UNLABELLED: Prokaryotes can acquire antivirus immunity via two fundamentally distinct types of processes: direct interaction with the virus, as in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas adaptive immunity systems, and horizontal gene transfer (HGT), which is the main route of transmission of innate immunity systems. These routes of defense evolution are not mutually exclusive and can operate concomitantly, but observations suggest that at least in some bacterial and archaeal species, one or the other route dominates the defense landscape. We hypothesized that the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The gut microbiota serves as a major reservoir for antibiotic resistance genes (ARGs), driving the spread of antimicrobial resistance (AMR) via horizontal gene transfer (HGT). Acetylshikonin (ASK), a naphthoquinone derived from the medicinal plant Lithospermum erythrorhizon, was proved to inhibit plasmid conjugation in vitro and in vivo. However, its impact on gut microbiota composition and precise HGT inhibition process within complex gut microbiota community remains unexplored.
PURPOSE: This study aims to clarify the precise inhibition effect of ASK on the transfer process of co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent research has identified multiple immune systems that bacteria use to protect themselves from viral infections. However, little is known about the mechanisms by which these systems horizontally spread, especially among bacterial pathogens. Here, we investigate antiviral defenses in staphylococci, opportunistic pathogens that constitute leading causes of antibiotic-resistant infections. We show that these organisms harbor a variety of anti-phage defenses encoded within or near SCC (staphylococcal cassette chromosome) mec cassettes, mobile genomic islands that confer methicillin resistance
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial symbionts, with their shorter generation times and capacity for horizontal gene transfer (HGT), play a critical role in allowing marine organisms to cope with environmental change. The closure of the Isthmus of Panama created distinct environmental conditions in the Tropical Eastern Pacific (TEP) and Caribbean, offering a "natural experiment" for studying how closely related animals evolve and adapt under environmental change. However, the role of bacterial symbionts in this process is often overlooked. We sequenced the genomes of endosymbiotic bacteria in two sets of sister species
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Type IV pili (T4P) are common bacterial surface appendages involved in different biological processes such as adherence, motility, competence, pathogenesis, and conjugation. In this work, we describe the T4P of TP114, an IncI2 enterobacterial conjugative plasmid recently shown to disseminate at high rates in the mouse intestinal tract. This pilus is composed of the major PilS and minor PilV pilins that are both important for conjugation in broth and in the gut microbiota but not on a solid support. The PilV-coding sequence is part of a shufflon and can bear different C-terminal domains. The sh
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Horizontal Gene Transfer was long thought to be marginal in Mycoplasma a large group of wall-less bacteria often portrayed as minimal cells because of their reduced genomes (ca. 0.5 to 2.0 Mb) and their limited metabolic pathways. This view was recently challenged by the discovery of conjugative exchanges of large chromosomal fragments that equally affected all parts of the chromosome via an unconventional mechanism, so that the whole mycoplasma genome is potentially mobile. By combining next generation sequencing to classical mating and evolutionary experiments, the current study further expl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
From a cohort of 1836 Swedish patients infected with ESBL-producing Enterobacteriaceae (EPE) during 2004-2014, 513 patients with recurrent EPE infection were identified. Only in 14 of the 513 patients was a change of species (ESBL-E. coli to ESBL-K. pneumoniae or vice versa) found between the index and subsequent infection. Eleven sequential urine isolates from 5 of the 14 patients were available for further analysis of possible transfer of ESBL-carrying plasmids. The plasmid content was studied using optical DNA mapping (ODM), PCR-based replicon typing, and ESBL gene sequencing. ODM allowed u
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeat-CRISPR-associated protein) system is unique to prokaryotes and provides the majority of bacteria and archaea with immunity against nucleic acids of foreign origin. CRISPR RNAs (crRNAs) are the key element of this system, since they are responsible for its selectivity and effectiveness. Typical crRNAs consist of a spacer sequence flanked with 5' and 3' handles originating from repeat sequences that are important for recognition of these small RNAs by the Cas machinery. In this investigation, we studied the type I-C CRISPR-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Integrative and conjugative elements (ICEs) are widespread chromosomal mobile genetic elements which can transfer autonomously by conjugation in bacteria. Thirteen ICEs with a conjugation module closely related to that of ICESt3 of Streptococcus thermophilus were characterized in Streptococcus salivarius by whole-genome sequencing. Sequence comparison highlighted ICE evolution by shuffling of 3 different integration/excision modules (for integration in the 3' end of the fda, rpsI, or rpmG gene) with the conjugation module of the ICESt3 subfamily. Sequence analyses also pointed out a recombinat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite decades of research, efficient therapies for most enteropathogenic bacteria are still lacking. In this review, we focus on Salmonella enterica Typhimurium (S. Typhimurium), a frequent cause of acute, self-limiting food-borne diarrhea and a model that has revealed key principles of enteropathogen infection. We review the steps of gut infection and the mucosal innate-immune defenses limiting pathogen burdens, and we discuss how inflammation boosts gut luminal S. Typhimurium growth. We also discuss how S. Typhimurium-induced inflammation accelerates the transfer of plasmids and phages, wh
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recently, a new Chlamydia-related organism, Protochlamydia naegleriophila KNic, was discovered within a Naegleria amoeba. To decipher the mechanisms at play in the modeling of genomes from the Protochlamydia genus, we sequenced the full genome of Pr. naegleriophila, which includes a 2,885,090 bp chromosome and a 145,285 bp megaplasmid. For the first time within the Chlamydiales order, we describe the presence of a clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) system, the immune system of bacteria, located on the chromosome. It is composed of a small CRISPR locus comprising
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The OXA β-lactamases were among the earliest β-lactamases detected; however, these molecular class D β-lactamases were originally relatively rare and always plasmid mediated. They had a substrate profile limited to the penicillins, but some became able to confer resistance to cephalosporins. From the 1980s onwards, isolates of Acinetobacter baumannii that were resistant to the carbapenems emerged, manifested by plasmid-encoded β-lactamases (OXA-23, OXA-40, and OXA-58) categorized as OXA enzymes because of their sequence similarity to earlier OXA β-lactamases. It was soon found that every A. ba
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emergence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in Australia may have been facilitated by conditions in socially disadvantaged populations--particularly, remote Australian Aboriginal communities. The appearance of community-associated MRSA was first noticed in Australia during the early 1980s; subsequently, several genetically diverse strains have independently emerged from geographically distinct regions. Molecular and epidemiological studies support the role of genetic transfer of resistance determinants (SCCmecIV) in this process. Conditions in Abori
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
It is universally accepted that the use of antibiotics will lead to antimicrobial resistance. Traditionally, the explanation to this phenomenon was random mutation and horizontal gene transfer and amplification by selective pressure. Subsequently, a second mechanism of antibiotic-induced antimicrobial resistance acquisition was proposed, when Davies et al. discovered that genes encoding antimicrobial resistance are present in bacteria that produce antibiotics, and during the process of antibiotic purification from these antibiotic-producing organisms, remnants of the organisms' DNA that contai
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transformation of Bacillus subtilis by a plasmid requires a circular multimeric form. In contrast, linearized plasmids can be circularized only when homologous sequences are present in the host genome. A recombinational transfer system was constructed with this intrinsic B. subtilis recombinational repair pathway. The vector, pGETS103, a derivative of the theta-type replicating plasmid pTB19 of thermophilic Bacillus, had the full length of Escherichia coli plasmid pBR322. A multimeric form of pGETS103 yielded tetracycline-resistant transformants of B. subtilis. In contrast, linearized pGETS103
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Plasmids play a central role in the dissemination of antimicrobial resistance genes (ARGs) through horizontal gene transfer. However, the extent to which different resistance determinants are associated and how these associations vary with plasmid mobility and bacterial host context remains poorly understood.
METHODS: Here, we analysed more than 52,000 complete bacterial plasmids to investigate pairwise co-occurrence patterns among ARGs conferring resistance to 28 antibiotic classes.
RESULTS: We found that non-random ARG associations are widespread, with more than half of all det
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glomerular filtration relies on the type IV collagen (ColIV) network of the glomerular basement membrane, namely, in the triple helical molecules containing the α3, α4, and α5 chains of ColIV. Loss of function mutations in the genes encoding these chains (Col4a3, Col4a4, and Col4a5) is associated with the loss of renal function observed in Alport syndrome (AS). Precise understanding of the cellular basis for the patho-mechanism remains unknown and a specific therapy for this disease does not currently exist. Here, we generated a novel allele for the conditional deletion of Col4a3 in different
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Klebsiella pneumoniae is a major pathogen with substantial antimicrobial resistance driven by β-lactamase production. The co-existence of carbapenemase genes blaKPC-2 and blaIMP-8 in the prevalent K. pneumoniae clone is rare and poses significant clinical challenges in China. In this study, we report the first identification of a clinical ST11 K. pneumoniae strain Kp4874, isolated from a hospitalized patient in China, co-carrying blaKPC-2 on a ~134 kb IncFII/IncR hybrid plasmid and blaIMP-8 on a ~75 kb untypable plasmid. Whole-genome sequencing revealed key insertion sequences, inc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transfer of novel genetic material into the genomes of bacterial viruses (phages) has been widely documented in several host-phage systems. Bacterial genes are incorporated into the phage genome and, if retained, subsequently evolve within them. The expression of these phage genes can subvert or bolster bacterial processes, including altering bacterial pathogenicity. The phage phiCDHM1 infects Clostridium difficile, a pathogenic bacterium that causes nosocomial infections and is associated with antibiotic treatment. Genome sequencing and annotation of phiCDHM1 shows that despite being clos
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования