African swine fever virus (ASFV) and porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) infections lead to severe respiratory disea … protein interaction analysis, we identified thirteen gene and protein interactions shared by both scRNA-seq analyses, suggesting the ability to inhibit both ASFV and PRRSV viral replication. We discovered six proteins (PARP12, PARP14, HERC5, DDX60, RSAD2, and MNDA) in PAMs as inhibitors of ASFV and PRRSV replication. Collectively, our findings showed deta …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pharmacogenomic analysis based on drug transcriptome characteristics is widely used to identify mechanisms of action. The purpose of this st … ). We analyzed the drug-reaction transcriptome profiles of mpc5 cell after treating them with WCCs. RNA-seq analysis revealed that WCCs alleviated ADM-induced mpc5 cell injury via restoring the expression of certain genes to normal level mainly in the one-carbon pool by the folate pathway, followed by the relaxin, apelin, PI3K-Akt, and nucleotide-binding, …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogenesis of psoriasis, a chronic inflammatory autoimmune skin disease with a high global prevalence, remains unclear. We performed a high-resolution single-cell RNA sequencing analysis of 94,759 cells from 13 samples, including those from psoriasis model mice and wild-type mice. We presented a single-cell atlas of the skin of imiquimod-induced mice with psoriasis and WT mice, especially the heterogeneity of keratinocytes and fibroblasts. More interestingly, we discovered that special keratinocyte subtypes and fibroblast subtypes could interact with each other through epithelial-mesench
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrant micro-RNA (miRNA) expression profiles have been associated with disease progression and clinical outcome in pediatric cancers. However, few studies have analyzed genome-wide dysregulation of miRNAs and messenger RNAs (mRNAs) in pediatric B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (BCP-ALL). To identify novel prognostic factors, we comprehensively investigated miRNA and mRNA sequencing (miRNA-seq and mRNA-seq) data in pediatric BCP-ALL samples with poor outcome. We analyzed 180 patients, including 43 matched pairs at diagnosis and relapse. Consensus clustering of miRNA expression da…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: RNA sequencing (RNA-Seq) offers profound insights into the complex transcriptomes of diverse biological systems. However, standard differential expression analysis pipelines based on DESeq2 and edgeR encounter challenges when applied to the immediate early transcriptomes of Chlamydia spp., obligate intracellular bacteria. These challenges arise from their reliance on assumptions that do not hold in scenarios characterized by extensive transcriptomic activation and limited repression. Standard analyses using unique chlamydial RNA-Seq reads alone identify nearly 300 upregulated and a…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) with t(8;21)(q22;q22);(RUNX1::RUNX1T1) is highly heterogeneous and malignant. It has a relapse rate of nearly 40 %, resulting in clinical resistance or refractoriness to chemotherapy. Immune cells, particularly CD4(+) T and CD8(+) T lymphocytes, have been discovered to be dysfunctional in this condition, and functional recovery shows promising efficiency in preclinical trials. Here, with single-cell transcriptomic data from de novo AML patients with RUNX1::RUNX1T1 and at various stages following disease progression, we investigated the genes correlated with T-cell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytokine storms are considered a driving factor in coronavirus disease 2019 (COVID-19) severity. However, the triggering and resolution of this cytokine production, as well as the link between this phenomenon and infected cells, are still poorly understood. In this study, a cross-species scRNA-seq analysis showed that cytokine-producing macrophages together with pneumocytes were found to be the main contributors of viral transcripts in both Syrian hamsters and African green monkeys. Whatever the cell type, viral read-bearing cells show an apoptotic phenotype. A comparison of SARS-CoV-2 entry r…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cord blood (CB) transplantation is a promising treatment for hematologic malignancies due to its strong graft-versus-leukemia effect and a low incidence of graft-versus-host disease. However, the risk of infection caused by delayed engraftment has limited its clinical application. In this study, we compared the single-cell RNA-seq of CB, bone marrow (BM), and granulocyte colony-stimulating factor primed BM to understand the differences between these grafts from a comprehensive view, and verified some differences in our clinical data of patients receiving transplantation. We focused on the biol…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The standard of care for patients with Alport syndrome (AS) is angiotensin-converting enzyme (ACE) inhibitors. In autosomal recessive Alport … ) and GBM ultrastructure was analyzed using transmission electron microscopy (TEM). RNA sequencing (RNA-seq) was performed on isolated glomeruli at all time points and the results were compared with cultured podocytes overlaid (or not) with recombinant laminin 211. Glomerular filtration rate declined in ramipril-treated DKO mice between 30 and 35 weeks. P …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With improvements in the survival rate of patients with cancer, fertility maintenance has become a major concern in terms of cancer treatmen … lting in the developmental arrest of 2-cell stage embryos in mouse. Combining analysis of low-input RNA-seq for MS-444-treated 2-cell embryos and mapping binding sites of RNA-binding protein, Agbl2 was predicted to be the target gene of MS-444. For further confirmation, RNAi experiment in wild-type zygotes showed that Agbl2 knockdown reduced the proportio …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Innate immunity plays important roles in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), as non-T-cell-enriched tumour. Neutrophils are major players in innate immune system. Here, we aimed to explore the heterogeneity and pro-tumour mechanisms of neutrophils in PDAC.
DESIGN: We analysed single-cell transcriptomes of peripheral blood polymorphonuclear leucocytes (PMNs) and tumour-infiltrating immune cells from five patients with PDAC, and performed immunofluorescence/immunohistochemistry staining, multi-omics analysis and in vitro experiments to validate the discoveries of bioinformatics
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Retinal degeneration (RD) is a group of serious blinding eye diseases characterized by photoreceptor cell apoptosis and progressive degeneration of retinal neurons. However, the underlying mechanism of its pathogenesis remains unclear.
METHODS: In this study, retinal tissues from sodium iodate (NaIO3)-induced RD and control rats were collected for transcriptome analysis using RNA-sequencing (RNA-seq). Analysis of white blood cell-related parameters was conducted in patients with retinitis pigmentosa (RP) and age-related cataract (ARC) patients.
RESULTS: In total, 334 mRNAs, 77 lon…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vestibular schwannomas (VSs), which develop from Schwann cells (SCs) of the vestibular nerve, are the most prevalent benign tumors of the cerebellopontine angle and internal auditory canal. Despite advances in treatment, the cellular components and mechanisms of VS tumor progression remain unclear. Herein, single-cell RNA-sequencing was performed on clinically surgically isolated VS samples and their cellular composition, including the heterogeneous SC subtypes, was determined. Advanced bioinformatics analysis revealed the associated biological functions, pseudotime trajectory, and transcripti…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Characterization of functional T cell clusters is key to developing strategies for immunotherapy and predicting clinical responses in leukemia. Here, single-cell RNA sequencing is performed with T cells sorted from the peripheral blood of healthy individuals and patients with B cell-acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). Unbiased bioinformatics analysis enabled the authors to identify 13 T cell clusters in the patients based on their molecular properties. All 11 major T cell subsets in healthy individuals are found in the patients with B-ALL, with the counterparts in the patients universally sh
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite the high incidence of male infertility, only 30% of infertile men receive a causative diagnosis. To explore the regulatory mechanisms governing human germ cell function in normal and impaired spermatogenesis (crypto), we performed single-cell RNA sequencing (>30,000 cells). We find major alterations in the crypto spermatogonial compartment with increased numbers of the most undifferentiated spermatogonia (PIWIL4+). We also observe a transcriptional switch within the spermatogonial compartment driven by increased and prolonged expression of the transcription factor EGR4. Intriguingly, t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fasciola hepatica is a zoonotic parasite that not only economically burdens the agribusiness sector, but also infects up to 1 million people worldwide, with no commercial vaccine yet available. An ideal vaccine would induce protection in the gut, curtailing the extensive tissue damage associated with parasite's migration from the gut to the bile ducts. The design of such a vaccine requires greater knowledge of gut mucosal responses during the early stage of infection. We examined total mRNA expression of the peyer's patches at 6 and 18 h post F. hepatica infection using RNA sequencing. Differe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Staphylococcus epidermidis (S. epidermidis) is one of the primary pathogens in postoperative endophthalmitis, which is a devastating complication of cataract surgery and often results in irreversible visual loss and even blindness. Meanwhile, it is the most frequently isolated commensal bacterium in the healthy conjunctiva. In this study, we investigated the differentially expressed genes (DEGs) of S. epidermidis isolated from the patients with postoperative endophthalmitis and the healthy conjunctiva to predict their functions and pathways by Illumina high-throughput RNA sequencing. Using gen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
T-cell clonality of peripheral T-cell lymphoma (PTCL) is routinely evaluated with a PCR-based method using genomic DNA. However, there are limitations with this approach. The purpose of this study was to determine the utility of RNA-seq for assessing T-cell clonality and T-cell antigen receptor (TCR) repertoire of the neoplastic T-cells in 108 PTCL samples. TCR transcripts, including complementarity-determining region 3 (CDR3) sequences, were assessed. In normal T cells, the CDR3 sequences were extremely diverse, without any clonotype representing more than 2% of the overall TCR population. Do…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Williams-Beuren Syndrome (WBS) is a genetic disorder associated with multisystemic abnormalities, including craniofacial dysmorphology and cognitive defects. It is caused by a hemizygous microdeletion involving up to 28 genes in chromosome 7q11.23. Genotype/phenotype analysis of atypical microdeletions implicates two evolutionary-related transcription factors, GTF2I and GTF2IRD1, as prime candidates for the cause of the facial dysmorphology.
RESULTS: Using a targeted Gtf2ird1 knockout mouse, we employed massively-parallel sequencing of mRNA (RNA-Seq) to understand changes in the t…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The response regulator OtpR is critical for the growth, morphology and virulence of Brucella melitensis. Compared to its wild type strain 16 M, B. melitensis 16 MΔotpR mutant has decreased tolerance to acid stress. To analyze the genes regulated by OtpR under acid stress, we performed RNA-seq whole transcriptome analysis of 16 MΔotpR and 16 M. In total, 501 differentially expressed genes were identified, including 390 down-regulated and 111 up-regulated genes. Among these genes, 209 were associated with bacterial metabolism, including 54 genes involving carbohydrate metabolism, 13 genes associ…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования