The human leukocyte antigen (HLA) system is the most polymorphic gene complex in the human genome and plays a central role in susceptibility to autoimmune disease and drug hypersensitivity. HLA typing tools arcasHLA, T1K, HLA-HD and OptiType each emit a distinct output, creating a manual reformatting bottleneck. We present HLAnte, a Python command-line interface that parses all four formats, normalizes calls against a version-pinned IPD-IMGT/HLA database, and consolidates GWAS Catalog, PharmGKB, Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC), and Allele Frequency Net Database (AFND
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoarthritis (OA) is characterized as a chronic degenerative disorder affecting the joints. A growing body of evidence indicates that acetylation may play a role in the disease's pathogenesis. However, the underlying molecular mechanisms remain largely undefined. The objective of this study was to explore potential biomarkers linked to acetylation in OA through a comprehensive bioinformatics analysis. We utilized datasets GSE55235, GSE55457, and GSE12021 from the Gene Expression Omnibus (GEO) to identify differentially expressed genes (DEGs) by employing the limma package, followed by functi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aging represents a relevant contributing factor to the development of diseases, in-cluding Parkinson's Disease (PD). Recent researchs on the origin of PD underscored the significant role of genomic and proteomic approaches in examining molecular alterations in the brains. Specifically, the shifts in gene expression patterns asso-ciated with processes like neuroinflammation, oxidative damage, and mitochondrial impairments have been observed. Nevertheless, the intricate connections between aging and this neurodegenerative condition remain partially understood. Recognizing that pinpointing specif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Calcific aortic valve disease (CAVD) is a progressive, age-related degenerative disease characterized by the accumulation of calcium deposits in the aortic valve. We aim to screen key genes associated with cellular senescence (CS) in CAVD.
METHODS: The GSE12644 and GSE51472 datasets from the GEO database was utilized in this study, and differentially expressed genes (DEGs) were identified using the "limma" R package. CS-related DEGs (CS-DEGs) were determined through the CellAge database. Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analyses were
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diabetes mellitus (DM), the ninth leading cause of death worldwide, is characterized by a relative or absolute deficiency of insulin, leading to increased production of advanced glycosylation end-products (AGEs), which further enhances oxidative and nitrosative stress, often leading to a variety of macrovascular and microvascular complications, such as diabetic nephropathy (DN), retinopathy, and neuropathy. Especially, diabetic patients with end stage renal disease (ESRD) usually have concomitant severe peripheral arterial disease. Unfortunately, there is still no effective therapeutic treatme
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Hypoxia presents a salient feature investigated in most solid tumors that holds key roles in cancer progression, including glioblastoma multiforme (GBM). Here, we aimed to construct a hypoxia-derived gene signature for identifying the high-risk GBM patients to guide adjuvant therapy and precision nursing based on signs of hypoxia.
METHODS: We retrospectively analyzed the transcriptome profiling and clinicopathological characteristics of GBM from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA) cohorts. A series of bioinformatic and machine learning methods were
СтатьяВалидационное исследованиеОтозванная публикацияПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIM: Peritoneal dissemination (PD) occurs frequently in gastric cancer (GC) and is fatal. The interactions between tumor cells and stromal cells are critical for cancer progression. Our aim was to identify a novel PD-associated gene derived from stromal cells in GC.
MATERIALS AND METHODS: Among the candidate PD-associated genes identified in our previous study, we focused on spondin-2 (SPON2), an extracellular matrix-secreted protein. Clinicopathological and prognostic analyses of SPON2 mRNA expression were performed using GC datasets. Localization of SPON2 expression was assessed
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary Sjogren's syndrome (pSS) is a chronic progressive autoimmune disease with clinical phenotypic "Sicca symptoms". In some cases, the diagnosis of pSS is delayed by 6-7 years due to the inefficient differential diagnosis of pSS and non-SS "Sicca". This study aimed to investigate the difference between these two diseases, and in particular, their immunopathogenesis. Based on their gene expression profiles, we systematically defined for the first time the predicted disease-specific immune infiltration pattern of patients with pSS differentiated from normal donors and patients with non-SS "S
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) is one of the leading causes of childhood morbidity and death globally. Lack of rapid, effective non-sputum diagnosis and prediction methods for TB in children are some of the challenges currently faced. In recent years, blood transcriptional profiling has provided a fresh perspective on the diagnosis and predicting the progression of tuberculosis. Meanwhile, combined with bioinformatics analysis can help to identify the differentially expressed genes (DEGs) and functional pathways involved in the different clinical stages of TB. Therefore, this study investigated potential d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Biliary atresia (BA) is a severe cholangiopathy of early infancy that destroys cholangiocytes, obstructs ductular pathways and if left untreated, culminates to liver cirrhosis. Mechanisms underlying the etiological heterogeneity remain elusive and few studies have attempted phenotyping BA. We applied machine learning to identify distinct subtypes of BA which correlate with the underlying pathogenesis.
METHODS: The BA microarray dataset GSE46995 was downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. Unsupervised hierarchical cluster analysis was performed to identify BA su
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clinically, metastatic rectal cancer has been considered a subset of left-sided colon cancer. However, heterogeneity has been proposed to exist between high and middle/low rectal cancers. We aimed to examine the efficacy of anti-epidermal growth factor receptor (EGFR) treatment for middle/low rectal and left-sided colon cancers.
METHODS: This study enrolled 609 patients with metastatic colorectal cancer who were treated with anti-EGFR therapy. They were divided into groups based on primary tumour locations: the right-sided colon, the left-sided colon or the middle/low rectum. The
Clinical StudyСравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hyperendemic circulation of all four Dengue virus (DENV) serotypes is a severe global public health problem, so any vaccine or therapeutics should be able to target all four of them. Cells of hemopoietic origin are believed to be primary sites of DENV replication. This study aimed to identify potential host miRNAs that target 3' UTR of all four DENV serotypes, thereby directly regulating viral gene expression or indirectly modulating the host system at different virus infection steps. We used four prediction algorithms viz. miRanda, RNA22, RNAhybrid and StarMir for predicting miRNA, targeting
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
XiaoLuoWan (XLW) is a classical formula in traditional Chinese medicine (TCM) that has satisfactory therapeutic effects for uterine fibroids (UFs). However, its underlying mechanisms remain unclear. To elucidate the pharmacological actions of XLW in treating UFs, an ingredient-target-disease framework was proposed based on network pharmacology strategies. The active ingredients in XLW and their putative targets were obtained from the TCM systems pharmacology database and analysis platform (TCMSP) and Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine (BATMAN-T
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Current biomarkers did not overcome the limitations of clinical application due to the heterogeneity of ovarian tumors. The role of nuclear factor of activated T cells (NFAT) in the prognosis of different histological subtypes of ovarian cancer remains unclear. NFAT expression was analyzed in 302 ovarian tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) dataset and was further confirmed by 88 ovarian tumor specimens, including 30 clear-cell carcinoma, 34 serous carcinoma, and 24 papillary serous cystadenocarcinoma. The correlations between NFAT expression, cancer biomarkers, and clinical characterist
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There are multiple causes of liver fibrosis, common ones include ethanol, toxins, and cholestasis. However, whether these different etiologies lead to the same pathological outcomes contain common genetic targets or signaling pathways, the current research has not attracted widespread attention. GSE40041 and GSE55747 were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. GSE40041 and GSE55747 represent the differential expression profiles in the liver of mice with bile duct ligation (BDL) and carbon tetrachloride (CCl4) induced liver fibrosis models, respectively. By using GEO2R, 701
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We investigated temporal trends of codon usage changes for different host species to determine their importance in Zika virus (ZIKV) evolution. Viral spillover resulting from the potential of codon adaptation to host genome was also assessed for the African genotype ZIKV in comparison to the Asian genotype. To improve our understanding on its zoonotic maintenance, we evaluated in vitro the biological properties of the African genotype ZIKV in vertebrate and mosquito cell lines. Analyses were performed in comparison to Yellow fever virus (YFV). Despite significantly lower codon adaptation index
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cardiovascular diseases are the most common cause of death globally. In which atrioventricular block (AVB) is a common disorder with genetic causes, but the responsible genes have not been fully identified yet. To determine the underlying causative genes involved in cardiac AVB, here we report a three-generation Chinese family with severe autosomal dominant cardiac AVB that has been ruled out as being caused by known genes mutations.
METHODS: Whole-exome sequencing was performed in five affected family members across three generations, and co-segregation analysis was validated on
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thyroid cancer (TC) is the most common endocrine malignancy. The sodium-iodide symporter (NIS), responsible for active transport of iodide into thyroid cells, allows the use of radioactive iodine (RAI) as the systemic treatment of choice for TC metastatic disease. Still, patients with advanced forms of TC often lose the ability to respond to RAI therapy, which results in worse survival rates. We have shown that the overexpression of RAC1b, a tumor-related RAC1 splice variant, is associated with less favorable clinical outcomes in differentiated TCs derived from the follicular epithelial (DTCs)
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leptospirosis is a neglected zoonotic disease of worldwide distribution with a significant veterinary and public health impact. It is caused by pathogenic bacteria of the genus Leptospira. The availability of effective tools to accurately identify and type leptospires is of utmost importance for the diagnosis of the disease and for assessing its epidemiology. Several multi-locus sequence typing (MLST) approaches were described for the typing of worldwide isolates of Leptospira but an extensive agreement towards the adoption of a unique consensus scheme for this agent is still lacking. Most gen
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oral tongue squamous cell carcinoma (OTSCC) has a high incidence and is associated with a high mortality rate. Studies regarding the potential molecular mechanism of OTSCC in the tumor microenvironment (TME) are required. The present study aimed to perform bioinformatic analysis to identify important nodes, clusters and functional pathways during tongue carcinogenesis in the TME. After downloading the gene expression data of GSE42780, differentially expressed genes (DEGs) among carcinoma, dysplastic and normal samples in epithelia and fibroblasts were identified using the affy and limma packag
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования