Reports of the novel and more contagious strains of SARS-CoV-2 originating in different countries have further aggravated the pandemic situation. The recent substitutions in spike protein may be critical for the virus to evade the host's immune system and therapeutics that have already been developed. Thus, this study has employed an immunoinformatics pipeline to target the spike protein of this novel strain to construct an immunogenic epitope (CTL, HTL, and B cell) vaccine against the new variant. Our investigation revealed that 12 different epitopes imparted a critical role in immune respons…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: T cell receptor (TCR) recognition of peptide-major histocompatibility complex (pMHC) complexes is central to adaptive immunity, yet rational design of immunogenic epitopes remains elusive due to complex triplet binding constraints and data scarcity. No existing method can generate epitopes satisfying simultaneous requirements for antigenicity, MHC presentation, and TCR specificity.
RESULTS: We present EPIC, a multi-objective diffusion framework that decomposes TCR-pMHC binding into three biologically grounded sub-tasks, enabling training-free gradient guidance without end-to-end r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Artificial intelligence (AI) is a transformative technology that has captivated the medical world with its potential to optimize cancer treatment and enhance precision oncology. In cancer diagnosis and treatment, various AI technologies have already provided high-level data examination and analytics that preceding innovations were not capable of. Cancer immunotherapy is a treatment that seeks to boost the immune system to recognize and eradicate tumors. It is a field that is constantly evolving, serving as a fertile environment where AI technologies can accelerate discovery and personalize its
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vaccination is one of the greatest triumphs in human history. Traditionally, vaccines were designed to stimulate antibody responses that block infection, but this overlooks the immune system's complex and multifaceted defence mechanisms. Here we review the current state of the field of systems vaccinology, which has transformed vaccine research by using vaccines as controlled probes of the human immune system and by applying multi-omics and computational approaches to reveal the nature of human immunity. These approaches have identified molecular signatures that predict the magnitude and durab
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spectral flow cytometry has ushered in a new era in immunology. Through the improvement of the resolution of surface and intracellular protein expression, this approach enables in depth characterization of rare immune cell subsets, such as innate lymphoid cells (ILCs), in health and disease. Due to their heterogeneity, the identification of ILCs requires the use of many lineage marker antibodies for non-ILC exclusion, together with the analysis of several transcription factor expression profiles for ILC subset distinction. Such intricacies toward their identification and their scarcity in tiss
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Pneumococcus is an important respiratory pathogen that is associated with high rates of death in newborn children and the elderly. Given the disadvantages of current polysaccharide-based vaccines, the most promising alternative for developing improved vaccines may be to use protein antigens with different roles in pneumococcus virulence. PspA and PhtD, highly immunogenic surface proteins expressed by almost all pneumococcal strains, are capable of eliciting protective immunity against lethal infections.
METHODS: In this study using immunoinformatics approaches, we constructed on…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Epstein-Barr virus (EBV)-associated gastric cancer (EBVaGC) is distinct molecular subtype of gastric cancer for which effective preventive and targeted therapeutic strategies remain limited. This study aimed to design and evaluate multiepitope vaccine candidates targeting four EBV proteins critically involved in this disease, namely BZLF1, EBNA1, LMP1, and LMP2.
METHODS: An integrated immunoinformatics and reverse vaccinology approach was employed to predict and screen MHC-I (CTL), MHC-II (HTL), and B-cell epitopes. Selected epitopes were assembled into multiepitope vaccine constr…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogen evolution and narrow vaccine coverage urgently demand broad-spectrum vaccines. This review explores two pivotal technological fronts: structural biology- and immunoinformatics-guided antigen design, and utilizing nanoparticle-based delivery systems to induce broad immune responses. We critically analyze four antigen optimization strategies: (i) structure-based antigen design, (ii) conserved epitope targeting, (iii) consensus sequence-based antigen engineering, and (iv) chimeric immunogen design. Additionally, the common types and characteristics of nanoparticles are described briefly.…
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of highly accurate deep learning models for protein structure prediction has transformed the landscape of T-cell receptor (TCR) structure data, which can now be accessed at repertoire scale. We provide a perspective on the growing field of structural TCR immunoinformatics, summarizing core principles of TCR structural biology and highlighting existing resources and tools. We outline computational methods for TCR structure prediction, and discuss outstanding challenges faced by current tools, as well as potential avenues to address these. We expand on the research enabled by the…
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brucellosis is a chronic and debilitating disease in humans, causing great economic losses in the livestock industry. Making an effective vaccine is one of the most important concerns for this disease. The new mRNA vaccine technology due to its accuracy and high efficiency has given promising results in various diseases. The objective of this research was to create a novel mRNA vaccine with multiple epitopes targeting Brucella melitensis. Seventeen antigenic proteins and their appropriate epitopes were selected with immunoinformatic tools and surveyed in terms of toxicity, allergenicity, and h
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shared epitopes pose safety and efficacy issues for T-cell immunotherapy. To characterize the extent of this problem, we performed a computational analysis establishing a complete atlas of shared identical sequences across the human and murine proteomes. Unlike bacterial or viral antigens, self-antigens, including tumor-associated antigens (TAAs), frequently contain sequences of sufficient length to generate identical epitopes in other self-proteins. Epitopes from these shared sequences can theoretically reduce target specificity, confound immunomonitoring studies, and contribute to pre-existi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adoptive cell therapies (ACT) leverage tumor-immune interactions to cure cancer. Despite promising phase I/II clinical trials of chimeric-antigen-receptor natural killer (CAR-NK) cell therapies, molecular mechanisms and cellular properties required to achieve clinical benefits in broad cancer spectra remain underexplored. While in vitro and in vivo experiments are essential, they are expensive, laborious, and limited to targeted investigations. Here, we present ABMACT (Agent-Based Model for Adoptive Cell Therapy), an in silico approach employing agent-based models (ABM) to simulate the continu
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer vaccines inducing immunogenic responses to tumor-specific neoantigens are rapidly emerging into a new frontier of cancer therapy. Chimeric RNAs encoding fusion proteins are a rich source of novel neoantigens. Here, we present a straightforward bioinformatic pipeline to identify immunogenic peptides produced from chimeric RNAs. We apply a bespoke script to identify fusion-specific peptide regions from chimeric transcript predictions and leverage the netMHCpan program to identify immunogenic peptides. In this paper, we provide a guide for installation and running of the program as well as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adjuvants have been indispensable in vaccinology, enhancing immunogenicity, shaping adaptive immune polarization, and extending the durability of protective responses. Classical adjuvants, including alum, oil-in-water emulsions, liposomal formulations, and toll-like receptor agonists, function by fueling innate immunity, promoting antigen presentation, and modulating cytokine milieus. Yet, these compounds face persistent limitations such as reactogenicity, species-specific responses, manufacturing complexity, and regulatory barriers. Artificial intelligence (AI) and core subfields such as mach
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Interleukin-6 (IL-6) is a key immunomodulatory cytokine implicated in diverse physiological processes and pathological conditions, including … modules to model performance. CONTRA-IL6 offers a robust, scalable, and interpretable solution for immunoinformatics research. The standalone package is freely available at https://pypi.org/project/contra-il6/ to facilitate broader community use.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human leukocyte antigen (HLA) molecules play a pivotal role in antigen presentation. Tumor cells present neoantigens on the cell surface via HLA molecules, thereby activating cytotoxic T cells and eliciting immune responses. This process offers critical opportunities for cancer immunotherapy and tumor vaccine development. However, the identification of tumor neoantigens remains challenging due to limitations in data scale, prediction accuracy, and cross-species compatibility of existing methods. To address these challenges, we developed TransBindpMHCI, a transformer-based pan-specific major hi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate prediction of the binding specificity between T-cell receptors (TCRs) and epitopes, along with the elucidation of their molecular interaction mechanisms, is pivotal for advancing immunotherapy and vaccine development. In this study, we propose a negative dataset construction strategy based on region-directed random mutations as an effective complement to traditional negative sampling methods. This strategy preserves the conserved amino acid motifs encoded by the V and J gene segments of the CDR3$\beta$ sequence while introducing key residue mutations within the central junctional regi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rapid growth of quantum computing is driven by promises of performing complex calculations with unprecedented speed; however, current use cases have been limited by quantum hardware and the difficulty of identifying problems that classical computers cannot easily address. Within these constraints, biological problems including drug discovery, protein folding, and precision medicine present an opportunity to understand how current quantum hardware can make advances. In immunology, accurate prediction of cancer neoantigens remains a major challenge, limited by small, noisy datasets and the i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reliable structural prediction of T-cell receptors (TCRs) is essential for dissecting antigen recognition and accelerating TCR-based therapeutic development, yet the performance of emerging computational structure prediction models for this task requires further systematic evaluation under practical usage conditions. Here, we assembled a manually curated dataset of TCR crystal structures and compared five state-of-the-art predictors-AlphaFold2 (v2.3.1), TCRmodel2, AlphaFold3, ESMFold, and tFold-TCR-in both single-chain and paired-chain modes. Using pLDDT and model confidence scores (pTM/ipTM),
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pregnancy-associated malaria (PAM), caused predominantly by Plasmodium falciparum, remains a major contributor to maternal and n … d in parallel against full-length VAR2CSA to evaluate concordance of antibody responses. Multi-tool immunoinformatics analyses were additionally performed to predict B-cell and T-cell epitopes and estimate population coverage.
RESULTS: Plasma IgG reactivity to DBL5 differed significantly across study groups (p < 0.001), with the highest median optical density (OD4 …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования