BACKGROUND: The use of archived formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tumor tissues has become a common practice in clinical and epidemiologic genetic research. Simultaneous extraction of DNA and RNA from FFPE tissues is appealing but can be practically challenging. Here we report our results and lessons learned from processing FFPE breast tumor tissues for a large epidemiologic study.
METHODS: Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE kit was adapted for dual extraction using tissue punches or sections from breast tumor tissues. The yield was quantified using Qubit and fragmentation analysis by Agilent
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: We developed an integrated multi-omics analysis in metastatic melanoma (MM) cohorts to associate DNA methylation profiles with tumor progression, survival, response to adjuvant immunotherapy, structure of the tumor immune microenvironment and transcriptional programs of immunity and melanoma differentiation.
METHODS: Lesions (n = 191) from a fully annotated, retrospective cohort of 165 AJCC 8th Stage III and IV melanoma patients (EPICA cohort) were characterized by reduced representation bisulfite sequencing, RNA sequencing, whole exome sequencing, quantitative immunohistochemistr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To explore the role of methyltransferase-like protein 16 (METTL16), an N6-methyladenosine (m6A) methyltransferase, in the development and progression of diabetic cataracts (DCs), as its underlying molecular mechanisms remain unknown.
METHODS: We evaluated m6A methylation levels in total RNA isolated from DC anterior capsule tissue and high glucose (HG)-induced human lens epithelial cells (HLECs) using m6A quantification and dot blot analysis. The expression levels of METTL16 in the anterior capsule tissue were detected using western blot analysis. Methylated RNA immunoprecipitation (
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aim: It remains a challenge to accurately identify malignancy of thyroid nodules when biopsy is indeterminate. The authors aimed to investigate the abnormal DNA methylation signatures in papillary thyroid cancer (PTC) compared with benign thyroid nodules (BTNs). Methods: The authors performed genome profiling by 850K array and RNA sequencing in early-stage PTC and BTN tissue samples. The identified gene was validated in two independent case-control studies using mass spectrometry. Results: Hypomethylation of RUNX1 in PTC was identified and verified (all odds ratios: ≥1.50). RUNX1 methylation a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report a female patient with a de novo deep intronic variant in NSD1 detected by whole genome sequencing (WGS). RNA-seq revealed the creation of a novel exon (exonization), and methylation analysis showed an episignature pattern overlapping with Sotos syndrome patients with well-established pathogenic NSD1 variants, confirming the diagnosis of Sotos syndrome. This patient reinforces the importance of WGS in cases with clear clinical phenotypes and the emerging role of methylation profiling as a diagnostic tool in individuals where conventional approaches failed.
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: Long noncoding RNAs serve critical regulatory functions highly specific for a tissue and its developmental stage. Antisense long ncRNA … d anatomical structure development were over represented. ALL classification schemes based on AS-lncRNA methylation can provide new insights into its pathogenesis and treatment.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
5-Methylcytosine (m5 C) is a prevalent RNA modification in messenger RNAs (mRNAs). Despite its abundance, its role in the decidua of pre-eclampsia (PE) remains elusive. In this study, we utilized methylated RNA immunoprecipitation sequencing (MeRIP-seq) and RNA-sequencing (RNA-seq) to map m5 C peaks and mRNA expression profile in the decidua of human early-onset PE (EPE), late-onset PE (LPE), and normal pregnancy (NP). Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway analyses elucidated potential roles of the differentially methylated mRNAs (DMGs) and differentially expressed
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Modified nucleotides are essential determinants of RNA function, and identifying the enzymes that install them is fundamental to understanding their cellular roles. Here, we show that the human RNA methyltransferase TRMT11 and its cofactor TRMT112 are imported into mitochondria via N-terminal targeting signals. Using a recently developed N2-methylguanosine (m2G)-sensitive DNAzyme, we demonstrate that TRMT11 catalytic activity and interaction with TRMT112 are required for installation of m2G at position 10 in 13 mitochondrial (mt-)tRNAs. The crosslinking profile of TRMT11 on mt-tRNAs experiment
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pyroptosis is a pathogenenic mechanism of polycystic ovary syndrome (PCOS). N5-methylcytosine (m5C) methylation is a RNA modification that affects the progression of diseases. However, its role in PCOS remains not understood. This study aimed to investigate the role of NSUN7 in PCOS, particularly its impact on pyroptosis. KGN cells were treated with LPS to establish a cell model, and pyroptosis was evaluated using enzyme-linked immunosorbent assay, flow cytometry, and western blotting. The effect of NSUN7 on the m5C modification of NLRP3 was assessed using methylated RNA immunoprecipitation, d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The N6 -methyladenosine (m6A) modification of HIV-1 has been widely studied but the number and precise positions of the m6A sites remain unclear due to the lack of precision of detection methods. Using the latest Nanopore chemistry and direct m6A base-calling, we identified 18 m6A: 14 at the 3' end and 4 in central regions of the genome. Our data reveal differential methylation of these positions between splicing isoforms. Eleven of these sites are clustered in two short segments with peak-shaped methylation profiles. Single-molecule analysis revealed that a very small number of transcripts we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The focus of this study is to profile changes in DNA methylation and small RNA expression occurring with increased age in almond breeding germplasm to identify possible biomarkers of age that can be used to assess the potential of individuals to develop aging-related disorders. To profile DNA methylation in almond germplasm, 70 methylomes were generated from almond individuals representing three age cohorts (11, 7, and 2 years old) using an enzymatic methyl-seq approach followed by analysis to call differentially methylated regions (DMRs) within these cohorts. Small RNA (sRNA) expression was p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methylation of flavivirus RNA is vital for its stability and translation in the infected host cell. This methylation is mediated by the flavivirus methyltransferase (MTase), which methylates the N7 and 2'-O positions of the viral RNA cap by using S-adenosyl-l-methionine (SAM) as a methyl donor. In this report, we demonstrate that SAM, in contrast to the reaction by-product S-adenosyl-l-homocysteine, which was assumed previously, is copurified with the Dengue (DNV) and West Nile virus MTases produced in Escherichia coli (E. coli). This endogenous SAM can be removed by denaturation and refolding
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent innovations in melanoma treatment with immune checkpoint blockade (ICB) have improved overall outcomes for patients; however, over 50% of patients still develop resistance to treatment. These patients either have intrinsic resistance and never respond to therapy or develop acquired resistance months or years into treatment. The mechanisms underlying ICB resistance remain poorly understood. Our data show that patients with isocitrate dehydrogenase gain-of-function (IDH GOF) mutant melanoma have a worse response to anti-PD1 immunotherapy. IDH mutations have been found to be oncogenic and
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related declines in insulin sensitivity and glucose metabolism contribute to metabolic disease. Despite the liver's central role in glucose homeostasis, a comprehensive phenotypic characterization and concurrent molecular analysis of insulin resistance and metabolic dysfunction in the aging liver is lacking. We characterized hepatic insulin resistance and mitochondrial metabolic defects through metabolic cage, hyperinsulinemic-euglycemic clamp, and tracer studies paired with transcriptomic and DNA methylation analyses in young and aged male mice. Aged mice exhibited benchmark measures of w
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To explore the potential involvement of m6A methylation in the neuroprotective mechanism of H2S against hippocampus neuronal apopto … s upregulated and Bax/Cleaved caspase-3 were downregulated). Furthermore, NaHS restored reduced m6A RNA methylation levels and corrected the disturbed expression of m6A-related enzymes (METTL3, METTL14, YTHDF1, YTHDF3, FTO, ALKBH5) in the hippocampus of aged rats with POCD.
CONCLUSION: H2S shows neuroprotective effects by mitigating hippocampal neuronal apoptosi …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We aimed to determine the effects of maternal nutrient restriction (MNR) on the DNA methylation and gene expression patterns associated with metabolism and immunopoiesis in the thymuses of fetal Wagyu cattle. Pregnant cows were allocated to two groups: a low-nutrition (LN; 60% nutritional requirement; n = 5) and a high-nutrition (HN; 120% nutritional requirement, n = 6) group, until 8.5 months of gestation. Whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) and RNA sequencing were used to analyze DNA methylation and gene expression, while capillary electrophoresis-Fourier transform mass spectrometry ass
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
m6A methylation modification is an important genetic modification involved in biological processes such as sexual maturation, antibacterial, and antiviral in aquatic animals. However, few studies have been conducted in aquatic animals on the relationship between m6A methylation modification and autophagy-inflammation induced by lipid metabolism disorders. In the present study, a high-fat (HF) group and HF-MLP group (1 g mulberry leaf polysaccharides (MLPs)/1 kg HF diet) were set up. The mid-hind intestines of Megalobrama amblycephala juveniles from the two groups were collected for MeRIP-seq a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Circular RNAs are enriched in cardiac tissue and play important roles in the pathogenesis of heart diseases. In this study, we aimed to investigate the regulatory mechanism of a conserved heart-enriched circRNA, circPan3, in cardiac hypertrophy.
METHODS: Cardiac hypertrophy was induced by isoproterenol. The progression of cardiomyocyte hypertrophy was assessed by sarcomere organization staining, cell surface area measurement, and expression levels of cardiac hypertrophy markers. RNA interactions were detected by RNA pull-down assays, and methylated RNA immunoprecipitation was used
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chondrocytes differentiated from mesenchymal stem cells play a role in determining skeletal patterns by ossification. However, the mechanism by which maintenance DNA methylation in chondrocytes regulates differentiation and skeletal formation is unclear. In the Musculoskeletal Knowledge Portal, Dnmt1 is significantly associated with Height. Long bones in Dnmt1-deficient (Dnmt1ΔPrx1) mouse limbs are significantly shortened due to decreased chondrocyte proliferation and accelerated differentiation. Integrated analysis of RNA-Seq and MBD-Seq reveals that reduced DNA methylation in Dnmt1ΔPrx1 chon
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA methylation plays a critical role in establishing and maintaining cellular identity. However, it is frequently dysregulated during tumor development and is closely intertwined with other genetic alterations. Here, we leveraged multi-omic profiling of 687 tumors and matched non-involved adjacent tissues from the kidney, brain, pancreas, lung, head and neck, and endometrium to identify aberrant methylation associated with RNA and protein abundance changes and build a Pan-Cancer catalog. We uncovered lineage-specific epigenetic drivers including hypomethylated FGFR2 in endometrial cancer. We
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования