Amyloid oligomers are considered to be the most toxic species in neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's, and Parkinson's, among others. A major challenge in studying amyloid oligomers has been their heterogeneous character, coupled with a lack of methods that can probe targeted, localized structural information. In this paper, we show that in detergent micelles, the oligomeric state of amyloid cylindrin peptide K11 V increases from a hexamer to an octamer. This reveals a detergent-like toxicity mechanism of the K11 V peptide, in which the octamer-form extracts lipids from biological m
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteins move and deform to ensure their biological functions. Despite significant progress in protein structure prediction, approximating conformational ensembles under physiological conditions remains a fundamental open problem. This paper presents a novel perspective on the problem by directly targeting continuous compact representations of protein motions inferred from sparse experimental observations. We develop a task-specific loss function enforcing data symmetries, including scaling and permutation operations. Our method PETIMOT (Protein sEquence and sTructure-based Inference of MOTion
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dieticyclidine (PCDE), a dissociative anesthetic related to phencyclidine, poses significant public health challenges due to its severe psychoactive effects and the lack of rapid, field-deployable detection methods. Conventional analytical techniques, such as GC-MS and LC-MS, while accurate, are costly, time-consuming, and require specialized laboratory infrastructure. This computational study employs density functional theory (DFT), time-dependent DFT (TD-DFT), and quantum theory of atoms in molecules (QTAIM) to evaluate the adsorption and sensing performance of pristine C60, aluminum-doped (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Revealing the 3D conformational variability of biomolecules is crucial for understanding their function, while cryo-EM reconstruction of rare states remains difficult due to data imbalance and structural detail loss in existing generative models. We present a dual-stage pipeline consisting of a generative stage and a validation stage. In the generative stage, we employ a 3D dual-frequency variational autoencoder (3DDF-VAE) that separately models low- and high-frequency components of protein density maps to enhance global coherence and local structural detail. In the validation stage, a pose-co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Immunoglobulin G (IgG) is a multifunctional glycoprotein essential for immune defense and widely used as a therapeutic due to its antigen specificity and effector functions. However, the inherent flexibility of its hinge region complicates structural characterization and obscures the molecular basis of its mechanism of action. To clarify the hinge's role, we performed systematic amino acid substitutions. Notably, deletion of Pro230 led to the formation of a half-IgG1 species lacking inter-heavy chain interactions. Structural analysis using nuclear magnetic resonance (NMR), negative-stain EM, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Site-specific antibody-drug conjugates (ADCs) offer improved stability, efficacy, and toxicity relative to conventional ADCs. However, the chemoselective reduction of engineered cysteine residues employing phosphine-based reductants remains incompletely understood and difficult to generalize. Here, we integrate experimental screening with computational modeling to elucidate the mechanism of selective reduction and to derive principles for de novo design of chemoselective phosphine reductants. We propose a two-factor computational framework guided by phosphine accessibility to each disulfide si
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate coordinates for a represented protein state do not, by themselves, establish activity or any other condition-specific function. This article defines the Dynamic Protein Structure Paradox (DPSP) as the apparent conflict between structural accuracy and functional underdetermination and develops it as an integrative evidentiary assessment framework rather than a new theory or paradigm. The underlying problem has been longstanding, since structural genomics, function annotation, allostery, and disorder research each established that fold does not determine function and that function does
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-protein assemblies are fundamental organizers of eukaryotic cell biology, participating in diverse processes such as ribosome biogenesis in nucleoli, mRNA sequestration in nuclear speckles, and genome packaging in viral ribonucleoprotein (vRNP) complexes. Across these systems, multivalent RNA-protein interactions promote self-organization, contributing directly to liquid-liquid phase separation (LLPS) in nucleoli and nuclear speckles, while facilitating assembly and intermediate states in mature structurally organized vRNPs. This review critically examines the molecular grammar underlying
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amino acids, peptides, and proteins play pivotal roles in medicine, materials, and catalysis, with their functions largely dictated by their side-chain functionality. Recent studies have shown that heme oxygenase-like domain-containing oxidases (HDOs) catalyze a broad range of interesting chemical reactions on amino acids and their derivatives to produce structurally diverse target structures. Using a bioinformatics approach, the mangotoxin biosynthetic operon was found to house an unannotated HDO, MboA, along with a dedicated redox partner, MboB. We show that MboA catalyzes alkyne formation b
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA rearrangements contribute to the formation of new chromosomes, which are often the foundation of speciation. Deciphering the order of DNA rearrangements facilitates the reconstruction of evolutionary trajectories from extant to ancestral chromosomes, a task that is computationally NP-hard. Here, a mathematically rigorous chromosome-rearrangement model is integrated with the "Chromosomal Inversion Path Exploration via Monte-Carlo Tree Search (CIPE-MCTS)" framework in a deeply coupled manner. This integration yields a robust analytical framework that ensures both global optimality and comput
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The integration of protein secondary structures with metal ions offers a promising strategy for designing highly ordered self-assembled structures with enhanced stability and functionality. The nature of the amino acids plays a crucial role in dictating the secondary structures of peptides. Here, we report highly stable and porous ZnCl2-helix-frameworks from the α,γ-hybrid peptide containing terminal 4-pyridyl groups, whereas the control α-peptide showed a ZnCl2-coordinated left-handed superhelix network. The stable, porous 12-helix frameworks of the α,γ-hybrid peptide have been further explor
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Eukaryotic proteomes are regulated by the ubiquitin-proteasome system. Unwanted proteins are tagged with ubiquitin, which is recognized by the 26S proteasome for degradation. To enter the proteasome's 20S core particle and be hydrolyzed into peptides, the substrate must be unfolded and threaded through the 19S regulatory particle. Tyrosine "aromatic paddles" of the regulatory particle's Rpt motor subunits unfold and translocate the substrate by pulling it toward the core particle. We previously showed that for substrates degraded from their N-termini, polyglycine tracts inserted before a stabl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reticular materials have come to the fore of chemistry with exceptional potential in applications ranging from CO2 capture and chemical separations to catalysis and drug delivery. However, due to the vast combinatorial space of molecular building blocks that can form these materials, designing high-performing reticular materials for applications remains a considerable challenge. Here, we present a computational approach that combines a library of molecular fragments suitable for constructing organic building units, template-based reassembly, and evolutionary optimization to accelerate the disc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial cristae are essential for respiration, yet the molecular basis of how the high curvature of these membrane folds is maintained remains unclear. Using structure prediction tools and multiscale simulations, we examined the role of the MIC10 subcomplex of the mitochondrial contact site and cristae organizing system (MICOS). We found that the MIC10 proteins Mic10, Mic26, and Mic27 strongly recruit cardiolipin at conserved positive loop motifs, driving oligomerization of these subunits and resulting in the stabilization of curvature in model membranes. Reconstruction of the full MIC10
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Evolutionary simulations of multiple chromosomes, even up to the scale of full-genome simulations, are becoming increasingly important in population genetics and evolutionary ecology. Unfortunately, the popular simulation framework SLiM has always been intrinsically limited to simulations of a single diploid chromosome. Modeling multiple chromosomes of different types, such as sex chromosomes, has always been cumbersome, even with scripting, presenting a substantial barrier to the development of full-genome simulations. Here we present SLiM 5, a major extension of SLiM's capabilities for simul
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Globins are widely distributed heme proteins involved in oxygen transport and redox-related processes. Their diversity and functional roles remain poorly understood in nematodes. Dioctophyme renale, the giant kidney worm, is a Clade I nematode that infects mammals, including humans, yet no globin from this group has been experimentally characterized. Here we report the first biochemical and biophysical characterization of a Clade I nemoglobin, P17, an abundant soluble globin isolated from pseudocoelomic fluid of D. renale and responsible for its characteristic red pigmentation. Structural mode
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UBR box-containing ubiquitin E3 ligases recognize the N-termini of their target proteins through the UBR box, and a member of the family, UBR2, has been established as a target to treat cancer- and diabetes-associated cachexia. However, the development of high-affinity small-molecule ligands for UBR2 has not been reported. We developed high-affinity UBR2 ligands through a peptidomimetic approach by incorporating unnatural amino acids to obtain ligands that bind to UBR2 with Kd ∼ 20-40 nM and with 10-fold selectivity over UBR2's closest homologue, UBR1. High-resolution cocrystal structures (∼1.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A backbone-extended sulfonamide nucleic acid was developed for use in gapmer antisense oligonucleotides. Backbone extension restores duplex stability while preserving the ability of the oligonucleotides to induce RNase H-mediated RNA cleavage. Structural analysis suggests that the extended linkage adopts unusual backbone conformations yet remains compatible with canonical A-type duplex formation, highlighting backbone extension as a new design parameter for antisense oligonucleotide therapeutics.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Current structure-based drug design generative models often struggle to faithfully recapitulate genuine ligand-protein binding interactions. Instead, under the coupling of implicit learning architectures and biased training data, they tend to learn spurious statistical correlations. To address this, we propose EIP-Diff (Explicit Interaction-Prompted Diffusion), an architecture featuring a novel explicit interaction-prompt embedding mechanism that is better suited for real-world target-specific drug design. This architecture replaces biased implicit learning with explicit, residue-level biologi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Snakebite envenoming is a major neglected tropical disease, in which snake venom metalloproteinases (SVMPs) are key drivers of local tissue damage, microvascular disruption, and hemostatic imbalance. Closely related SVMPs can nevertheless range from highly hemorrhagic to essentially non-hemorrhagic while sharing a conserved Zn(II) catalytic site, and the structural causes of this divergence (particularly the role of the conserved methionine-containing turn (MET-turn) beneath the metal center) remain unclear. Here, we have combined a Protein Data Bank (PDB) inspection with theoretical calculati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования