The rapid growth of genomic and metagenomic data has created a large gap between protein sequence discovery and enzyme functional characterization. Deep learning has become an important tool for enzyme-related prediction tasks, including EC and GO annotation, substrate specificity, catalytic-residue identification, kinetic-parameter estimation, thermostability, pH optima, and candidate discovery. This review summarizes recent progress with an emphasis on benchmark design rather than reported scores alone. We compare representative methods by input modality, training data, split strategy, leaka
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enantioenriched axially chiral alcohols are key building blocks for asymmetric synthesis and drug discovery, yet biocatalytic access to cyclohexylidene variants is rarely reported due to spatial separation between the hydroxyl site and chiral axis. Herein, engineered Lactobacillus kefir Alcohol Dehydrogenase (LkADH) whole-cell catalysts enable aqueous asymmetric reduction of cyclohexylidene ketones toward S-configured axially chiral alcohols. The L153K variant gave 94% conversion and 98:2 er for 2a; diverse aryl/heteroaryl substrates afforded products with high conversions and up to 99:1 er. T
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formate oxidase (FOx) is an attractive biocatalyst for agricultural and food applications but suffers from severe activity loss at the high enzyme concentrations required for biosensors and in situ H2O2 generation. In this work, we combined biophysical assays, kinetic analysis, and molecular dynamics simulations to clarify the deactivation mechanism and guide interface engineering. FOx remains thermally stable at 25 °C, and the specific activity of the soluble fraction stays nearly constant, so the decline in total activity mainly arises from concentration-dependent aggregation, which removes
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lignocellulose is an abundant renewable feedstock for biofuels and value-added bioproducts, yet its efficient bioconversion is hindered by the recalcitrant lignin barrier. While laccases show great potential for lignin modification and delignification, their limited thermostability restricts their application in high-temperature lignocellulose biorefinery processes. To address this constraint, an integrated computational engineering strategy was employed to rationally improve the thermostability and catalytic performance of a laccase from Bacillus aryabhattai TCCC 11368. The optimal variant, S
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Problematic clays are widely stabilized with lime to improve strength and durability, yet slow early-age strength development, pronounced brittle failure, and limited densification often constrain performance in high-alkalinity environments. This study explores a synergistic route that integrates diatomite-immobilized ureolytic microbially induced calcium carbonate precipitation with lime stabilization. Mixtures were prepared with 6% hydrated lime and 3 to 7% diatomite or a diatomite-based microbial curing agent; where applicable a 1.0 M urea-calcium chloride solution supplied substrates for m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antagonistic epistasis often limits enzyme engineering by causing activity loss when beneficial mutations are combined. Here, we present a mechanism-guided multidimensional feature analysis (MDFA) strategy integrating rational design, structural partitioning, machine learning, and computational simulations to optimize D-amino acid oxidase (DAAO) for D-phosphinothricin (D-PPT). Channel geometry and electrostatics defined preferred screening ranges, while a CNN ensemble with a Random Forest surrogate enabled multisite classification. Computational and experimental analyses suggested that excessi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rational engineering of nanocarrier morphology is pivotal for enhancing both the activity and recyclability of immobilized lipases. Although zeolitic imidazolate framework-8 (ZIF-8) represents a leading scaffold for enzyme immobilization, its morphology-dependent conjugation behavior toward lipases remains unexplored. Herein, we prepared five distinct ZIF-8 nanostructures-rhombic dodecahedral (RD), truncated rhombic dodecahedral (TRD), rough rhombic dodecahedral (RRD), flower-like, and flake-like structures. Three lipases (PS, CALB, and AY400SD) were subsequently immobilized to generate a 15-m
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enzymes that catalyze non-natural C-C bond-forming reactions are powerful tools in asymmetric synthesis, yet reprogramming their active sites to invert stereochemical outcome remains challenging. Building on our recently engineered SNArase, SNAr1.3, which performs enantioselective nucleophilic aromatic substitutions with carbon nucleophiles, we now report the evolution of an enantiocomplementary biocatalyst (eSNAr1.3) that displays enhanced activity and expanded substrate scope. Structural and computational analyses uncover both conserved and divergent features between SNAr1.3 and eSNAr1.3. De
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enthalpy-driven catalytic hairpin assembly (CHA) suffers from an inherent trade-off, wherein enhanced reaction kinetics is inevitably accompanied by elevated nonspecific background. Catalytic hairpin assembly-and-cyclization (CHAC) integrates CHA with enzymatic ligation, allowing single-target-triggered multiple circularization events and thus bypassing the stoichiometric limitation of conventional padlock probe ligation. Nevertheless, how the introduction of a ligase reaction remodels the enthalpy-driven DNA circuit remains unclear. Herein, we systematically characterize kinetic profiles and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
2.5-Furandicarboxylic acid (FDCA) is considered a next-generation bio-based platform chemical that can serve as a precursor to polyethylene furanoate. This study established a dual-enzyme cascade system for FDCA production utilizing lipase from Burkholderia sp. RF7-non_BP1 (BP1-Lip) and alcohol oxidase from Colletotrichum gloeosporioides (CglAlcOx). The reaction was carried out in two steps, the molar yield of 5-hydroxymethyl-2-furancarboxylic acid (HMFCA) reached 94.44 ± 3.02 %% after 24 h, and the molar yield of FDCA reached 100 ± 1.96 % after 84 h, with a productivity of 9.29 mg/L/h. In add
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Combining the chemo- and biocatalytic sites within an integrated catalyst to orchestrate complex, multi-step reactions is highly desirable yet remains a significant challenge. Here, we introduce an ionic organic cage platform for such a chemoenzymatic catalyst, achieved by electrostatic complexation of cationic molecular cage-encapsulated Pd clusters (Pd@C-Cage+) and anionic Candida antarctica lipase B. The spatial compartmentalization provided by the cage scaffold averts undesirable coordination interactions between metal and enzyme, while also facilitating substrate channelling between dual
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Catalyzing the light-driven reduction of carbon dioxide and/or protons is an important approach to storing light energy in the form of chemical fuels or fuel precursors. Because of the high interest in developing tunable systems for artificial photosynthesis that are compatible with water, the use of biocatalysts for fuel production has emerged as an active research direction in this field. In these systems, biocatalysts are combined with a photosensitizer and an electron donor to yield an active system. Engineered biocatalysts have shown high activity particularly toward hydrogen evolution an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA-encoded libraries (DELs) have emerged as an effective and efficient selection strategy for lead compound discovery in academia and industry over the past few decades. Despite recent advancements in this field, DEL remains limited by sensitive DNA-based constructs, particularly with low selection success rates resulting from the random selection of targets. Here, we describe a chemoenzymatic on-DNA reaction for DEL syntheses and develop a chemoproteomic-guided DEL selection platform. This platform, termed FF tags-biocatDEL, integrates DEL technology, chemoenzymatic synthesis, and fully func
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Performance of resting cells of Escherichia coli expressing cyclohexanone monooxygenase was investigated in a Baeyer-Villiger (BV) oxidation. The impact of oxygen mass transfer on bicyclic lactone production and oxygen metabolic consumption was examined at varying biocatalyst and bicyclic ketone concentrations. Initial rate measurements were conducted with oxygen mass transfer coefficient (kLa) ranging from 19 h-1 to 83 h-1. Results varied notably depending on the initial bicyclic ketone concentration. Below 4 g/L, BV oxidation followed zero-order kinetics for the ketone and oxygen. Intrinsic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), one of the major environmental pollutants, produced from incomplete combustion of materials like coal, oil, gas, wood, and charbroiled meat, that contaminate the air, soil, and water, necessitating urgent remediation. Understanding the metabolic pathways for PAHs degradation is crucial to preventing environmental damage and health issues. Biological methods are gaining increasing interest due to their cost-effectiveness and environmental friendliness. These methods are particularly suitable for remediating PAHs contamination and mitigating associated ri
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study focuses on the development a green synthesis of epoxy fatty acids (EFAs) which are commonly used as the plasticizer in polymer industries. The intracellular lipases of Candida catenulata cells as a whole-cell biocatalyst (WCB) were examined in the bio-epoxidation of free fatty acids (FFAs) with hydrogen peroxide. The FFAs in soybean soap stock, an industrial by-product of vegetable oil factories, was used as the feedstock of the process. To remove phosphates from soap stock a degumming process was tested before the bio-epoxidation reaction and results revealed that the EFAs yield wa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to explore the capacity of immobilized lipases on the acetylation of six aglycon flavonoids, namely myricetin, quercetin, luteolin, naringenin, fisetin and morin. For this purpose, lipase B from Candida antarctica (CaLB) and lipase from Thermomyces lanuginosus (TLL) were immobilized onto the surface of ZnOFe nanoparticles derived from an aqueous olive leaf extract. Various factors affecting the conversion of substrates and the formation of monoesterified and diesterified products, such as the amount of biocatalyst and the molar ratio of the substrates and reaction solvents wer
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbon monoxide dehydrogenases and formate dehydrogenases efficiently catalyze the reduction of CO2. In both enzymes, CO2 activation at the metal active site is assisted by proximate amino acids and Fe-S-clusters. Functional features of the enzyme are mimicked in molecular catalysts by redox-active ligands, acidic and charged groups in the ligand periphery, and binuclear scaffolds. These components have all improved the catalytic performance of synthetic systems. Recent studies impart a deeper understanding of the individual contributions of the various functionalities to reactivity and of the
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Photo-enzyme coupling system are receiving widespread attention due to the unique opportunity by integrating photochemistry with nature's enzymatic machinery. Here we highlight a recent work about MOF encapsulated tandem enzymes for photoenzymatic CO2 conversion, and provide an outlook for the further development of photo-enzyme systems for green bio-manufacturing.
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Choline dehydrogenase (CHDH) is a membrane-bound enzyme belonging to the glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase superfamily, which is characterized by a crucial FAD-binding domain essential for catalytic function. CHDH catalyzes the oxidation of choline to betaine aldehyde, which is further oxidized to betaine, a vital osmoprotectant and methyl donor for cellular physiology and metabolism. However, the detailed catalytic mechanism of CHDH still remains poorly understood. In our investigation, we gained purity E. coli CHDH samples in DDM (n-dodecyl-β-D-maltoside) and SMA (styrene maleic
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования