Bacteriophages have gained renewed attention as antibacterial agents because they inhibit bacteria through mechanisms distinct from those of antibiotics. However, the practical use of natural phages remains limited by their narrow host range and reduced activity in complex environments. Although phages are abundant in nature, the isolation and screening of phages with properties suited to specific applications can be time-consuming and labor-intensive. Phage engineering offers a means to overcome these limitations by modifying natural phage properties and introducing defined functions. Advance
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biofouling, the accumulation of unwanted organisms on submerged assets, presents an ongoing challenge within the maritime industry. Conventi … harvested biofilms were obtained via 16S amplicon sequencing of the V4 and V5 regions. To elucidate genomics information about specific bacteria, primary bacterial colonizers were isolated on marine agar plates and identified through 16S amplicon sequencing and whole genome sequencing. The isolates were subsequently assessed for copper tolerance using copp …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromohalobacter marismortui DSM 6770T is a moderately halophilic bacterium isolated from the Dead Sea in 1940. The C. marismortui DSM 6770T draft genome is 3.55 Mbp, has 3,333 predicted genes, and includes a complete biosynthetic gene cluster for the production of the commercially significant osmoprotectant metabolites ectoine and 5-hydroxyectoine.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atopic dermatitis (AD) is a chronic inflammatory skin disease characterized by heterogeneous pathophysiology and considerable interindividual variability in clinical manifestations. Due to this diversity, multiple diagnostic criteria have been established for AD. Variability in these criteria can substantially affect diagnostic accuracy and, consequently, the outcomes of genome-wide association studies (GWAS), whose reliance on this diagnosis variability has not been thoroughly examined. In this study, we conducted GWAS of AD using two diagnostic definitions within the same cohort: self-report
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adaptive radiations provide powerful models to study the origins of phenotypic novelty and species diversity. Darwin's finches constitute a classic example of adaptive radiation, in which beak morphology is a key trait related to fitness. Here, we focus on Camarhynchus tree finches by analyzing whole genomes in combination with morphological data to revisit long-standing questions regarding their origins raised before genetic evidence became available. Camarhynchus diversified over the last 100,000 years, yielding some striking morphological differences despite shallow genetic divergence. We i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cyanobacteria, as photosynthetic microorganisms, are emerging as a significant source of bioactive peptides with tremendous therapeutic pote … tanding of biosynthetic gene clusters and biochemical scaffold prediction. Furthermore, integrating genomics with transcriptomics, proteomics, and metabolomics is crucial for linking orphan gene clusters to their corresponding products and prioritizing underexplored pathways for validation. While significant advancements have been made, challenges remain i …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alterations in the mitochondrial genome integrity, including changes in mitochondrial DNA copy number (mtDNA-CN) and accumulation of mtDNA mutations, are associated with aging and diverse disorders, often linked to underlying systemic inflammation and metabolic stress. In sickle cell disease (SCD), inflammation drives the pathology, resulting in organ damage and early mortality. The prognostic role of mitochondrial genomic variation in SCD is largely unexplored. This study investigated whole blood-derived mtDNA alterations, including mtDNA-CN and mtDNA mutations, in adults with SCD, sickle tra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Lyme disease spirochete, Borrelia burgdorferi, maintains a low burden during vertebrate infection. This limitation has historically proven to be particularly challenging for genome-based studies of B. burgdorferi infection and spirochete presence after antibiotic treatment. Here, we used TBDCapSeq, an oligo capture-based next- generation sequencing assay, to demonstrate its utility for genome recovery of B. burgdorferi directly from C3H- and BALB/c-infected mice. Tissue fragments from the ear, heart, tarsus, and infection-site skin were collected at 3 and 6 months post-tick infection from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Lifelong genomic medicine, in which stored genomic data informs a lifetime of care, is moving from vision toward reality, with dozens of newborn sequencing projects underway worldwide and reanalysis of data already in clinical practice. Professional perspectives on its value and feasibility have not been examined.
METHODS: We conducted and thematically analyzed semi-structured interviews with 52 US-based professionals, including clinical geneticists, genetic counselors, primary care clinicians, laboratory personnel, and genomic screening implementers. Interviews explored deliver
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Cancer Dependency map project (DepMap) has created an unprecedented resource of siRNA and CRISPR genetic screens across more than 1000 cell line models. Numerous computational tools have been developed to analyze DepMap outputs and have revealed new genetic dependencies relevant to cancer. Here we extracted correlation information from the DepMap using curated gene sets of biological pathways to determine if this approach could reveal new high confidence candidates. Beginning with a set of curated DNA repair proteins we determined correlations of query gene knockout fitness across all DepM
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Retrotransposons comprise approximately 42% of the human genome and contribute to genomic diversity. Their improper regulation leads to genomic instability and, potentially, cancer. The Human Silencing Hub (HUSH) complex plays a significant role in silencing the genome via epigenetic regulation, specifically through H3K9me3 deposition. Its current identified function is to maintain the genomic stability; however, there is still ambiguity and further study is required about the exact mechanism by which the HUSH complex controls the retrotransposon activity and how its dysfunction contributes to
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prime editing (PE) enables precise genome modifications without double-strand breaks, yet its application in large mammals has been hindered by low efficiency and the technical bottlenecks of zygote microinjection. This study aimed to establish a scalable PE platform in sheep via the direct electroporation of a PE3 RNP formulation comprising PE2 protein, an epegRNA, and a nicking sgRNA into zygotes. We first validated functional PE2 protein and screened highly efficient enhanced pegRNAs (epegRNAs) targeting two high-value traits, including short-tail (TBXT) and prolificacy (FecB), in primary s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic surveillance has become a cornerstone of epidemic response, yet translating the large phylogenies generated by modern sequencing efforts into actionable regional epidemic intelligence remains beyond the reach of most public health systems. Existing phylogeographic methods are too computationally demanding for routine deployment, creating a bottleneck between genomic data generation and epidemiological insight. Here, we introduce STEPHY, a readily deployable graph neural inference toolkit that enables rapid estimation of regional epidemic dynamics directly from large viral phylogenies.
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cardiometabolic diseases (CMDs) are multifactorial disorders influenced by numerous genetic variants and their complex interactions. Although recent studies have advanced the understanding of genetic risk prediction, current approaches predominantly rely on linear models that may not fully capture the complex, nonlinear relationships between genetic factors. Here, we present DeepGP (Deep learning-based Genome-wide Predictor), a novel multimodal deep learning framework that incorporates bidirectional state space models to predict CMD risk using genome-wide variants and demographic data. We cond
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a genome assembly of Veronica arvensis (wall speedwell; Streptophyta; Magnoliopsida; Lamiales; Plantaginaceae). The assembly consists of two haplotypes with total lengths of 368.79 megabases and 369.14 megabases. Most of the haplotype 1 assembly (99.61%) was scaffolded into eight chromosomal pseudomolecules. Haplotype 2 was assembled to scaffold level. The mitochondrial genome assembly has a length of 280.62 kilobases and the plastid genome assembly has a length of 149.37 kilobases. Gene annotation of the haplotype 1 assembly by Ensembl identified 23,864 protein-coding genes. This a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Centromeres are specialized chromosomal regions essential for faithful chromosome segregation and genome stability. Their highly repetitive DNA composition and epigenetically defined chromatin state present significant challenges for genome-wide profiling approaches such as chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq). Standard ChIP-seq workflows often perform poorly at centromeric regions, resulting in low signal-to-noise ratios and limited reproducibility. This article describes a ChIP-seq protocol optimized to enrich for and analyze centromeric chromatin from cell lines.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Balancing selection refers to scenarios where selection maintains genetic polymorphisms affecting fitness and its components. Empirical studies have documented specific cases of balancing selection, yet the general prevalence of balanced polymorphisms within genomes remains a topic of longstanding debate. Although genome-wide scans for signals of balancing selection suggest that it is rare, current methods are notoriously conservative and may identify only a small and unrepresentative fraction of loci evolving under balancing selection. What, then, are the proportions of loci under balancing s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Primates constitute one of the most phylogenetically and ecologically diverse eutherian mammalian orders and have a central role in advancing our knowledge of human evolution, speciation processes, and conservation biology. Although thousands of whole-genome sequences are available across many primate taxa, discrepancies in data processing-particularly the lack of ploidy-aware variant calling in sex-linked regions-have limited the utility of existing datasets for large-scale comparative analyses.
RESULTS: Here, we use publicly available short-read sequencing data from non-human pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования