Complementarity Determining Regions (CDRs) in antibodies, and in particular the CDR-H3 loop, often display conformational plasticity that is essential for their function. Due to this flexibility, the structural investigation of antibody-antigen binding cannot exclusively rely on experimental techniques that only provide snapshots of unbound and bound states, such as X-ray crystallography. Moreover, X-ray structures can be biased due to experimental conditions and crystal packing. In this context, computational techniques, and especially conformational sampling methods, are an essential complem
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recruitment of β-arrestin (βarr) by G-protein-coupled receptor (GPCR) holds imperative importance in physiological processes, while the mechanisms underlying arrestin engagement with receptors remain obscure. The parathyroid hormone type 1 receptor (PTH1R), as a prototypical class B1 receptor, incorporates arrestin for signaling and regulates G-protein signaling by distinct mechanisms. Here, we report three cryo-electron microscopy structures of β-arrestin1 (βarr1) engaged with the activated wild-type and chimeric PTH1R in core conformation, revealing a distinctive binding mode of βarr1 co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
APH(2″)-Ia is a widely disseminated resistance factor frequently found in clinical isolates of Staphylococcus aureus and pathogenic enterococci, where it is constitutively expressed. APH(2″)-Ia confers high-level resistance to gentamicin and related aminoglycosides through phosphorylation of the antibiotic using guanosine triphosphate (GTP) as phosphate donor. We have determined crystal structures of the APH(2″)-Ia in complex with GTP analogs, guanosine diphosphate, and aminoglycosides. These structures collectively demonstrate that aminoglycoside binding to the GTP-bound kinase drives conform
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Better understanding of the interaction between nanoparticles (NPs) and protein is the basis for biological and biomedical applications of NPs. Water-soluble fluorescent CdS NPs have been widely used in the biological and biomedical fields and the study on effect of CdS NPs size on conformation and enzymatic activity of protein might be very important in its application. In this work, the interaction of CdS NPs with different size with type II restriction endonuclease (EcoRI) were investigated by atomic force microscopy, transmission electron microscopy, UV-vis spectroscopy, fluorescence quenc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The receptor-binding domain (RBD) of SARS coronavirus (SARS-CoV) spike (S) protein contains multiple conformation-dependent epitopes that induce neutralizing antibody responses. Here we used CHO-K1 cells to establish a cell line for stable expression of a 193-mer (residues 318-510) RBD (RBD193-CHO) and determined its antigenicity and immunogenicity. We found that RBD193-CHO reacted strongly with a panel of six monoclonal antibodies recognizing various conformational and linear epitopes in RBD, suggesting that this recombinant protein maintains intact conformation and good antigenicity. Immuniz
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
When it is not actively transporting cargo, conventional Kinesin-1 is present in the cytoplasm in a folded conformation that cannot interact effectively with microtubules (MTs). Two important and largely unexplored aspects of kinesin regulation are how it is converted to an active species when bound to cargo and the related issue of how kinesin discriminates among its many potential cargo molecules. Blasius et al. (see p. 11 of this issue) report that either binding of the cargo linker c-Jun N-terminal kinase-interacting protein 1 (JIP1) to the light chains (LCs) or binding of fasciculation an
СтатьяКомментарийПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transmissible Spongiform Encephalopathies are fatal neurodegenerative disorders of humans and animals that are familial, sporadic, and infectious in nature. Familial disorders of humans include Gerstmann-Straussler-Scheinker disease (GSS), familial Creutzfeldt-Jakob disease (CJD), and fatal familial insomnia, and result from point mutations in the prion protein gene. Although neurotoxicity in familial cases is believed to result from a spontaneous change in conformation of mutant prion protein (PrP) to the pathogenic PrP-scrapie (PrPSc) form, emerging evidence indicates otherwise. We have inve
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest class of integral membrane protein receptors in the human genome. We examined here the reports whether the GnRH receptor (GnRHR) interacts with a single or multiple types of G proteins. It seems that the GnRHR, as other GPCRs, alternates between various conformations and is stabilized by its ligands, other modulators and intracellular partners in selective conformations culminating in coupling with a single type or multiple G proteins in a cell- and context-specific manner.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amyloid formation of the protein α-synuclein (αSyn) is a hallmark of pathogenesis in Parkinson's disease, multiple system atrophy, and dementia with Lewy bodies. Research has predominantly focused on the 140-amino acid αSyn sequence, yet the SNCA gene can be alternatively spliced to generate several different isoforms, including αSynΔ3, αSynΔ5, and αSynΔ3Δ5. Here, we have used experimental and computational approaches to characterize these splice variants, in addition to the full-length αSyn, in terms of their monomer conformation and amyloid propensity as a function of changes in ionic streng
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proline-rich tyrosine kinase 2 (PYK2) is a cytoplasmic, non-receptor tyrosine kinase implicated in multiple signaling pathways. It is a negative regulator of osteogenesis and considered a viable drug target for osteoporosis treatment. The high-resolution structures of the human PYK2 kinase domain with different inhibitor complexes establish the conventional bilobal kinase architecture and show the conformational variability of the DFG loop. The basis for the lack of selectivity for the classical kinase inhibitor, PF-431396, within the FAK family is explained by our structural analyses. Importa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prions are unconventional infectious agents that are composed of misfolded aggregated prion protein. Prions replicate their conformation by template-assisted conversion of the endogenous prion protein PrP. Templated conversion of soluble proteins into protein aggregates is also a hallmark of other neurodegenerative diseases. Alzheimer's disease or Parkinson's disease are not considered infectious diseases, although aggregate pathology appears to progress in a stereotypical fashion reminiscent of the spreading behavior ofmammalian prions. While basic principles of prion formation have been stud
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The impact of the conformation, lipooligosaccharide (LOS)-depletion and the presentation form of outer membrane protein PorA from Neisseria meningitidis (PorA) subtype P1.7-2,4 on the immune response in mice was studied. Native PorA was purified from outer membrane vesicles (OMVs) derived from meningococci and reconstituted into liposomes. The conformation of PorA after purification from OMVs and reconstitution in liposomes was monitored by use of electrophoretic and spectroscopic techniques and compared with the conformation of PorA in outer membrane complexes (OMCs) and heat-denatured PorA.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A Haemophilus influenzae type-b capsular polysaccharide-CRM197 protein conjugate vaccine was compared with unconjugated CRM197 and diphtheria toxin, its parent molecule. Using CD and fluorescence spectroscopy, it has been possible to observe differences in structure and stability to pH and temperature due to the G52-->E mutation in CRM197 and the 'glycosylation' of CRM197 in the conjugate. CRM197 resembles the 'open' conformation of diphtheria toxin [Blewitt, M. G., Chung, L. A. & London, E. (1985) Biochemistry 24, 5458-5464] and the attachment of poly(ribosyl-ribitol phosphate) carbohydrate c
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The spike glycoprotein (S) of murine coronavirus mouse hepatitis virus (MHV) strain A59 uses murine carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1a as its receptor for cell entry, but S protein can also be triggered in the absence of receptor by pH 8.0 alone at 37°C. The mechanism by which conformational changes of this S glycoprotein can be triggered by pH 8.0 has not yet been determined. Here, we show that MHV-A59 S protein is triggered by pH 8.0 at 37°C to induce receptor-independent syncytium (RIS) formation on 293T cells, and that the conformational changes in S proteins trigge
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Immunity to chlamydia is thought to rely on interferon (IFN)-gamma-secreting T helper cells type 1 (Th1) with an additional effect of secreted antibodies. A need for Th1-polarizing adjuvants in experimental chlamydia vaccines has been demonstrated, and antigen conformation has also been reported as being important for raising protective immunity.
METHODS: C57BL/6 mice vaccinated with native refolded Chlamydia muridarum major outer membrane protein (MOMP) adjuvanted with either Th1-promoting cationic adjuvant formulation 1 (CAF01) or T helper cells type 2-promoting aluminum hydroxi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alpha-synuclein (α-syn) is an intrinsically disordered protein (IDP) associated with amyloid formation in neurodegenerative diseases, including Parkinson's, dementia with Lewy bodies, and multiple system atrophy. Disease progression is linked to the transition of α-syn from native to misfolded conformations, although the mechanisms underlying this process remain unclear. An effective method for investigating protein dynamics is native mass spectrometry, specifically when coupled with ion mobility-mass spectrometry (IM-MS) to examine differences in the shape and size of various analytes. In thi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this work, we experimentally investigate the potency of high pressure to drive a protein toward an excited state where an inhibitor targeted for this state can bind. Ras proteins are small GTPases cycling between active GTP-bound and inactive GDP-bound states. Various states of GTP-bound Ras in active conformation coexist in solution, amongst them, state 2 which binds to effectors, and state 1, weakly populated at ambient conditions, which has a low affinity for effectors. Zn2+-cyclen is an allosteric inhibitor of Ras protein, designed to bind specifically to the state 1. In H-Ras(wt).Mg2+.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To clarify the role of the lens capsule in cataract formation, changes in the protein conformational structure of immature cataractous lens capsules from patients with systemic hypertension or glaucoma have been investigated, as compared to normal lens capsules. The protein secondary structure and composition of these capsular samples were determined using Fourier transform infrared microspectroscopy with second-derivative, deconvolution and curve-fitting methods. We found that the composition of both random coil and beta-type (beta-sheet and beta-turn) structures in the immature cataractous h…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cells have evolved sophisticated molecular control systems to maximize the efficiency of the folding process. However, any subtle alteration of the environment or the protein can lead to misfolding or affect the conformational plasticity of the native states. It has been widely demonstrated that misfolding and/or conformational instability are the underlying mechanisms of several rare disorders caused by enzymatic deficits. In fact, disease-causing mutations often lead to the substitution of amino acids that are crucial for the achievement of a folded conformation, or play a role on the equili
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A primary goal of molecular physiology is to understand how conformational changes of proteins affect the function of cells, tissues, and organisms. Here, we describe an imaging method for measuring the conformational changes of the voltage sensors of endogenous ion channel proteins within live tissue, without genetic modification. We synthesized GxTX-594, a variant of the peptidyl tarantula toxin guangxitoxin-1E, conjugated to a fluorophore optimal for two-photon excitation imaging through light-scattering tissue. We term this tool EVAP (Endogenous Voltage-sensor Activity Probe). GxTX-594 tar
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования