Chromosomal translocations are hallmarks of certain lymphoproliferative disorders. Indeed, in many leukemias and lymphomas, translocations are the transforming event that brings about malignancy. Recurrence of the immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (Tcr) loci at the breakpoints of oncogenic chromosomal translocations has led to speculation that the lymphocyte-specific process of V(D)J rearrangement, which is necessary for the generation of functional Ig and TCR antigen receptors on B and T lymphocytes, mediates translocation. Recent studies have led to a fuller understanding of the molecu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Liver fibrosis and its end-stage disease, cirrhosis, are major risk factors for hepatocellular carcinoma (HCC) and present in 80 to 90 % of patients with HCC. Current genetically engineered mouse models for HCC, however, generally do not feature liver fibrosis, which is a critical discrepancy between human HCC and murine models thereof. In this study, we developed a simple transgenic mouse model of HCC within the context of a fibrotic liver.
METHODS: Employing hydrodynamic transfection (HT), coupled with the Sleeping Beauty (SB) transposon system, liver was stably transfected with
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The expression of the recombination activating genes (RAG1 and RAG2) is largely restricted to immature lymphoid cells. Previous studies have suggested that Epstein-Barr virus (EBV) infection may lead to a re-induction of RAG expression in mature B lymphocytes. To assess the significance of this mechanism for the pathogenesis of malignant lymphomas, we have examined the expression of RAG genes in 11 cases of EBV-associated endemic Burkitt's lymphoma (BL), 25 cases of Hodgkin's disease (HD, 17 EBV(+), 8 EBV(-)) and 10 cases of follicular non-Hodgkin's lymphoma (NHL). Using in situ hybridization,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: After spinal cord injury (SCI), neuronal lipid peroxidation and excessive production of reactive oxygen species (ROS) induced by secondary injury exacerbate ferroptosis, impeding regenerative repair and functional recovery in mice. Thus, clarifying the molecular and cellular mechanisms underlying the inhibition of neuronal ferroptosis post-SCI is crucial.
METHODS: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing (scATAC-seq) were used to analyze changes in the transcription factor CREB5 post-SCI. Combined with in vitro (p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Disruption of host-microbiota homeostasis is a fundamental hallmark of inflammatory bowel disease (IBD) pathogenesis. Host epigenetic modifications and corresponding alterations in gene expression levels can impact the composition of gut microbes. SET domain containing 2 (SETD2) is a critical epigenetic regulator with established tumor-suppressive roles, but its function in intestinal microbial ecology and colitis progression remains unexplored. We aimed to investigate the specific role of SETD2 in maintaining gut microbial homeostasis and modulating colitis progression.
METHODS:
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Intrauterine adhesion (IUA) is prevalent in women of childbearing age and can affect pregnancy outcomes or even lead to infertility. Currently, there is no effective clinical cure. METHODS: We profiled more than 100, 000 human endometrial cells from IUA and normal endometrial tissues using single cell RNA sequencing (scRNA-seq), single nucleus transposase-accessible chromatin sequencing (snATAC-seq) and spatial transcriptomics to gain an in-depth understanding of the cellular and molecular mechanisms underlying IUA pathogenesis and enable the development of therapeutic targets. RES
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Acinetobacter baumannii is a significant hospital-acquired pathogen recognized for its antibiotic resistance and environmental durability. The present study investigates the genomic and metabolic characteristics of Turkish A. baumannii isolates (ST195 and novel sequence type) using whole-genome sequencing, comparative pathogenomics, and phenotypic assays. Genomic analyses demonstrated significant horizontal gene transfer, phage integration (Salmon_SSU5, Acinet_Bphi_B1251), and genomic islands enriched with resistance and virulence genes. ST195 (T3) exhibited meropenem susceptibilit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWAS) have identified numerous rheumatoid arthritis (RA) associated genetic variants, most of which localize to non-coding regulatory regions (eg, enhancers), but their functional annotation remains a barrier to translating GWAS findings into mechanistic insights. This study hypothesized that these enhancer single nucleotide polymorphisms (SNPs) reside in the accessible chromatin domains of RA's target tissue (synovium) and modulate target gene expression by altering transcription factor (TF) binding affinity. Thus, leveraging prospectively collected RA synovia
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukaemia (AML) is an aggressive blood cancer characterized by the unregulated proliferation of immature myeloblasts. Gene mutations have been shown to have a large effect on pathogenesis, inter-tumour heterogeneity and clinical outcomes in AML1-8; however, the role of epigenetic alterations in these respects has been investigated less extensively. Here we use ATAC-seq (assay for transposase-accessible chromatin with sequencing) in a cohort of 1,563 individuals with a recent diagnosis of AML (the 'eCHROMA' cohort) to show that AML can be classified into 16 subgroups on the basis
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bioactive compounds extracted from apple mango leaf exhibit notable phytochemical, biological, and pharmacological properties, including antioxidant and immunomodulatory effects, supporting their broad application potential. We investigated the immunomodulatory potential of apple mango leaf extract (AMLE) on bone marrow-derived dendritic cells (BMDCs) using integrated RNA-sequencing and assay for transposase-accessible chromatin with sequencing analyses, validated by flow cytometry. Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) identified key gene modules that were differentially expres
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudorabies virus (PRV) is an important α-herpesvirus. However, the chromatin state and transcriptional regulatory mechanisms of its genome upon entry into host cell nuclei remain poorly understood. In this study, we employed the Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (ATAC-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) to analyze chromatin accessibility and the transcriptome of the PRV genome in PK15 cells at multiple time points post-infection. ATAC-seq analysis revealed that the proportion of viral reads increased progressively over time, from 0.01% at 4 h to approximately 1.09% an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Waldenström macroglobulinemia (WM) and IgM monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) share the same cell of origin but differ in clonal size. Compared with other B-cell neoplasms, the lymphoplasmacytic clone in WM can be rather small, limiting our understanding of clonal expansion. We applied an integrative approach using single-cell RNA with B-cell receptor (BCR) sequencing, the assay for transposase-accessible chromatin, and whole-genome sequencing to characterize the tumor clone in patients with IgM MGUS, smoldering WM (SWM), and symptomatic WM (WM). IgM MGUS and low- or int
СтатьяПолный текст найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sea urchins have been a well-used model of fertilization and of the molecular biology of embryonic development. Our understanding of the molecular identity of adult tissues, on the other hand, has lagged significantly, a deficiency all too apparent following recent successes in mutational analyses in transgenerational studies. Here we present molecular analyses of gonadogenesis, with particular reference to developmental features emerging when a juvenile first begins to make eggs and sperm. We observed great variation in developmental time to reach fertility in Lytechinus variegatus, with the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: This study investigates ancestry-specific changes in induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived oligodendroglia genomic regulation in Alzheimer's disease (AD), addressing diversity gaps by including African, Amerindian, and European ancestries in the analysis.
METHODS: We generated 12 iPSC lines from AD patients and controls with different apolipoprotein E (APOE) genotypes, APOE ε3/ ε3 and APOE ε4/ ε4, across three ancestries. Lines were differentiated into neural spheroids containing oligodendrocyte lineage cells and analyzed by single-nucleus RNA sequencing, Assay for Transp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autologous stem cell transplantation (ASCT) involves harvesting hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) prior to chemotherapy and subsequent repopulation of the bone marrow. This process imposes a bottleneck, providing a framework to dissect the unresolved short- and long-term clonal dynamics during hematopoietic reconstitution. By integrating bulk error-corrected targeted sequencing of clonal hematopoiesis (CH)-associated genes with mitochondrial single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing (mtscATAC-seq), we characterized mutational trajectories in frequently alt
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell states are influenced by the regulation of gene expression orchestrated by transcription factors capable of binding to accessible DNA regions. To uncover if sex differences exist in chromatin accessibility in the human dorsal root ganglion (hDRG), where nociceptive neurons innervating the body are found, we performed bulk and spatial assays for transposase-accessible chromatin technology followed by sequencing (ATAC-seq) from organ donors without a history of chronic pain. Using bulk ATAC-seq, we detected abundant sex differences in the hDRG. In women, differentially accessible regions (D
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Over the last few decades, organic food demand has grown largely because of increasing personal health concerns. Organic farming introduces antibiotic resistance genes (ARGs) and antibiotic-resistant bacteria (ARB) into foods. However, potential effects of organic foods on the gut microbiome and ARGs have been overlooked. Using high-throughput quantitative PCR and 16S rRNA high-throughput sequencing technology, we examined 132 ARGs from major classes, eight transposase genes, universal class I integron-integrase gene (intI), clinical class I integron-integrase gene (cintI), and the bacterial c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To elucidate the genetic basis of primary angle-closure glaucoma (PACG) by identifying pathogenic tissue and critical tissue-specific variants.
METHODS: The correlations among PACG susceptibility, axial length (AL), and anterior chamber depth (ACD) were evaluated using meta-analyses. Propensity score matching was utilized on 2161 participants from the Handan Eye Study to determine the risk factors independent of ACD and AL for PACG. Subsequently, we employed the assay for transposase-accessible chromatin with sequencing (ATAC-seq) and allele-specific self-transcribing active regulato
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Presbycusis, also referred to as age-related hearing loss (ARHL), is a condition that results from the cumulative effects of aging on an individual's auditory capabilities. Given the limited understanding of epigenetic mechanisms in ARHL, our research focuses on alterations in chromatin-accessible regions.
METHODS: We employed assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) in conjunction with unique identifier (UID) mRNA-seq between young and aging cochleae, and conducted integrated analysis as well as motif/TF-gene prediction. Additionally,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Odontoblasts are primarily responsible for synthesizing and secreting extracellular matrix proteins, which are crucial for dentinogenesis. Our previous single-cell profile and RNAscope for odontoblast lineage revealed that cyclic adenosine monophosphate responsive element-binding protein 3 like 1 (Creb3l1) was specifically enriched in the terminal differentiated odontoblasts. In this study, deletion of Creb3l1 in the Wnt1+ lineage led to insufficient root elongation and dentin deposition. Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) and RNA sequencing w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования