BACKGROUND/AIM: Cholangiocarcinoma (CCA) has a poor prognosis, partly due to late diagnosis and limited efficacy of systemic therapies. Gemcitabine remains a commonly used chemotherapeutic agent for CCA; however, the clinical response is heterogeneous, and predictive biomarkers are lacking. Although epigenetic regulators have been implicated in gemcitabine sensitivity in other malignancies, their relevance in CCA has not been explored systematically. This study aimed to identify epigenetic candidates associated with the gemcitabine response in CCA and to validate their functional role.
MATERI
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inadequate supply of oxygen causing hypoxic cellular stress drives metabolic reprograming across diverse physiological conditions, including cancer. The activation of hypoxia-inducible factors (HIFs) to facilitate adaptation to low oxygen environments is well-characterized; however, post-transcriptional regulation by microRNAs (miRNAs) is poorly understood. Here, we investigated the mRNA and miRNA response in hypoxia-mediating reduced growth and cellular metabolism. Next-generation sequencing revealed the impact of hypoxia in cultured human hepatocellular carcinoma cells and identified over 40
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Therapy resistance remains a major cause of cancer-related mortality. Cisplatin (cis-diamminedichloroplatinum, CDDP) is a first-line chemotherapeutic agent for oral cancer, but intrinsic and acquired resistance substantially limit its clinical efficacy. Epithelial-mesenchymal transition (EMT) has been associated with drug resistance across multiple tumor types; however, its involvement in cisplatin resistance in oral cancer remains incompletely understood. Here, we established an in vitro model of cisplatin resistance using the squamous cell carcinoma 9 (SCC-9) cell line and generated two popu
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hypercapnia is a key feature of the respiratory microenvironment in many pathologic conditions. It occurs both as a regional and as a systemic process, and it is associated with multiple metabolic changes such as mitochondrial dysfunction, decreased ATP production, and metabolic shift from glycolytic energy production to fatty acid metabolism. In the cancer tumor microenvironment, hypercapnia has been linked at times to enhanced cell migration, invasion, and chemoresistance. Our previous work has shown that hypercapnia-associated gene signatures can be used as prognostic biomarkers. However, u
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is an aggressive cancer with high metastatic ability, poor prognosis, and resistant to treatment. Tumor microenvironment plays a major role in the complexity of PDAC.
OBJECTIVE OF THE STUDY: The aim of the study was to examine the role of P21 activated kinase-1 (PAK1) in the sustenance of tumor microenvironment to enable tumor growth and progression.
METHODOLOGY: The effect of PAK1 in the tumor microenvironment was analyzed using a novel co-culture method involving pancreatic cancer cells and pancreatic stellate cells. The 2 cell types were
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: There is an urgent need to identify biomarkers of tumorigenesis for colitis-associated cancer (CAC) as early cancer detection remains crucial for patients with inflammatory bowel disease (IBD). This in silico study examines the relationship between IBD and CAC, with particular regard to differentially-expressed genes (DEGs).
METHODS: Integrated bioinformatics tools and public databases were employed. Data from GEO (GSE102133, GSE48958, GSE9348, GSE83687, GSE138202) were processed using GEOexplorer. DEGs were then functionally annotated with DAVID, SRplot, and integrated analysis via
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PAAD) metastasis is driven by complex tumor-microenvironment interactions. Here, we integrated single-cell and bulk transcriptomic analyses of 104,855 cells from 10 patients to delineate the cellular and molecular landscape of primary versus metastatic PAAD. We identified metastasis-associated epithelial (LMO7⁺, TOP2A⁺, PIGR⁺), fibroblast (IGKC⁺, RGS5⁺), and M2-like macrophage (APOE⁺, CD14⁺, FOLR2⁺, SPP1⁺) subpopulations, validated via bulk deconvolution. Functional analyses revealed upregulated Wnt signaling, epithelial-mesenchymal transition, and angiogenesi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigates the mechanisms of Osimertinib resistance in lung adenocarcinoma (LUAD) by identifying prognostic genes associated with SUMOylation. We performed differential expression analysis to identify differentially expressed genes (DEGs) in LUAD samples, Osimertinib-tolerant cell samples and SUMOylation-related genes (SRGs). Utilizing Cox regression and LASSO regression, we developed a prognostic model that highlighted five key prognostic genes-BIRC5, AURKA, BLM, NR3C2, and NDC1. These genes were significantly associated with LUAD progression, revealing their predominant expressi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS), particularly perfluorooctanoic acid (PFOA) and perfluorooctane sulfonate (PFOS), are synthetic chemicals known for their widespread use and environmental persistence. These compounds have been increasingly linked to hepatotoxicity and the development of hepatocellular carcinoma (HCC). However, the molecular mechanisms by which PFAS contribute to HCC remain underexplored.
METHODS: This study employs a multi-omics approach that combines network toxicology, integrated machine learning, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, ex
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Papillary thyroid cancer (PTC) is the most common thyroid cancer, but current molecular features inadequately stratify its risk. Whether distinct underlying mechanisms can further classify PTC and improve prognostic precision remains unclear.
METHODS: We integrated single-cell RNA sequencing data (158,577 cells from 11 PTC patients; GEO: GSE184362) with bulk-RNA sequencing data from The Cancer Genome Atlas Thyroid Carcinoma (TCGA-THCA) cohort (501 patients). Multi-omics analyses were employed to elucidate PTC heterogeneity, identify malignant cell differentiation and prognosis-rel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a multifactorial metabolic syndrome which could develop into hepatocellular carcinoma (HCC). Exosomes could mediate intercellular communications and play key roles in the occurrence and development of many diseases including NAFLD and HCC. However, expressions and roles of the genes related to exosomes in NAFLD-related HCC remain unclear. The objective of this study was to investigate the expressions and diagnostic values of exosome-related genes in NAFLD-related HCC. Firstly, two risk subgroups of patients with NAFLD-related HCC from the gene expres
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Skin cutaneous melanoma represents a significant threat among skin cancers. Investigating key methylated genes with prognostic implications remains an area ripe for exploration in this field. This study aims to identify survival-associated methylated genes and their specific methylation sites in skin cutaneous melanoma through integrated bioinformatic analysis. Utilizing data from the Cancer Genome Atlas database, gene methylation and expression files were analyzed. The results indicate that patients with skin cutaneous melanoma exhibiting high expression of hypomethylated HHEX experience bett
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Skin cutaneous melanoma (SKCM) is a cancer with serious global impact. Long non-coding RNA was previously found to be associated with tumor prognosis. This research focuses on long intergenic non-protein coding (LINC) RNAs, and correlated protein-coding genes (PCGs), to explore their diagnostic and prognostic value, function and mechanism. Gene expression data was obtained from TCGA and Oncomine for analysis; in total there were 458 cases included in this study. LIN00518 and the 10 most highly correlated PCGs were selected to determine the diagnostic and prognostic value. We undertook bioinfor
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is the most common subtype of renal cell carcinoma (RCC). Due to the lack of symptoms until advanced stages, early diagnosis of ccRCC is challenging. Therefore, the identification of novel secreted biomarkers for the early detection of ccRCC is urgently needed.
OBJECTIVES: This study aimed to identify novel secreted biomarkers for diagnosing ccRCC using bioinformatics and machine learning techniques based on transcriptomics data.
MATERIAL AND METHODS: Differentially expressed genes (DEGs) in ccRCC compared to normal kidney tissues were iden
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) is a highly heterogeneous malignancy characterized by significant variations in gene expression among distinct cell populations. Traditional sequencing technologies often obscure these differences, necessitating advanced approaches for a comprehensive understanding. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and Mendelian randomization (MR) analysis have emerged as powerful tools for unraveling the intricacies of PCa, enabling the identification of unique biological features at the individual cell level. In this study, droplet-based scRNA-seq analysis was performed on 4 PCa s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bladder cancer (BLCA) exhibits considerable heterogeneity, and research into its tumor microenvironment and prognostic biomarkers remains insufficient. This study aims to identify key prognostic genes and immune microenvironment factors to enhance clinical assessment. Primary tumor (PT) and lymph node metastasis (LNM) samples were obtained from patients with BLCA, and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was conducted to analyze cellular composition and functional variations. Prognostic genes were identified based on integrated bulk transcriptomic data, leading to the development of a risk m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gold standard cell-of-origin (COO) classification based on the gene expression profiling (GEP) is robust in diffuse large B cell lymphoma (DLBCL). However, its clinical application remains limited. The qualitative transcriptional characteristic on account of the within-sample relative expression orderings (REO) of genes, which is highly stable against batch effects and variations of specimen quality, presents great potential for clinical use. In this study, we developed a qualitative signature to distinguish the germinal center B cells (GCB) subtype of DLBCL from non-GCB subtypes. The sign
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cutaneous squamous cell carcinoma (SCC) is known for its stepwise progression from healthy skin to premalignant actinic keratosis (AK), followed by a malignant transformation to SCC. Unfortunately, less attention has been paid to changes in gene expression in the tumour microenvironment during this process. We retrospectively selected early-stage cutaneous SCC tissue samples containing both invasive and premalignant portions and conducted a spatial transcriptomic experiment using a NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP). First, we selected invasive and premalignant regions of interest
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The successful pulmonary metastasis of malignant cancer cells depends on the survival of circulating tumor cells in a distant and hostile microenvironment. The formation of a pre-metastatic niche (PMN) creates a supportive environment for subsequent metastasis. Circular RNAs (circRNAs) are increasingly acknowledged as crucial elements in the mechanisms of metastasis due to their stable structures and functions, making them promising early metastasis detection markers. However, the specific expression patterns and roles of circRNAs in the lungs before metastasis remain largely unexplored. Our r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lung metastasis has garnered significant attention due to its prevalent occurrence. Pre-metastatic niche (PMN) establishment is a critical prerequisite for the onset of lung metastasis. Emerging evidence indicates that long noncoding RNAs (lncRNAs) play pivotal roles in the metastatic cascade to the lungs. However, the relationship between lncRNA expression profiles and the formation of PMN remains uncharacterized. This study aims to explore the expression profiles and potential roles of lncRNAs in the context of pre-metastatic lung microenvironment.
METHODS: RNA sequencing was ut
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования