DNA-dependent RNA polymerases (DdRPs) recognize not only DNA but also RNA templates. This RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) activity is exploited by bacterial 6S RNA, mammalian B2 RNA, viroids in plants, and hepatitis delta virus in human. A major knowledge gap exists regarding the molecular basis conferring this RdRP activity. Here, we provide evidence supporting the reorganization of the 12-subunit polymerase II (Pol II) to 7-subunit in vivo for PSTVd transcription. Rpb4/5/6/7/9 are not involved in PSTVd transcription in planta. A splicing variant of transcription factor IIIA with seven zi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrant RNA editing by adenosine deaminases is increasingly recognized as a source of transcriptional diversity in adult cancer, yet its role in pediatric leukemia remains poorly understood. Here, we systematically profiled RNA editing events from bulk RNA-seq data of 1,025 pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) samples, 37 matched B-ALL diagnosis/relapse pairs, and 6 age-matched non-leukemic controls. We uncovered a widespread global increase in A-to-I editing in T-ALL, affecting both non-coding Alu elements and coding sequences. By contrast, B-ALL shows relatively modest incr
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Enterovirus infection has long been suspected as a possible trigger for type 1 diabetes. Upon infection, viral double-stranded RNA (dsRNA) is recognized by membrane and cytosolic sensors that orchestrate type I interferon signaling and the recruitment of innate immune cells to the pancreatic islets. In this context, adenosine deaminase acting on RNA 1 (ADAR1) editing plays an important role in dampening the immune response by inducing adenosine mispairing, destabilizing the RNA duplexes and thus preventing excessive immune activation.
METHODS: Using high-throughput RNA sequencin
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The structure of the RNA binding target for Saccharomyces cerevisiae ribosomal protein L32 was examined using chemical and enzymatic probes as well as thermodynamic methods. In vivo, the production of yeast RPL32 is regulated by a feedback mechanism whereby RPL32 binds to the 5' end of its transcript and inhibits splicing. The binding site of ribosomal protein L32 on the L32 RNA transcript can be reduced to fewer than 30 nucleotides which compromise a stem-internal loop-stem structural motif. The internal loop is closed by a potential G-U pair, is asymmetric and contains mostly purines. The ex
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The highly pathogenic arenavirus, Junín virus (JUNV), expresses three truncated alternative isoforms of its nucleoprotein (NP), i.e., NP53kD, NP47kD, and NP40kD. While both NP47kD and NP40kD have been previously shown to be products of caspase cleavage, here, we show that expression of the third isoform NP53kD is due to alternative in-frame translation from M80. Based on this information, we were able to generate recombinant JUNVs lacking each of these isoforms. Infection with these mutants revealed that, while all three isoforms contribute to the efficient control of caspase activation, NP40k
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA of a flavivirus, tick-borne encephalitis virus (TBEV; strain Sofjin), was subjected to reverse transcription and the DNA copy was transformed into double-stranded DNA by the action of E. coli DNA-polymerase I (Klenow fragment). This DNA was annealed with plasmid pBR322. The recombinant plasmids were cloned in E. coli K802. The nucleotide sequence of the inserts of the clones, coding for region structural proteins C, M, E and nonstructural protein NS1, was determined by the Maxam-Gilbert method. The genes of structural proteins form a compact cluster. Homology has been studied of the TBEV s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coronavirus nonstructural protein 15 (Nsp15) is a conserved uridine-preferring endoribonuclease (EndoU). Studies using mouse hepatitis virus (MHV), SARS-CoV-2, and other coronaviruses have shown that Nsp15 associates with replication-transcription complexes (RTCs) and contributes to viral immune evasion. Structural studies of alpha- and beta-coronavirus Nsp15 proteins reveal a hexameric enzyme that engages viral RNA substrates and cleaves at unpaired uridines through an RNase A-like, largely metal-independent mechanism stimulated by divalent cations. The Nsp15 hexamer functions as a dynamic, c
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycoreovirus 1 (MYRV-1) is the type species of the newly described genus Mycoreovirus of the large virus family Reoviridae. The virus was isolated from a hypovirulent strain (9B21) of the chestnut blight fungus, Cryphonectria parasitica. A previous study showed that double-shelled particles introduced to fungal spheroplasts resulted in stably infected colonies. Of the 11 double-stranded RNA genomic segments (S1-S11), the three largest (S1-S3) were sequenced previously and shown to have moderate levels of similarity to the homologous segments of mammal-pathogenic coltiviruses (Eyach virus and C
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Interferon induced with helicase C domain-containing protein 1 (IFIH1) gene encodes a cytoplasmic RNA helicase otherwise known as melanoma differentiation-associated 5 (MDA5), a RIG-1-like RNA helicase that recognizes viral RNA and is involved in innate immunity through recognition of viral RNA. Upon binding to double-stranded (ds) RNA, MDA5 forms a filamentous assembly along the length of dsRNA and utilizes molecular signatures to discriminate self, versus non-self on the basis of dsRNA length and methylation. Its missense variant rs35667974 is protective for type 1 diabetes, psoriasis, and p
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The most prevalent malignant bone tumor, osteosarcoma, affects the growth plates of long bones in adolescents and young adults. Standard chemotherapeutic methods showed poor response rates in patients with recurrent and metastatic phases. Therefore, it is critical to develop novel and efficient targeted therapies to address relapse cases. In this regard, RNA interference technologies are encouraging options in cancer treatment, in which small interfering RNAs regulate the gene expression following RNA interference pathways. The determination of target tissue is as important as the selection of
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exosomes are nanoparticles(40-100 nm) secreted by most cells in the body, which can be isolated from several types of extracellular fluids. It has been shown that exosomes play a key role in intercellular communication and in transportation of genetic information. Emerging evidence shows that exosomes are mediators of metastasis in tumour cells, stromal cells and the extracellular matrix component through the shuttling of cargo, such as proteins, lipids, RNAs, double-stranded DNAs, non-transcribed RNAs, and microRNAs. This phenomenon has been indicated in both tumourigenesis and drug resistanc
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Contamination of biochemical diagnostic laboratories with impurity nucleic acids (NAs) strongly affects tests using highly sensitive microbiological methods such as polymerase chain reaction because these NAs can contaminate test samples or reagents and lead to false positive results of analysis. NAs, as biomacromolecules, remain stable on the surface of many materials for a long time, and special treatments are needed to achieve the complete degradation of NAs on the material surface. In this study, we investigated the degradation of DNA fragments, genomic DNA, ribosomal RNA, and small nuclea
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Trichomonas vaginalis virus (TVV) is a non-segmented, 4.5-5.5 kilo-base pair (kbp), double-stranded RNA virus infecting T. vaginalis. The objectives of this study were to examine the TVV prevalence in US Trichomonas vaginalis isolates and TVV's associations with patient demographics, clinical outcomes, and metronidazole resistance.
METHODS: Archived T. vaginalis isolates from the enrollment visits of 355 women participating in a T. vaginalis treatment trial in Birmingham, Alabama, were thawed and grown in culture. Their total RNA was extracted using a Trizol reagent. Contaminating
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tonate virus (TONV) is a neglected mosquito-borne alphavirus of the Venezuelan equine encephalitis complex associated with febrile illness, encephalitis, and fetal central nervous system abnormalities. Yet, host pathways that sense TONV infection and restrict its replication remain poorly defined. Here, we investigated the interaction between TONV and the type I interferon (IFN-I) system in human T98G and A549 cells. We show that TONV infection led to the accumulation of cytosolic double-stranded RNA and a robust IFN response. RIG-I and MDA5 depletion as well as that of MAVS and IRF3 strongly
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA interference (RNAi) technology offers a nontransgenic and sequence-specific strategy for plant protection, but its foliar application in the field is limited by rapid RNA degradation and poor persistence on leaf surfaces. Here, we developed a nanocellulose-enabled clay-based platform for double-stranded RNA (dsRNA) foliar delivery, named as BioClay@CNF, that offers dsRNA persistence on leaves and durable antiviral activity in plants. Incorporation of nanocellulose fibers (CNFs) increased dsRNA retention and resisted rain-induced wash-off while simultaneously shielding dsRNA from enzymatic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the study, a novel isolate of Victorivirus nijyusani was isolated from Botrytis cinerea strain G20-5, a causal agent of strawberry gray mold, and tentatively named Botrytis cinerea victorivirus 4 (BcVV4). BcVV4 has a double-stranded RNA (dsRNA) of 5135 bp long and contains two open reading frames (ORFs) 1 and 2, which overlap in the AUGA sequence. They are predicted to encode a coat protein (CP) of 756-amino acid (aa) with a molecular weight of 80.2 kDa, and an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of 850-aa with a molecular weight of 93.3 kDa, respectively. The aa sequence of CP encoded by O
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present the complete genome sequence of a novel alternavirus, tentatively named "Fusarium falciforme alternavirus 1 (FfAV1)", isolated from Fusarium falciforme. The host, F. falciforme strain Fod375, was isolated from a soil sample in Spain in 2012 and was found to be infected with a virus containing a tetra-segmented double-stranded (ds) RNA genome. The genome segments, designated as dsRNA1 (3529 bp), dsRNA2 (2641 bp), dsRNA3 (2459 bp), and dsRNA4 (1471 bp), each possess a single open reading frame (ORF). The protein predicted from dsRNA1 contains the typical domains of an RNA-dependent RN
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Геномы человеческих аденовирусов (HAdVs) — двойная структура ДНК, связанная с вирусным нуклеокапсидским протеином VII. Во время заражения HADV хозяйская полимераза может производить вирусные РНК (VA RNAs), которые распознаются с помощью региноидно-кислотного гена I (RIG-I). Однако остается неясным, сможет ли HADV как вирус ДНК избежать сенсоров РНК, и если да, то каким образом. Здесь мы показываем, что нуклеокапсидский белок VII из HADV может помешать производству интерферона типа I (IFN) путем антагонизации RIG-I. Выясняется, что прекурсор HADV/C5 (C5preVII) белка VII может препятствовать тре
СтатьяПоиск полного текста в очередиМашинный перевод · не проверен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spliceosome inhibitors emerged as promising anticancer agents. Recent studies have demonstrated that spliceosome-targeted therapies (STTs) trigger antitumor immune responses by inducing the accumulation of right-handed double-stranded (ds)RNA (A-RNA), resulting in the activation of RIG-I-like receptors (RLRs) and type I interferon-driven antiviral responses. Here, we show that spliceosome inhibition by pharmacological or genetic neutralization of SF3B1 activity induces the accumulation of endogenous left-handed dsRNAs (Z-RNAs) derived from intron-retained RNAs. These Z-RNAs activate the Z-form
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RNA editing enzyme ADAR2 is essential for the recoding of brain transcripts. Impaired ADAR2 editing leads to early-onset epilepsy and premature death in a mouse model. Here, we report bi-allelic variants in ADARB1, the gene encoding ADAR2, in four unrelated individuals with microcephaly, intellectual disability, and epilepsy. In one individual, a homozygous variant in one of the double-stranded RNA-binding domains (dsRBDs) was identified. In the others, variants were situated in or around the deaminase domain. To evaluate the effects of these variants on ADAR2 enzymatic activity, we perfor
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования