BACKGROUND: Treatment of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) remains challenging and the survival rates of affected patients remain poor. A three-dimensional organotypic co-culture (3D-OTC) model where patient derived tumor tissue is cultured on human-derived fibroblasts (dermal equivalent, DE) was evaluated regarding its comparability to primary tumor tissue and its applicability in drug resistance testing. METHODS: 3D-OTC models were cultured from n = 10 HNSCC patients for up to 21 days. The growth pattern at the DE was compared to tumor budding of corresponding resection specimens
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Invasive Ductal Carcinoma (IDC), which is the most common histological subtype of breast cancer, is highly aggressive and progresses rapidly. Acyl-CoA thioesterase 7 (ACOT7) is a key regulator of cell survival, the cell cycle, and lipid and glucose metabolism. However, the mechanism of ACOT7 in IDC is still unclear. Our study aims to investigate the clinical significance of ACOT7 in IDC.
METHODS: A comparative analysis of ACOT7 expression in IDC and matched normal tissues was performed using the limma R package on datasets from GEO and TCGA. Prognostic evaluation was conducted usi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Black women diagnosed with ductal carcinoma in situ (DCIS) experience disproportionately higher risk of second breast cancer events (SBEs), including both ipsilateral and contralateral recurrences, yet remain underrepresented in molecular biomarker studies compared to non-Hispanic White women.
METHODS: We performed RNA sequencing on 200 archival DCIS samples from the Resource of Archival Breast Tissue cohort, including 33% self-reported Black women. We correlated transcriptomic and clinical data to identify predictors of SBEs. Cases (n = 100) who developed SBEs between 1999 and 20
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biochemical recurrence (BCR) is a critical factor affecting the prognosis of prostate cancer (PCa) patients, while T cell exhaustion and metastatic prostate cancer (mPC)-related genes play significant roles in tumor progression. This study aims to identify key genes associated with BCR by integrating single-cell transcriptomics and deep learning techniques, and to validate their clinical significance. First, we identified highly expressed genes in CD8+ T cell exhaustion clusters from single-cell RNA sequencing data (scRNA-seq) of PCa and intersected them with mPC-related genes. Based on these
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: While expression-based signatures inform adjuvant therapy in breast cancer (BC), no approved molecular biomarkers exist for the neoadjuvant setting, where early response prediction could inform treatment decisions. This challenge is compounded by intratumoral heterogeneity, as multiple malignant subtypes may coexist within a tumor and influence therapy sensitivity.
METHODS: We developed BRIDGE (BReast Intra-tumoral Deconvolution of Gene Expression), a computational framework that deconvolves the pretreatment bulk tumor transcriptome to estimate molecular subtype composition and pr
Оценочное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) exhibits marked metabolic heterogeneity, yet the prognostic implications of amino acid metabolism remain insufficiently characterized. In this study, we developed a 9-gene amino acid metabolic risk signature through an integrative analysis of single-cell and bulk transcriptomic datasets, leveraging machine learning to stratify patients into distinct prognostic subgroups. The model demonstrated robust predictive accuracy in both TCGA and independent GEO cohorts, with significant associations to immune microenvironment remodeling and therapeutic vulnerabilities. Mechanistic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Pediatric bone sarcomas, including osteosarcoma (OS) and Ewing sarcoma (ES), are aggressive malignancies with poor prognosis in the metastatic stage. Oxylipins, bioactive lipid mediators derived from polyunsaturated fatty acids (PUFAs), play a crucial role in inflammation, immunity, and cancer progression; however, their systemic profiles in pediatric sarcomas remain unexplored.
METHODS: We performed UPLC-MS/MS-based metabolomic profiling of plasma oxylipins and PUFAs in 52 pediatric sarcoma patients (29 OS, 23 ES) and 20 healthy controls. Transcriptomic data from public dataset
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study explores programmed cell death (PCD)-related genes in osteosarcoma through bioinformatics and experimental validation.
METHODS: Analysis of datasets from the GEO and TCGA databases identified 5,327 differentially expressed genes (DEGs), among which 294 overlapped with PCD-related genes.
RESULTS: LASSO regression analysis identified six hub genes, and five of these (CIB1, CREB3L1, IL6R, TGFβ2, and TNFRSF10C) were further validated in osteosarcoma tissues. Notably, CIB1 exhibited significantly elevated expression and was selected for in-depth analysis. CIB1 downregulatio
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TRIM29 is implicated in cancer progression; however, its function in lung adenocarcinoma (LUAD) remains unknown. We assessed the contribution of TRIM29 to LUAD biology, its influence on the tumor microenvironment (TME), and its prognostic relevance in LUAD. We analyzed two independent LUAD transcriptomic cohorts. Gene set enrichment analysis (GSEA) was performed using deconvolution-based TME profiling with xCell, ESTIMATE, and EPIC. Associations between TRIM29 and epithelial–mesenchymal transition (EMT), angiogenesis, stromal remodeling, and survival were corroborated using immunohistochemistr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Prostate cancer (PCa) and Alzheimer's disease (AD) are age-related disorders with a complex epidemiological association and limited therapeutic options. Identifying shared molecular drivers may reveal new treatment targets.
OBJECTIVE: To identify common transcriptomic signatures between PCa and AD and validate the role of interleukin-11 (IL11) as a functional comorbidity factor.
METHODS: Multi-cohort transcriptomic datasets (GSE48350, GSE5281 and GSE28146 for AD; TCGA-PRAD, DKFZ2018 and MSKCC for PCa) were analyzed. Differential expression analysis and weighted gene co-expression
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) exhibits immunological heterogeneity that influences outcomes of immunochemotherapy, with CD8+ T cells playing a critical role in patient prognosis.
METHODS: We integrated single-cell and bulk transcriptome data to establish a CD8⁺ T cell-associated prognostic signature. Single-cell RNA sequencing data from 29 samples (28 individuals), including DLBCL and reactive lymph nodes/tonsils, were analyzed to characterize CD8⁺ T cell heterogeneity, identify distinct subsets, and screen differentially expressed genes. Least absolute shrinkage and selec
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigates the role of ubiquitination-related genes in pancreatic cancer (PC) using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), spatial transcriptomics, and multi-omics approaches. scRNA-seq data (GSE155698) from PC samples identified 12 cell types, with endothelial cells exhibiting high ubiquitination scores (High_ubiquitin-Endo) and enriched interactions with fibroblasts/macrophages via WNT, NOTCH, and integrin pathways. Spatial transcriptomics (GSE235315) validated cell-type localization. Mendelian randomization (SMR) analysis prioritized TRIM9 as a PC-protective gene, downregulate
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aims to investigate the expression profile and clinical significance of the Troponin T Type 1 (TNNT1) gene across various digestive system tumors. By elucidating the role of TNNT1 in tumor progression, we hope to establish its potential as a prognostic biomarker and therapeutic target.
METHODS: We assessed the expression levels of TNNT1 by employing bioinformatics analyses, including differential gene expression analysis and survival analysis utilizing data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and Gene Expression Omnibus (GEO) databases. The impact of TNNT1 expression on
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nerves are integral to tumor biology, yet the peri- and intra-neural microenvironment and their roles in cancer-neural invasion (NI) remain underexplored. Here, we perform single-cell/single-nucleus RNA sequencing (sc/snRNA-seq) and spatial transcriptomics on 62 samples from 25 pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) patients, mapping cellular composition, lineage dynamics, and spatial organization across varying NI statuses. Tertiary lymphoid structures are abundant in low-NI tumor tissues and co-localize with non-invaded nerves, while NLRP3+ macrophages and cancer-associated myofibroblasts s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pancreatic cancer (PC) remains one of the deadliest human malignancies, and reliable biomarkers for prognosis and therapeutic stratification are still lacking. PLAAT2 (phospholipase A and acyltransferase 2), an enzyme linked to lipid metabolism, has been implicated in metabolic regulation, but its role in PC is not fully defined.
METHODS: Transcriptomic profiles from TCGA-PAAD and independent GEO datasets, together with the corresponding clinical annotations, were analysed to clarify the prognostic relevance and biological roles of PLAAT2. Functional enrichment, immune-cell infilt
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) is the second most common cancer and the second leading cause of cancer-related mortality among men. Gene expression analysis has been crucial in understanding tumor biology and providing disease progression markers. Cell surface glycoproteins and those in the extracellular matrix play significant roles in the PCa microenvironment by promoting migration, invasion, and metastasis. The molecular and histopathological heterogeneity of prostate tumors necessitates a new marker discovery to better stratify patients at risk for poor prognosis. In this study, our objectives were
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Senescence plays a critical role in prostate cancer, influencing disease onset and progression. However, the alterations of senescence-associated genes during prostate cancer progression and their potential value in predicting disease advancement remain to be further elucidated.
METHODS: 117 machine learning methods were applied to construct the senescence-related gene signature (SRGS). Temporal trajectory analysis based on bulk and single-cell transcriptomic datasets was performed to link SRGS with prostate cancer progression. Functional validations of PCNA were conducted both in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is a malignancy that affects the oral mucosa and is characterized by indurated oral lesions. The RNAseq of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples is readily available in clinical settings. Such samples have long-term preservation and can provide highly accurate transcriptomic information regarding gene fusions, isoforms, and allele-specific expression. We determined differentially expressed genes using the transcriptomic profiles of oral potentially malignant disorder (OPMD) FFPE oral lesion samples of patients who developed OSCC over years. A tech
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: The mechanisms driving the progression of vocal cord leukoplakia (VCL) to laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) remain unclear, posing a significant barrier to the effective prevention, early diagnosis, and targeted treatment of LSCC. Therefore, it is essential to characterize the cellular microenvironmental differences between VCL and LSCC at single-cell resolution.
EXPERIMENTAL DESIGN: In the study, we conducted single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics on surgical tissue specimens obtained from 36 patients diagnosed with vocal cord polyps (VCP), VCL, and LSCC.
RES
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Stomach adenocarcinoma (STAD), the most prevalent histological subtype of gastric cancer, exhibits high heterogeneity and poor prognosis, posing significant therapeutic challenges. Parthanatos, a distinct form of regulated cell death mediated by poly (ADP-ribose) polymerase-1 (PARP-1), has been implicated in tumor biology and therapeutic resistance; however, the role of parthanatos-associated genes (PRGs) in STAD remains largely unexplored. In this study, we performed a comprehensive multi-omics analysis integrating transcriptomic, genomic, and clinical data from public databases to delineate
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования