The involvement of the nuclear envelope in the modulation of chromatin organization is strongly suggested by the increasing number of human diseases due to mutations of nuclear envelope proteins. A common feature of these diseases, named laminopathies, is the occurrence of major chromatin defects. We previously reported that cells from laminopathic patients show an altered nuclear profile, and loss or detachment of heterochromatin from the nuclear envelope. Recent evidence indicates that processing of the lamin A precursor is altered in laminopathies featuring pre-mature aging and/or lipodystr…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: This review examines recent evidence proposing that lipids and lipoproteins can act as nuclear factors regulating chromatin structure. These novel data broaden our understanding of the mechanisms by which lipoproteins can affect basic biological phenomena such as transcription, genome stability, and cell differentiation. Furthermore, they provide novel insights into the mechanisms of diseases associated with abnormal lipid levels, such as atherosclerosis and diabetes.
RECENT FINDINGS: Data consistent with a role for lipids and lipoprotein components as nuclear factors, as w…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Higher order chromatin degradation (HOCD), i.e. the scission of nuclear chromatin loops at the matrix attachment regions (MARs), is a hallmark of programmed cell death. We have previously demonstrated that hydrogen peroxide (H(2)O(2)) induces rapid HOCD in cultured oligodendrocytes generating two subpopulations of DNA fragments of >or=400 and 50-200 kb. In the present study, we examined the involvement of calcium in this process. HOCD was induced in primary rat oligodendrocytes by exposure to 1 mM H(2)O(2) and assessed by field inversion gel electrophoresis with and without S1 endonuclease dig…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here it is hypothesized that some autoimmune disorders, such as systemic lupus erythematosus, result in part from overexpression of polyamines which leads to disruption of chromatin structure. Disruption of inactive chromatin, such as the inactive X chromosome, exposes sites of unrepaired DNA damage. Repair is then hampered by the polyamines. Disruption also facilitates transcription at previously sequestered sites. Especially interesting are RNA polymerase III sites in highly repeated sequences such as the Alu sequence. Transcription and translation from these sites could create RNA and polyp…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The reactivity of aluminum and several other divalent and trivalent metallic cations toward chromatin from rat brain and liver has been investigated. Two criteria are used to determine the relative reactivity of these cations toward chromatin. The first involves the ability of the ions to compact the chromatin fibers to the point where chromatin precipitates. The second criterion measures the ability of cations to interfere with the accessibility of exogenous structural probes (nucleases) to chromatin. Of the divalent cations tested, nickel, cobalt, zinc, cadmium, and mercury were the most rea…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diploid human cells contain two non-identical genomes, and differences in their regulation underlie human development and disease. We present Fiber-seq inferred regulatory elements (FIRE) and show that FIRE provides a more comprehensive and quantitative snapshot of the accessible chromatin landscape across the 6 Gbp diploid human genome, overcoming previously unrecognized biases in existing regulatory element catalogs. FIRE enables comprehensive detection of haplotype-selective chromatin accessibility (HSCA), exposing imprinted elements lacking underlying parent-of-origin differences in DNA me…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Centromeres are specialized chromosomal regions essential for faithful chromosome segregation and genome stability. Their highly repetitive DNA composition and epigenetically defined chromatin state present significant challenges for genome-wide profiling approaches such as chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq). Standard ChIP-seq workflows often perform poorly at centromeric regions, resulting in low signal-to-noise ratios and limited reproducibility. This article describes a ChIP-seq protocol optimized to enrich for and analyze centromeric chromatin from cell lines. …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exportin-1 (XPO1/CRM1) is a validated target in hematologic malignancies best studied for its role in mediating nuclear export. In this issue of Blood Cancer Discovery, Barajas and colleagues reveal that UBTF tandem duplications found in acute myeloid leukemia complete a nuclear export sequence that enables a novel UBTF-XPO1 interaction, particularly at chromatin loci critical for leukemogenesis, thus raising the question: Could XPO1 inhibitors find new use in the UBTF-TD acute myeloid leukemia subtype? See related article by Barajas et al., p. 51.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurogenesis requires precise coordination of gene expression, a process governed by the Polycomb (PcG) and Trithorax (TrxG) group proteins. In this review, we discuss how these proteins balance stem cell maintenance with neuronal differentiation and how the disruption of these processes may contribute to neurodevelopmental disorders and pediatric brain tumors. Recent studies have uncovered how PcG-TrxG dynamics and poised/bivalent chromatin states regulate developmental timing and lineage choice. Dysregulation of these epigenetic dynamics perturbs neuronal maturation and can drive aberrant de…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cells must preserve and rewrite transcriptional memory to maintain identity and adapt to stress, yet the physical mechanisms governing this process remain unclear. Recent work implicates genome geometry in encoding transcriptional memory, with nanoscopic chromatin packing domains (PDs) serving as structural units that stabilize or reprogram transcriptional states. One powerful, yet underexplored regulator of this architecture is the nuclear ionic environment. Divalent cations can stabilize PDs through charge screening and phosphate bridging, suggesting a direct physicochemical mechanism linkin…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin accessibility shapes the ability of transcription factors (TFs) and the transcriptional machinery to engage genomic DNA and therefore plays a central role in gene regulation. Two widely used approaches for profiling chromatin accessibility are micrococcal nuclease (MNase)-seq and assay for transposase-accessible chromatin (ATAC)-seq. ATAC-seq peaks are often thought to be equivalent to nucleosome-depleted regions (NDRs) that are defined by MNase-seq; however, these two measurements have not been systematically compared. Here, we perform a side-by-side comparison of ATAC-seq and MNase…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bromodomain and extra-terminal (BET) proteins, BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT, couple histone acetylation to transcription by recruiting elongation and transcription factor complexes to chromatin. Although BET proteins are promising therapeutic targets, the functions of individual family members remain incompletely understood. We identify BRD2 as a co-targetable vulnerability with PI3K/AKT inhibition in breast cancer. Pan-BET inhibition and BRD2 knockout synergized with PI3K pathway inhibitors in breast cancer cell lines, patient-derived organoids, and in vivo models. BRD2 knockout impaired prolif…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three-dimensional (3D) genome folding shapes gene regulation, yet the genetic underpinnings linking 3D genome evolution to phenotypic innovation during domestication remain elusive. Using population-scale Hi-C profiling of 34 semi-wild and 267 cultivated allotetraploid cottons, we generated a pan-3D genome atlas capturing extensive diversity in topologically associating domains (TADs) and chromatin loops. Chromatin interactome-wide association studies identified 105 TAD reconfigurations and 58 loop rewirings that were established as the 3D chromatin basis of fiber quality, boosting heritabilit…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования