Heterozygous somatic mutations affecting the spliceosome gene SF3B1 drive age-related clonal hematopoiesis, myelodysplastic syndromes (MDS) and other neoplasms. To study their role in such disorders, we generated knock-in mice with hematopoietic-specific expression of Sf3b1-K700E, the commonest type of SF3B1 mutation in MDS. Sf3b1K700E/+ animals had impaired erythropoiesis and progressive anemia without ringed sideroblasts, as well as reduced hematopoietic stem cell numbers and host-repopulating fitness. To understand the molecular basis of these observations, we analyzed global RNA splicing i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prevention of skipping of exon 7 during pre-mRNA splicing of Survival Motor Neuron 2 (SMN2) holds the promise for cure of spinal muscular atrophy (SMA), a leading genetic cause of infant mortality. Here, we report T-cell-restricted intracellular antigen 1 (TIA1) and TIA1-related (TIAR) proteins as intron-associated positive regulators of SMN2 exon 7 splicing. We show that TIA1/TIAR stimulate exon recognition in an entirely novel context in which intronic U-rich motifs are separated from the 5' splice site by overlapping inhibitory elements. TIA1 and TIAR are modular proteins with three N-termi
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is a dominantly inherited, multisystemic disorder characterized clinically by delayed muscle relaxation and weakness. The disease is caused by a CTG repeat expansion in the 3' untranslated region (3' UTR) of the DMPK gene, which leads to the expression of a toxic gain-of-function mRNA. The expanded CUG repeat mRNA sequesters the MBNL1 splicing regulator in nuclear-retained foci structures, resulting in loss of protein function and disruption of alternative splicing homeostasis. In this study, we used CAG repeat antisense oligonucleotides (ASOs), composed of lock
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mucopolysaccharidosis I (MPS I) is a lysosomal storage disease caused by deficiency of alpha-L-iduronidase. In addition to the well-known human forms (Hurler, Hurler/Scheie, and Scheie syndromes), there exists a canine model of the disease. By using previously described canine cDNA encoding alpha-L-iduronidase as a probe, the canine IDUA gene has been cloned and characterized. It contains 14 exons spread over 13 kb. An unusual GC dinucleotide was found at the donor splice site of intron 11. A transcriptional start site was identified by primer extension 177 bp upstream of the initiator AUG cod
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two transcript variants (TV) of the T cell immune regulator gene 1 (TCIRG1) have already been characterized. TV1 encodes a subunit of the osteoclast vacuolar proton pump and TV2 encodes a T cell inhibitory receptor. Based on the search in dbEST, we validated by RT-PCR six new alternative splice events in TCIRG1 in most of the 28 human tissues studied. In addition, we observed that transcripts using the TV1 transcription start site and two splice forms previously described in a patient with infantile malignant osteopetrosis are also expressed in various tissues of healthy individuals. Studies o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Immune thrombocytopenia (ITP) is an autoimmune disorder characterized by antibody-mediated platelet destruction and impaired regulatory T-cell (Treg) function, yet its molecular basis remains poorly defined. Here, we show that CD4+ naive T cells from patients with ITP exhibit diminished T-cell receptor (TCR) signaling and impaired in vitro Treg induction relative to healthy controls. RNA-sequencing revealed widespread alternative splicing dysregulation, most notably exon 8 skipping in LCK, a kinase central to TCR signaling and Treg differentiation. Using an LCK minigene combined with RNA pull-
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: Up to 20% of patients with X-linked hypophosphatemic rickets (XLH) have no causative variant identified on routine molecular diagnostic testing.
OBJECTIVE: To identify intronic variants causing PHEX mis-splicing in patients with XLH.
SETTING: The metabolic bone clinic of a pediatric orthopedic hospital.
PARTICIPANTS: Four patients (age 6 to 12 years; 3 girls) with clinically diagnosed XLH and no PHEX variant on routine testing.
MAIN OUTCOME MEASURES: RNA and DNA sequence analysis of PHEX.
METHODS: Urine-derived cells were cultured, and mRNA was extracted and transcribed to cDNA.
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Circular RNAs (circRNAs) are a novel class of noncoding RNAs that back-splice from 5' donor site and 3' acceptor sites to form a circular structure. A number of circRNAs have been discovered in model organisms including human, mouse, Drosophila, among other organisms. There are a few candidate-based studies on circRNAs in rat, a well-studied model organism as well. A number of pipelines have been published to identify the back splice junctions for the discovery of circRNAs but studies comparing these tools have suggested that a combination of tools would be a better approach to identify high-c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In Huntington's disease (HD), aberrant processing of huntingtin (HTT) mRNA produces HTT1a transcripts that encode the pathogenic HTT exon 1 protein. The mechanisms behind HTT1a production are not fully understood. Considering the role of m6A in RNA processing and splicing, we investigated its involvement in HTT1a generation. Here, we show that m6A methylation is increased before the cryptic poly(A) sites (IpA1 and IpA2) within the huntingtin RNA in the striatum of Hdh+/Q111 mice and human HD samples. We further assessed m6A's role in mutant Htt mRNA processing by pharmacological inhibition and
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryptic splicing caused by TDP-43 proteinopathy is a hallmark of the neurodegenerative diseases amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). However, which cryptic splicing events (CEs) are the most sensitive to TDP-43 depletion, where CEs localise within cells, and how specific CEs are in human tissues is poorly defined. Analyses of in vitro TDP-43 knockdowns and postmortem RNA-seq datasets revealed that a small subset out of thousands of CEs are specific markers for TDP-43 proteinopathy in vivo. Nonsense-mediated decay (NMD) masked a portion of CEs, influencing thei
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nager syndrome is a rare preaxial acrofacial dysostosis that is caused by heterozygous loss-of-function variants in SF3B4. This gene encodes for a protein required for the assembly of spliceosomal complexes, being a master gene for splicing regulation. The main clinical features of Nager syndrome include facial-mandibular and preaxial limb malformations, with normal cognitive functioning. Most Nager patients are sporadic, but few familial cases with a highly variable phenotype have been reported. In this work, we report a novel synonymous variant within exon 3 of the SF3B4 gene in a family wit
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Therapeutic exon skipping as a treatment for Duchenne muscular dystrophy (DMD) has largely concentrated on the delivery of antisense oligomers to treat out-of-frame exon deletions. Here we report on the preclinical development of an adeno-associated virus (AAV)-encapsidated viral vector containing four copies of the noncoding U7 small nuclear RNA (U7snRNA), each targeted to either the splice donor or the splice acceptor sites of DMD exon 2. We have previously shown that delivery of this vector (scAAV9.U7.ACCA) to the Dup2 mouse model results in expression of full-length dystrophin from wild-ty
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ornithine transcarbamylase (OTC) is an X-linked, liver-specific enzyme that catalyzes the second step of the urea cycle. In humans, inherited deficiency of OTC in hemizygous affected males usually results in severe ammonia intoxication and early death. To characterize mutations responsible for OTC deficiency, we used the PCR to amplify cDNAs prepared from patient livers which demonstrated no OTC enzyme activity and no OTC cross-reacting material on western blots. In three of seven cases, smaller than normal products were observed. Sequencing of these cDNAs revealed that two were missing exon 7
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selective splicing is a feature of luteinizing hormone receptor (LHCGR). A cryptic exon (LHCGR-exon 6A) was found to be derived from alternative splicing in intron 6 of the LHCGR gene, which including two transcripts LHCGR-exon 6A-long and LHCGR-exon 6A-short. We addressed the functional consequences of SNP rs68073206, located at the +5 position of an alternative 5' splice donor site, and observed its association with male infertility in the subjects with azoospermia, oligoasthenozoospermia and normozoospermia. The translation product of splicing variant LHCGR-exon 6A was expressed in the cyto
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in OPA1 are the most frequent cause underlying autosomal dominant optic atrophy (adOA). Until now only few putative splicing mutations in the OPA1 gene have been investigated at the mRNA level and all these result in exon skipping. Here, we report the identification and cDNA analysis of four intronic and three exonic OPA1 gene mutations that cause a variety of splicing defects including activation of cryptic splice sites in either flanking exon or intron sequences, and a leaky splicing mutation. Our results show that cDNA analysis is of prime importance for the full evaluation of the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tay-Sachs disease (TSD) is an autosomal recessive genetic disorder resulting from mutation of the HEXA gene encoding the alpha-subunit of the lysosomal enzyme, beta-N-acetylhexosaminidase A (Hex A). We have discovered that a Tay-Sachs mutation, IVS-9 + 1 G-->A, first detected by Akli et al. (Genomics 11:124-134, 1991), is a common disease allele in non-Jewish Caucasians (10/58 alleles examined). A PCR-based diagnostic test, which detects an NlaIII site generated by the mutation, revealed a frequency among enzyme-defined carriers of 9/64 (14%). Most of those carrying the allele trace their orig
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The influenza virus NS2 mRNA is generated through processing by cellular enzymes of a transcript (the NS1 mRNA) of virion RNA segment 8. Production of this mRNA is altered in cells infected with a mutant of influenza A (fowl plague) virus. The proportion of segment 8 transcripts which accumulated in a spliced form was found to be considerably lower in mutant virus-infected cells than in cells infected with wild-type virus, and the amplification in production of NS2 mRNA relative to that of the NS1 mRNA, which normally occurs during infection with wild-type virus, was not observed with the muta
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is an aggressive cancer with remarkably poor prognosis. Splicing dysregulation is emerging as a hallmark and possible therapeutic target of PDAC.
METHODS: We performed high-throughput RNA sequencing analyses in PANC-1 cells treated with three drugs targeting the U2 small nuclear ribonucleoprotein (U2 snRNP): Pladienolide B, Thailanstatin A and Indisulam. The efficacy of splicing inhibitors, Talazoparib, Alisertib, AZD7762 and Barisertib, alone or in combination, was assessed in PDAC cells and patient-derived organoids (PDOs) by cell viabilit
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inability of T7 RNA polymerase to processively transcribe higher eukaryotic chromatin is interpreted as a correlate of its reported inhibition by nucleosomes on reconstituted templates in vitro . We used chromosomally integrated reporter cassettes to examine features of T7 transcription in a lower eukaryotic system. Luciferase reporters were targeted to rDNA in transgenic Trypanosoma brucei stably expressing the phage polymerase. Because trypanosome mRNAs are capped by RNA splicing in trans , T7 transcription could be gauged by luciferase activity. In contrast to findings from higher eukaryote
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Imprinted gene clusters are regulated by long noncoding RNAs (lncRNAs), CCCTC binding factor (CTCF)-mediated boundaries, and DNA methylation. DIRAS3 (also known as ARH1 or NOEY1) is an imprinted gene encoding a protein belonging to the RAS superfamily of GTPases and is located within an intron of a lncRNA called GNG12-AS1. In this study, we investigated whether GNG12-AS1 is imprinted and coregulated with DIRAS3. We report that GNG12-AS1 is coexpressed with DIRAS3 in several tissues and coordinately downregulated with DIRAS3 in breast cancers. GNG12-AS1 has several splice variants, all of which
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования