Recombination is a primary driver of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) evolution. Currently, lineage 1 NADC30-like virus (L1C) and lineage 8 HP-PRRSV (L8E) recombinants dominate in China, whereas recombinants harboring the lineage five backbone are infrequently detected. To elucidate the mechanisms underlying this disparity, we investigated the interplay between recombination frequency, viral fitness, and strain-specific phenotypes using co-infection models. Next-generation sequencing (NGS) revealed that the lineage 5 replicase is prone to template switching, generati
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To evaluate the diagnostic performance of metagenomic next-generation sequencing (mNGS) versus microbial culture in primary osteoarticular infection (POI) and iatrogenic osteoarticular infection (IOI), and to analyze pathogen spectrum differences and clinical implications.
METHODS: Ninety-two patients with confirmed osteoarticular infection (POI, n = 42; IOI, n = 50) were retrospectively analyzed. All specimens were tested using both mNGS and conventional culture. The pathogen detection rates, pathogen spectrum composition, detection of mixed infections, and concordance of results
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Neuroendocrine neoplasms (NENs) are increasingly recognized to have a hereditary predilection, yet the prevalence and clinical relevance of pathogenic germline variants (PGVs) in unselected patients with NEN remain poorly defined. This prospective, multicenter study aimed to evaluate the prevalence and clinical utility of PGVs through universal multigene panel testing in a diverse cohort of patients with NENs.
PATIENTS AND METHODS: Between 2018 and 2024, we enrolled unselected patients with NENs from 3 Mayo Clinic Cancer Centers. Germline genetic testing was performed using a next-ge
СтатьяМногоцентровое исследованиеНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Classical Hodgkin lymphoma (cHL) diagnosis occasionally requires clonality assessment. However, the paucity of neoplastic Hodgkin and Reed-Sternberg cells among abundant reactive elements dramatically reduces the sensitivity of standard polymerase chain reaction (PCR)-based BIOMED-2/EuroClonality protocols, which fail to detect clonality in approximately one-third of cases. Next-generation sequencing (NGS)-based approaches have been proposed to overcome this limitation, but their performance in routine diagnostics for cHL remains insufficiently evaluated. We analyzed seven cHL cases and five f
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Aortic stenosis (AS) is a common cardiovascular condition marked by progressive narrowing of the aortic valve and is associated with substantial morbidity and mortality. Although its clinical impact is well recognized, the molecular mechanisms driving AS progression remain incompletely defined, particularly with regard to the contributions of non-coding RNAs and immune–metabolic interactions. METHODS: High-throughput RNA sequencing combined with integrative bioinformatics analyses was performed on human aortic valve tissues from patients with AS to identify differentially expressed
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systemic sclerosis (SSc) is an autoimmune disorder marked by fibrosis of the skin and internal organs, with B cells increasingly recognized as key players in its pathogenesis. However, the characteristics of the B cell receptor (BCR) repertoire in SSc remain insufficiently defined. In this study, we performed high-throughput sequencing of immunoglobulin heavy chain genes in 15 female anti-centromere antibody (ACA)-positive SSc patients and five age-matched healthy female controls to explore disease-specific repertoire biases. A total of 2,597,460 in-frame sequence reads and 384,111 unique read
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Feline rickettsia pneumonia is a rare lung disease caused by feline R. felis infection, which is mainly transmitted by feline fleas. A 57-year-old male patient was hospitalized with pain in the back of the sternum. Chest CT showed bilateral diffuse interstitial lung disease with multiple nodules. After the empirical anti-infection treatment was ineffective, the second-generation meta-genome sequencing (mNGS) of bronchoalveolar lavage (BALF) was diagnosed as feline rickettsia infection. In terms of treatment, inject tegacycline intravenously and then sequentially take minocycline. The patient's
Клинический случайСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Malignant effusions in breast cancer are a minimally invasive source for molecular profiling. Effusion-derived cytology specimens, cell blocks (CB) and post-ThinPrep PreservCyt (PTPC) supernatant, are reliable sources for molecular testing but differ in DNA concentration and turnaround time (TAT). This study evaluates mutational profiles, cytology characteristics, and clinical correlates to assess the utility of effusion-based molecular testing in breast cancer.
METHODS: The authors screened 2400 malignant effusion cases, identifying 22 cases of breast adenocarcinoma effusions tha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Short stature is a frequent reason for referral to pediatric endocrinology clinics, and its underlying cause often remains unclear. This study aimed to determine the diagnostic yield of targeted next-generation sequencing (NGS) and to evaluate genotype-phenotype correlations in children with short stature.
METHODS: This retrospective observational study included 64 children (37 males, 27 females) with short stature (height < -2 SDS) who underwent targeted NGS using a 185-gene panel. Patients were divided into two groups: those with pathogenic or likely pathogenic variants and all
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The clinical utility of measurable residual disease monitoring based on next-generation sequencing in T-cell acute lymphoblastic leukemia remains incompletely defined. Here we show the prognostic value of tracking clonal T-cell receptor gene rearrangements by next-generation sequencing in pediatric patients with T-cell acute lymphoblastic leukemia. Among the 101 patients with trackable clones, measurable residual disease levels at the end of consolidation strongly stratify 4-year event-free survival: 81.6% ± 5.6% for disease levels below 0.0001%, 61.9% ± 11.8% for 0.0001-0.1%, and 45.1% ± 12.1
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Trematode parasites, or flukes, are a significant economic threat to ruminant production worldwide. Traditional diagnostic methods rely on egg sedimentation from faeces, a time-consuming methodology lacking sensitivity and specificity. This study aimed to develop and validate two detection methods: firstly, qPCR for accurate identification of Fasciola spp., and secondly, a deep amplicon sequencing technique for identifying fluke species using faecal sedimented egg DNA.
METHODOLOGY: To detect Fasciola spp., infection, primers targeting mitochondrial DNA were repurposed to develop a
СтатьяОценочное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND AIMS: Hepatitis B virus (HBV) replication generates a double-stranded linear DNA (dslDNA) byproduct. This dslDNA can undergo intermolecular and intramolecular nonhomologous end-joining (NHEJ) recombination, resulting in viral integration and dslDNA-derived covalently closed circular DNAs (dsl-cccDNAs), respectively. The insertions and deletions (INDELs) at the end-joining site have been used to differentiate dsl-cccDNA from the authentic cccDNA. The prevalence and characteristics of dsl-cccDNA in chronic hepatitis B (CHB) patients remain unclear.
APPROACH AND RESULTS: HBV-targe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Monitoring HIV-1 subtype circulation and transmitted drug resistance (TDR) remains a key priority, particularly since the rollout of high-sensitivity next-generation sequencing (NGS).
METHODS: Routine plasma HIV-1 RNA NGS genotyping data were collected from newly diagnosed individuals in Italy over 2022-24. HIV-1 TDR and genotypic susceptibility were evaluated through HIVdb with NGS set at 10% and 20%. Subtype and transmission clusters (TC) were determined through the maximum likelihood phylogeny based on the GTR + F + R9 model.
RESULTS: Seven hundred and forty-two individuals we
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pulmonary nocardiosis presents a diagnostic challenge due to its frequent mimicry of lung cancer on imaging and the low sensitivity of conventional cultures. We report a case initially misdiagnosed as malignancy in an immunocompetent host, where metagenomic next-generation sequencing (mNGS) provided a definitive diagnosis and revealed a concurrent pulmonary embolism, suggesting a potential underrecognized association.
CASE PRESENTATION: This report describes a case of PN in an immunocompetent patient who was initially misdiagnosed with lung cancer based on imaging findings but lat
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) has high morbidity and mortality rates, and drug-resistant strains pose an increasing challenge. Traditional methods for detecting the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) are insufficient for rapid clinical diagnosis. This prospective study compared the diagnostic efficacy of targeted next-generation sequencing (tNGS), metagenomic next-generation sequencing (mNGS), and Xpert MTB/RIF using bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples from 121 patients with suspected pulmonary TB. Against the reference standard of mycobacterial culture, tNGS demonstrated the highest sensit
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) remains one of the most significant infectious diseases globally, particularly affecting low- and middle-income countries, including Mexico. Its persistence is driven, among other factors, by the emergence of drug-resistant strains and the complex genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis (M.tb). Accurate identification and molecular characterization of circulating strains are essential for understanding transmission dynamics and guiding public health interventions. In this study, we employed Deeplex Myc-TB to analyze 143 samples from Mexico of Mycobacterium tuberculosi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Fluoroquinolones (FQs) are a cornerstone of modern multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) treatment, particularly within the WHO-recommended all-oral BPaLM regimen. The emergence of FQ-resistant Mycobacterium tuberculosis (MTB) poses a critical threat to these life-saving therapies. While the global proportion of FQ resistance among MDR/RR-TB cases is estimated at 19%, phenotypic and molecular data from low-incidence countries in Central and Eastern Europe remain limited. This study aimed to comprehensively assess the FQ resistance profile of MDR/RR-TB strains isolated in Poland
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study aimed to evaluate the efficacy of a single-test, targeted DNA next-generation sequencing (NGS) panel in classifying endometrial carcinoma (EC) into molecular subtypes and to compare its performance with that of the established Sanger sequencing + immunohistochemistry (Sanger + IHC) molecular classification.
METHODS: Targeted DNA NGS was performed on 131 samples using the clinically validated AmoyDx® Comprehensive Panel, and a commercially available targeted AmoyDx EC Panel covering POLE, TP53, and MSI was used for 63 samples.
RESULTS: The concordance between the NGS an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pediatric testicular and ovarian germ cell tumors generally have favorable outcomes, but a subset of patients experience relapse, progression, or persistent disease. Conventional risk assessment is based primarily on stage, histology, primary site, serum tumor markers, and treatment response; the incremental prognostic value of genomic profiling remains uncertain.
METHODS: This retrospective molecular clinicopathological study included 72 patients younger than 18 years with primary testicular or ovarian germ cell tumors diagnosed from January 2014 to December 2023. Pretreatment fo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Precision oncology requires diagnostic sampling that delivers molecularly actionable material quickly and safely. In non-small cell lung cancer (NSCLC), core-needle biopsy (CNB) remains common. Yet fine-needle aspiration (FNA) has re-emerged with rapid on-site evaluation (ROSE), optimized cell blocks, and next-generation sequencing. The objective of this study was to compare the economic costs of FNA versus CNB with respect to an FNA-first with predefined CNB escalation strategy for NSCLC clinical pathways.
METHOD: The authors synthesized evidence on diagnostic adequacy, complicat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования