily targets rapidly proliferating cancer cells but also depletes normal myeloid cells. The resulting cell loss triggers reactive myelopoiesis, a compensatory process in which hematopoietic stem and progenitor cells in the bone marrow (BM) regenerate myeloid lineages. We previously showed that the alkylating agent cyclophosphamide (CTX) induces myelopoiesis, leading to the expansion of immunosuppressive monocytes in mice. However, the molecular features and clinical relevance of these cells remain poorly understood. Here, we report the emergence of immunosuppressive
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oncogene amplification on extrachromosomal DNA is a common driver of tumor progression and is associated with acquired drug resistance and poor patient survival. While bulk whole genome sequencing studies have revealed the landscape of genes amplified on extrachromosomal DNA in tumors, it remains challenging to study the subclonal heterogeneity and functional (e.g., transcriptomic) consequences of extrachromosomal DNA on tumors. To address this, we introduce scAmp: a probabilistic algorithm for detecting and analyzing extrachromosomal DNA from single-cell datasets. Using well-characterized cel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gastric cancer remains one of the most lethal and prevalent malignancies, yet the cellular composition and developmental trajectory of its tumor populations are not fully understood. In this study, we performed single-cell multiome sequencing on paired tumor and adjacent tissue samples from gastric cancer patients. By integrating single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (scATAC-seq) data, we identified three primary epithelial components in gastric cancer: normal cells, metaplastic cells and cancer cells. Our analysis re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is characterised by a pronounced desmoplastic reaction, predominantly composed of cancer-associated fibroblasts (CAFs), including myofibroblastic CAFs (myCAFs).
METHODS: We performed a single-cell assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (scATAC-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on pancreas tissues from KPC mice (LSL-KrasG12D/+; LSL-Trp53R172H/+; Pdx-1-Cre) to characterise myCAF heterogeneity. A transgelin (Tagln) knockout orthotopic mouse model was used to determine the functional role of Ta
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meiotic crossovers promote correct chromosome segregation and the shuffling of genetic diversity. However, the measurement of crossovers remains challenging, impeding our ability to decipher the molecular mechanisms that are necessary for their formation and regulation. Here we demonstrate a novel repurposing of the single-nucleus Assay for Transposase Accessible Chromatin with sequencing (snATAC-seq) as a simple and high-throughput method to identify and characterize meiotic crossovers from haploid testis nuclei. We first validate the feasibility of obtaining genome-wide coverage from snATAC-
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antibiotic resistance genes (ARGs) pose significant threats to public health and environmental safety, yet the mobility and hosts of ARGs in animal manure-soil systems remain poorly understood. Here, we evaluated the environmental risks of tilmicosin (TIL) and investigated ARG profiles, mobility, and drivers in pig manure-soil systems using metagenomic assembly. TIL was effectively degraded during aerobic composting and fertilization via hydroxylation, demethylation, and deglycosylation. Notably, the total abundance of ARGs significantly decreased during aerobic composting and fertilization, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As the staple food of over half the world's population, rice with a high resistant starch (RS) content may be beneficial in the dietary prevention of diabetes and hyperlipidemia. Mutating key enzymes in starch metabolism to increase the RS content has been successful in other crops. However, there are always adverse effects, such as low grain weight, wrinkled seeds, and powdery endosperm that accompany the high RS content in rice. Here, we identified two cis-regulatory elements (CREs) related to SBEIIb by combining assay-for-transposase-accessible-chromatin sequencing, DNAase I hypersensitive
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During skin development, ectoderm-derived cells undergo precisely coordinated proliferation, differentiation, and adhesion to yield stratified epidermis. Disruptions in these processes can result in congenital anomalies, including ectodermal dysplasia and harlequin ichthyosis. PRMT5-an enzyme responsible for methylating arginine residues in histones and other proteins-maintains progenitor status in germ and limb bud cells. Similarly, in vitro evidence suggests that PRMT5 prevents differentiation of basal keratinocytes, leading us to hypothesize that PRMT5 preserves the stem-cell phenotype of k
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Psoriasis is a chronic inflammatory skin disease with recurrence that often reappears at previously affected sites, suggesting an epigenetic imprint in healed skin. However, the chromatin landscape of clinically healed psoriatic keratinocytes remains uncharacterized. We performed Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing on epidermal keratinocytes isolated from psoriasis-affected, clinically healed, and control skin samples. Compared with those of healthy skin, psoriasis-affected keratinocytes exhibited widespread alterations in chromatin accessibility. Although most of these
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Developmental dysplasia of the hip (DDH) is a developmental disorder that has long-term chronic pain and limited hip joint mobility. The aim of the current study is to understand the specific chondrocyte composition involved in DDH development, identify effective biomarkers for DDH prediction, and elucidate the gene regulatory elements driving DDH progression.
METHOD: In this study, we performed an integrated analysis combining single-cell RNA sequencing and single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing to investigate the molecular programs and epigenetic change
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonresolving inflammation causes irreversible damage to periodontal ligament stem cells (PDLSCs) and impedes alveolar bone restoration. The impaired tissue regeneration ability of stem cells is associated with abnormal mitochondrial metabolism. However, the impact of specific metabolic alterations on the differentiation process of PDLSCs remains to be understood. In this study, we found that inflammation altered the metabolic flux of the tricarboxylic acid cycle and induced the accumulation of fumarate through metabolic testing and metabolic flux analysis. Transcriptome sequencing revealed the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antibiotic resistome could be aerosolized under wastewater aeration processes, however, their seasonal variation, mobility, hosts, aerosolization behavior, and risk, are largely unknown. Herein, the antibiotic resistant pollution associated with fine particulate matter (PM2.5) from the actual aeration tank (AerT), was analyzed using metagenomic assembly. The antibiotic resistance of AerT-PM2.5 was characterized by significant seasonality. Antibiotic resistance genes (ARGs) in AerT-PM2.5, exhibited higher enrichment and mobility and were harbored more by pathogens than those in upwind-PM2.5, re
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Resistance to carbapenems emerged in clinical settings and has rapidly spread to other sectors, such as food and the environment, representing a One Health problem. In this regard, vegetables contaminated by critical priority pathogens have raised global concerns. Here, we have performed a whole-genome sequence-based analysis of extensively drug-resistant Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, and Pseudomonas aeruginosa strains isolated from cabbage, spinach, and lettuce, respectively. Genomic analysis revealed the emergence of international and high-risk clones belonging to ST340, ST155, an
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Natural killer (NK) cells have high intrinsic cytotoxic capacity, and clinical trials have demonstrated their safety and efficacy for adoptive cancer therapy. Expression of chimeric antigen receptors (CARs) enhances NK cell target specificity, with these cells applicable as off-the-shelf products generated from allogeneic donors. Here, we present for the first time an innovative approach for CAR NK cell engineering employing a non-viral Sleeping Beauty (SB) transposon/transposase-based system and minimized DNA vectors termed minicircles. SB-modified peripheral blood-derived primary NK cells di
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas aeruginosa harbors sophisticated transcription factor (TF) networks to coordinately regulate cellular metabolic states for rapidly adapting to changing environments. The extraordinary capacity in fine-tuning the metabolic states enables its success in tolerance to antibiotics and evading host immune defenses. However, the linkage among transcriptional regulation, metabolic states and antibiotic tolerance in P. aeruginosa remains largely unclear. By screening the P. aeruginosa TF mutant library constructed by CRISPR/Cas12k-guided transposase, we identify that rccR (PA5438) is a majo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Until now, there has been no particularly effective treatment for chronic kidney disease (CKD). Fibrosis is a common pathological change that exist in CKD.
METHODS: To better understand the transcriptional dynamics in fibrotic kidney, we make use of single-nucleus assay for transposase-accessible chromatin sequencing (snATAC-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) from GEO datasets and perform scRNA-seq of human biopsy to seek possible transcription factors (TFs) regulating target genes in the progress of kidney fibrosis across mouse and human kidneys.
RESULTS: Our analys
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While therapies targeting CD19 by antibodies, chimeric antigen receptor T cells (CAR-T), and T cell engagers have improved the response rates in B cell malignancies, the emergence of resistant cell populations with low CD19 expression can lead to relapsed disease. We developed an in vitro model of adaptive resistance facilitated by chronic exposure of leukemia cells to a CD19 immunotoxin. Single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) showed an increase in transcriptionally distinct CD19lo populations among resistant cells. Mass cytometry demonstrated that CD22 was also decreased in these CD19lo-resistant ce
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) broadly impacts host genes, affecting the infected cell population and inducing the development of a disease with a poor prognosis, adult T-cell leukemia-lymphoma (ATL). This study aimed to provide a comprehensive epigenomic characterization of the infected cell population and evaluated the transcriptome and chromatin structures of peripheral blood cells in HTLV-1-infected individuals using RNA sequencing (RNA-seq) and assay for transposase-accessible chromatin sequencing (ATAC-seq). The infected cells showed significant changes in gene expression pa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meishan pigs are a well-known indigenous pig breed in China characterized by a high fertility. Notably, the number of endometrial grands is significantly higher in Meishan pigs than Duroc pigs. The characteristics of the endometrial tissue are related to litter size. Therefore, we used the assay for transposase-accessible chromatin with sequencing (ATAC-seq) and RNA-sequencing (RNA-seq) to analyze the mechanisms underlying the differences in fecundity between the breeds. We detected the key transcription factors, including Double homeobox (Dux), Ladybird-like homeobox gene 2 (LBX2), and LIM ho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrahepatic cholangiocarcinoma (iCCA) is a subtype of CCA and has a high mortality rate and a relatively poor prognosis. However, studies focusing on increased cell motility and loss of epithelial integrity during iCCA progression remain relatively scarce. We collected seven fresh tumor samples from four patients to perform RNA sequencing (RNA-seq) and assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) to determine the transcriptome profile and chromatin accessibility of iCCA. The increased expression of cell cycle regulators, including PLK1 and its substrate MISP, was ide
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования