CD19 expression begins at the pro-B cell stage of B cell development. As such it serves as a good prototype for B cell-specific genes whose expression begins shortly after lineage commitment. To understand the molecular mechanisms controlling CD19 gene expression, we isolated and functionally characterized the CD19 promoter using in vivo footprinting, gel shift assays, and transfection studies. Reporter constructs spanning portions of the promoter identified a region between -85 and -200 that produced high levels of reporter gene activity in lymphoid cells. In vivo footprinting identified prot
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent revolution in imaging techniques and results from RNA footprinting in situ reveal how the bacteriophage MS2 genome regulates both particle assembly and genome release. We have proposed a model in which multiple packaging signal (PS) RNA-coat protein (CP) contacts orchestrate different stages of a viral life cycle. Programmed formation and release of specific PS contacts with CP regulates viral particle assembly and genome uncoating during cell entry. We hypothesize that molecular frustration, a concept introduced to understand protein folding, can be used to better rationalize how P
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have previously shown that 12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate (TPA) which activates expression of the latent genome of the Epstein-Barr virus (EBV) in Burkitt lymphoma cells induces the synthesis of two cellular anti-EBNA-1 competitor proteins, anti-EBNA-1.1 and anti-EBNA-1.2. Both anti-EBNA-1 proteins can uncouple the specific binding of the EBNA-1 to the region required for EBV plasmid maintenance (oriP). Here, we show by DNase I footprinting that the binding sites on oriP for the EBNA-1 and the anti-EBNA-1 proteins were indistinguishable. The proteins bound to the 30-bp tandem repeats
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The widespread use of titanium in marine structures is hindered by its susceptibility to biofouling. As a promising antifouling approach, the rational design of direct surface modification relies on a fundamental understanding of how surface properties regulate the settlement of fouling organisms. Herein, this study investigated the effect of TA2 titanium surface roughness on the settlement process of barnacle cyprids. Increased roughness enhanced the temporary attachment of cyprids through sacrificial bonds and mechanical interlocking of deposited footprint proteins. A moderate roughness incr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the present work, the immobilized footprint of β-glucosidase (BGL) on silica-coated iron oxide was explored to produce reusable catalysts with flexible active sites for high activity and heightened storage stability. Synthesized iron oxide particles were coated with silica and functionalized with various densities of (3-aminopropyl)triethoxysilane (APTES) to obtain particles with amine densities ranging from 0 to 3 × 10-5 mol/g particle. The amine-modified particles were activated with glutaraldehyde, and subsequently, BGL was immobilized using either a 0.1 or 1 mg/mL enzyme solution to pro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The eosin-5'maleimide (EMA) binding test has been studied extensively for the detection of hereditary spherocytosis (HS). Its performance characteristics have been compared to NaCl-based or glycerol lysis-based red cell osmotic fragility tests and cryohemolysis. HS samples are also better identified when both mean channel fluorescence (MCF) of EMA relative to controls and the coefficient of variation (CV) are analyzed.
METHODS: We looked at 65 normal controls including 30 adults 25-65 years old and 35 newborns and 12 HS cases. In addition to the MCF and the CV, we used a side scat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The herpes simplex virus type 1 origin-binding protein, OBP, is a DNA helicase encoded by the UL9 gene. The protein binds in a sequence-specific manner to the viral origins of replication, two OriS sites and one OriL site. In order to search for efficient inhibitors of the OBP activity, we have obtained a recombinant origin-binding protein expressed in Escherichia coli cells. The UL9 gene has been amplified by PCR and inserted into a modified plasmid pET14 between NdeI and KpnI sites. The recombinant protein binds to Box I and Box II sequences and possesses helicase and ATPase activities. In t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinal muscular atrophy, an autosomal recessive disorder, is caused by loss of the SMN1 (survival motor neuron) gene while retaining the SMN2 gene. SMN1 produces a majority of full-length SMN transcript, whereas SMN2 generates mostly an isoform lacking exon 7. Here, we demonstrate a novel cAMP-response element, CRE-II, in the SMN promoter that interacts with the cAMP-response element-binding (CREB) family of proteins. In vitro DNase I protection analysis and in vivo genomic footprinting of the SMN promoter using the brain and liver nuclei from SMN2 transgenic mice revealed footprinting at the
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАОтозванная публикацияПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Telomeres of Oxytricha macronuclear DNA exist as discrete DNA-protein complexes. Different regions of each complex display characteristic DNA-protein interactions. In the most terminal region, binding of a 43- and a 55-kDa protein to the telomeric DNA appears to account for all the DNA-protein interactions that can be detected by chemical and nuclease footprinting. We have used gradient sedimentation and protein-protein cross-linking to establish that the 43- and 55-kDa proteins are subunits of a heterodimer. Both subunits are very basic, which is unexpected considering the resistance of the D
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mutations in the myocilin (MYOC)/TIGR gene are responsible for autosomal-dominant juvenile primary open-angle glaucoma (POAG). In patients with non-autosomal-dominant POAG, such mutations are rare, but the expression of MYOC/TIGR in the trabecular meshwork (TM) of the eye is considerably higher than in normals. We performed transfection, DNAse I footprinting, mutagenesis and electrophoretic mobility shift assays (EMSA) to identify elements responsible for the basal transcription of MYOC/TIGR in TM cells and astrocytes.
RESULTS: DNAse I footprinting experiments of the human MYOC/TI
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) is a protein footprinting technique that is being increasingly used in MS-based proteomics. FPOP is utilized to study protein-protein interactions, protein-ligand interactions, and protein conformational dynamics. This method has recently been extended to protein labeling in live cells (IC-FPOP), allowing the study of protein conformations in the complex cellular environment. Traditionally, IC-FPOP has been executed using a single cell flow system, in which hydrodynamic focusing drives cells along in a single file line, keeping the cells from clu…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Yersinia pestis is the causative agent of plague. Both cyclic AMP receptor protein (CRP) and PhoP are involved in regulating virulence-related genes in Y. pestis. The phoPQ loci are transcribed as two distinct operons, YPO1635-phoPQ-YPO1632 and phoPQ-YPO1632. In the present work, the regulation of the first operon by CRP was investigated using primer extension, LacZ fusion, electrophoretic mobility shift assay, and DNase I footprinting assays. The results showed that CRP bound to a DNA region overlapping core promoter -10 element and transcription start of YPO1635 to repress the expression of
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Plant-based protein sources are promoted as more sustainable alternatives to animal-based protein sources. The Dutch policy aims for 50% of dietary protein to come from plants, yet comprehensive evidence on the environmental and nutritional impacts of this transition is limited. We examined these impacts in the Dutch diet. METHODS: Dietary intake data from Dutch adults (18–65 years) in the 2019–2021 National Food Consumption Survey served as the reference diet, derived separately for men (n = 585) and women (n = 600). Four replacement scenarios—“no meat and dairy”, “no meat”, “half
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report characterization of several domains within the 5' flanking region of the olfactory marker protein (OMP) gene that may participate in regulating transcription of this and other olfactory neuron-specific genes. Analysis by electrophoretic mobility shift assay and DNase I footprinting identifies two regions that contain a novel sequence motif. Interactions between this motif and nuclear proteins were detected only with nuclear protein extracts derived from olfactory neuroepithelium, and this activity is more abundant in olfactory epithelium enriched in immature neurons. We have designat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA replication of the enterobacterial plasmid R1 is initiated by RepA protein. We have developed a new procedure for the purification of RepA from inclusion bodies, which involves CHAPS-mediated solubilization. This method has been also used for the thermosensitive mutant protein RepA2623. The nucleoprotein complexes obtained with both proteins and oriR, the origin of replication, are studied in this paper. DNaseI and hydroxyl-radical footprinting suggest the presence in oriR of two sites with different affinity for RepA separated by eight helical turns. The pattern of hypersensitive sites in
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription of the cytosine deaminase (codBA) operon of Escherichia coli is regulated by nitrogen, with about three times more codBA expression in cells grown in nitrogen-limiting medium than in nitrogen-excess medium. Beta-galactosidase expression from codBp-lacZ operon fusions showed that the nitrogen assimilation control protein NAC was necessary for this regulation. In vitro transcription from the codBA promoter with purified RNA polymerase was stimulated by the addition of purified NAC, confirming that no other factors are required. Gel mobility shifts and DNase I footprints showed that
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human XPG nuclease makes the 3' incision during nucleotide excision repair of DNA. The enzyme cleaves model DNA bubble structures specifically near the junction of unpaired DNA with a duplex region. It is not yet known, however, whether an unpaired structure is an intermediate during actual DNA repair. We find here that XPG requires opening of >5 bp for efficient cleavage. To seek direct evidence for formation of an open structure around a lesion in DNA during a nucleotide excision repair reaction in vitro, KMnO4 footprinting experiments were performed on a damaged DNA molecule bearing a uniqu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Growing interest in sustainable and clean-label foods has increased the need for meat products with reduced animal meat content. This study comparatively characterized three deli ham formulations: a conventional control, a hybrid formulation in which 50% of the pork meat mass was replaced with chickpea flour, red lentil flour and potato protein isolate, and a clean-label hybrid formulation with the same meat replacement. For physicochemical, nutritional, texture and rheological analyses, one production batch was prepared for each formulation. A second, independently produced batch of each form
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HPS is an autosomal recessive disorder characterized by oculocutaneous albinism and prolonged bleeding. Eight human genes are described resulting in the HPS subtypes 1-8. Certain HPS proteins combine to form Biogenesis of Lysosome-related Organelles Complexes (BLOCs), thought to function in the formation of intracellular vesicles such as melanosomes, platelet dense bodies, and lytic granules. Specifically, BLOC-2 contains the HPS3, HPS5 and HPS6 proteins. We used phylogenetic footprinting to identify conserved regions in the upstream sequences of HPS3, HPS5 and HPS6. These conserved regions we
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enteroviruses comprise a large group of mammalian pathogens that includes poliovirus. Pathology in humans ranges from sub-clinical to acute flaccid paralysis, myocarditis and meningitis. Until now, all of the enteroviral proteins were thought to derive from the proteolytic processing of a polyprotein encoded in a single open reading frame. Here we report that many enterovirus genomes also harbour an upstream open reading frame (uORF) that is subject to strong purifying selection. Using echovirus 7 and poliovirus 1, we confirmed the expression of uORF protein in infected cells. Through ribosome
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования