Transcriptome analysis is one of the bases of modern biology, yet it is typically performed at the gene level, ignoring the complexity of alternative splicing and differential transcription initiation/termination events. Over 95% of mammalian genes produce multiple transcripts, yet most RNA-seq analyses rely on short-read data, for which transcript-level interpretation remains challenging. Current tools suffer from low accuracy, inconsistency with annotations, and lack quick solutions for downstream biological interpretation. Here, we present Isoformic, a customizable R pipeline for transcript…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A key challenge in analyzing single cell RNA-sequencing data is the large number of false zeros, where genes actually expressed in a given cell are incorrectly measured as unexpressed. We present a method based on low-rank matrix approximation which imputes these values while preserving biologically non-expressed genes (true biological zeros) at zero expression levels. We provide theoretical justification for this denoising approach and demonstrate its advantages relative to other methods on simulated and biological datasets.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Oral lichen planus (OLP) is a T cell-mediated autoimmune disease recognized as an oral potential malignant disorder (OPMD) with … in another 10 pairs of specimens.
RESULTS: A total of 153 DEGs (p-values< 0.05) were detected from RNA-Seq. According to GO and KEGG analysis, the dysregulated genes were mainly related to T cell related pathway and Wnt signaling. Based on the WGCNA analysis, 5 modules with high intramodular connectivity and hub genes in each module were gained.
CONCLUS …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-sequencing (RNA-seq) is a relatively new technology that lacks standardisation. RNA-seq can be used for Differential Gene Expression (DGE) analysis, however, no consensus exists as to which methodology ensures robust and reproducible results. Indeed, it is broadly acknowledged that DGE methods provide disparate results. Despite obstacles, RNA-seq assays are in advanced development for clinical use but further optimisation will be needed. Herein, five DGE models (DESeq2, voom + limma, edgeR, EBSeq, NOISeq) for gene-level detection were investigated for robustness to sequencing alterations u…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-type specific gene expression profiles are needed for many computational methods operating on bulk RNA-Seq samples, such as deconvolution of cell-type fractions and digital cytometry. However, the gene expression profile of a cell type can vary substantially due to both technical factors and biological differences in cell state and surroundings, reducing the efficacy of such methods. Here, we investigated which factors contribute most to this variation. We evaluated different normalization methods, quantified the variance explained by different factors, evaluated the effect on deconvoluti…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Rheumatoid arthritis (RA) represents a persistent systemic autoimmune disorder characterized by chronic inflammation and significant disability. Macrophage heterogeneity plays a crucial role in the progression of RA, but the molecular characteristics and regulatory mechanisms of its subsets have not yet been fully elucidated.
METHODS: In this study, we integrated single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data and bulk RNA sequencing (bulk RNA-seq) data, and employed multiple strategies for analysis and identification of the heterogeneity of macrophages in RA. We identified STAT1 as a…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although breast cancer (BC) treatment has entered the era of precision therapy, the prognosis is good in the case of comprehensive multimodal treatment such as neoadjuvant, endocrine, and targeted therapy. However, due to its high heterogeneity, some patients still cannot benefit from conventional treatment and have poor survival prognoses. Amino acids and their metabolites affect tumor development, alter the tumor microenvironment, play an increasingly obvious role in immune response and regulation of immune cell function, and are involved in acquired and innate immune regulation;
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoclasts (OCs) are multinucleated bone resorbing cells essential for skeletal development and remodeling. In adulthood, OCs originate from the serial fusion of monocytes, yet the transcriptional and epigenetic mechanisms shaping their osteoclastogenic potential at a single-cell resolution remain poorly understood. Here, we present an integrative multi-omics analysis, combining single-cell (sc) RNA-seq, scATAC-seq, bulk RNA-seq, and Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)-seq, to comprehensively define the regulatory landscape of osteoclastogenesis in WT and interferon regulatory factor 8 (IRF8…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Introduction: Zeugodacus tau (Walker) is an invasive pest. An effective method to control this pest is the sterile insect technique (SIT). To better apply this technique, it is necessary to understand testis development progression. Methods: Differentially expressed genes (DEGs) during testis development were analyzed by PacBio Iso-Seq and RNA-seq. Results: RNA-Seq library of Z. tau testes on day 1, 6, and 11 post eclosion were constructed. We identified 755 and 865 differentially expressed genes in the comparisons of T6 (testes on day 6) vs. T1 and T11 vs. T1, respectively. The KEGG pathway a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Flatfish pigmentation is a complex process, affected by environmental factors including light, nutrients, and hormones. Of those, the thyroi … for mRNA and miRNA high-throughput sequencing analyses. A total of 337 miRNAs were identified via miRNA-seq, and 12 miRNAs exhibited significantly differential expression patterns in D42_T3 versus D42_Con (TPM > 10, fold change ≥ 1.5 or ≤ 0.67 and q ≤ 0.05). These differentially expressed miRNAs targeted 3658 putative genes, which further enriched to 10 G …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sepsis-induced liver injury (SILI) indicates liver functional or structural impairment occurring during sepsis and is one of the common comp … ensive analyses of hepatic tissues from CLP-treated and Sham operation mice through RNA Sequencing (RNA-Seq) and Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing (MeRIP-Seq) methodologies revealed distinct m6A peaks and differentially expressed genes (DEGs). A total of 2002 m6A peaks were detected (|log2FC|≥ 1, p < 0.05). Our analyses demonstrated that 71% o …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) can bind and mediate RNA-RNA contacts. However, identifying specific RBP-organized RNA-RNA contacts remains challenging. Here, we present a capture RIC-seq (CRIC-seq) technique to map specific RBP-associated RNA-RNA contacts globally. We describe steps for formaldehyde cross-linking to fix RNA in situ conformation, pCp-biotin labeling to mark RNA juncture, and in situ proximity ligation to join proximal RNAs. We then detail immunoprecipitation to isolate specific RBP-associated RNA-RNA contacts, biotin-streptavidin selection to enrich chimeric RNAs, and library cons
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Technical advances in RNA sequencing (RNA-seq) and Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing (ATAC-seq) provide us a genome-wide method to deeper insights into gene expression and regulation. The lack of user-friendly bioinformatics platforms poses a challenge for accurately interpreting such datasets. Here, we present a computational platform, RAGER, that integrates the popular bioinformatics tools in an automated thread for joint mining of RNA-seq and ATAC-seq data. RAGER facilitates integrative analysis of transcriptome and chromatin accessibility by providing an automated workf…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Recent studies have suggested that cell death may be involved in bone loss or the resolution of inflammation in periodontitis. Immunogenic cell death (ICD), a recently identified cell death pathway, may be involved in the development of this disease.
METHODS: By analyzing single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) for periodontitis and scoring gene set activity, we identified cell populations associated with ICD, which were further verified by qPCR, enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) and immunofluorescence (IF) staining. By combining the bulk transcriptome and applying machine …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lactylation is a novel post-translational modification of proteins. Although the histone lactylation modification has been reported to be involved in glucose metabolism, its role and molecular pathways in gestational diabetes mellitus (GDM) are still unclear. This study aims to elucidate the histone lactylation modification landscapes of GDM patients and explore lactylation-modification-related genes involved in GDM. We employed a combination of RNA-seq analysis and chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) analysis to identify upregulated differentially expressed genes (DEGs) with h…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Extrachromosomal circular DNA (eccDNA) plays critical roles in cancer, yet its landscape in acute myeloid leukemia (AML) remains unexplored.
METHODS: We used CIRCLE-seq and RNA-seq to characterize eccDNA in 12 AML patients and 4 healthy controls.
RESULTS: AML cells showed significantly increased eccDNA counts and gene involvement versus healthy controls, with distinct size peaks at 202 and 368 bp. eccDNAs localized non-randomly to chromosomes 1, 2, and 10-19, enriching near transcription start sites and regulatory regions. Functional analysis revealed activation of oncogenic path…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sepsis is a life-threatening organ dysfunction arising from a dysregulated host response to infection. Cell-cycle disturbance is … ne infiltration analysis, and drug prediction were performed.Finally, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data were integrated for cell annotation and biomarker expression analysis, enabling the identification of key cells and the reconstruction of pseudotime trajectories.
RESULTS: UPP1, DRAM1, GADD45A, and MAPK14 were selected as biomarkers and were …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gram-negative bacterium Vibrio cholerae is the causative agent of cholera, a life-threatening diarrheal disease. During its infectious cycle, V. cholerae routinely switches niches between aquatic environment and host gastrointestinal tract, in which V. cholerae modulates its transcriptome pattern accordingly for better survival and proliferation. A comprehensive resource for V. cholerae transcriptome will be helpful for cholera research, including prevention, diagnosis and intervention strategies. In this study, we constructed a microarray and RNA-seq database of V. cholerae (Mr.Vc), containin…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We performed RNA-seq on an Illumina platform for 7 patients with endometrioid endometrial carcinoma for which both tumor tissue and adjacent noncancer tissue were available. A total of 66 genes were differentially expressed with significance level at adjusted p value < 0.01. Using the gene functional classification tool in the NIH DAVID bioinformatics resource, 5 genes were found to be the only enriched group out of that list of genes. The gene IGSF9 was chosen for further characterization with immunohistochemical staining of a larger cohort of human endometrioid carcinoma tissues. The express…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetic alterations are closely associated with prostate cancer development and progression, but the RNA-derived transcriptional allele landscape of prostate cancer and cancer stem cells (CSCs) remains poorly understood. To characterize cancer-associated transcriptional alleles, we analyzed bulk and single-cell RNA sequencing (RNA-seq) data from primary human prostate cancer cells and their matched benign epithelial cells from non-cancerous regions of the same patients. Sequencing reads were aligned to the human reference genome (hg38) using STAR, and sequence variants were annotated with ANNO…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования