Many cellular functions, including signaling and regulation, are carried out by intrinsically disordered proteins (IDPs) binding to their targets. Experimental and computational studies have now significantly advanced our understanding of these binding processes. In particular, IDPs that become structured upon binding typically follow a dock-and-coalesce mechanism, whereby the docking of one IDP segment initiates the process, followed by on-target coalescence of remaining IDP segments. Multiple dock-and-coalesce pathways may exist, but one may dominate, by relying on electrostatic attraction a
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leiomodins (Lmods) are a family of actin filament nucleators related to tropomodulins (Tmods), which are pointed end-capping proteins. Whereas Tmods have alternating tropomyosin- and actin-binding sites (TMBS1, ABS1, TMBS2, ABS2), Lmods lack TMBS2 and half of ABS1, and present a C-terminal extension containing a proline-rich domain and an actin-binding Wiskott-Aldrich syndrome protein homology 2 (WH2) domain that is absent in Tmods. Most of the nucleation activity of Lmods resides within a fragment encompassing ABS2 and the C-terminal extension. This fragment recruits actin monomers into a pol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetic variations of leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) are the major cause of dominantly inherited Parkinson disease (PD). LRRK2 protein contains seven predicted domains: a tandem Ras-like GTPase (ROC) domain and C-terminal of Roc (COR) domain, a protein kinase domain, and four repeat domains. PD-causative variations arise in all domains, suggesting that aberrant functioning of any domain can contribute to neurotoxic mechanisms of LRRK2. Determination of the three-dimensional structure of LRRK2 is one of the best avenues to decipher its neurotoxic mechanism. However, with the exception of
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most natively folded proteins exhibit a unique spatial structure, which undergoes functional motions ranging from picoseconds to seconds, governed by a hierarchically ordered, funnel-shaped free energy landscape. Intrinsically disordered proteins (IDPs) lack such a stable native structure, but undergo fast interconversions between many different structures. Accordingly, the underlying free energy landscape is assumed to be rather shallow and unstructured. However, although IDPs represent nearly one-third of the human proteome, their structural dynamics on timescales slower than nanoseconds rem
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Protein-protein interactions (PPIs) are fundamental aspects in understanding biological processes. Accurately predicting the effects of mutations on PPIs remains a critical requirement for drug design and disease mechanistic studies. Recently, deep learning models using protein 3D structures have become predominant for predicting mutation effects. However, significant challenges remain in practical applications, in part due to the considerable disparity in generalization capabilities between easy and hard mutations. Specifically, a hard mutation is defined as one with its maximum T
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dynein adaptors such as Bicaudal D2 (BicD2) recognize cargo for dynein-dependent transport, and cargo-bound adaptors are required to activate dynein for processive transport, but the mechanism of action is unknown. Here we report the X-ray structure of the cargo-binding domain of human BicD2 and investigate the structural dynamics of the coiled-coil. Our molecular dynamics simulations support the fact that BicD2 can switch from a homotypic coiled-coil registry, in which both helices of the homodimer are aligned, to an asymmetric registry, where a portion of one helix is vertically shifted, as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrinsically disordered protein domains not only are found in soluble proteins but also can be part of large protein complexes or protein aggregates. For example, several amyloid fibrils have intrinsically disordered domains framing a rigid β-sheet-rich core. These disordered domains can often be observed using solution NMR methods in combination with modest magic angle spinning and without perdeuteration. But how can these regions be detected using solution NMR methods when they are part of a fibril that is not tumbling isotropically in solution? Here we addressed this question by investigat
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intralumenal vesicle formation of the multivesicular body is a critical step in the delivery of endocytic cargoes to the lysosome for degradation. Endosomal sorting complex required for transport III (ESCRT-III) subunits polymerize on endosomal membranes to facilitate membrane budding away from the cytoplasm to generate these intralumenal vesicles. The ATPase Vps4 remodels and disassembles ESCRT-III, but the manner in which Vps4 activity is coordinated with ESCRT-III function remains unclear. Ist1 is structurally homologous to ESCRT-III subunits and has been reported to inhibit Vps4 function d
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nanoparticles entering biological fluids are rapidly coated by proteins and other biomolecules, converting their synthetic surfaces into biologically active nano-bio interfaces. These coronas regulate colloidal stability, immune recognition, cellular uptake, biodistribution, pharmacokinetics, cargo delivery, and toxicity. Yet a protein list obtained by mass spectrometry captures only part of this interface. Corona identity and function are also shaped by protein organization, binding stability, exchange dynamics, conformational changes, and molecular accessibility. Here, we discuss recent prog
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To valorize Pleurotus eryngii mycelium protein (PeMP) as a sustainable protein source, this study investigated the efficacy of ultrasound-assisted extraction (0-450 W) in simultaneously enhancing the extraction yield and modulating the physicochemical properties of PeMP. Results showed that ultrasound treatment at 150 W achieved a maximal extraction yield of 76.23%, significantly outperforming the alkali-soluble acid precipitation method. Structural characterization, including SDS-PAGE and LC-MS/MS, revealed that ultrasonic cavitation induced controlled protein unfolding without disrupting the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Type I enveloped viruses (such as HIV, coronavirus, influenza virus, etc.) have caused significant public health events globally, including AIDS, influenza pandemics, and the recent COVID-19 pandemic, which are characterized by rapid transmission, high pathogenicity, and frequent mutations, posing a serious threat to human health. These viruses are mediated by fusion proteins at the early stage for infecting host cells, and the six-helix bundle (6-HB) formed by fusion protein conformational change is the crucial structure for viral membrane fusion and the target for fusion inhibitors. Smal…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neutralizing antibodies have been designed to specifically target and bind to the receptor binding domain (RBD) of spike (S) protein to block severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus from attaching to angiotensin converting enzyme 2 (ACE2). This study reports a distinctive nanobody, designated as VHH21, that directly catalyzes the S-trimer into an irreversible transition state through postfusion conformational changes. Derived from camels immunized with multiple antigens, a set of nanobodies with high affinity for the S1 protein displays abilities to neutralize pseudo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
EF-hand proteins, which contain a Ca2+-binding EF-hand motif, are involved in regulating diverse cellular functions. Ca2+ binding induces conformational changes that modulate the activities of EF-hand proteins. Moreover, these proteins occasionally modify their activities by coordinating metals other than Ca2+, including Mg2+, Pb2+ and Zn2+, within their EF-hands. EFhd1 and EFhd2 are homologous EF-hand proteins with similar structures. Although separately localized within cells, both are actin-binding proteins that modulate F-actin rearrangement through Ca2+-independent actin-binding and Ca2+-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One protein so identified was the tropomyosin-receptor kinase-fused gene protein (TRK-fused gene protein or TFG). Mutations in TFG are associated with degenerative neurological conditions. Here, we present experimental evidence that confirms our prediction that these conditions are amyloid-related. We find that the low-complexity domain of TFG containing the disease-related mutations G269V or P285L forms
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monkeypox is a serious public health issue in tropical and subtropical areas. Antivirals that target monkeypox proteins might lead to more effective and efficient therapy. The F13 protein is essential for the growth and maturation of the monkeypox virus. F13 inhibition might be a viable therapeutic target for monkeypox. The in silico fragment-based drug discovery method for developing antivirals may provide novel therapeutic options. In this study, we generated 800 compounds based on tecovirimat, an FDA-approved drug that is efficacious at nanomolar quantities against monkeypox. These compound
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apolipoprotein A-I (ApoA-I) amyloidosis is a rare protein misfolding disease where fibrils of the N-terminal domain of the protein accumulat … reflecting their tissue accumulation pattern in vivo. While the binding did not to appear to affect protein conformations in solution, extended incubation of the amyloidogenic variants in the presence of different ECM components resulted in different aggregation propensity and aggregation patterns.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rise in the incidence of COVID-19 as a result of SARS-CoV-2 infection has threatened public health globally. Till now, there have been no proper prophylactics available to fight COVID-19, necessitating the advancement and evolution of effective curative against SARS-CoV-2. This study aimed at the nonstructural protein 13 (nsp13) helicase as a promising target for drug development against COVID-19. A unique collection of nucleoside analogs was screened against the SARS-CoV-2 helicase protein, for which a molecular docking experiment was executed to depict the selected ligand's binding affin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Advances in genomics have facilitated the discovery of monogenic disorders in patients with unique gastro-intestinal phenotypes. Syndromic diarrhea, also called tricho-hepato-enteric (THE) syndrome, results from deleterious mutations in SKIV2L or TTC37 genes. The main features of this disorder are intractable diarrhea, abnormal hair, facial dysmorphism, immunodeficiency and liver disease.
AIM: To report on a patient with THE syndrome and present the genetic analysis that facilitated diagnosis.
METHODS: Whole-exome sequencing (WES) was performed in a 4-month-old female with histor
Клинический случайСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The glucocorticoid receptors (GR) are members of the nuclear receptor superfamily that regulate growth, development, and many of the biological functions, including metabolism and inflammation, in a ligand dependent behavior. Thus, GRs are vital as therapeutic targets with steroid hormones and steroidal analogues, especially including the glucocorticoids. Studying the molecular mechanism of binding between GR and ligands is fundamentally important to develop applications in the pharmacological industry. The present study was carried out via molecular docking and molecular dynamic (MD) simulati
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Latent TGF-β-binding protein-2 (LTBP-2) is an extracellular matrix protein associated with microfibrils. Homozygous mutations in LTBP2 have been found in humans with genetic eye diseases such as congenital glaucoma and microspherophakia, indicating a critical role of the protein in eye development, although the function of LTBP-2 in vivo has not been well understood. In this study, we explore the in vivo function of LTBP-2 by generating Ltbp2(-/-) mice. Ltbp2(-/-) mice survived to adulthood but developed lens luxation caused by compromised ciliary zonule formation without a typical phenotype r
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования