BACKGROUND: Oxidative stress (OS) is increasingly implicated in benign prostatic hyperplasia (BPH), yet the underlying cellular programs remain unclear. We integrated multi-omics and machine learning to identify OS-associated biomarkers and to characterize OS-linked stromal states, with targeted experimental validation.
METHODS: Two bulk transcriptomic datasets (12 BPH, 16 controls) were integrated to identify DEGs and OS-associated DEGs, followed by WGCNA, enrichment analyses, and four machine-learning algorithms to prioritize hub genes and build a diagnostic nomogram. Consensus clustering d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As a prominent group of endophytic fungi, Xylaria species have attracted considerable research interest due to their capacity to produce diverse bioactive secondary metabolites. In this study, we performed comprehensive whole-genome sequencing and annotation of Xylaria sp. VDL4 using third-generation sequencing technology, followed by comparative genomic analysis. Integrated multi-omics analyses were employed to investigate the secondary metabolites and their biosynthetic pathways in Xylaria sp. VDL4 under various culture conditions. The results of genomic analysis showed that the genome of Xy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Thoracic radiotherapy commonly causes radiation-induced lung injury (RILI); however, its mechanisms remain poorly defined, and no FDA-approved therapies are available.
METHODS: To identify key pathways and regulators, we analyzed metabolic and transcriptomic alterations in a murine model of RILI. Following a 15 Gy thoracic irradiation, lung tissues were assessed by histopathology (H&E and Masson staining), LC-MS-based metabolomics, and transcriptomics.
RESULTS: Irradiated lungs showed erythrocyte exudation, inflammatory infiltration, fibrosis, and epithelial damage, whereas contr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study examines adverse factors impacting male reproductive health in northwest China, with a focus on phthalate exposure and its mechanisms. A questionnaire covering demographics, living environment, and medical history was used for data collection. From 1096 participants with complete questionnaires and semen data, 90 individuals-30 each from the normal, asthenozoospermia (AS), and oligozoospermia (OL) groups-were selected for further analysis. Urine, seminal plasma, and sperm samples were collected for high-throughput targeted metabolomics, lipidomics, and proteomics. This is the first
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Potato (Solanum tuberosum L.) tuber starch is a major determinant of crop quality and industrial value, yet the regulatory mechanisms underlying starch accumulation in autotetraploid cultivars remain poorly resolved. Here, we performed integrated transcriptomic and metabolomic analyses using a segregating tetraploid population derived from parents with contrasting starch content. Extreme phenotypes were selected to systematically dissect the molecular basis of starch accumulation. Transcriptome profiling revealed extensive transcriptional reprogramming between high- and low-starch genotypes, w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study explores the links between palmitoylation-related genes and the progression of osteoarthritis (OA) and its downstream regulatory mechanism.
METHODS: By integrating palmitoylation-related gene eQTL data with OA GWAS data, Mendelian randomization (MR) and the summary data-based MR (SMR) analyses were used to identify causal links. Key genes were validated by RNA-seq differential expression analysis, and Western blot and qRT-PCR confirmed genes expression and their impacts in chondrocytes. CCK-8 and EdU assays detected effects on chondrocyte proliferation, while transwell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteins act as the terminal effectors of cellular function, encoding the phenotypic consequences of genomic and transcriptomic programmes. Although transcriptomic profiles serve as accessible proxies, they remain incomplete surrogates for the proteomic landscape that ultimately defines cellular phenotypes. Current single-cell foundation models, however, are trained exclusively on transcriptomes, resulting in biased and partial characterizations of cellular states. To address this limitation, we introduce CAPTAIN, a multimodal foundational model pretrained on over four million single cells wit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Radiation-induced brain injury (RIBI) is a serious complication of cranial radiotherapy, yet its molecular mechanisms remain unclear. This study aimed to identify novel therapeutic targets for RIBI through integrated dual-omics analysis.
METHODS: A mouse model of RIBI was established using 15 Gy of whole-brain X-ray irradiation. Behavioral tests and histopathological examinations were performed to validate cognitive dysfunction and neuronal damage. Hippocampal tissues were analyzed via transcriptomics and metabolomics to uncover key molecular changes.
RESULTS: Transcriptomic anal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD) is a chronic condition impacting over 30% population, yet the dynamic changes in macrophage composition from steatosis to steatohepatitis (metabolic dysfunction-associated steatohepatitis, MASH) remain unclear. Here, by integrating single-nucleus transcriptomics, spatial multi-omics and proteomics on human samples, we delineate the evolving landscape of hepatic macrophages across the MASLD spectrum. Our analysis reveals a progressive depletion of Kupffer cells accompanied by the emergence of diverse, phenotypically distinct macro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tetrabromobisphenol S (TBBPS), a widely used brominated flame retardant (BFR), is increasingly detected in environmental and biological samples, raising urgent concerns. Although several in vitro studies have investigated the hepatotoxicity of TBBPS, the in vivo effects and mechanisms of chronic exposure, particularly by the liver-microbiota-gut axis, remain largely unexplored. In this study, we administered TBBPS via oral gavage to C57BL/6 J male mice and employed an integrated multi-omics strategy consisting of transcriptomics, serum non-targeted metabolomics, and 16S rDNA gene sequencing. T
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
IntroductionTo develop and evaluate a multi-omics machine-learning model that integrates clinical variables, dose-volume histogram (DVH) metrics, radiomics, and dosiomics from both the rectum and rectal wall regions of interest (ROIs) to improve prediction of acute radiation proctitis (ARP) in cervical cancer patients receiving radiotherapy.MethodsIn this single-center retrospective cohort, 107 cervical cancer patients were randomly split into a training set (n = 85) and a testing set (n = 22) in an 8:2 ratio. Radiomic were extracted from planning CT, and dosiomic features from 3-D RT-dose dis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Dutch flagship project Next Generation ImmunoDermatology (NGID) aims to profile five chronic immune-mediated inflammatory skin diseases: atopic dermatitis (AD), plaque psoriasis (PSO), hidradenitis suppurativa (HS), chronic spontaneous urticaria (CSU) and cutaneous lupus erythematosus (CLE) in comparison with cutaneous T-cell lymphoma subtype mycosis fungoides (MF) and healthy volunteers. Within NGID, a clinical study entitled: 'SKIN disease profiling by an Exploratory, pRospective, biomarker study in dermatoloGY practice (SKINERGY)' will be conducted as a multicentre, parallel
СтатьяМногоцентровое исследованиеНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute liver failure (ALF) due to hepatitis A (ALF-A) has high mortality, but admission-day markers associated with disease severity and outcome are unknown. We aimed to define gut microbiome and plasma multi-omics signatures associated with severity and 90-day outcomes in ALF-A, compared to drug-induced ALF (ALF-D) as non-viral ALF group. ALF patients (aged 26 ± 9 years; 50.7% male, 49.3% female) with IgM HAV positive (ALF-A, n = 33), ALF-D (n = 38) were recruited along with acute viral hepatitis (AVH-A, n = 27) and healthy subjects (HC, n = 20). Stool bacteria profiling was done at D0; plasma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although substantial progress has been made in the treatment of HIV infection, the regulatory mechanisms linking genetic variation, transcriptomic alterations, immune-cell changes, and post-transcriptional control remain poorly defined. A systematic multi-omics framework is needed to identify key molecular drivers and candidate biomarkers associated with HIV infection. We performed an integrated multi-omics analysis combining protein quantitative trait locus (cis-pQTL)-based summary-data Mendelian randomization (SMR) for 555 plasma proteins with multiple HIV-related genome-wide association stu
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bacillus Calmette-Guérin (BCG) is the only vaccine for tuberculosis (TB) and remains the most effective means of prevention; however, its effectiveness in humans is highly variable with unknown mechanism.
METHODS: Using microbiota transplantation and multi-omics strategies (16S rRNA sequencing, metabolomics, proteomics) in mouse models, we investigated the effect of pre-vaccination gut microbiota composition on BCG vaccine efficacy. Furthermore, key findings were validated in human datasets.
FINDINGS: Baseline abundance of gut microbiota, especially Akkermansia muciniphila, signi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1, TEM8) has been implicated in tumor angiogenesis and progression, yet its pan-cancer immunological role remains incompletely defined.
METHODS: We conducted an integrative pan-cancer analysis using multi-omics and clinical data from TCGA, GTEx, and public databases to evaluate the expression, prognostic and diagnostic value, genomic features, immune associations, and drug sensitivity of ANTXR1. Single-cell and spatial transcriptomic analyses were performed to define its cellular and spatial distribution. Functional roles were validated in gastric ca
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pleural mesothelioma (PM) is a highly aggressive asbestos-related malignancy with a poor prognosis and limited early diagnostic options. In this study, network toxicology and integrated multi-omics analyses were used to investigate the molecular mechanisms by which chrysotile, crocidolite, and amosite may induce PM and to identify core diagnostic genes. Asbestos-related targets from the Comparative Toxicogenomics Database (CTD) database were integrated with Gene Expression Omnibus (GEO) transcriptomic datasets, followed by differential expression analysis, weighted gene co-expression network a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objectives: Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma (CESC) necessitate the discovery of novel biomarkers for prognostic and therapeutic advancement. This study aims to evaluate the clinical significance of ubiquitin-conjugating enzyme E2C (UBE2C) and its association with the tumor microenvironment (TME) in CESC. Methods: We meticulously sourced CESC data from renowned repositories such as The Cancer Genome Atlas (TCGA), Genotype-Tissue Expression (GTEx), and Gene Expression Omnibus (GEO), leveraging cutting-edge techniques including single-cell RNA sequencing (scRNA-se
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is characterized by substantial intratumoral heterogeneity and poor clinical prognosis. Although metalloproteins are well-documented to drive ESCC malignant progression, incomplete functional annotation of this protein family significantly impedes the clinical translation of related research outcomes. This study reports the development and validation of a reliable prognostic model via integrating AlphaFold2-predicted iron-Sulfur (Fe-S) Cluster/Zinc (Zn)-binding proteins with ESCC multi-omics data. Nine differentially expressed AlphaFold2-predicted Fe-S
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple sclerosis (MS) is an autoimmune disease of the central nervous system (CNS), driven by genetic and environmental determinants. The gut microbiome of people with MS (pwMS) is distinct and influences disease through immunomodulatory metabolite production. Circulating metabolites are altered in pwMS, but identifying microbial-metabolic drivers remains challenging. We previously showed that colonization by the gut commensal Limosilactobacillus reuteri exacerbates disease in the experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) model of MS in a tryptophan-dependent manner. Here, we integrate
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования