G4 motifs are greatly enriched near promoters, suggesting that quadruplex structures may be targets of transcriptional regulation. Here we show, by ChIP-Seq analysis of human cells, that 40% of the binding sites of the transcription-associated helicases, XPB and XPD, overlap with G4 motifs. The highly significant overlap of XPB and XPD binding sites with G4 motifs cannot be explained by GC richness or parameters of the genomewide analysis, but instead suggests that these proteins are recruited to quadruplex structures that form in genomic DNA (G4 DNA). Biochemical analysis demonstrates that XP
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleotide excision repair (NER) is a precisely coordinated process essential to avoid DNA damage-induced cellular malfunction and mutagenesis. Here, we investigate the mechanistic details and effects of the NER machinery when it is compromised by a pathologically significant mutation in a subunit of the repair/transcription factor TFIIH, namely XPD. In contrast to previous studies, we find that no single- or double-strand DNA breaks are produced at early time points after UV irradiation of cells bearing a specific XPD mutation, despite the presence of a clear histone H2AX phosphorylation (γH2
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although oxidatively damaged DNA is repaired primarily via the base excision repair (BER) pathway, it is now evident that multiple subpathways are needed. Yet, their relative contributions and coordination are still unclear. Here, mouse embryo fibroblasts (MEFs) from selected nucleotide excision repair (NER) and/or BER mouse mutants with severe (Csb(m/m)/Xpa(-/-) and Csb(m/m)/Xpc(-/-)), mild (Csb(m/m)), or no progeria (Xpa(-/-), Xpc(-/-), Ogg1(-/-), Csb(m/m)/Ogg1(-/-)) or wild-type phenotype were exposed to an oxidizing agent, potassium bromate, and genomic 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoGua)
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Premature senescence induced by DNA damage or oncogene is a critical mechanism of tumor suppression. Reactive oxygen species (ROS) have been implicated in the induction of premature senescence response. Several pathological disorders such as cancer, aging and age related neurological abnormalities have been linked to ROS deregulation. Here, we discuss how Damaged DNA binding Protein-2 (DDB2), a nucleotide excision repair protein, plays an important role in ROS regulation by epigenetically repressing the antioxidant genes MnSOD and Catalase. We further revisit a model in which DDB2 plays an ins
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate polymorphisms of COMT (Rs4680) and XPD (Rs13181) and risk of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) in a population from Yili Prefecture, Xinjiang, China.
METHODS: A hospital-based case-control study was designed. Genotypes were determined by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Odds ratios (OR) and 95% confidence intervals (CI) were analysed using unconditional logistic regression.
RESULTS: An increased risk of ESCC was discovered with COMT in relation to the frequency of the presence of the A allele (Rs4680; OR 1.30, 95
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trypanosomatid parasites share a gene expression mode which differs greatly from that of their human and insect hosts. In these unicellular eukaryotes, protein-coding genes are transcribed polycistronically and individual mRNAs are processed from precursors by spliced leader (SL) trans splicing and polyadenylation. In trans splicing, the SL RNA is consumed through a transfer of its 5'-terminal part to the 5' end of mRNAs. Since all mRNAs are trans spliced, the parasites depend on strong and continuous SL RNA synthesis mediated by RNA polymerase II. As essential factors for SL RNA gene transcri
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pierisin-1 is a potent apoptosis-inducing protein found in the pupal extract of the cabbage white butterfly. Pierisin-1 catalyzes the mono(ADP-ribosyl)ation of the 2'-deoxyguanosine residue and produces a bulky adduct, N2-(ADP-ribos-1-yl)-2'-deoxyguanosine (N2-ADPR-dG) in DNA. Here, we examined the involvement of the nucleotide excision repair (NER) system in the removal of N2-ADPR-dG in Escherichia coli (E. coli) and human cells. The results of mobility shift gel electrophoresis assays using a 50-mer oligodeoxynucleotide containing a single N2-ADPR-dG showed that E. coli UvrAB proteins bound
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The effect of the polymorphism of the DNA repair gene ERCC2/XPD Asp312Asn on the risk of lung cancer was investigated in a northeastern Chinese population. A hospital-based case-control study consisted of 201 lung cancer cases and 171 cancer-free controls matched to age, sex, and ethnicity. A polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method was used for genotyping. Frequency of the variant C-allele of ERCC2 Asp312Asn was 0.006 among the controls in present study, which differs markedly from previous reports both in European ancestry populations and in other Chinese pop
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Excision Repair Cross-Complementing Rodent Repair Group 2 (ERCC2) plays an important role in DNA repair by eliminating bulky DNA adducts produced by platinum agents during the nucleotide excision repair pathway. Several studies have associated polymorphisms in ERCC2 with response to platinum therapy, lung cancer risk, and DNA repair capacity. This study examined ERCC2 polymorphisms and haplotype structure across 18.9 kb in 95 European, 95 African, and 95 Asian individuals. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) (ERCC2 -9164 A>T, -1989 A>G, -516 G>A, 468 C>A [Arg156Arg], 1737 C>T [Val579Val], 2
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A potential genotoxic effect of cigarette smoking has repeatedly been investigated with the comet assay (alkaline single cell gel electrophoresis) and conflicting results have been reported. Besides differences in the methodology and the study design used, genetic differences between the subjects investigated might contribute to the variability of test results. Considering genetic polymorphisms of genes involved in metabolism or DNA repair has led to a better discrimination of smoking-related genotoxic effects in some cases but also led to discrepant results. We therefore evaluated our baselin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung cancer is the most common fatal cancer among Danish men, and the incidence rate is increasing among women. In a case-cohort study, we have investigated the occurrence of lung cancer in relation to a high-risk haplotype, previously identified for breast cancer among post-menopausal women, and in relation to the closely linked polymorphisms XPD Asp312Asn and Lys751Gln. Among 54220 members of a Danish prospective cohort study aged 50-64 at entry, 265 lung cancer cases were identified and a sub-cohort comprising 272 individuals was used for comparison. Among women in the 50-55 year age interv
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A molecular model for the human nucleotide excision repair protein, XPD, was developed based on the structural and functional relationship of the protein with a bacterial nucleotide excision repair (NER) protein, UvrB. Whereas XPD does not share significant sequence identity with UvrB, the proteins share seven highly conserved helicase motifs that define a common protein structural template. They also have similar functional roles in their ATPase activity and the ability to unwind DNA and verify damaged strands in the process of NER. The validity of using the crystal structure of UvrB as a tem
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A symposium, Genetic Polymorphisms in DNA Repair and Cancer Risk, was presented at the 40th Annual Meeting of the Society of Toxicology, held in San Francisco, California, in March 2001. A brief report of the symposium was published (Kaiser, Science 292, 837-838, 2001). Molecular epidemiological studies have shown that polymorphic variants of genes involved in the metabolism and repair of carcinogens can act as cancer susceptibility genes. These variants of drug metabolic and DNA-repair enzymes either increase the activation of chemical carcinogens or decrease the cells' ability to detoxify/re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trichothiodystrophy (TTD) is a rare genetic disorder characterized by a hair dysplasia and associated with numerous symptoms affecting mainly organs derived from the neuroectoderm. About half of TTD patients exhibit photosensitivity because their nucleotide-excision repair pathway (NER) does not remove UV-induced DNA lesions efficiently. However, they do not present the skin cancer susceptibility expected from such an NER disorder. Their deficiencies result from phenotype-specific mutations in either XPB or XPD. These genes encode the helicase subunits of TFIIH, a DNA repair factor that is als
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human XPA is an essential component in the multienzyme nucleotide excision repair (NER) pathway. The solution structure of the minimal DNA binding domain of XPA (XPA-MBD: M98-F219) was recently determined [Buchko et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 2779-2788, Ikegami et al. (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 701-706] and shown to consist of a compact zinc-binding core and a loop-rich C-terminal subdomain connected by a linker sequence. Here, the solution structure of XPA-MBD was further refined using an entirely new class of restraints based on pseudocontact shifts measured in cobalt-substituted XP
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three types of DNA repair are known: photoenzymatic repair, excision repair, and tolerance repair (the ability to generate damage-free copies of DNA, which could be not exact copies, from damaged DNA templates). Photoenzymatic repair involves the most simple molecular mechanisms and is the most specific (effective only for pyrimidine dimers) and the most widely distributed among present living organisms, followed by excision repair and then by tolerance repair in order of increasing complexity. It is proposed that these repair systems also evolved in this order after the primordial life was cr
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования