Coat color is an important visible phenotype in sheep and may reflect underlying differences in pigmentation-related molecular regulation. However, the transcriptomic mechanisms underlying black and white coat-color divergence in Hortobágyi Racka sheep remain insufficiently characterized. To address this, this study employed high-throughput RNA sequencing to analyze the skin transcriptome profiles of black- and white-coated Hortobágyi Racka sheep and identified functional pathways associated with coat-color difference. We identified 108 DEGs; 25 downregulated and 83 upregulated (FC > 1.5, p <
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) effectively captures the differences in transcriptomic landscape of cell types and cell states between benign and cancer tissues. Pooling publicly available datasets distributed across independent studies enables increased sample representation and cross-study comparisons. Here we present a harmonized scRNA-seq atlas of the human prostate constructed by integrating 17 available studies, comprising 163 samples from 106 donors. The dataset contains benign tissue, primary tumors, and metastatic disease profiles. Raw sequencing FASTQ data files were uniformly…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the rapid progression of global industrialization and urbanization, heavy metal contamination has emerged as a major global threat, especially cadmium pollution. Consequently, optimizing remediation measures has become a pivotal means to solve cadmium contamination. Compared to traditional physical and chemical remediation methods, microbial remediation has great potential in addressing cadmium pollution. In this study, a novel bacterial strain, Chryseobacterium sp. HGX-24, exhibiting high cadmium resistance was successfully isolated and screened from cadmium-contaminated environments. A
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Unlike many other solid tumors, melanoma cells possess a remarkable ability to dynamically transition between distinct transcriptional states in response to environmental cues or therapeutic pressure. Among the adaptive mechanisms underlying this plasticity, the epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) has garnered increasing attention, as it facilitates the shift from a proliferative, epithelial-like phenotype to a more invasive, mesenchymal-like phenotype frequently associated with cellular dormancy, quiescence and resistance to therapy. Despite growing interest in this phenome
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neoadjuvant chemoradiotherapy followed by total mesorectal excision is standard for locally advanced rectal cancer, but response varies and current markers are insufficient. This study integrates public bulk RNA-seq data to identify predictive features of response. TRIM54 and PABPC4 were upregulated in the responder group, while ADSS1 and MGAT1 were upregulated in the non-responder group. ARMC2 was identified as a predictive biomarker upregulated in pathological complete response. Responder group showed enrichment of NK cells and CD4+ lymphocytes, while immune precursors were linked to poor ou…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cell type annotation is essential for gaining biological insight from single-cell RNA sequencing data, yet manual labeling remains time-consuming and difficult to reproduce. Various computational approaches have been developed to automate this process, and recent studies suggest that large language models can infer cell types with promising accuracy in single-cell analysis. However, most workflows still rely on cluster-specific markers derived from gene expression alone or manual curation. As a result, marker selection can be sensitive to statistical criteria and dataset-dependent
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues are widely used in clinical and research settings, yet their use for detecting somatic mutations from RNA sequencing (RNA-seq) is hindered by artefactual mutations introduced by cytosine deamination and strand-specific damage. Existing FFPE noise-filtering tools are tailored to DNA sequencing (DNA-seq) and rely on strand bias, rendering them unsuitable for RNA-seq. Here, we present FFixR, a machine learning-based framework that filters FFPE-induced artefacts from RNA-seq data without requiring matched-normal samples.
RESULTS: Trained…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptional regulators reflect cellular heterogeneity and are key for prognostic modeling. Given the poor prognosis of stomach adenocarcinoma (STAD), regulator-derived signatures are vital for risk stratification. Using multi-stage scRNA-seq data, we delineated the transcriptional regulatory landscape of STAD and identified Helicobacter pylori-associated epithelial heterogeneity in intestinal metaplasia. We then developed a 23-regulator machine learning-based STAD prognostic signature (SPS) from malignant epithelial cells to predict overall survival (OS). Patients with high-SPS exhibited s…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Limbic-predominant age-related transactive response DNA binding protein 43 kDa encephalopathy neuropathological change (LATE-NC) frequently co-occurs with Alzheimer's disease neuropathologic change (ADNC), complicating classification. Cell type-specific molecular features distinguishing LATE-NC-dominant, ADNC-dominant, and mixed LATE-NC and ADNC pathology remain incompletely characterized.
METHODS: We analyzed single-nucleus RNA sequencing data from the Seattle Alzheimer's Disease Brain Cell Atlas consortium, focusing on non-neuronal cells in the middle temporal gyrus (MTG). Don
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has become an important method for characterizing cellular heterogeneity, revealing more biological insights than the bulk RNA-seq. The surge in scRNA-seq data across multiple individuals calls for efficient and statistically powerful methods for differential expression (DE) analysis that addresses individual-level biological variability.
RESULTS: We introduced DiSC, a method for conducting individual-level DE analysis by extracting multiple distributional characteristics, jointly testing their association with a variable of interest, and usi…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ischemic stroke (IS) is an acute cerebrovascular disease characterized by high incidence and mortality. The mechanism of microglia in the pathogenesis of IS remains unclear. This study aimed to explore the key genes related to microglia in IS and their molecular mechanisms in the pathogenesis. In this study, the transcriptome data of IS were retrieved from public databases. Subsequently, candidate genes were identified through the intersection of microglia-related genes (MGGs) obtained via single-cell annotation and high-dimensional weighted gene co-expression network analysis (hdWGCNA) with d
СтатьяВалидационное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) represents a formidable subtype with a grim prognosis. This study aims to pinpoint the molecular targets of Glycosyltransferases (GTs) in TNBC, with the goal of improving prognostic accuracy and boosting the effectiveness of immune therapies. Using publicly available datasets, we combined differentially expressed and correlated genes based on AUCell scores from single-cell sequencing. These were then subjected to enrichment analysis and utilized for constructing a risk model. A total of 780 genes were identified as being closely associated with GTs. Using 1
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial DNA (mtDNA) single nucleotide variants (SNVs) are associated with various pathologies, predominantly in energy-demanding tissues like muscles and brain. Characterizing these SNVs at the single-cell level is crucial for understanding their mechanism and clinical manifestation. Publicly available single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data could be an invaluable resource, but existing pipelines fall short in reliable detection of mtDNA SNVs from scRNA-seq data. Therefore, we developed a novel bioinformatics pipeline, that includes quality control, alignment to the mitochondrial gen…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Perioperative neurocognitive disorder (PND) is common in older patients after anesthesia and surgery, significantly increasing morbidity and mortality. However, the role of astrocytes in its pathogenesis remains limitedly understood. Here, we analyzed 9976 and 9484 single-cell transcriptomes from hippocampal cells of aged mice undergoing PND surgery or sham operation, focusing on astrocytes. We identified 13 distinct clusters corresponding to nine cell types, including astrocytes, microglia, neurons, oligodendrocytes, and other relevant cell populations. Specifically, five astrocyte subcluster
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ecytonucleospora (=Enterocytozoon) hepatopenaei (EHP) is an intracellular parasitic microsporidian, Infectious hypodermal and haematopoietic necrosis virus (IHHNV) is a linear single-stranded DNA virus. Both of them are widespread pathogens in shrimp farming, causing slow growth in shrimp and leading to significant economic losses. Litopenaeus vannamei (L. vannamei), the dominant species in shrimp farming, can be co-infected by EHP and IHHNV. According to our prior research, EHP and IHHNV exhibit synergistic interactions during infection. However, the underlying mechanisms of their co-infectio
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Per- and polyfluoroalkyl substances (PFASs) are a family of "forever chemicals" including perfluorooctane sulfonate (PFOS). These toxic chem … n. These changes thus affected the proper localization of BTB-associated proteins at the BTB. Using RNA-Seq transcriptome profiling, bioinformatics analysis, and pertinent biochemical and cell biology techniques, it was discovered that PFOS -induced Sertoli cell toxicity through the c-Jun N-terminal kinase (JNK; also known as stress-activated protein kina …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: How AMP activated protein kinase (AMPK) signaling regulates mitochondrial functions and mitophagy in human trophoblast cells remains unclear. This study was designed to investigate potential players mediating the regulation of AMPK on mitochondrial functions and mitophagy by next generation RNA-seq.
METHODS: We compared ATP production in protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 1/2 (PRKAA1/2) knockdown (AKD) and control BeWo cells using the Seahorse real-time ATP rate test, then analyzed gene expression profiling by RNA-seq. Differentially expressed genes (DEG) were ex…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The in vitro generation of spermatogonial stem cells (SSCs) from embryonic stem cells (ESCs) offers a viable approach for addressing male in … r SSC-specific transcription factors (TFs) and hub SSC-specific genes based on ATAC-seq, DNase-seq, RNA-seq, and microarray data from the GEO databases as well as gene expression data (RNA-seq and microarray data). The microarray analysis of three human cases with different SSCs revealed that 6 genes were upregulated, and the expression of 23 genes was do …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Smoldering multiple myeloma (SMM) is an asymptomatic plasma cell (PC) neoplasm that may evolve with variable frequency into multiple myeloma (MM). SMM is initiated by chromosomal translocations involving the immunoglobulin heavy-chain locus or by hyperdiploidy and evolves through acquisition of additional genetic lesions. In this scenario, we aimed at establishing a reliable analysis pipeline to infer genomic lesions from transcriptomic analysis, by combining single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) with B-cell receptor sequencing and copy number abnormality (CNA) analysis to identify clonal PCs…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chagas disease affects approximately 7 million people worldwide in Latin America and is a neglected tropical disease. Twenty to thirty percent of chronically infected patients develop chronic Chagas cardiomyopathy decades after acute infection. Identifying biomarkers of Chagas disease progression is necessary to develop better therapeutic and preventive strategies. Circulating microRNAs are increasingly reliable biomarkers of disease and therapeutic targets. To identify new circulating microRNAs for Chagas disease, we performed exploratory small RNA sequencing from the plasma of patients and p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования