Ca2+ binding regulates muscle contraction through coupled structural and dynamical mechanisms, yet a unified description of mutation-induced perturbations in binding energetics remains incomplete. Mutational effects on proteins are often high dimensional and difficult to interpret mechanistically. Here, we develop a physically interpretable low-dimensional reaction coordinate that captures coordination environment, electrostatic features, and dynamical coupling. Structural, electrostatic, and dynamical descriptors correlate with experimental binding free energies with Pearson coefficients of R
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this issue of Structure, Zhang et al.1 report high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human WDR11-FAM91A1-C17orf75 complex, establishing C17orf75 as an integral core subunit and revealing the molecular basis by which this ternary machinery coordinates retrograde vesicle tethering and selective sorting of super-acidic-cluster-containing cargoes.
СтатьяКомментарийПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N-acetylglucosamine-1-phosphodiester α-N-acetylglucosaminidase (NAGPA), also known as the uncovering enzyme, catalyzes the final step in mannose-6-phosphate signal generation for lysosomal enzyme trafficking. Despite its central role, the enzyme's architecture, catalytic mechanism, and the contribution of its C-terminal region remain incompletely defined. Here, we combine solution biophysics, cryo-EM, structural modeling, and a quantitative cell-based assay to characterize human NAGPA. We show that NAGPA forms a noncovalent dimer in solution, resolving prior uncertainty regarding disulfide-lin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human eye lens plays an essential role in vision by focusing light onto the retina. This transparent tissue consists of densely packed crystallin proteins that exhibit remarkable solubility despite minimal protein turnover. Post-translational modifications that accumulate over a lifetime can reduce crystallin solubility, resulting in the precipitation or phase separation of protein aggregates. Oxidation is a common type of modification that can cause such opacification of the lens, particularly in age-related cataract. Here, we study the oxidation of W163 in γS-crystallin, a structural len
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The BORCS5 is an important and critical component of the BLOC-one-related complex (BORC), involved in kinesin-dependent anterograde lysosomal transport. Aberrations in the octameric protein complex encompass lethal neurological manifestations, such as arthrogryposis multiplex congenita, brain malformations and neuropathological evidence of diffuse neuroaxonal dystrophy. Loss-of-function variants in BORCS5 are associated with extremely rapid and progressive neurodegeneration.
METHODS: Herein, we present a family consisting of a proband with intellectual disability, microcephaly, de
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein-ligand interactions (PLIs) play a crucial role in drug discovery, and accurately predicting protein-ligand binding affinity (PLA) remains a central challenge in computer-aided drug design. Although graph neural networks (GNNs) have demonstrated considerable potential in molecular modeling, existing methods still face several limitations, including excessive reliance on hand-crafted chemical features, loss of spatial information, and difficulties in integrating heterogeneous affinity labels, which restrict their generalization capability in PLA prediction. To address these challenges, w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA molecules were once regarded merely as intermediates in the transmission of genetic information from DNA, but are now emerging as key players in complex cellular regulation. Driven by the recent discovery of diverse functions of non-coding and coding RNAs, a deep understanding of RNA structure, and ultimately their interaction has become essential for both basic and applied research in RNA biology, including drug discovery efforts targeting RNA. However, its inherent structural instability and variability have made experimental analyses, such as X-ray crystallography and NMR, challenging a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RASA1 gene is mutated in cerebrovascular disorders and cancer, yet how the resulting mutations in the GTPase Activating Protein, RasGAP (p120RasGAP, RASA1) dysregulate signaling remains poorly understood. Here, we catalogue currently reported disease-associated mutations in RASA1 and assess their impact on RasGAP protein in vitro. On mapping these mutations onto experimental structures and structural models of RasGAP we identify regions that suggest functional impact. We assess key mutations within these regions for their effects on protein expression, thermal stability, and their interact
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Variant effect prediction remains a key challenge in precision medicine. Computational models are increasingly successful in the characterization of missense variants in folded protein regions. However, 37% of all annotated missense variants reside in the 25% of the proteome that is intrinsically disordered, lacking positional sequence conservation and stable structures. To advance the characterization of variants in intrinsically disordered protein regions (IDRs), we combined sequence pattern searches with AlphaFold to structurally annotate 1,300 protein-protein interactions with interfaces m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Encapsulins are self-assembling protein nanocompartments found in bacteria and archaea that encapsulate cargo enzymes to protect the cell from their toxic reaction products or intermediates. Developments in cryo-electron microscopy (cryo-EM) data processing strategies have enabled encapsulins and their cargo proteins to be investigated together in greater detail. In this study, we present the single particle cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum encapsulin in both the presence and absence of its partner encapsulated ferritin (EncFtn). Single particle icosahedral reconstructions of emp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: The stability of natural DNA relies mainly on the hydrogen-bonding interactions between its nucleobases. However, recently, several hydrophobic nucleobases, such as dPTMO, dMTMO, and dTPT3, were synthesized to expand the genetic codes that do not make hydrogen-bonding base pair interactions in DNA. Although such bases were recognized by DNA polymerases during replication, the artificial DNA was found to be unstable and to contain intercalated bases. To make stable artificial DNA that can be recognized by DNA polymerases, dPTMO, dMTMO, and dTPT3 were modified to contain hydrophilic gro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The various methods (protein expression, mass spectrometry, chemical synthesis, protein design, engineering, product analysis) presented in this chapter were used to create the first artificial Stetterase constructed from an otherwise inactive protein scaffold and a synthetic thiamine pyrophosphate-inspired organocatalyst. The N-heterocyclic carbene (NHC)-derived organocatalyst was covalently incorporated into engineered protein scaffolds, creating an artificial "Stetterase" (ArtiSt). Cysteine residues were strategically introduced into selected scaffolds to enable site-specific bioconjugation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
New and improved methods for visualizing complex macromolecules in atomic detail continue to expand structural information in the Protein Data Bank but accurately refining atomic models from experimental maps remains a challenge due to efficiency limitations of current refinement approaches. Standard PHENIX refinement can partially address these limitations with its speed and accessibility but often fails to yield the best model compared to more computationally demanding approaches. To support improved macromolecular model building, we therefore developed "KNexPHENIX", a PHENIX-based workflow
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycosyltransferases (GTs) install and remodel glycans that regulate protein function and shape extracellular matrices and microbial envelopes. Recent high-resolution structures, enabled by cryo-EM and X-ray crystallography, and increasingly complemented by AI-assisted modeling, now capture GTs in mechanistically informative states, including donor-acceptor complexes, gated conformations, and membrane polymerases engaged with nascent chains. In parallel, molecular simulations, including MD and QM/MM methodologies, are being used in selected GTs to map free-energy landscapes and resolve how act
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salt-bridge conservation has traditionally been evaluated at the primary sequence level, leaving the persistence of three-dimensional interaction sites across homologous families largely unexplored. In this study, we developed a systematic family-level structural framework to redefine salt-bridge conservation based on spatial interaction sites rather than residue identity by mapping salt bridges onto unified SCOP2-aligned domain coordinates. We classified these interactions into three categories: classically conserved (CLA), nonclassically conserved (NOCLA; i.e., charge compensation), and nonc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This work presents a comprehensive first-principles investigation of the structural, electronic, optical, mechanical, and thermoelectric properties of the lead-free halide double perovskites Rb2AlAgX6 (X = Cl, Br, I) using density functional theory within the FP-LAPW method. Structural optimization confirms that all compounds crystallize in a stable cubic Fm-3m phase with lattice constants increasing from 10.76 Å (Cl) to 11.04 Å (I) and negative formation energies indicating thermodynamic stability. Electronic band structure calculations using the TB-mBJ potential reveal indirect bandgaps of 3
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G2A inhibition has recently been proposed as a novel therapeutic approach to treat oxaliplatin-induced neuropathic pain (OINP) and breast cancer. However, very few G2A antagonists are known to date. In this study, we report the discovery of a novel series of G2A antagonists developed within our research group, along with the first comprehensive structure-activity relationship (SAR) investigation for this class of compounds. Utilizing a rational design approach, we systematically explored the effects of structural modifications on G2A receptor binding and functional activity. The SAR study iden
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The multidomain metalloenzyme SznF can specifically catalyze the conversion of Nω-methyl-l-arginine (l-NMA) to Nδ-hydroxy-Nω-methyl-Nω-nitroso-l-citrulline (l-NHMA), which is the key step for the biosynthesis of the N-nitrosourea pharmacophore, a precursor to the pancreatic cancer drug streptozotocin (SZN). The central domain of SznF is responsible for mediating the two sequential hydroxylations of l-NMA at Nδ and Nω positions to first generate Nδ,Nω-dihydroxy-Nω-methyl-l-arginine (l-DHMA), and the cupin domain of SznF promotes the N-migration and oxidative rearrangement of l-DHMA. This struct
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This paper explores the crystal structure, formation energies, thermodynamic properties, elastic constants, electronic structure, and H2 storage properties of XBH3 (X = Mg, Ca; B=Ga, In) hydrides utilizing the density functional theory (DFT) as modeled in the WIEN2k program. To determine the stability and practicability of these materials in hydrogen storage applications, thermodynamic and mechanical parameters were determined. Calculations of the electronic structure show that band gaps of MgGaH3, CaGaH3, MgInH3, and CaInH3 are 1.46 eV, 1.63 eV, 0.89 eV, and 1.35 eV, respectively. Gravimetric
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dioxygenase reactivity, where both oxygen atoms of O2 are incorporated into an organic product, is a relative rarity. Notable is the indoleamine 2,3-dioxygenase enzyme with an iron-heme active site. Biomimetic studies using iron and manganese porphyrins have been successful and mechanistically enriching. We show that inorganic manganese-substituted polyoxometalates are also effective functional mimics of indoleamine 2,3-dioxygenases. Thus, several mono-, di-, and tri-MnII-substituted polyoxometalates were reacted with O2, and the intermediacy of a superoxide species was supported by both EPR s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования