Molecular dynamics simulations were performed for the prediction of the finite-size effects of Maxwell-Stefan diffusion coefficients of molecular mixtures and a wide variety of binary Lennard-Jones systems. A strong dependency of computed diffusivities on the system size was observed. Computed diffusivities were found to increase with the number of molecules. We propose a correction for the extrapolation of Maxwell-Stefan diffusion coefficients to the thermodynamic limit, based on the study by Yeh and Hummer ( J. Phys. Chem. B , 2004 , 108 , 15873 - 15879 ). The proposed correction is a functi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Molecular recovery of T. pallidum DNA in dry bone poses methodological challenges. Here we evaluate recovery success from a molecularly confirmed co-infection with yaws (T. pallidum pertenue) and plague (Y. pestis).
MATERIALS: Pulverised bone from three pathological anatomical elements from individual AGU007 excavated from Aguonų street, Vilnius, Lithuania was used for DNA analysis. Three additional anatomical elements from individual AGU007 were used to obtain radiocarbon dates.
METHODS: High-throughput sequencing of bulk DNA content followed by computational analysis. DNA sequen
СтатьяИсторическая статьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study aimed to develop and apply a novel computational pipeline combining SELFormer, a transformer architecture-based chemical language model, with advanced deep learning techniques to predict natural compounds (NCs) with potential in Alzheimer's disease (AD) treatment. The NCs were identified based on activity related to seven AD-specific genes, including acetylcholinesterase (AChE), amyloid precursor protein (APP), beta-secretase 1 (BACE1), and presenilin-1 (PSEN1).
METHODS: We implemented a computational pipeline using SELFormer and deep learning techniques, conducted opti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this study a cutting-edge approach to producing accurate and computationally efficient interatomic potentials using machine learning algorithms is presented. Specifically, the study focuses on the application of Allegro, a novel machine learning algorithm, running on high-performance GPUs for training potentials. The choice of training parameters plays a pivotal role in the quality of the potential functions. To enable this methodology, the "Solvated Protein Fragments" dataset, containing nearly 2.7 million Density Functional Theory (DFT) calculations for many-body intermolecular interactio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Current clinical imaging of thromboembolic diseases often relies on indirect detection of thrombi, which may delay diagnosis and ultimately the institution of beneficial, potentially lifesaving treatment. Therefore, the development of targeting tools that facilitate the rapid, specific, and direct imaging of thrombi using molecular imaging is highly sought after. One potential molecular target is FXIIa (factor XIIa), which initiates the intrinsic coagulation pathway but also activates the kallikrein-kinin system, thereby initiating coagulation and inflammatory/immune responses. As
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fungal secondary metabolites, owing to their structural diversity and broad spectrum of bioactivities, have become a vital source for the discovery of microbial drugs and antiviral lead compounds. Fungi of the genus Aspergillus, which are ubiquitous filamentous microorganisms, are capable of producing structurally novel and functionally diverse secondary metabolites, thus representing a rich reservoir for drug lead discovery. Neoechinulin B (NeoB), an isoprenyl indole diketopiperazine alkaloid isolated from Aspergillus strains, exhibits potent antiviral activity. However, its poor characteriza
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We find that vibrational contributions to a solute's free energy are in general insensitive to whether the solute vibrational frequencies are computed in the gas phase or in solution. In most cases, the difference is smaller than the intrinsic error in solvation free energies associated with the continuum approximation to solvation modeling, although care must be taken to avoid spurious results associated with limitations in the quantum-mechanical harmonic-oscillator approximation for very low-frequency molecular vibrations. We compute solute vibrational partition functions in aqueous and carb
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of Dengue virus (DENV) is a key antiviral target due to its essential and conserved role in viral replication. In this study, we have employed a similarity-guided virtual screening approach to the Maybridge compound library by combining molecular docking and molecular dynamics (MD) simulations with binding free energy calculations to identify and prioritize candidate allosteric site inhibitors for DENV-3 RdRp. A picogreen-based RdRp enzymatic assay was developed and validated for the biological evaluation of the prioritized compounds obtained from comput
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this paper, we design and analyze a new family of organic dyes for application in dye-sensitized solar cells (DSSCs). In particular, we performed a computational examination on novel engineered dyes incorporating triethylamine as the electron-donating group, a conjugated hexyloxy-substituted benzene-PQ bridge, and various electron-accepting units. The computational study was carried out using density functional theory (DFT) and time-dependent density functional theory (TD-DFT). Consequently, we investigate various key features, including frontier molecular orbitals (FMOs), global reactivity
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbon dioxide (CO2) hydrates hold promising applications in capturing and separating CO2 for climate change mitigation. Understanding their behavior at the molecular level is, therefore, essential, and computer simulations have become powerful tools for exploring their formation and stability, providing valuable insights into their underlying mechanisms. In this work, we perform molecular dynamics simulations to compute the three-phase coexistence line involving the stability region where CO2 is in the vapor phase: CO2 hydrate-liquid water-vapor. This computation was previously inaccessible u
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monte Carlo (MC) methods are important computational tools for molecular structure optimizations and predictions. When solvent effects are explicitly considered, MC methods become very expensive due to the large degree of freedom associated with the water molecules and mobile ions. Alternatively implicit-solvent MC can largely reduce the computational cost by applying a mean field approximation to solvent effects and meanwhile maintains the atomic detail of the target molecule. The two most popular implicit-solvent models are the Poisson-Boltzmann (PB) model and the Generalized Born (GB) model
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Organic semiconductors (OSC) are key components in applications such as organic photovoltaics, organic sensors, transistors and organic light emitting diodes (OLED). OSC devices, especially OLEDs, often consist of multiple layers comprising one or more species of organic molecules. The unique properties of each molecular species and their interaction determine charge transport in OSCs-a key factor for device performance. The small charge carrier mobility of OSCs compared to inorganic semiconductors remains a major limitation of OSC device performance. Virtual design can support experimental R&
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Histone deacetylase 8 (HDAC8) is an emerging epigenetic target implicated in cancer, neurodegenerative disorders, and other human diseases, driving the urgent need for potent and selective inhibitors. In this study, we developed and validated a deep learning-based computational pipeline for the accurate prediction of HDAC8 inhibitor potency, integrating cheminformatics, neural networks, molecular docking, and molecular dynamics simulations. A large, curated dataset of 4583 HDAC8 inhibitors with experimental pIC50 values was retrieved from the ChEMBL database (target CHEMBL3192) and preprocesse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigates shared molecular mechanisms between pyoderma gangrenosum (PG) and inflammatory bowel disease (IBD) and systematically evaluates the therapeutic potential of JAK inhibitors targeting this pathway. Despite the clear clinical comorbidity, the core inflammatory pathways driving cross-tissue associations between the two diseases remain unclear. Furthermore, systematic mechanistic evidence is lacking regarding whether JAK inhibitors act by regulating shared pathological pathways in patients with comorbidities. To address this, this study integrated PG skin and IBD intestinal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular glues are small molecules that induce ternary complexes between a protein of interest and a partner protein, creating therapeutic mechanisms distinct from traditional inhibitors. This minireview examines binding-site architectures of clinically tested molecular glues and extends these insights to ubiquitin-family partner proteins. Structural analysis suggests recurring recognition features, while emerging computational methods may accelerate discovery and optimization of ubiquitin-directed glues for therapeutic applications.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A State of the Art lecture titled "structural bioinformatics technologies for rational drug design: from in silico to in vivo" was presented at the International Society on Thrombosis and Haemostasis (ISTH) Congress in 2024. Drug discovery remains a resource-intensive and complex endeavor, which usually takes over a decade and costs billions to bring a new therapeutic agent to market. However, the landscape of drug discovery has been transformed by the recent advancements in bioinformatics and cheminformatics. Key techniques, including structure- and ligand-based virtual screening, molecular d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coarse-grained (CG) molecular dynamics (MD) simulations can simulate large molecular complexes over extended time scales by reducing degrees of freedom. A central challenge in CG modeling is the selection of the CG mapping algorithm, which directly influences both accuracy and the interpretability of the model. Despite significant progress, effective strategies for optimal CG mappings remain a challenging task, highlighting the necessity for a comprehensive computational framework. In this work, we introduce a multilevel graph-coarsening framework for coarse graining, inspired by recent advanc
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lignocellulosic biomass is a major renewable carbon resource for sustainable production of fuels, chemicals, and functional materials. Yet its valorization remains constrained by structural recalcitrance, feedstock heterogeneity, and the coupling of molecular and process phenomena. This review critically examines computational and data-driven strategies for predictive biorefinery development, with emphasis on how experimentally anchored information can be transferred across scales. Structural determinants of deconstructability, including cellulose organization, lignin chemistry, lignin-carbohy
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hybrid perovskites are well-known for their optoelectronic and photovoltaic properties. Molecular dynamics simulations allow the study of these soft and ionic crystals by including dynamical effects (e.g., molecular rotations, octahedra tilting, ionic diffusion and hysteresis), yet the high computational cost restricts the use of accurate ab initio forces for bulk or small atomic systems. Hence, great interest exists in the development of classical force-fields for hybrid perovskites of low and linear scaling computational cost, via both empirical methods and machine-learning. This work aims a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aflatoxin B1 (AFB1) is a highly toxic mycotoxin that causes severe renal injury, yet the molecular basis of its nephrotoxicity remains poorly defined. Here, we integrated multi-omics data with computational modeling to elucidate the mechanisms of AFB1-induced kidney damage. Three human renal transplant biopsy microarray datasets (GSE1563, GSE30718, and GSE61739), comprising 121 injury samples and 84 control samples and representing distinct forms of transplant-associated renal injury, including acute rejection and ischemic kidney injury, were analyzed using differential expression and weighted
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования