Fuchs endothelial corneal dystrophy (FECD) is the most common inherited corneal disease. Fibrillar focal excrescences called guttae and corneal edema due to corneal endothelial cell death result in progressive vision loss. Multiple genetic variants have been reported, but the pathogenesis of FECD is not fully understood. In this study, we used RNA-Seq to analyze differential gene expression in the corneal endothelium obtained from patients with FECD. Differential expression analysis of transcriptomic profiles revealed that expression of 2366 genes (1092 upregulated and 1274 downregulated genes…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Due to the high dimensionality and sparsity of the gene expression matrix in single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) data, coupled with significant noise generated by shallow sequencing, it poses a great challenge for cell clustering methods. While numerous computational methods have been proposed, the majority of existing approaches center on processing the target dataset itself. This approach disregards the wealth of knowledge present within other species and batches of scRNA-seq data. In light of this, our paper proposes a novel method named graph-based deep embedding clustering (GDEC) that …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND AIM: Actinic keratosis (AK) represents an intraepidermal malignant neoplasm with the proliferation of atypical keratinocytes. AK lesions are regarded as early in situ squamous cell carcinomas (SCCs) having the potential to progress into invasive SCC (iSCC) and metastasize, causing death. This study aimed to investigate the heterogeneity of keratinocytes and how this heterogeneity promoted AK development and progression.
METHODS: We employed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to examine the heterogeneity of keratinocytes and dermal fibroblast clusters in AKs and adjacent nor…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related hearing loss (ARHL) is a common neurodegenerative disease. Its molecular mechanisms have not been fully elucidated. In the present study, we obtained differential mRNA expression in the cochlea of 2-month-old miR-29a+/+ mice and miR-29a-/- mice by RNA-seq. Gene ontology (GO) analysis was used to identify molecular functions associated with hearing in miR-29a-/- mice, including being actin binding (GO: 0003779) and immune processes. We focused on the intersection of differential genes, miR-29a target genes and the sensory perception of sound (GO:0007605) genes, with six mRNA at this…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High NUE (nitrogen use efficiency) has great practical significance for sustainable crop production. Wheat is one of the main cultivated crops worldwide for human food and nutrition. However, wheat grain productivity is dependent upon cultivars with high NUE in addition to the application of nitrogen fertilizers. In order to understand the molecular mechanisms exhibiting a high NUE response, a comparative transcriptomics study was carried out through RNA-seq analysis to investigate the gene expression that regulates NUE, in root and shoot tissue of N-efficient (PBW677) and N-inefficient (703) …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudorabies is a highly contagious viral disease caused by the pseudorabies virus (PRV), and it is one of the most devastating diseases for the swine industry worldwide. However, the host-virus interaction and virus-related host factors at the mRNA level in virus natural host (pig) cells, are not fully understood. Here, we performed time-course RNA sequencing of the PK-15 cells infected with a recombinant strain PRV-Becker-GFP to study the dynamic competition between the host and the virus. At early stage of infection (3 hpi), our results suggested that the activation of cytosolic DNA-sensing
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hippocampal sclerosis (HS) is one of the most common pathological type of intractable temporal lobe epilepsy (TLE), often characterized by hippocampal atrophy, neuronal apoptosis, and gliogenesis. However, the molecular mechanisms of neuronal apoptosis in patients with HS are still not fully understood. We therefore conducted a pilot study focusing on the neuronal apoptosis ceRNA network in the sclerotic hippocampus of intractable TLE patients. In this research, RNA sequencing (RNA-seq) was utilized to quantify the expression levels of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs in TLE patients with HS (HS-TLE…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mucopolysaccharidoses (MPS) are genetic disorders that affect up to 1 in 25,000 births. They are caused by dysfunctions of lysosomal hydrolases that degrade glycosaminoglycans (GAGs) which accumulate in cells, damaging their proper functioning. There are 7 types of MPS, distinguished by the kind of accumulated GAG and the defective enzyme, which differ significantly in the course of the disease. Despite the storage of the same GAGs, two of them (MPS III and IV) are divided into subtypes. While the course of MPS IV A and B is similar, the variability between MPS III A, B, C and D is high. This
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Valproate (VPA) is an antiepileptic drug (AEDs) with an ideal effect against epilepsy as well as other neuropsychiatric diseases. There is considerable evidence that women taking VPA are prone to reproductive endocrine disorders. However, few studies have been published about VPA effects on human ovarian granulosa cells.
METHODS: By treating human ovarian granulosa cell line KGN with VPA, the cell viability and progesterone production function were evaluated. RNA-sequencing was applied to uncover the global gene expression upon VPA treatment.
RESULTS: We revealed that VPA dose-de…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND AIMS: The atherosclerotic plaque microenvironment is highly complex, and selective agents that modulate plaque stability are not yet available. We sought to develop a scRNA-seq analysis workflow to investigate this environment and uncover potential therapeutic approaches. We designed a user-friendly, reproducible workflow that will be applicable to other disease-specific scRNA-seq datasets.
METHODS: Here we incorporated automated cell labeling, pseudotemporal ordering, ligand-receptor evaluation, and drug-gene interaction analysis into a ready-to-deploy workflow. We applied thi…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While the capacity to regenerate tissues or limbs is limited in mammals, including humans, axolotls are able to regrow entire limbs and major organs after incurring a wound. The wound blastema has been extensively studied in limb regeneration. However, due to the inadequate characterization of ECM and cell subpopulations involved in the regeneration process, the discovery of the key drivers for human limb regeneration remains unknown. In this study, we applied large-scale single-cell RNA sequencing to classify cells throughout the adult axolotl limb regeneration process, uncovering a novel reg
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studying emerging or neglected pathogens is often challenging due to insufficient information and absence of genetic tools. Dual RNA-seq provides insights into host-pathogen interactions, and is particularly informative for intracellular organisms. Here we apply dual RNA-seq to Orientia tsutsugamushi (Ot), an obligate intracellular bacterium that causes the vector-borne human disease scrub typhus. Half the Ot genome is composed of repetitive DNA, and there is minimal collinearity in gene order between strains. Integrating RNA-seq, comparative genomics, proteomics, and machine learning to study…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Total hip arthroplasty (THA) alleviates hip pain and improves joint function. Current implant design permits long-term survivorship of THAs, but certain metal-on-metal (MoM) articulations can portend catastrophic failure due to adverse local tissue reactions (ALTR). Here, we identified biological and molecular differences between periacetabular synovial tissues of patients with MoM THA failure undergoing revision THA compared to patients undergoing primary THA for routine osteoarthritis (OA). Analysis of tissue biopsies by RNA-sequencing (RNA-seq) revealed that MoM patient samples exhibit sign…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The aim of this study was to characterize the mechanism of fluoroquinolone (FQ) resistance in Salmonella Typhimurium. We established the Caenorhabditis elegans-Salmonella Typhimurium model to select for ciprofloxacin resistance in Salmonella Typhimurium colonizing C. elegans, generating the resistant strains TN4. Gradient doses of ciprofloxacin were used to generate the resistant strain TW4 in vitro. RNA sequencing was used to establish the whole-transcriptome profile of three strains of Salmonella Typhimurium. The gene expression patterns of resistant strains TN4 and TW4 differed from those o
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Improvement in feed conversion efficiency can improve the sustainability of beef cattle production, but genomic selection for feed efficienc … ravity (weight in air/weight in air-weight in water, a predictor of carcass fat content; P = 0.03). RNA-seq identified 633 DE genes between sire groups among 17,016 expressed genes. PCIT analysis identified >115,000 significant co-expression correlations between genes and 25 TF hubs, i.e. controllers of clusters of DE, TS, and GWAS SNP genes. Pathway anal …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Innate immune activation beyond the central nervous system is emerging as a vital component of the pathogenesis of neurodegeneration. Huntington's disease (HD) is a fatal neurodegenerative disorder caused by a CAG repeat expansion in the huntingtin gene. The systemic innate immune system is thought to act as a modifier of disease progression; however, the molecular mechanisms remain only partially understood. Here we use RNA-sequencing to perform whole transcriptome analysis of primary monocytes from thirty manifest HD patients and thirty-three control subjects, cultured with and without a pro…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Differential host responses may be critical determinants of distinct pathologies of West Nile virus (WNV) NY99 (pathogenic) and WNV Eg101 (non-pathogenic) strains. We employed RNA-seq technology to analyze global differential gene expression in WNV-infected mice brain and to identify the host cellular factors leading to lethal encephalitis. We identified 1,400 and 278 transcripts, which were differentially expressed after WNV NY99 and WNV Eg101 infections, respectively, and 147 genes were common to infection with both the viruses. Genes that were up-regulated in infection with both the viruses…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To increase our understanding of psoriasis, we used high-throughput complementary DNA sequencing (RNA-seq) to assay the transcriptomes of lesional psoriatic and normal skin. We sequenced polyadenylated RNA-derived complementary DNAs from 92 psoriatic and 82 normal punch biopsies, generating an average of ∼38 million single-end 80-bp reads per sample. Comparison of 42 samples examined by both RNA-seq and microarray revealed marked differences in sensitivity, with transcripts identified only by RNA-seq having much lower expression than those also identified by microarray. RNA-seq identified many…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hematophagy is a common trait of insect vectors of disease. Extensive genome-wide transcriptional changes occur in mosquitoes af … ESULTS: Transcriptional changes that follow a blood meal in Ae. aegypti females were explored using RNA-seq technology. Over 30% of more than 18,000 investigated transcripts accumulate differentially in mosquitoes at five hours after a blood meal when compared to those fed only on sugar. Forty transcripts accumulate only in blood-fed mosquitoes. The list …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigates the differences in ligand-receptor interactions between the communication network of vascular endothelial cells (ECs) and photoreceptor cells (PRCs)in diabetic retinopathy (DR) the mechanism was verified by animal experiments. The GSE209872 data set, including retinal specimens from five Sprague-Dawley rats induced by streptozotocin, was obtained from Gene Expression Omnibus. CM and EC data were extracted individually for reclustering, functional enrichment and trajectory analyses. Cell communication analysis was conducted to investigate the altered signals and signific
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования