Nowadays several advanced molecular techniques are applied for quantifying bacteria involved in contaminant degradation processes. However, despite the fact that significant efforts have been taken to make these tools more reliable and specific, their application for the analysis of field samples is hardly ever applied. In this study, a combination of three methods (CARD-FISH, qPCR and RT-qPCR) was successfully applied to evaluate the distribution and the activity of known chlorinated solvent dechlorinating bacteria in a contaminated site where no remedial actions have been undertaken. CAtalys
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present here the characterization of a new gene family, awr, found in all sequenced Ralstonia solanacearum strains and in other bacterial pathogens. We demonstrate that the five paralogues in strain GMI1000 encode type III-secreted effectors and that deletion of all awr genes severely impairs its capacity to multiply in natural host plants. Complementation studies show that the AWR (alanine-tryptophan-arginine tryad) effectors display some functional redundancy, although AWR2 is the major contributor to virulence. In contrast, the strain devoid of all awr genes (Δawr1-5) exhibits enhanced p
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Yersinia pestis, the causative agent of plague, evolved from the gastrointestinal pathogen Yersinia pseudotuberculosis. Both species have numerous type Va autotransporters, most of which appear to be highly conserved. In Y. pestis CO92, the autotransporter genes yapK and yapJ share a high level of sequence identity. By comparing yapK and yapJ to three homologous genes in Y. pseudotuberculosis IP32953 (YPTB0365, YPTB3285, and YPTB3286), we show that yapK is conserved in Y. pseudotuberculosis, while yapJ is unique to Y. pestis. All of these autotransporters exhibit >96% identity in the C terminu
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The virulence factors of Burkholderia pseudomallei, the causative agent of melioidosis, are not fully understood. We have identified a gene with homology to the Salmonella typhimurium mouse virulence gene, mviN, a member of the mouse virulence factor family. Expression studies with an insertional mutant containing a lux operon demonstrated that the expression of the gene is influenced by free-iron availability in the media and by growth phase. The mutant displayed an increased LD50 value in the hamster infection model and a loss of the ability to invade human lung epithelial cells. The mutant
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Targeting autoinducer-2 (AI-2) quorum sensing (QS) systems with dietary compounds represents a promising strategy to combat pathogens, yet mechanisms remain elusive. Here, we develop a machine learning-driven framework combining computational screening with multi-level experimental analysis to identify AI-2 quorum sensing interference molecules (QSIMs). A graph neural network (GNN)-based classifier (AI2IMpred) screens over 7000 phytochemicals and identifies dietary polyphenols as potent QSIMs. Using Salmonella Typhimurium LT2 as a model, we demonstrate that 17 polyphenols, including pterostilb
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clostridioides difficile is an important nosocomial pathogen and is the major cause of antibiotic-associated diarrhea and colitis. CodY is a global transcriptional regulator that coordinates metabolism and virulence in Gram-positive pathogens by sensing branched-chain amino acids and GTP. In C. difficile, CodY represses toxin production by inhibiting transcription of tcdR and by influencing c-di-GMP turnover. Here, we characterized two naturally occurring CodY variants, CodY(Y146N) and CodY(V58A), whose substitutions lie near the GTP- and ILV-binding sites, respectively. GTP-binding by CodY(Y1
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The evidence of an association between diabetes and latent tuberculosis infection (LTBI) remains limited and inconsistent. Thus, the study aims to delineate the role of diabetes in activation of latent tuberculosis infection. Murine model of latent tuberculosis and diabetes was developed, bacillary load and gene expression of resuscitation promoting factors (rpfA-E) along with histopathological changes in the lungs and spleen were studied. Treatment for LTBI [Rifampicin (RIF) + Isoniazid (INH)] was also given to latently infected mice with or without diabetes for 4 weeks. Diabetes was found to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ETHNOPHARMACOLOGICAL RELEVANCE: Zingiber officinale Roscoe has been utilized traditionally to cure various diseases like cold, cough, diarrhoea, nausea, asthma, vomiting, toothache, stomach upset, respiratory disorders, joint pain, and throat infection. It is also consumed as spices and ginger tea.
AIM OF THE STUDY: The current study was aimed to identify the phytocompounds of traditional medicinal plants of North-Western Himalaya that could inhibit the AcrAB-TolC efflux pump activity of Salmonella typhimurium and become sensitive to antibiotic killing at reduced dosage.
MATERIAL AND METHODS
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possesses a two-component regulatory system, DosRST, that enables Mtb to sense host immune cues and establish a state of nonreplicating persistence (NRP). NRP bacteria are tolerant to several antimycobacterial drugs in vitro and are thought to play a role in the long course of tuberculosis therapy. Previously, we reported the discovery of six novel chemical inhibitors of DosRST, named HC101A-106A, from a whole cell, reporter-based phenotypic high throughput screen. Here, we report functional and mechanism of action studies of HC104A and HC106A. RNaseq transcrip
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The enteropathogen Yersinia pseudotuberculosis and the related plague agent Y. pestis require the Ysc type III secretion system (T3SS) to subvert phagocyte defense mechanisms and cause disease. Yet type III secretion (T3S) in Yersinia induces growth arrest and innate immune recognition, necessitating tight regulation of the T3SS. Here we show that Y. pseudotuberculosis T3SS expression is kept low under anaerobic, iron-rich conditions, such as those found in the intestinal lumen where the Yersinia T3SS is not required for growth. In contrast, the Yersinia T3SS is expressed under aerobic or anae
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent evidence has implicated single-stranded DNA-binding protein (SSB) expression level as an important factor in microbial radiation resistance. The genome of the extremely radiation resistant bacterium Deinococcus radiodurans contains genes for two SSB homologs: the homodimeric, canonical Ssb, encoded by the gene ssb, and a novel pentameric protein encoded by the gene ddrB. ddrB is highly induced upon exposure to radiation, and deletions result in decreased radiation-resistance, suggesting an integral role of the protein in the extreme resistance exhibited by this organism. Although expres
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of resistance to antipseudomonal penicillins and cephalosporins mediated by the chromosomal ampC gene in Pseudomonas aeruginosa is of clinical importance. We isolated piperacillin-resistant mutants derived from P. aeruginosa PAO1 and analyzed two mutants that had an insertion in mpl and nuoN. One mutant, YT1677, was resistant to piperacillin and ceftazidime and had an insertion in mpl, which encodes UDP-N-acetylmuramate:l-alanyl-γ-d-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase. The other mutant, YT7988, showed increased MICs of piperacillin, ceftazidime, cefepime, and cefoperazone, and
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To resist to β-lactam antibiotics Eubacteria either constitutively synthesize a β-lactamase or a low affinity penicillin-binding protein target, or induce its synthesis in response to the presence of antibiotic outside the cell. In Bacillus licheniformis and Staphylococcus aureus, a membrane-bound penicillin receptor (BlaR/MecR) detects the presence of β-lactam and launches a cytoplasmic signal leading to the inactivation of BlaI/MecI repressor, and the synthesis of a β-lactamase or a low affinity target. We identified a dipeptide, resulting from the peptidoglycan turnover and present in bacte
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A potential role of group IIC-attC introns in integron gene cassette formation, that is, the way in which they could provide the attC sequence essential for recombination, has been proposed. Group IIC introns usually target the attC site of gene cassettes and more specifically their inverse core. Here we characterized a novel group IIC intron targeting the core site of the aadA1 gene cassette attC site (aadA1-qacEΔ1 gene cassette junction) from enterobacterial isolates. Intron mobility (retrohoming) was analyzed using a two-plasmid assay performed in Escherichia coli. Intron mobility assays co
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycoplasma pneumoniae causes acute and chronic respiratory infections, including tracheobronchitis and community acquired pneumonia, and is linked to asthma and an array of extra-pulmonary disorders. Recently, we identified an ADP-ribosylating and vacuolating toxin of M. pneumoniae, designated Community Acquired Respiratory Distress Syndrome (CARDS) toxin. In this study we analysed CARDS toxin gene (annotated mpn372) transcription and identified its promoter. We also compared CARDS toxin mRNA and protein profiles in M. pneumoniae during distinct in vitro growth phases. CARDS toxin mRNA express
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Recombinant forms of Neisseria meningitidis human factor H binding protein (fHBP) are undergoing clinical trials in candidate vaccines against invasive meningococcal serogroup B disease. We report an extensive survey and phylogenetic analysis of the diversity of fhbp genes and predicted protein sequences in invasive clinical isolates obtained in the period 2000-2006.
METHODS: Nucleotide sequences of fhbp genes were obtained from 1837 invasive N. meningitidis serogroup B (MnB) strains from the United States, Europe, New Zealand, and South Africa. Multilocus sequence typing (MLST) a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Legionella pneumophila, the major causative agent of Legionnaires' disease, is a facultative intracellular pathogen that grows within human macrophages and amoebae. Intracellular growth involves the formation of a replicative phagosome that requires the Icm/Dot type IV secretion system. Part of the icm/dot region in L. pneumophila contains the icmTSRQPO genes. The proteins encoded by the icmR and icmQ genes were shown to exhibit a chaperone-substrate relationship. Analysis of this region from other pathogenic Legionella species, i.e., L. micdadei and L. longbeachae, indicated that the overall
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' disease, replicates as an intracellular parasite of amoebae and persists in the environment as a free-living microbe. Here we have analyzed the complete genome sequences of L. pneumophila Paris (3,503,610 bp, 3,077 genes), an endemic strain that is predominant in France, and Lens (3,345,687 bp, 2,932 genes), an epidemic strain responsible for a major outbreak of disease in France. The L. pneumophila genomes show marked plasticity, with three different plasmids and with about 13% of the sequence differing between the two strains. Only
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The SaeRS two-component system is a major virulence regulator in Staphylococcus aureus, and its sensor kinase SaeS represents a potential target for small-molecule intervention.
METHODS: In this study, we constructed a library of 1,093 compounds from PubChem and carried out structure-guided virtual screening against the SaeS kinase domain. This approach identified an amide-based candidate, designated Saeamid-1. Molecular docking and molecular dynamics simulations supported stable binding of Saeamid-1 within the nucleotide-binding region of SaeS, with a docking score of -9.884 kcal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования