Although sequencing technology has become widely available in recent years, the steps in bioinformatics pipelines are time-consuming and barely standardized. New tools to improve individual steps in a pipeline are frequently published and configurations can be quickly adapted to use new versions. We performed case studies with a representative set of pipeline management tools using the GEP-R pipeline, and a qualitative study of different software packages covering relevant classes of software tools. We use a software toolset of R environment, Docker, KNIME, and BPEL to review our first aim of
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the comments by De Vleeschouwer et al. (2020) on a recent paper by Miszczak et al. (2020), two major issues were critically discussed: (1) the behavior of lead in ombrotrophic peatlands, with particular regard to the possible lead vertical mobility/immobility; (2) lead data use to accurately reconstruct historical contamination. The authors stated that "some of the conclusions reached by Miszczak et al. (2020) are based on misinterpretation or incorrect sampling and data analyses approaches". A reply to comments emphasises that these topics are not an issue of the paper. Its major idea was
Письмо в редакциюПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Epstein-Barr virus (EBV) is associated with endemic Burkitt lymphoma (eBL), but the contribution of EBV variants is ill-defined. Studies of EBV whole genome sequences (WGS) have identified phylogroups that appear to be distinct for Asian versus non-Asian EBV, but samples from BL or Africa, where EBV was first discovered, are under-represented. We conducted a phylogenetic analysis of EBV WGS and LMP-1 sequences obtained primarily from BL patients in Africa and representative non-African EBV from other conditions or regions using data from GenBank, Sequence Read Archive, or Genomic D
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: To clarify whether next-generation sequencing (NGS) can be useful for resistance assessment in virologically suppressed highly treatment-experienced (HTE) individuals with MDR HIV.
METHODS: Ninety-one participants from the PRESTIGIO Registry were included. NGS was performed on HIV-DNA at 1%, 5% and 20% cut-offs; major drug resistance mutations (DRMs) were evaluated and compared with those detected in historical plasma genotypic resistance testing (h-GRT). APOBEC editing was also characterized.
RESULTS: Participants had a complex and long treatment history [median 23 (IQR 21-25) y
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: Human papillomavirus (HPV) testing is widely used in the triage of women with a borderline smear result but the efficiency of testing women with low-grade squamous intraepithelial lesion (LSIL) is less clear, mainly because of lack of specificity. New HPV tests are emerging, which detect E6/E7messenger RNA (mRNA), and preliminary data suggest that they might have a higher specificity. However, mRNA is less stable than DNA, thus posing a challenge to the preservation abilities of the cell-collecting medium.
OBJECTIVE: To evaluate the clinical performance of an HPV mRNA assay on 3-year
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: This study is set to determine the main topics of the nursing field and to show the changing perspectives over time by analysing the abstracts of several major nursing research journals using text mining methodology.
DESIGN: Text mining and network analysis.
METHODS: Text analysis combines automatic and manual operations to identify patterns in unstructured data. Detailed searches covering 1998-2021 were conducted in PubMed archives to collect articles from six nursing journals: Journal of Advanced Nursing, International Journal of Nursing Studies, Western Journal of Nursing Research, N…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Little research has been conducted on the impact of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic on either birth outcomes or the ability of archival medical records to accurately capture these outcomes. Our study objective is thus to compare the prevalence of preterm birth, stillbirth, low birth weight (LBW), small for gestational age (SGA), congenital microcephaly, and neonatal bloodstream infection (NBSI) before and during the first wave of the COVID-19 pandemic in Kinshasa, Democratic Republic of Congo (DRC).
METHODS: We conducted a facility-based retrospective cohort study
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
When COVID-19 prevented scholars from traveling to libraries, archives, and museums, staff at those institutions devised creative strategies for providing remote access to their holdings. This article examines one such initiative launched by the Linda Hall Library of Science, Engineering, and Technology in Kansas City, Missouri. The Library's prioritization of print over archival materials, experience fulfilling document delivery requests, and investments in digitization infrastructure facilitated the transition to a completely virtual fellowship program during the 2021-22 academic year. Altho…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A recent paper by Miszczak et al. (2020) examines metal contamination of mires in Poland and Norway. The authors conclude that lead (Pb) rec … stablished protocols to produce reliable records of anthropogenic Pb contamination in environmental archives.
Письмо в редакциюПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human colonisation of New Zealand has resulted in the introduction of emerging diseases, such as avian malaria and toxoplasmosis, which arrived with their exotic avian and mammalian hosts. Plasmodium spp. and Toxoplasma gondii have a wide host range, and several species of endemic New Zealand birds have developed a fatal disease following infection with either pathogen. However, no reports of either toxoplasmosis or avian malaria in New Zealand raptors, namely, the New Zealand falcons (Falco novaeseelandiae), Australasian harriers (Circus approximans) and moreporks (Ninox novaeseelandiae) exis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although much is known about how intrusive thoughts become obsessions, the factors that determine which particular thoughts do so is not. The degree to which intrusions are personally significant may be such a determinant. Obsessive-compulsive disorder (OCD) is heterogeneous; thus, it is possible that contradictions of personal values may play a varying role in the development of obsessions depending on which OCD symptoms manifest and may change differentially following treatment. Archival data were examined. Patients with a diagnosis of OCD (N = 62) reported their most upsetting obsession and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Through analysis of a set of photographs on the production of a yellow fever vaccine in Brazil, the article discusses the use of images as a research source in the history of medicine and public health. part of a historical archive belonging to the Fundação Rockefeller, stored at the Casa de Oswaldo Cruz/Fiocruz the photographs were produced between the 1930s and 1940s by the Fundação Rockefeller and Brazil's National Yellow Fever Service, institutions then responsible for research and control of the disease in Brazil. The article raises some questions generally posed by those who employ image
Аннотация на английскомИсторическая статьяСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DeltaRex-G is a replication-incompetent amphotropic murine leukemia virus-based retroviral vector that displays a collagen-matrix-targeting decapeptide on its surface envelope protein, gp70, and encodes a cytocidal 'dominant negative', i.e. a truncated construct of the executive cyclin G1 (CCNG1) oncogene. DeltaRex-G inhibits the CCNG1 function of promoting cell competence and survival through the commanding CCNG1/cyclin-dependent kinase (CDK)/Myc/mouse double minute 2 homolog (Mdm2)/p53 axis. In 2009, DeltaRex-G was granted Fast Track designation from the US Food and Drug Administration for t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Kidney injury is common in patients with cardiovascular disease.
OBJECTIVES: We determined whether blood measurement of kidney injury molecule-1 (KIM-1), would predict kidney outcomes in patients undergoing angiographic procedures for various indications.
METHODS: One thousand two hundred eight patients undergoing coronary and/or peripheral angiography were prospectively enrolled; blood was collected for KIM-1 measurement. Peri-procedural acute kidney injury (AKI) was defined as AKI within 48 hours of contrast exposure. Non-procedural AKI was defined as AKI beyond 48 hours. Devel
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have uncovered 80 medical files corresponding to original cases of Chagas' disease used for the classical description of the acute and cardiac forms of the disease. Sixty of them were diagnosed cardiac forms of the disease. The detailed clinical description of these 60 files is in excellent agreement with the nosography of progressive heart disease given by Chagas in his original 1922 paper. The reports we had access to, characterize a novel form of cardiac disease, dominated by progressive AV block, enlargement and displacement of the heart and sudden death, in relatively young adults incl
Историческая статьяСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several studies have observed anticipation (earlier age at onset [AAO] in successive generations) in familial schizophrenia. However, whether true anticipation or ascertainment bias is the principal originating mechanism remains unclear. In 1944 L. S. Penrose collected AAO data on a large, representative sample of familial mental illness, using a broad ascertainment strategy. These data allowed examination of anticipation and ascertainment biases in five two-generation samples of affected relative pairs. The median intergenerational difference (MID) in AAO was used to assess anticipation. Resu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования