Short tandem repeats (STRs), or microsatellites, are highly mutable genomic elements that modulate gene regulations and are implicated in a range of human diseases. However, detecting mosaic STR mutations at single-cell resolution remains challenging due to both technical and biological complexities. To address this, we developed BayesMonSTR, a robust algorithm that enables accurate detection of mosaic STR mutations. Using this tool in single-cell analysis of human tissues, we reveal an accumulation of longer mosaic STR insertions and deletions (indels) in aging mitotic and post-mitotic cells.
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Members of the class Clostridia, a polyphyletic group of pathogenic and beneficial Gram-positive, spore-forming anaerobes in the Bacillota (Firmicutes) phylum, are prevalent in the human gut. While this class includes select pathogens known to cause disease, many species are associated with beneficial functions, such as providing colonization resistance against pathogens. Despite a demonstrated value in maintaining Clostridial populations in the gut, functional strain diversity of most commensal Clostridial species remains understudied. Here, we isolated and characterized Clostridial isolates,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome aneuploidy, characterized by copy number variations (CNVs), profoundly alters gene expression in cancer through direct gene dosage effects and indirect compensatory regulatory mechanisms. However, existing differential gene expression (DGE) testing methods do not differentiate between these mechanisms, conflating all expression changes, limiting biological interpretability and obscuring key genes involved in tumor progression. To address this, we developed DeConveil, a computational framework that extends traditional DGE analysis by integrating CNV data. Using a generalized linear model
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dung beetles (Coleoptera: Scarabaeinae) are ecologically important insects, yet genomic resources for this diverse lineage remain limited. Here, we present a high-quality genome assembly for Onthophagus orpheus, an understudied species that is abundant in urban forests in the eastern United States. The assembled genome is a scaffold-level assembly, with a high degree of genic completeness as assessed by Benchmarking Universal Single-Copy Ortholog (BUSCO) analyses, indicating robust representation of conserved protein-coding genes. Structural and functional annotation recovered a comprehensive
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sweet sorghum is one of the important crops that has been widely reported to be recalcitrant to genetic manipulation endeavors. It can serve as biofuel, food, and food per production systems toward energy sources as well as human and animal sustenance. To deploy biotechnology tools in advancement of this crop of such agronomic importance, genetic and molecular investigation for understanding is necessary. Underdeveloped cell walls are a significant physiochemical state for microspores per their developmental stages, which makes it ideal for DNA isolation, being readily lysed as natural protopl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Genetic disorders are major causes of morbidity and mortality in neonatal intensive care units (NICUs), yet traditional tests like karyotyping and chromosomal microarray (CMA) often fail to provide a diagnosis, resulting in a "diagnostic odyssey". Trio whole-genome sequencing (WGS) has emerged as a comprehensive tool capable of detecting a wide range of variants beyond protein-coding regions, potentially offering higher diagnostic yields and rapid, actionable results for critical care management.
METHODS: This prospective study evaluated 16 neonates with multiple congenital anom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Piscirickettsia salmonis, the etiological agent of piscirickettsiosis, represents the main health challenge for Chilean salmon farming and a … enogroup) as representatives of the two most prevalent genogroups in Chile, we combined comparative genomics, gene expression analysis, heterologous expression of comEC using homologs from naturally competent bacteria, and CRISPRi-mediated knockdown of the remaining NT-related genes to examine their functionality. According to our results, expression of co …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The precise regulation of chromatin composition is critical to gene expression and cellular identity, and thus a key component in development and disease. Robust assays to study chromatin features, including histone post-translational modifications (PTMs) and chromatin-associated proteins (e.g., transcription factors or PTM readers), are crucial for understanding their function and identifying novel therapeutic strategies. To this end, Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT&RUN) has emerged as a powerful tool for high-resolution epigenomic profiling. The approach has been succe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gut microbiome, often termed the human "second genome", profoundly influences host physiology through metabolic interactions, immune modulation, and gut-brain axis signaling. Dysbiosis is implicated in the pathogenesis of obesity, inflammatory bowel disease (IBD), malignancies, and neuropsychiatric disorders. However, traditional gut microbiota interventions, such as probiotic supplementation and fecal microbiota transplantation (FMT), still exhibit significant limitations in precision therapeutics. Probiotic intervention fails to achieve precise regulation at the strain or genetic level,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human astroviruses (HAstV) are emerging viral pathogens responsible for gastroenteritis worldwide, but whole-genome data from Africa, including from Tanzania, remains scarce. A genomic analysis of stools of children with diarrhea was performed using nanopore sequencing. We successfully assembled HAstV-MLB1 complete genomes from two different stool samples, achieving high sequence coverage of 354.75x and 769.94x, respectively. Analyses included phylogeny, synteny, comparative genomics, and structural characterization of the capsid protein. The two Tanzanian HAstV-MLB1 strains showed high geneti…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in bioinformatics have significantly expanded our understanding of the genetic properties of organisms and have provided valuable insights into their phylogenetic relationships and evolutionary histories. However, molecular phylogenetic studies of the class Copepoda remain limited, and the focus has been mainly on the major taxa, namely Calanoida, Cyclopoida, Harpacticoida and Siphonostomatoida. Consequently, a comprehensive phylogeny encompassing diverse copepod groups has yet to be established. In this study, we reconstructed the phylogeny of Copepoda using amino acid sequenc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ultraconserved elements (UCEs) are among the most evolutionarily conserved DNA sequences in vertebrate genomes, yet the biological mechanisms underlying their extraordinary conservation remain poorly understood. Using the recently developed dedUCE database comprising 12,813 human UCEs, we performed a comprehensive genome-wide analysis of their distribution relative to protein-coding genes, transcription factor (TF) genes, and long noncoding RNA (lncRNA) genes. UCEs showed a highly non-random genomic organization, with approximately 40% occurring in clusters within 20 kb genomic intervals. Non-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In asexual reproduction, meiosis must be bypassed or altered to maintain ploidy from mother to daughter without fertilization. Most of the ways meiosis can be modified to this end are expected to reduce heterozygosity within individuals; however, many asexual species are highly heterozygous. Asexual reproduction is especially common among species of microscopic, desiccation-tolerant animals such as rotifers, nematodes, and tardigrades, but the cellular and genetic mechanisms underlying asexual reproduction have not been definitively documented in any species of tardigrade. Here, we show that t
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The genus Bordetella comprises Gram-negative pathogens, notably B. pertussis, which causes whooping cough, underscoring the need to characterize antimicrobial resistance (AMR) within this group. However, reports of acquired antimicrobial resistance genes (ARGs) in non-B. pertussis Bordetella species remain scarce.
METHODS: Non-B. pertussis Bordetella genomes were retrieved from NCBI, adapters trimmed and low-quality reads filtered, then assembled for analysis. ARGs were identified with Abricate, ResFinder, and BLAST, and their genomic contexts visualized using Easyfig. Core-genome
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase) is the primary CO2-fixing enzyme on our planet. Its slow kinetics and poor discrimination between carbon dioxide and oxygen as substrates severely limit the efficiency of photosynthetic carbon fixation by plants. Attempts to improve Rubisco by genetic engineering have been hampered by the complexity of the Rubisco system, with a gene family for the enzyme's small subunit being encoded in the nuclear genome and the gene for the large subunit residing in the plastid (chloroplast) genome. Another nuclear gene family encodes the enzyme Rubi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer progression involves extensive alterations in epigenetic and gene expression programs, but the accompanying changes in higher-order genome organization remain less well understood. Using high-resolution Micro-C mapping in the MCF10 cell model of breast cancer, we profiled chromatin compartments, topologically associated domains, and chromatin loops. We find large-scale compartmental shifts occur predominantly in early stages of cancer development, with more fine-scale structural changes in topologically associating domains and loops accumulating during the later transition to metastasis
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background and Objectives: Codon usage bias (CUB), the non-uniform usage of synonymous codons, is prevalent in plant chloroplast genomes and plays important roles in gene expression and genome evolution. However, systematic comparisons of CUB patterns across genera in the Cucurbitaceae family remain limited. This study aimed to characterize CUB patterns and identify their driving forces in the chloroplast genomes of six Cucurbitaceae species. Methods: We analyzed the complete chloroplast genomes of six Cucurbitaceae species, watermelon (Citrullus lanatus), melon (Cucumis melo), cucumber (Cucum
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVE: Ischemic stroke is a leading cause of mortality and long-term disability worldwide. Genetic factors contribute to IS susceptibility, yet conventional polygenic risk score approaches are primarily based on additive effects and may not fully capture non-linear relationships or positional context and interactions among genetic variants. This study aimed to develop and evaluate a transformer-based genomic model incorporating position-wise genotype embedding for IS risk prediction.
METHODS: We conducted a genome-wide association study using the UK Biobank dataset to ident
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: Vesicular trafficking mediates the transport of proteins and other cellular components between intracellular organelles. The MAG2 complex serves as a key tethering factor mediating ER-Golgi retrograde vesicle transport, and has been implicated in plant growth, development, and stress responses. Methods: In this study, seven MAG2 family genes were identified in Medicago sativa from the Zhongmu No. 4 reference genome using hidden Markov model searches (HMM) and BLASTP analysis. Results: Phylogenetic analysis assigned four genes to the MAG2 subfamily and three genes to the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Soil salinization has been considered as a global problem in agriculture, which decreases crop productivity and threatens food security. Salt stress causes complex physiological damages in plants such as ionic imbalance, osmotic stress, and oxidative damage. However, plants have developed several genomic mechanisms to reduce these negative influences that are further supported by dynamic interactions with rhizosphere microbial communities. This review integrates current advances in understanding the interplay between plant genomes and the rhizosphere microbiome under salt stress. It highlights
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования