Nonstructural protein 5A (NS5A) is essential for hepatitis C virus (HCV) replication and assembly and is a critical drug target. Biochemical data suggest large parts of NS5A are unfolded as an isolated protein, but little is known about its folded state in the cell. We used fluorescence resonance energy transfer (FRET) to probe whether or not different regions of NS5A are in close proximity within the cell. Twenty-three separate reporter constructs were created by inserting one or more fluorophores into different positions throughout the three domains of NS5A. FRET efficiency was maximal when
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The methylation-associated defense system (MADS) is a bacterial antiphage immune system that cooperates with CRISPR-Cas systems to restrict phage infection. Within MADS, the MAD3-MAD4 module has been proposed to function as an ATPase-nuclease module related to the OLD nuclease family, but the molecular basis of its assembly and function remains unknown. Here, we combined cryo-electron microscopy, X-ray crystallography, biochemical assays, and mutagenesis to elucidate the architecture and assembly mechanism of the MAD3-MAD4 complex. We found that MAD3 and MAD4 assemble into a stable 2:2 heterot
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aeropyrum pernix is a hyperthermophilic archaeon that possesses three proliferating cell nuclear antigen (PCNA) isoforms (ApePCNA1, ApePCNA2 and ApePCNA3) that form a heterotrimeric sliding clamp. To gain more detailed structural insights into this heterotrimeric assembly, we determined the crystal structures of ApePCNA1 and ApePCNA2. ApePCNA1 was crystallized under a new condition, and the 1.60 Å resolution structure revealed a unique nonproline cis-peptide bond between Arg187 and Arg188, which was not deeply discussed in a previous report. The structure of ApePCNA2 was determined at 2.17 Å r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In all kingdoms of life, the regulation of membrane-bound enzyme function via oligomerization is a fundamental aspect of cell physiology. Often, the mechanistic role of oligomerization is unclear, due to a lack of structure-function comparisons between constituent forms of the enzyme. Here, we elucidate the structural underpinnings of enzyme regulation and oligomerization in the quinol-dependent nitric oxide reductase (qNOR) from Neisseria meningitidis, by high-resolution structural analyses of the less active monomeric form (2.25 Å) and the highly active dimeric form (1.89 Å). The comparison
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial proteasomal activator (Bpa) is a regulatory particle of the Mycobacterium tuberculosis proteasome that facilitates the recruitment of substrates and their subsequent degradation by the 20S core particle. Substrate-bound structures of Bpa are unavailable, leaving its recruitment mechanism incompletely understood. Here, we use mass spectrometry and NMR to show that Bpa reversibly assembles into dodecamers from dimers/tetramers in a temperature-dependent manner in vitro, and map the oligomerization interfaces during assembly. To overcome the limitations posed by the poor solubility of n
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amyloid beta (Aβ) oligomers are key mediators of synaptic dysfunction and neural circuit impairment in Alzheimer's disease (AD). While plasma Aβ oligomerization propensity (OAβ) correlates with cerebral amyloid pathology and cognitive decline, the systemic modulators of OAβ remain poorly understood. In this study, we identified the albumin interactome (albumin and its associated proteins) as a critical regulator of OAβ. Selective depletion of the albumin interactome from plasma eliminated the OAβ difference between amyloid PET (A-PET)- and A-PET+ individuals. Proteomic analysis revealed widesp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tau is a dynamic microtubule-associated protein essential for maintaining microtubule (MT) stability and neuronal function. Its intrinsically disordered nature, combined with its multivalent binding capacity, makes it challenging to characterize structurally. Governed largely by electrostatic interactions, both in solution and when bound to MTs, Tau exhibits highly transient and heterogeneous behavior. Here, we apply coarse-grained molecular dynamics simulations to investigate tau-MT interactions and uncover how multivalent binding is regulated at the sub-regional level. Our simulations captur
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viral infections are on the rise and drugs targeting viral proteins are needed. Viroporins constitute a growing group of virus-encoded transmembrane oligomeric proteins that allow passage of small molecules across the membrane. Despite sparsity in viroporin structures, recent work has revealed diversity in both the number of transmembrane helices and oligomeric states. Here, we provide evidence that the small hydrophobic protein (SH) from mumps virus is a pentameric viroporin. From extensive biophysical data, a HADDOCK model of full-length SH shows its intracellular C-terminal region to form a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The serine/threonine kinase CK2 (formerly known as casein kinase II) plays a crucial role in various CNS disorders and is highly expressed in various types of cancer. Therefore, inhibiting this key kinase could be promising for the treatment of these diseases. The CK2 holoenzyme is formed by the recruitment of two catalytically active CK2α and/or CK2α' subunits by a regulatory CK2β dimer. Starting with the lead furocarbazole W16 (4) inhibiting the CK2α/CK2β interaction, analogous pyrrolocarbazoles were prepared and tested for their protein-protein interaction inhibition (PPII). The key step of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tyrosinases are melanocyte-specific enzymes involved in melanin biosynthesis. Mutations in their genes cause oculocutaneous albinism associated with reduced or altered pigmentation of skin, hair, and eyes. Here, the recombinant human intra-melanosomal domains of tyrosinase, TYRtr (19-469), and tyrosinase-related protein 1, TYRP1tr (25-472), were studied in vitro to define their functional relationship. Proteins were expressed or coexpressed in whole Trichoplusia ni larvae and purified. Their associations were studied using gel filtration and sedimentation equilibrium methods. Protection of TYR
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Hsp70 family of chaperones plays an essential role in suppressing protein aggregation in the cell. Here we investigate the factors controlling the intrinsic ability of human Hsp70 to inhibit the elongation of amyloid fibrils formed by the Parkinson's disease-related protein α-synuclein. Using kinetic analysis, we show that Hsp70 binds preferentially to α-synuclein fibrils as a consequence of variations in the association and dissociation rate constants of binding to the different aggregated states of the protein. Our findings illustrate the importance of the kinetics of binding of molecula
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein folding is a process of self-assembly defined by the sequence of the amino acids of the protein involved. Additionally, proteins tend to unfold, misfold and aggregate due to both intrinsic and extrinsic causes. Human islet amyloid polypeptide (hIAPP) aggregation is an early step in diabetes mellitus. However, the aggregation of rat IAPP (rIAPP) remains an open question. Adult female Sprague-Dawley rats weighing 150-250 g were divided into two groups. The experimental group (streptozotocin [STZ]) (n = 21) received an intraperitoneal injection of a single dose of 40 mg/kg STZ. We used th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prion diseases are a group of neurodegenerative diseases caused by prion protein (PrP) conformational changes. More than 30 PRNP gene mutations have been associated with familial prion diseases. E200K-associated familial Creutzfeldt-Jakob disease (fCJD) is the most common inherited prion disease. One of the hallmarks of prion diseases is the accumulation of oxidative damage. The mechanism by which oxidative modification of methionine (Met) residues influence the E200K PrP misfolding remains unclear. Here, we examined the stability, structural change, oligomerization and proteinase K resistance
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The amyloid precursor protein (APP) is a single-span integral membrane protein whose C-terminal fragment C99 is cleaved within the transmembrane helix by γ-secretase. Cleavage produces various Aβ peptides that are linked to the etiology of Alzheimer's disease. The transmembrane helix is known to homodimerize in a sequence-specific manner, and considerable controversy about whether the homodimeric form of C99 is cleaved by γ-secretase exists. Here, we generated various covalent C99 homodimers via cross-linking at engineered cysteine residues. None of the homodimers was cleaved in vitro by purif
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oligomeric species formed during α-synuclein fibrillation are suggested to be membrane-disrupting agents, and have been associated with cytotoxicity in Parkinson's disease. The majority of studies, however, have revealed that the effect of α-synuclein oligomers is only noticeable on systems composed of anionic lipids, while the more physiologically relevant zwitterionic lipids remain intact. We present experimental evidence for significant morphological changes in zwitterionic membranes containing cholesterol, induced by α-synuclein oligomers. Depending on the lipid composition, model membrane
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To understand the placement of a certain protein in a physiological system and the pathogenesis of related disorders, it is not only of interest to determine its function but also important to describe the sequential steps in its life cycle, from synthesis to secretion and ultimately its clearance. von Willebrand factor (VWF) is a particularly intriguing case in this regard because of its important auxiliary roles (both intra- and extracellular) that implicate a wide range of other proteins: its presence is required for the formation and regulated release of endothelial storage organelles, the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: To investigate the impact of the highly variable C-terminal domain of cyanide dihydratase, a member of the nitrilase superfamily, on its activity and stability.
METHODS AND RESULTS: Generating and analysing the thermal stability and pH tolerance of chimeric cyanide dihydratase proteins has provided a platform to investigate domains within the C-terminus and their effect on quaternary structure of the protein. The protein oligomerization state was inferred from native protein size by gel exclusion chromatography.
CONCLUSIONS: Our data indicates that the influence of the cyanide dihydrat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Experiments suggested that the fibrillation of the 11-25 fragment (hIAPP(11-25)) of human islet amyloid polypeptide (hIAPP or amylin) involves the formation of transient α-helical intermediates, followed by conversion to β-sheet-rich structure. However, atomic details of α-helical intermediates and the transition mechanism are mostly unknown. We investigated the structural properties of the monomer and dimer in atomistic detail by replica exchange molecular dynamics (REMD) simulations. Transient α-helical monomers and dimers were both observed in the REMD trajectories. Our calculated H(α) chem
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The crystal structure of the dimerization domain of rabies virus phosphoprotein was determined. The monomer consists of two alpha-helices that make a helical hairpin held together mainly by hydrophobic interactions. The monomer has a hydrophilic and a hydrophobic face, and in the dimer two monomers pack together through their hydrophobic surfaces. This structure is very different from the dimerization domain of the vesicular stomatitis virus phosphoprotein and also from the tetramerization domain of the Sendai virus phosphoprotein, suggesting that oligomerization is conserved but not structure
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein-protein interactions are the cornerstone of numerous biological processes. Although an increasing number of protein complex structures have been determined using experimental methods, relatively fewer studies have been performed to determine the assembly order of complexes. In addition to the insights into the molecular mechanisms of biological function provided by the structure of a complex, knowing the assembly order is important for understanding the process of complex formation. Assembly order is also practically useful for constructing subcomplexes as a step toward solving the ent
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования