An integrated transcriptomic and metabolomic analysis was conducted to elucidate the molecular mechanisms underlying heat stress response in Pleurotus pulmonarius, a commercially important edible mushroom sensitive to elevated temperatures. Through comparative RNA-seq and UPLC-MS based metabolomics, we identified 4,388 differentially expressed genes (DEGs) and 1,282 differentially accumulated metabolites (DAMs) in mycelia exposed to 42 °C for 6 h compared with control conditions. Integrated pathway analysis revealed that pyrimidine metabolism, tryptophan metabolism, and cysteine/methionine met
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melanoma is a highly immunogenic malignancy, yet responses to systemic therapy remain variable. The tumour-draining lymph node (TDLN), including the sentinel lymph node (SLN) during early regional spread, is not only a site of metastatic dissemination but also an important setting for T-cell priming and immune regulation. Conventional classification of nodes as tumour-positive or tumour-negative provides essential staging information but reveals little about their immune state. Single-cell immune transcriptomics, T-cell receptor sequencing and single-cell epigenomics now allow T-cell states, c
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identifying drought-responsive genes is critical for climate-resilient crop breeding, yet computational gene-trait association often relies on single-omics or generalized genomic datasets. Optimal algorithm selection for high-dimensional, small multi-omics datasets also remains a persistent challenge. We present a machine learning framework that extends the QTG-Finder feature set by integrating transcriptomic and proteomic features to classify drought-responsive genes in rice. Using MBKBase annotations, we evaluated the ability of these models to prioritise 336 drought-responsive genes among 2
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Keloid is a pathological skin fibrosis disease characterized by abnormal proliferation of dermal fibroblasts and excessive deposition of extracellular matrix (ECM). Its high recurrence rate necessitates an in-depth investigation of molecular mechanisms to develop effective treatment strategies.
METHODS: In this study, 20 samples of keloid tissue and adjacent normal skin were collected. Transcriptome sequencing and proteome analysis were performed, combined with differential expression analysis, functional enrichment, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), and protei
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE: Genetically predicted molecular traits provide a cost-effective approach for identifying biomarkers and uncovering underlying biological mechanisms. We extended this framework to investigate gene-smoking interactions in lung cancer susceptibility.
OBJECTIVES: To identify trans-omics gene-smoking interactions affecting lung cancer risk and to assess how biomarkers modify effect of smoking.
METHODS: We conducted the first trans-omics gene-smoking interaction study of lung cancer by integrating consortium-scale individual genotype data (27 737 cases vs 449 910 noncases) from the Inte
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Circadian rhythm disorders are epidemiologically linked to colorectal cancer (CRC), but causal relationships and molecular mechanisms remain unclear. We applied a multi-omics Mendelian Randomization (SMR) framework to assess the causal effects of circadian rhythm-related genes on CRC. Instrumental variables were derived from blood-based QTLs for methylation (mQTL), expression (eQTL), and protein levels (pQTL), with validation using tissue-level eQTLs. Summary data for CRC came from the FinnGen R12 GWAS. Colocalization analyses confirmed shared genetic variants. Candidate genes were further eva
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systemic therapies for advanced hepatocellular carcinoma (HCC) have expanded considerably with the advent of tyrosine kinase inhibitors, immune checkpoint inhibitors and immunotherapy-anti-angiogenic combinations. However, despite this therapeutic diversification, first-line treatment selection remains largely empirical, as few biomarkers are available at diagnosis to inform therapeutic choice. This review provides a practice-oriented synthesis of predictive biomarkers evaluated in advanced HCC, distinguishing those that are clinically transposable from those that remain exploratory. Among cur
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The myelin sheath is critical for efficient neural signaling and central nervous system function, yet noninvasive methods to quantify myelin content in vivo require robust biological validation. Myelin Water Fraction (MWF) derived from the Bayesian Monte Carlo analysis of multicomponent Driven Equilibrium Single Pulse Observation of T1 and T2 (BMC-mcDESPOT) imaging method offers a promising biomarker of myelin content, but its biological specificity requires further validation. To elucidate the molecular underpinnings of MWF derived using BMC-mcDESPOT, we integrated this advanced MRI method wi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Diabetic patients face elevated risks of severe COVID-19, yet the molecular underpinnings of disease progression, particularly for Omicron subvariants, which have predominated since late 2021, remain poorly defined. This observational study leverages a cohort recruited during China's Omicron peak (December 2022-February 2023) to delineate multi-omic signatures underlying severe diabetic COVID-19.
METHODS: We enrolled 55 patients across five clinical strata: non-diabetic mild/severe, diabetic mild/severe/fatal. Integrated 4D-DIA proteomics and LC/GC-MS metabolomics were applied, ad
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gut microbiome is increasingly recognized as a fundamental regulator of metabolic health, shaping energy balance, insulin sensitivity, inflammatory tone, and inter-organ communication through a broad spectrum of microbial metabolites that engage host signaling pathways. In this review, we synthesize current mechanistic insights into how gut microbial communities shape metabolic function, with particular emphasis on short-chain fatty acids, secondary bile acid signaling, gut barrier integrity, immune modulation, and the microbiota-gut-brain-pancreas axis. We further summarize disease-associ
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acute myeloid leukemia (AML) remains a therapeutic challenge due to chemoresistance and immunosuppression. This study aimed to discover novel regulatory mechanisms in AML pathogenesis.
METHODS: Integrative transcriptomic (GSE30029) and proteomic (PXD008378) analyses with machine learning (LASSO, SVM-RFE, random forest) were performed to identify core AML regulators. Functional validation was conducted in AML cell lines (HL-60, NB4), including cell proliferation and apoptosis assays, cytarabine (Ara-C) sensitivity testing, and a subcutaneous xenograft model. Macrophage polarization
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Emerging evidence has demonstrated that lung cancer patients with brain oligometastases (oligo-BMs) could benefit from local radical therapies. Despite rapid advancements in the treatment of oligometastatic disease, the molecular determinants governing the oligometastatic phenotype in the central nervous system remain elusive.
METHODS: We performed 1021-panel sequencing, transcriptome profiling, DNA methylation mapping, and multiplex immunohistochemistry on 20 paired primary lung adenocarcinoma and oligo-BMs specimens to delineate their evolutionary dynamics and microenvironmental
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colletotrichum fructicola is a significant phytopathogen in both pre- and postharvest stages of fruit development and storage. The development of environmentally friendly biological control agents has attracted increasing research interest. In this study, we characterized a fungal strain (Epicoccum layuense LQ) that strongly inhibits C. fructicola. A potato dextrose broth culture filtrate of strain LQ inhibited the vegetative growth of C. fructicola by approximately 80% at a 1:10 (vol/vol) dilution. Cytological observations revealed that the filtrate disrupted mitosis and cellular polarity dur
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diabetic cardiomyopathy (DCM) is a major contributor to heart failure in diabetic patients, characterized by profound metabolic remodeling and diastolic dysfunction. However, the multi-layered epitranscriptomic and post-transcriptional networks involved in this disease remain poorly understood. To address this, we established a type 2 diabetes-associated DCM mouse model using a high-fat diet (HFD) combined with low-dose streptozotocin (STZ) injections. By integrating single-molecule direct RNA sequencing (DRS-seq), chromatin accessibility profiling (ATAC-seq), and conventional bulk RNA-seq, we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recombinant signal binding protein for immunoglobulin kappa J region (RBPJ) is the central effector of the Notch signaling pathway, which is a highly conserved pathway that regulates developmental and differentiation processes impacting tissue development, morphology, and function. The duck oviduct undergoes dramatic morphological and functional remodeling as laying egg or not, wherein fibroblasts play critical roles in extracellular matrix (ECM) remodeling and tissue homeostasis. However, the regulatory role of RBPJ in duck oviduct fibroblasts remains poorly understood. This study investi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ETHNOPHARMACOLOGICAL RELEVANCE: Gengnianshou Formula (GNS), a traditional Chinese medicine formula composed of 9 herbs, has long been used for regulating menopausal syndromes based on the TCM theory. However, its mechanistic basis for ameliorating perimenopausal obesity (a common estrogen deficiency-induced metabolic disorder) remains unelucidated.
AIM OF THE STUDY: This study aimed to investigate the anti-obesity effects of GNS under estrogen-deficient conditions and to explore the potential involvement of HSPA5 and phosphatidylcholine (PC) metabolism using network pharmacology and multi-omi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Breast cancer is a leading cause of mortality among women worldwide. Accurate survival prediction can improve clinical decision-making and support personalized treatment planning. This study aims to develop an interpretable and effective deep learning model for breast cancer survival prediction using multi-omics data.
METHODS: This study proposes a novel deep learning model combining Bi-directional Long Short-Term Memory (BiLSTM) and Convolutional Neural Network (CNN) architectures, integrated with Minimum Redundancy Maximum Relevance (MRMR) feature selection. The model was evalua
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gut microbiota-derived lipopolysaccharide (LPS) is a critical mediator in the pathogenesis of nonalcoholic fatty liver disease and metabolic syndrome. The liver plays a crucial role in mediating immune responses and detoxifying endotoxins through bile secretion. However, the precise role of bile acid metabolism in LPS-induced liver injury and the underlying regulatory mechanisms remain poorly understood. RNA sequencing of liver and ileum tissues, combined with targeted metabolomic profiling of liver and cecal chyme and full-length 16S rRNA sequencing of cecal microbiota, revealed that LPS disr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sepsis-induced coagulopathy (SIC) is a life-threatening complication characterized by high heterogeneity and mortality. Current prognostic models relying solely on clinical indices often fail to capture complex molecular pathophysiology, limiting precise risk stratification. This study aimed to unveil the molecular landscape of SIC via multi-omics integration and develop a robust machine learning (ML) predictive model.
METHODS: We conducted a comprehensive study of 878 SIC patients. A discovery cohort of 626 patients underwent blood transcriptomic profiling (RNA-seq) and a subset
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The health impacts and underlying biological pathways of thigh muscle fat infiltration (TMFI) remain incompletely understood. In this study, we analyzed TMFI measured by magnetic resonance imaging in 55,120 UK Biobank participants and found that higher TMFI was significantly associated with all-cause mortality as well as with all major system-specific diseases examined (p values ranged from 2.50 × 10-88 to 9.97 × 10-04). TMFI also mediated the effects of lifestyle factors on health-related outcomes, with mediation proportions ranging from 6.7% to 71.7%. A genome-wide association study (GWAS) i
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования