Previously, nonenzymatic primer extension reaction of acyclic l-threoninol nucleic acid (L-aTNA) was achieved in the presence of N-cyanoimidazole (CNIm) and Mn2+; however, the reaction conditions were not optimized and a mechanistic insight was not sufficient. Herein, we report investigation of the kinetics and reaction mechanism of the chemical ligation of L-aTNA to L-aTNA and of DNA to DNA. We found that Cd2+, Ni2+, and Co2+ accelerated ligation of both L-aTNA and DNA and that the rate-determining step was activation of the phosphate group. The activation was enhanced by duplex formation bet
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability to change binding affinity in a controlled fashion is a key step in the rational design of biomolecules in general and functional nucleic acids in particular. Here, we use dangling nucleotides to alter the binding affinity of structure-switching aptamers. Dangling nucleotides can stabilize or destabilize a nucleic acid structure with a known ΔG°37. When the dangling nucleotide stabilizes the structure, less free energy from ligand binding is needed to fold the molecule and hence the ligand is observed to bind tighter than in the absence of the unpaired nucleotide. For a destabilizi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We describe the role of formamide, a product of the hydrolysis of hydrogen cyanide, as precursor of several components of nucleic acids under prebiotic conditions. When formamide is heated in the presence of montmorillonites, the efficient one-pot synthesis of purine, adenine, cytosine, and uracil is obtained. Along with these nucleobases, several components of the inosine pathway are obtained: 5-aminoimidazole-4-carboxamide, 5-formamidoimidazole-4-carboxamide and hypoxanthine. This almost complete catalogue of nucleic acid precursors is accompanied by N(9)-formylpurine, which, containing a ma
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NUPACK is a growing software suite for the analysis and design of nucleic acid structures, devices, and systems serving the needs of researchers in the fields of nucleic acid nanotechnology, molecular programming, synthetic biology, and across the life sciences. NUPACK algorithms have pioneered the treatment of complex and test tube ensembles containing arbitrary numbers of interacting strand species, providing crucial tools for capturing concentration effects essential to analyzing and designing the intermolecular interactions that are a hallmark of these fields. Analysis and design of multit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three PNA-DNA chimeric dimer synthons (tT, upT and uhT, see Sch. 1) have been synthesized in solution and used to make T20-analogue chimeras applying standard solid-phase DNA synthesis protocol. Duplex forming ability of chimeras with dA20 and their hydrolyses by 3'- and 5'-exonucleases (snake venom and bovine spleen phosphodiesterase, respectively) have been investigated.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A series of DNA primers containing nucleotides with various sugar pucker conformations at the 3'-terminus were chemically synthesized by solid-phase synthesis. The ability of wild-type (WT) HIV-1 reverse transcriptase (RT) and AZT-resistant (AZTr) RT to excise the 3'-terminal nucleotide was assessed. Nucleosides with a preference for the North conformation were more refractory to excision by both WT-RT and AZTr-RT. We found that DNA primers that contain North puckered-nucleotides at the 3'-terminus can also affect the translocation status of the RT/template/primer complex, which provides an un
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Homothymidine DNA oligonucleotides bearing a 3'-terminal 6-phenyl-9H-carbazole C-nucleoside, mercurated at position 1, 8 or both, were synthesized and tested for their potential to form triple helices with homoadenine ⋅ homothymine duplexes. The monomercurated triplex-forming oligonucleotides favored hybridization with fully matched double helices and in some cases considerable increase of the melting temperature could be attributed to Hoogsteen-type Hg(II)-mediated interaction with the homoadenine strand. The dimercurated one, on the other hand, favored hybridization with double helices placi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
α-(l)-(3'-2')-Threofuranosyl nucleic acid (TNA) cross-pairs with DNA and RNA and is not degraded by nucleases and thus has potential for use in diagnostics and therapeutics based on nucleic acids. Here, we describe the synthesis of 15 building blocks of chiral 4'-(R)- and 15 building blocks of chiral (S)-methyl-α-(l)-threofuranosyl nucleic acid (4'-Me-TNA) monomers and their incorporation into oligonucleotides. Crystallographic studies of RNAs containing 4'-Me-TNA modifications revealed the impact of the methyl substituent on the sugar pucker and duplex conformation. Biostability studies showe
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
By biological and medical criteria, prions are infectious agents; however, many of their properties differ profoundly from those of conventional microbes. Prions are "encoded" by alterations in protein conformation rather than in nucleic acid or amino acid sequence. New epidemic prion diseases (bovine spongiform encephalopathy and new variant Creutzfeldt-Jakob disease) have recently emerged under the active surveillance of the modern world. The risk of contracting prion disease from blood products or other biologicals is now a focus of worldwide concern. Much has been discovered about prions a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The programmability of CRISPR-Cas12a has enabled transformative advances in nucleic acid detection; however, extending its activation to non-nucleic-acid targets remains highly desirable. Here, we report a universal split-activator strategy that enables programmable Cas12a activation in response to a small molecule and a protein. In this approach, a canonical activator is divided into two fragments (p1 and p2), such that Cas12a activation occurs only upon their simultaneous assembly. We integrate this mechanism with aptamer-mediated conformation switching, wherein target binding destabilizes a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Peyrard-Bishop-Dauxois (PBD) model of DNA denaturation, although successful in the description of melting profiles, fails to predict melting entropies, unzipping forces, and dynamical properties, e.g., hairpin dynamics. The paper presents an atomistic "toy model" of the intra-base-pair motion which suggests that the thermodynamics may be better described by a planar vector-rather than a scalar-order parameter. This leads to correct estimates of melting entropy, unzipping force, hairpin opening rates, and the equilibrium constant of open/closed base pair states during imino proton exchange.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emerging class of (l)-acyclic threoninol nucleic acids ((l)-aTNAs) represents a novel type of xeno nucleic acids (XNAs), characterized by an acyclic nonribose backbone derived from the amino acid threonine. In this Account, the distinctive structural characteristics and broad spectrum of applications of (l)-aTNA are described. Compared to DNA and RNA, (l)-aTNA exhibits enhanced flexibility and conformational diversity. This flexibility, surprisingly, does not compromise but rather enhances the molecule's stability in homoduplex formation, and it also forms stable heteroduplexes with both D
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Helicases are motor proteins that play a central role in the metabolism of DNA and RNA in biological cells. Using the energy of ATP molecules, they are able to translocate along the nucleic acids and unwind their duplex structure. They have been extensively characterized in the past and grouped into superfamilies based on structural similarities and sequential motifs. However, their functional aspects and the mechanism of their operation are not yet well understood. Here, we consider three helicases from the major superfamily 2--Hef, Hel308 and XPD--and study their conformational dynamics by u
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Argonaute proteins mediate RNA interference in eukaryotes and nucleic-acid defence in prokaryotes. Although these systems operate in distinct biological contexts and produce diverse downstream outcomes, they share a conserved structural architecture and mechanism of guide-dependent target recognition. Here, we argue that Argonautes function as programmable surveillance platforms that kinetically sample nucleic acids, engage targets through sequential pairing and conformational checkpoints, and couple recognition to functional outputs through regulated structural transitions. Rather than repres
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The w3DNA (web 3DNA) server is a user-friendly web-based interface to the 3DNA suite of programs for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional (3D) nucleic-acid-containing structures, including their complexes with proteins and other ligands. The server allows the user to determine a wide variety of conformational parameters in a given structure--such as the identities and rigid-body parameters of interacting nucleic-acid bases and base-pair steps, the nucleotides comprising helical fragments, etc. It is also possible to build 3D models of arbitrary nucleotide sequen
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There may be more than one way leading to RNA: Recent discoveries in the synthesis of nucleoside and nucleotide precursors are described and put into the wider context of prebiotic systems chemistry. Mixing Butlerow's carbohydrate precursors with Traube's 5-formylaminopyrimidines has led to the formation of prebiotic purine nucleosides whereas the mixing of 5-phosphoribose with barbituric acid and melamine gave supramolecular fibers from stacks of Whitesides' rosettas.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The APOBEC3 family of polynucleotide cytidine deaminases has diverse roles as viral restriction factors and oncogenic mutators. These enzymes convert cytidine to uridine in single-stranded (ss)DNA, inducing genomic mutations that promote drug resistance and tumor heterogeneity. Of the seven human APOBEC3 members, APOBEC3A (A3A) and APOBEC3B (A3B) are most implicated in driving pro-tumorigenic mutations. How these enzymes engage and selectively deaminate ssDNA over RNA is not well understood. We previously conducted molecular dynamics (MD) simulations that support the role of sugar conformation
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleic acid conformational regulation and enzymatic dynamic modulation play a pivotal role in creating collaborative amplification systems with programmable responses. However, the coordination of sophisticated molecular functions within synergistic cascade networks remains constrained by limited progress in leakage mitigation and modular functionality expansion. Here, we report a dephosphorylation-regulated MNAzyme-primer exchange reaction (PER)-based (Dp-PER) strategy, with its core mechanism centered on cyclic phosphate-locked conformation to suppress signal leakage. This design specifical…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Laboratory evolution of functional RNAs has applications in many areas of chemical and synthetic biology. In vitro selections critically depend on the presence of functional molecules, such as aptamers and ribozymes, in the starting sequence pools. For selection of novel functions the pools are typically transcribed from random-sequence DNA templates, yielding a highly diverse set of RNAs that contain a multitude of folds and biochemical activities. The phenotypic potential, the frequency of functional RNAs, is very low, requiring large complexity of starting pools, surpassing 1015 different s
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The building blocks of current life on Earth are chiral compounds, such as 2'-deoxy-D-ribose of DNA and L-amino acids with homochirality, which play an important role in various biological reactions. We investigated the effect of chirality on the template-directed chemical synthesis of nucleic acids as a model for primitive replication of genetic materials in the absence of enzymes. The efficiency of the template-directed chemical ligation of two acyclic nucleic acids, achiral serinol nucleic acid (SNA) and chiral acyclic l-threoninol nucleic acid (L-aTNA), induced by N-cyanoimidazole and a di
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования