BACKGROUND: Colorectal cancer (CRC) continues to exhibit a high rate of both incidence and mortality, and most patients respond limitedly to immunotherapy. Increasing evidence suggests that tumor progression is governed by complex interactions between tumor cells (TCs) and the immune microenvironment. However, the multi-layered regulatory mechanisms underlying these interactions remain poorly understood.
METHODS: Single-cell RNA sequencing profiles sourced from GEO were merged for subsequent integrative analysis. Leveraging Seurat, we carried out data quality filtering, dimensionality reducti
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Research on prognostic factors for oral squamous cell carcinoma (OSCC) has revealed new therapeutic targets, with angiogenesis playing a key role in tumor development, invasion, and prognosis. However, reports on OSCC prognostic prediction construction based on angiogenesis factors are limited. Through bioinformatics analysis, we aimed to identify angiogenesis factors whose expression changes may be linked to OSCC prognosis. RNA sequencing, clinical data, and angiogenesis factor data were obtained from The Cancer Genome Atlas and Molecular Signatures Database. The characterized gene was select
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chemoresistance is a major challenge in lung adenocarcinoma (LUAD) treatment and is associated with mitochondrial metabolism. Using publicly available LUAD transcriptome data, we established a five-gene prognostic signature (YWHAZ, HSPD1, NOTCH3, PGK1, and PPARG) for LUAD through differential gene expression profiling, univariate Cox analysis, and machine learning-based feature selection. Patients with LUAD were classified into a high-risk group (HRG) and a low-risk group (LRG) based on their risk scores. Enrichment analysis revealed significant differences between the HRG and LRG in multiple
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lung cancer is the most common malignancy in humans and the leading cause of cancer-related deaths worldwide. Nonsmall cell lung cancer (NSCLC), the primary histologic type, is categorized into lung adenocarcinoma (LUAD) and lung squamous cell carcinoma based on immunohistochemical thyroid transcription factor-1 and P40 status. LUAD is morphologically classified into five histological subtypes, based on physician experience, which can lead to confusion among pathologists and clinicians. Histological subtypes serve as crucial markers for lung cancer development and hold significant
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Calcium signaling, as a ubiquitous intracellular signal in eukaryotes, has been impacted in multiple biological processes encompassing tumorigenesis. Nevertheless, the integrated investigations on the function and prognostic value of genes correlated to calcium signaling in bladder cancer (BLCA) were still lacking.
METHODS: The transcriptome data and clinical data from BLCA patients were obtained from TCGA and GEO databases. Genes associated with calcium signaling that are differentially expressed in normal and malignant tissues were identified. Cox analysis and the least absolute
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Metabolic reprogramming is a hallmark of hepatocellular carcinoma (HCC). Among various metabolic pathways, bile acids act not only as crucial metabolites but also as key signaling molecules that regulate diverse physiological and pathological processes in the liver. However, the biological functions and clinical implications of bile acid metabolism in HCC progression remain largely unclear.
METHODS: Single-cell transcriptomic data from 67 patients with HCC were integrated to construct a bile acid metabolism scoring system. Pseudotime trajectory analysis was employed to characteriz
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Testicular cancer is the most common solid tumor in young men aged 15-44 years, with seminoma being a major subtype. To elucidate its poorly understood molecular mechanisms, we performed integrated spatial transcriptomics (ST) and spatial metabolomics (SM) on fresh-frozen seminoma tissues from four patients. ST identified 16 distinct cell clusters and spatially resolved transcriptional programs in tumor, invasive, tubular, and stromal regions, revealing tumor-enriched pathways like glycolysis, oxidative phosphorylation, and ferroptosis. Pseudotime analysis suggested a branched trajectory of ma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular characterization of non-muscle-invasive bladder cancer (NMIBC) provides critical insights into the heterogeneity of clinical outcomes and treatment responses. The integration of existing transcriptomic subtyping systems to reconcile inconsistencies would facilitate clinical translation. The Markov cluster algorithm was utilized to construct a network integrating five published bladder cancer classification systems based on transcriptional profiles, aiming to establish an integrated molecular classification framework and identify different prognostics clusters. Four integrated molecul
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: Prostate cancer is one of the most common malignancies among men worldwide, and clinical outcomes following androgen deprivation therapy (ADT) vary considerably. Given that endoplasmic reticulum (ER) stress and the unfolded protein response mediate processes such as apoptosis, tumor adaptation, and disease progression, we aimed to investigate whether genetic variants in ER stress-related genes are associated with survival outcomes in patients with prostate cancer receiving ADT. Methods: This study enrolled 630 patients with prostate cancer who underwent ADT across three
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hypopharyngeal squamous cell carcinoma (SCC) is an aggressive malignancy with a poor prognosis, particularly in advanced stages. Concurrent chemoradiotherapy (CCRT) is frequently employed to preserve the larynx, but resistance to CCRT remains a significant clinical challenge. Understanding the tumor microenvironment (TME) in CCRT-resistant cases is crucial for identifying predictive biomarkers and developing targeted therapies to improve outcomes.
METHODS: This study analyzed tissue samples from patients with advanced hypopharyngeal SCC who were either resistant to CCRT or had not
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Immunogenic cell death (ICD) is closely linked to thyroid cancer (THCA). We mined ICD-linked prognostic genes for survival predictors and unpacked their potential biology.
MATERIALS: Single-cell analysis was conducted to identify distinct cell types, and the scores of ICD-related genes (ICDRGs) were computed to identify key cell types. Furthermore, correlation, differential expression, and Kaplan-Meier survival studies were conducted to discover prognostic genes. By employing these genes alongside 101 combinations of 10 algorithms, we constructed a prognostic model and computed ri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ampullary adenocarcinoma (AMPAC) is a rare and heterogeneous malignancy with markedly variable clinical outcomes, underscoring the urgent need for molecularly informed classification and personalized therapeutic strategies. Current AMPAC classification relies primarily on morphological and immunohistochemical criteria, which lack prognostic accuracy and fail to capture the underlying molecular and tumor microenvironment heterogeneity. In this study, we integrated bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), and clinicopathological data to elucidate the molecular architecture of
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Immunogenic cell death (ICD) is crucial for cancer development and enhances the effectiveness of immunotherapy by triggering an adaptive immune response. However, the impact of ICD-related genes (ICDRGs) on iCCA progression and patient prognosis remains unclear. iCCA samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA) were categorized into two ICD-associated subtypes by consensus clustering, and patient prognosis in these subgroups was assessed. Single-cell RNA sequencing was conducted on viable cells from 8 iCCA patients to understand their transcriptomic profiles, heterogeneity, and immune microenvi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Astrocytes comprise ~50% of all brain cells and present distinct morphological, molecular and functional properties in different brain regions. In glioblastoma (GBM), an aggressive primary brain tumor, astrocytes become activated and tumor-associated astrocytes (TAAs) exhibit different transcriptomic profiles, morphology, and functions supporting disease progression. Heterogeneity and specific roles of TAAs within various regions of tumors are poorly known. Advancements of single-cell and spatial transcriptomics allow to profile tumors at unprecedented resolution revealing cell phenotypes, hid
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 2022 WHO classification gives more importance to the integration of morphological and molecular characteristics of tumors, introducing new diagnostic criteria for papillary thyroid carcinoma (PTC). The invasive encapsulated follicular variant of PTC (IEFVPTC) is now considered a separate entity and no longer a subtype of PTC, while the infiltrative follicular variant (IFVPTC) is still considered a PTC subtype. The separation of invasive encapsulated follicular variants from PTCs implies that differential diagnosis between IEFVPTC and IFVPTC can be difficult. We performed a gene expression
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Endometrial cancer (EC) is a malignancy of the inner epithelial lining of the uterus, with an increasing incidence and disease-associated mortality worldwide. Inflammation and lipid metabolism contribute to EC risk. Materials and Methods: Differential expression genes (DEGs) in EC and normal samples were analyzed based on the TCGA-UCEC database, and DEGs associated with inflammation and lipid metabolism were screened out to be candidate genes. Prognosis-related genes were analyzed using Cox regression and LASSO regression, and a prognostic model was established. Receiver operating
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pituitary neuroendocrine tumors (PitNETs) can be invasive or aggressive, yet the mechanisms behind these behaviors remain poorly understood, impeding treatment advancements. Here, we integrat single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics, analyzing over 177,000 cells and 35,000 spots across 57 tissue samples. This comprehensive approach facilitates the identification of PitNETs tumor populations and characterizes the reconfiguration of the tumor microenvironment (TME) as PitNETs progress and invade. We trace the trajectory of TPIT-lineage PitNETs and identify an aggressive tumor clust
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study aimed to investigate the potential prognostic role of nitrogen permease regulator-like 2 (NPRL2) gene expression in predicting biochemical recurrence (BCR) following robot-assisted radical prostatectomy (RARP).
MATERIALS AND METHODS: This single-center retrospective study included patients who underwent RARP performed by three different surgeons. Clinicopathological data and NPRL2 expression in tumor tissues were evaluated immunohistochemically (IHC). The level of NPRL2 staining was quantitatively assessed using an IHC score based on staining intensity. Factors associate
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bladder cancer (BLCA) is prone to metastasis and often shows poor responses to chemotherapy and immunotherapy. Investigating the underlying mechanisms of metastasis and drug resistance may therefore offer new therapeutic strategies for BLCA.
METHODS: Publicly available datasets were analyzed using consensus clustering and t-distributed stochastic neighbor embedding (tSNE) to characterize a lactate-related gene signature in BLCA. Gene set variation analysis (GSVA) was employed to assess signaling pathway activity, while immune cell infiltration in the tumor microenvironment (TME) w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intratumor heterogeneity impacts disease progression and therapeutic resistance but remains poorly characterized by conventional histologic, immunophenotypic, and molecular approaches. Single-cell biophysical properties distinguish functional phenotypes complementary to these approaches, providing additional insight into cellular diversity. Here, we link both buoyant mass and stiffness to gene expression to identify clinically relevant phenotypes within primary mantle cell lymphoma (MCL) cells, using MCL as a model of biological and clinical diversity in human cancer. Linked measurements revea
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования