Objectives: Anti-TNF-α therapies have transformed the management of Inflammatory Bowel Disease (IBD), yet a substantial proportion of patients fail to respond, highlighting the urgent need for predictive biomarkers. Mucosal TNF-α mRNA quantification in fresh biopsies has shown promise but showed several problems for routine clinical use. This study aimed to validate a clinically feasible method for TNF-α quantification in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues and to assess its correlation with established measures of disease activity. Methods: FFPE and matched fresh-frozen biopsies f…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Feedback on the diagnosis and reporting of pathology findings is essential to the training of residents and fellows, but time co … is, we developed a software solution, (Pathology Report Automated Feedback for Improved Education; "PARAFFIN"), which provides pathology trainees with a weekly email digest containing an attached case log with the date, accession sequence, attending pathologist initials, and final diagnosis text for each case in which they participated. PARAFFIN is impleme …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many disease states can be understood by elucidating small-scale biomolecular protein interaction networks, or microenvironments. Photoproximity labeling methods, like μMap, have recently emerged as high-resolution techniques for mapping spatial relationships within subcellular architectures. However, in vitro models typically utilized lack the cell-type heterogeneity and three-dimensional structure essential for translating findings to clinical settings. To this end, formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues are invaluable model systems for biomedical research, as they preserve complex …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Asbestos body and fiber burdens may be determined using different preparations of lung tissue. Paraffin-embedded tissue requires more complex steps than formalin-fixed tissue. A prior study highlighted potential variations in the measurement of retained mineral fibers in different lung preparations and prompted this expanded interlaboratory analysis. Data from exposed subjects referred to a Swiss laboratory were compared with the results of mineral analysis obtained from a laboratory based in the United Kingdom.
METHODS: Numbers of asbestos bodies were determined in formalin-fix…
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The power of genome-wide association studies (GWAS) to identify common disease variants depends primarily on the number of included samples. The availability of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples in pathology institutes provides a valuable resource for GWAS, but the use of this material poses significant challenges. To explore the suitability of utilizing FFPE tissue for GWAS, we analysed the genotyping concordance between corresponding FFPE and blood samples. We evaluated both microarray technology and low-coverage whole-genome sequencing (lcWGS) to determine whether t…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Copy number variations (CNVs) play a crucial role in cancer diagnostics and prognostics, potentially impacting treatment decisions. Ultra-low-pass whole-genome sequencing (ULP-WGS) has emerged as a promising alternative to array-based methods for CNV detection, especially in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples. However, sequencing biases and sample heterogeneity necessitate the optimization of CNV detection tools for FFPE sample-derived data. This study evaluates three open-source CNV callers (CNVpytor, ichorCNA, and WisecondorX) using ULP-WGS and compares their performance against…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples are the gold standard for tissue preservation in clinical and research settings. Current single-cell chromatin accessibility technologies cannot resolve cell-type-specific epigenetic profiles in FFPE tissues due to extensive DNA damage. We present scFFPE-ATAC, a high-throughput single-cell chromatin accessibility assay for FFPE samples that integrates an FFPE-adapted Tn5 transposase, ultra-high-throughput DNA barcoding (>56 million barcodes per run), T7 promoter-mediated DNA damage repair, and in vitro transcription. We benchmark scFFPE-ATAC on F…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intraoperative histology is essential for surgical guidance and decision-making. However, frozen-sectioned hematoxylin and eosin (H&E) staining suffers from degraded accuracy, whereas the gold-standard formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) H&E is too lengthy for intraoperative use. Stimulated Raman scattering (SRS) microscopy has shown rapid histology of brain tissue with lipid/protein contrast but is challenging to yield images identical to nucleic acid-/protein-based FFPE stains interpretable to pathologists. Here, we report the development of a semi-supervised stimulated Raman CycleGA…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue may serve for molecular studies on cardiovascular diseases. Chemotherapeutics, such as doxorubicin (DOX) may cause heart injury, but the mechanisms of these side effects of DOX are not well understood. This study aimed to investigate whether DOX-induced gene expression in archival FFPE heart tissue in experimental rats would correlate with the gene expression in fresh-frozen heart tissue by applying RNA sequencing technology. The results showed RNA from FFPE samples was degraded, resulting in a lower number of uniquely mapped re…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Focal gene amplification, such as extrachromosomal DNA (ecDNA), plays an important role in cancer development and therapy resistance. While sequencing-based methodologies enable an unbiased identification of ecDNA, cytogenetic-based techniques, such as fluorescence in situ hybridization (FISH), remain time and cost-effective for identifying ecDNA in clinical specimens. The application of FISH in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples offers a unique avenue for detecting amplified genes, particularly when viable specimens are not available for karyotype examination. However, the…
СтатьяVideo-Audio MediaПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Archived samples, including frozen and formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissues, are a vast resource of clinically annotated materials for the application of high-definition genomics to improve patient management and provide a molecular basis for the delivery of personalized cancer therapeutics. Notably, FFPE tissues are stable, provide repeat sampling of tissues of interest, and can be stored indefinitely at ambient temperature. The development of single cell DNA sequencing (scDNA-seq) technologies provides an unparalleled opportunity for the study of tumor heterogeneity an…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Short-chain chlorinated paraffins (SCCPs) are ubiquitously distributed in various environmental matrics due to their wide production and consumption globally in the past and ongoing production and use in some developing countries. SCCPs have been detected in various human samples including serum, milk, placenta, nail, and hair, and internal SCCP levels were found to be positively correlated with biomarkers of some diseases. While the environmental occurrence has been reported in a lot of studies, the toxicity and underlying molecular mechanisms of SCCPs remain largely unknown. The current tole…
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In situ hybridization (ISH) is a technique for the detection of the location of RNA within a tissue of interest. This process uses oligonucleotides with complementary sequences to bind to the target RNA, and colorimetric detection to allow for the visualization of this binding. The process of ISH means that the specific location of the RNA in question can be detected, including in which cell types it is present, and the intracellular location. In the case of long noncoding RNA (lncRNA), which do not lead to the production of proteins, ISH is essential for tissue localization. Moreover, RNA abu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, we describe a workflow for high-detail microCT imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) equine embryos recovered on Day 34 of pregnancy (E34), a period just before placenta formation. The presented imaging methods are suitable for large animals' embryos with intention to study morphological and developmental aspects, but more generally can be adopted for all kinds of FFPE tissue specimens. Microscopic 3D imaging techniques such as microCT are important tools for detecting and studying normal embryogenesis and developmental disorders. To date, microCT imaging of vertebrate e…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In basic and translational cancer research, the majority of biopsies are stored in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples. Chromatin accessibility reflects the degree to which nuclear macromolecules can physically interact with chromatinized DNA and plays a key role in gene regulation in different physiological conditions. As such, the profiling of chromatin accessibility in archived FFPE tissue can be critical to understanding gene regulation in health and disease. Due to the high degree of DNA damage in FFPE samples, accurate mapping of chromatin accessibility in these specimens is …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry imaging (MALDI-MSI) allows spatial analysis of proteins, metabolites, or small molecules from tissue sections. Here, we present the simultaneous generation and analysis of MALDI-MSI, whole-exome sequencing (WES), and RNA-sequencing data from the same formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections. Genomic DNA and total RNA were extracted from (i) untreated, (ii) hematoxylin-eosin (HE) stained, and (iii) MALDI-MSI-analyzed FFPE tissue sections from three head and neck squamous cell carcinomas. MALDI-MSI data were generated b…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adequate access to fresh or frozen normal adrenal tissue has been a primary limitation to the enhanced characterization of the adrenal zones via RNA sequencing (RNAseq). Herein, we describe the application of targeted RNAseq to formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) normal adrenal gland specimens. Immunohistochemistry (IHC) was used to visualize and guide the capture of the adrenocortical zones and medulla. Following IHC-based tissue capture and isolation of RNA, high-throughput targeted RNAseq highlighted clear transcriptomic differences and identified differentially expressed genes among th…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Histone post-translational modifications (HPTMs) have been believed to play crucial roles in the regulation of gene transcription. Thus, aberrant modification of histone can contribute to the occurrence and development of diseases such as tumors. To date, formalin fixed paraffin-embedded (FFPE) clinical tissues are believed to be one of the most valuable sample resources in the study of human diseases. Therefore, it is of great significance to reveal the molecular mechanism of cancer and discover the markers of tumor. Proteomics, based on high performance liquid chromatograph-tandem mass spect…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aimed to investigate the factors affecting the quantity of DNA and RNA extractable from human formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues stored for different lengths of time.
METHODS: We randomly selected 20 FFPE specimens harvested from hysteromyoma patients with uterine fibroids during 2010, 2015, and 2017 at the Department of Pathology, Jiading District Central Hospital Affiliated Shanghai University of Medicine and Health Sciences. DNA and RNA extractions were performed using a DNA/RNA FFPE kit. DNA and RNA concentrations and their OD260/OD280 ratios were deter…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования