A central question in gene regulation is the relationship between the nanoscale organization of chromatin and transcriptional activity. However, directly visualizing and quantifying this process in living cells at nanometer resolution remains challenging. Here, we integrate live-cell MINFLUX nanoscopy with the DNA probe 5-HMSiR-Hoechst and a HaloTag system to map chromatin architecture at loci colabeled with RNA polymerase II (Pol II) and heterochromatin protein 1α (HP1α)-markers of distinct transcriptional states. High-resolution snapshots, captured via spatiotemporal segmentation of single-m…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The precise regulation of chromatin composition is critical to gene expression and cellular identity, and thus a key component in development and disease. Robust assays to study chromatin features, including histone post-translational modifications (PTMs) and chromatin-associated proteins (e.g., transcription factors or PTM readers), are crucial for understanding their function and identifying novel therapeutic strategies. To this end, Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT&RUN) has emerged as a powerful tool for high-resolution epigenomic profiling. The approach has been succe…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Histone modifications have been associated with transcriptional regulation, development, and disease, yet their direct functional roles remain incompletely understood due to the redundancy and promiscuity of cognate histone-modifying enzymes. Experimental strategies based on cis- or trans-acting histone mutants, including lysine-to-methionine (K-to-M) substitutions of histone H3 and other cancer-associated oncohistone variants, enable direct interrogation of individual chromatin marks and circumvent potentially confounding effects of histone-modifying enzyme knockouts. Here, we review how hist…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer-related transcriptional dysregulation involves complex, incompletely understood epigenetic mechanisms. Chromatin states (CSs), defined by recurrent co-occurrence patterns of epigenetic marks, provide a comprehensive view for epigenomic landscape. However, current CS analyses often produce excessive subtly distinct states, making functional interpretation difficult. Building on single-cell clustering principles, we developed chromIDEAS to overcome this challenge. Recognizing that epigenetic function is context-dependent, chromIDEAS groups CSs into functionally coherent clusters by jointl…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression is a defining determinant of tumor identity, behavior, and therapeutic response, yet remains challenging to measure noninvasively. Here, we introduce APEX (Associating Plasma Epigenomic features with eXpression), a framework for inferring expression from circulating cell-free chromatin. Trained on ~270,000 gene-sample pairs from matched tumor RNA-seq and plasma cfChIP-seq across multiple cancers and validated on >15 unseen cancer subtypes, APEX accurately infers cancer gene expression across a range of tumor fractions and outperforms existing plasma-based approaches by integrat…
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The functional decline of the hematopoietic system during aging affects organismal function and contributes to reduced healthspan. Quantifying hematopoietic aging holds great scientific and clinical relevance. Alterations in chromatin architecture are a well-established hallmark of aging that encode rich and informative signatures of the aging process, yet they remain largely unexplored as quantitative markers. Here, we present an interpretable deep learning approach based on convolutional neural networks, ChromAgeNet, that learns changes in the spatial features of chromatin architecture upon …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammalian sex is determined by opposing networks of ovarian and testicular genes that are well characterized; however, its epigenetic regulation is still largely unknown. Here we explore the 3D chromatin landscape of sex determination in vivo by profiling fluorescence-activated cell-sorted embryonic mouse gonadal populations in both sexes before and after sex determination. Through conventional Hi-C analyses, we show that chromatin structures, particularly topologically associating domains, remain largely unchanged during sex determination, suggesting a preformed configuration. We further inte…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
XPO1/CRM1 (also known as Exportin-1) is best known as a RanGTP-dependent nuclear export receptor and has been explored as a therapeutic target in various diseases, including acute myeloid leukemia (AML). Emerging evidence, however, indicates that XPO1 is also detectable on chromatin at active regulatory regions, including the HOX clusters and the MEIS1 locus-key transcriptional nodes in multiple AML subtypes. Recent studies support a "pre-bound XPO1 platform" model in which genetically diverse leukemia drivers, such as nucleoporin (NUP98/NUP214) fusions and mutant NPM1 (NPM1c), are recruited t…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transition of embryonic stem cells (ESCs) from a pluripotent state to lineage commitment is governed by complex regulatory mechanisms, including chromatin remodeling, as well as transcriptional and post-transcriptional processes. Recent studies have emphasized the interplay between these mechanisms, revealing intricate, multilayered regulatory networks that require further elucidation. In this study, we reveal a new connection between the RNA-binding protein LIN28A and the epigenetic regulation of ESC differentiation. LIN28A is upregulated during the early stages of neural commitment and u…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Little is known about how three-dimensional chromatin topology shapes mammalian craniofacial development. In mouse cranial neural crest cells, a Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2)-dependent chromatin architecture is established before migration. This configuration maintains craniofacial gene promoters poised and connects them with distal Polycomb tethering elements, positioning promoters in spatial proximity to future long-range enhancers. Deletion of Ezh2 disrupts this early topology, causing inappropriate gene derepression in post-migratory craniofacial subpopulations where these genes are…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-free DNA in blood originates from fragmented chromatin released by dying cells from both healthy and diseased tissues1,2. These fragments carry rich molecular modalities that can reveal pathological alterations in tissues of origin3-10. Here we develop cf-EpiTracing, a highly sensitive automated platform that profiles histone modifications in cell-free DNA from as little as 50 μl of human plasma. By integrating multimodal chromatin states with machine learning, cf-EpiTracing enables accurate deconvolution of cell types of origin. We generated 2,417 cf-EpiTracing profiles from plasma of 12…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Regulatory variation is increasingly recognized as a major driver of adaptive evolution, yet its role in natural populations remains largely unresolved. By integrating ATAC-seq chromatin profiles with population genomic outlier scans and RNA-seq gene expression data, we characterize the functional impact of regulatory elements and identify candidate loci where selection signatures coincide with tissue-specific chromatin and transcriptional shifts. We mapped genome-wide chromatin accessibility in three tissues (eye, liver and spleen) of wild European perch (Perca fluviatilis) inhabiting contras…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiciliated cells (MCCs) are specialized cells found in the brain, reproductive and respiratory tracts of mammals, and the epidermis of tadpole-stage Xenopus embryos. KMT5B and KMT5C are histone methyltransferases that deposit the dimethyl mark on histone 4 lysine 20 (H4K20). We previously showed that KMT5B/C double knockdown down-regulates H4K20me2 levels in bulk chromatin, as well as transcription of ciliary genes. MCCs of embryos lacking both enzymes, or only KMT5B, have depleted cilia. Here, we separate the function of KMT5B in multiciliogenesis and show that single knockdown of KMT5B, n…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ATP-dependent chromatin remodelers (ACRs) have emerged as central determinants of prostate cancer (PCa) progression and therapy resistance. Organized into 4 mechanistically distinct families (SWI/SNF, ISWI, CHD, and INO80/SWR), ACRs govern nucleosome positioning genome-wide and thereby occupy a central position in the epigenomic regulatory landscape that dictates where and when transcription factors, including the androgen receptor (AR), can engage chromatin. This review discusses ACR dysregulation in PCa through both mutational and non-mutational mechanisms. These are illustrated by discussin…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin organization regulates transcription to influence cellular plasticity and cell fate. We explored whether chromatin nanoscale packing domains are involved in stemness and response to chemotherapy. Using an optical spectroscopic nanosensing technology we show that ovarian cancer-derived cancer stem cells (CSCs) display upregulation of nanoscale chromatin packing domains compared to non-CSCs. Cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag) sequencing with antibodies for repressive H3K27me3 and active H3K4me3 and H3K27ac marks mapped chromatin regions associated with differentially exp…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Medulloblastoma (MB), a common malignant pediatric brain tumor arising in the cerebellum, is characterized by mutations in chromatin modifiers, highlighting the significance of chromatin modification abnormalities in its progression. While animal models have effectively demonstrated this, a comprehensive evaluation of the oncogenic potential of these mutations remains incomplete. In this study, we use CRISPR-mediated gene editing to knock out chromatin modifier genes mutated in human SHH MB, along with the Ptch1 gene, in cerebellar granule neuron progenitors of neonatal mice. This reveals that…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SWI/SNF (switch/sucrose non-fermentable) chromatin remodelers possess unique functionalities difficult to dissect. Distinct cancers harbor mutations in specific subunits, such as the polybromo-associated BAF (PBAF)-specific component ARID2 in melanoma. Here, we perform epigenomic profiling of SWI/SNF complexes and their associated chromatin states in melanocytes and melanoma. Time-resolved approaches reveal that PBAF regions are generally less sensitive to ATPase inhibition than BAF sites. We further uncover a subset of PBAF-exclusive regions within Polycomb-repressed chromatin that are enrich…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lysine demethylase 5 (KDM5) family proteins are transcriptional regulators best known for demethylating the promoter-proximal hi … that do not correlate with changes to promoter recruitment of variant proteins, H3K4me3 levels, or chromatin accessibility. Instead, altered gene expression in both alleles correlates with preexisting chromatin signatures.
CONCLUSIONS: These findings suggest that KDM5 operates in conjunction with local chromatin contexts to employ demethylase-dependent an …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Granulosa cells (GCs) are the most dynamically responsive cell lineage to encourage continuous folliculogenesis; however, developmental dynamics and interplay with downstream transcription circuitry remain unclear. Here, we unravel the redistribution of genome-wide chromatin areas that drive broad developmental-related transcriptomic alterations during follicular maturation in murine and porcine GCs. Distinct GC-activated accessibility regions (GAAs) at the ovulatory phase are responsible for augmenting flanking GC-involved developmental gene (GDG) expression, which are essential for transcrip…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples represent a vast, untapped resource for epigenomic research, yet molecular tools for deep analysis of these specimens remain limited. We introduce spatial FFPE-ATAC-seq, an approach for in situ profiling chromatin accessibility within archived tissues. This approach overcomes formalin-induced crosslinking challenges, allowing high-resolution mapping of chromatin landscapes while preserving tissue architecture. Applying spatial FFPE-ATAC-seq to mouse and human tissues, including brain and thymus, reveals intricate spatial organization and distinct…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования